genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7868221--7868272	19	2.6	19	85	11	61	55	5	0	38	1.24
7875806--7876198	29	13.5	30	69	22	209	33	2	30	33	1.69
7875784--7876198	59	7.1	59	89	4	571	33	2	30	33	1.71
7877498--7877552	17	3.6	15	80	20	53	47	1	3	47	1.30
7878513--7878568	26	2.2	26	96	0	103	64	0	7	28	1.20
7891721--7891785	31	2.1	31	91	0	103	32	6	26	35	1.81
7894094--7894147	26	2.1	26	100	0	108	55	14	7	22	1.64
7894094--7894149	13	4.2	14	82	11	73	55	16	7	21	1.64
7895196--7895252	29	1.9	30	85	3	80	47	5	5	42	1.48
7895311--7895404	42	2.2	42	92	3	154	30	7	21	40	1.81
7896008--7896060	20	2.6	20	87	3	79	52	5	5	35	1.49
7897895--7897940	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
7898960--7898992	15	2.1	16	94	5	59	0	15	3	81	0.80
7898970--7899028	26	2.3	26	82	14	77	10	13	0	76	1.02
7898996--7899027	15	2.2	14	94	5	55	12	9	0	78	0.97
7900009--7900044	11	3.2	11	96	4	63	16	8	2	72	1.21
7903313--7903362	13	3.6	14	83	8	57	74	6	4	16	1.17
7906949--7907039	45	2.0	46	97	2	175	32	17	7	41	1.78
7907707--7907735	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7911008--7911066	22	2.5	24	78	15	61	44	16	23	15	1.86
7912875--7912943	13	5.4	13	69	20	56	36	18	1	43	1.60
7913247--7913691	158	2.8	158	91	1	691	29	25	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7913595--7913774	99	1.8	99	90	0	288	32	30	17	19	1.95
7913441--7913924	257	1.9	257	90	0	781	30	26	21	21	1.98
7917165--7917193	15	1.9	15	100	0	58	62	13	10	13	1.55
7918282--7918418	41	3.4	42	73	17	112	65	4	5	24	1.33
7918397--7918446	13	3.6	13	83	8	55	76	4	2	18	1.04
7921560--7922863	147	8.8	148	75	4	766	18	22	18	40	1.91
7921562--7922862	49	26.5	49	71	4	440	18	22	18	41	1.91
7921671--7921952	100	2.9	98	80	6	284	19	22	17	40	1.91
7921869--7922575	98	7.2	97	77	4	589	18	22	18	41	1.91
7921547--7922094	247	2.2	245	84	4	708	17	22	18	40	1.91
7922354--7922804	244	1.8	244	84	4	624	19	22	17	40	1.91
7932297--7932346	18	2.8	18	78	0	64	22	26	0	52	1.48
7932297--7932341	6	7.5	6	84	0	54	22	28	0	48	1.50
7932465--7932504	15	2.7	15	84	3	55	37	20	0	42	1.52
7934553--7934624	33	2.3	30	76	19	76	72	4	2	20	1.15
7934570--7934632	27	2.4	28	78	10	78	71	4	3	20	1.18
7935139--7935258	58	2.1	58	93	0	204	49	18	0	32	1.48
7944516--7944582	8	8.9	8	76	18	63	80	0	17	1	0.79
7944514--7944564	10	5.3	10	79	15	54	84	0	15	0	0.63
7944517--7944583	6	10.3	6	76	19	55	80	0	17	1	0.79
7944514--7944583	27	2.7	25	86	6	86	81	0	17	1	0.77
7944894--7945113	112	2.0	112	85	3	300	28	19	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7945531--7946226	147	4.7	146	76	4	573	35	15	25	23	1.94
7945526--7946223	49	14.2	49	75	6	493	35	15	25	23	1.94
7945526--7946226	98	7.2	98	78	4	574	35	15	25	23	1.94
7956600--7956701	48	2.1	48	87	5	152	37	16	7	38	1.78
7960479--7960527	24	2.0	25	88	4	73	55	0	6	38	1.25
7983202--7983244	18	2.4	18	88	0	59	25	18	27	27	1.98
7986091--7986137	24	2.0	24	87	8	69	31	21	21	25	1.98
7988585--7988644	25	2.4	25	77	0	66	20	21	20	38	1.94
7990989--7991027	18	2.2	18	85	0	51	38	0	17	43	1.50
7991855--7991942	43	2.0	43	100	0	176	30	12	36	20	1.90
7992646--7992808	30	5.5	28	74	16	102	34	4	20	39	1.74
7992646--7992809	60	2.7	58	77	11	179	35	4	20	39	1.74
7992632--7992800	90	1.9	89	83	12	222	35	5	21	37	1.77
7993577--7993646	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
7994623--7994779	48	3.5	47	73	18	154	24	20	15	39	1.91
7994660--7994730	37	1.9	37	94	0	124	26	19	15	38	1.92
7994623--7994778	85	1.8	85	88	0	240	25	20	15	39	1.91
7994490--7995243	208	3.6	208	84	2	951	23	19	16	39	1.92
7995027--7995184	86	1.8	86	88	0	244	21	21	16	40	1.91
7995430--7995878	49	9.1	49	77	3	427	17	31	17	33	1.94
7995427--7995876	98	4.6	98	82	3	474	17	31	17	33	1.94
7995427--7995878	197	2.3	197	83	3	552	17	31	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7996812--7996878	19	3.5	20	74	15	61	1	19	1	77	0.92
7996825--7996880	7	7.9	7	74	9	51	1	16	1	80	0.88
7996814--7996880	20	3.3	21	76	19	70	1	17	1	79	0.89
7996823--7996897	33	2.3	32	77	20	84	4	16	1	78	0.96
7996814--7996893	21	3.9	21	75	18	71	3	16	1	78	0.95
7996823--7996896	20	3.6	19	77	13	76	4	14	1	79	0.94
7999560--7999752	52	3.7	52	81	6	237	33	23	15	27	1.95
7999561--7999750	105	1.8	105	91	0	317	33	23	15	28	1.95
8002791--8002831	21	2.0	20	90	4	64	14	21	12	51	1.75
8004637--8004814	30	6.1	29	78	10	143	32	5	23	38	1.77
8006124--8006335	24	8.8	24	82	2	246	31	18	22	27	1.97
8006504--8006534	14	2.2	14	100	0	62	38	12	25	22	1.90
8007958--8008006	19	2.6	19	84	15	66	67	0	6	26	1.14
8007957--8008094	70	2.0	69	87	5	197	61	2	5	30	1.32
8008013--8008071	19	3.0	20	83	13	63	57	1	3	37	1.25
8007958--8008088	19	7.1	19	73	17	57	61	2	4	31	1.28
8008730--8008775	24	2.0	23	91	8	76	34	0	4	60	1.16
8013004--8013048	18	2.4	18	89	10	65	66	0	2	31	1.04
8013055--8013104	17	2.9	17	77	13	57	56	2	4	38	1.30
8013258--8013291	6	5.7	6	100	0	68	17	0	50	32	1.47
8019842--8019910	30	2.3	30	85	9	88	27	13	20	39	1.89
8021402--8021443	13	3.2	14	77	16	54	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8035664--8035896	62	3.9	62	78	9	207	36	17	11	34	1.86
8035777--8035913	56	2.4	56	86	3	195	38	17	10	33	1.84
8047085--8047212	55	2.3	54	81	5	148	24	34	23	17	1.96
8049230--8049421	80	2.4	81	85	0	251	22	18	26	32	1.97
8049446--8049508	25	2.5	26	84	7	76	20	19	30	30	1.97
8051319--8051546	90	2.6	89	80	8	259	37	10	17	34	1.85
8051372--8051570	90	2.2	89	83	7	242	35	9	18	37	1.82
8052228--8052345	10	12.4	10	70	19	51	69	2	2	25	1.14
8052229--8052367	35	3.7	37	75	16	117	66	2	3	26	1.22
8052229--8052345	9	12.4	9	71	20	62	69	2	2	25	1.14
8052784--8052821	9	4.2	9	86	6	51	31	0	2	65	1.06
8052827--8052897	30	2.5	28	75	22	69	40	1	1	56	1.17
8052914--8053024	9	11.8	9	72	13	73	27	1	3	67	1.17
8052936--8052984	20	2.5	19	80	6	53	32	2	2	63	1.17
8052930--8053011	29	2.9	28	83	7	85	30	2	1	65	1.13
8052930--8053024	39	2.4	39	79	10	97	29	2	2	66	1.15
8054947--8055063	29	4.1	29	78	1	101	28	6	13	51	1.67
8061399--8061587	29	6.5	29	83	6	213	32	7	24	34	1.85
8061399--8061587	88	2.2	87	85	3	247	32	7	24	34	1.85
8061420--8061590	59	2.9	58	84	4	229	33	7	25	33	1.84
8061433--8061693	88	3.0	87	80	7	253	32	6	27	32	1.83
8061573--8061848	29	9.5	29	79	5	247	33	3	27	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8061540--8061856	87	3.6	84	79	7	289	32	4	27	35	1.76
8061427--8061876	58	7.7	58	78	10	309	32	5	26	34	1.80
8061485--8061857	29	12.8	29	77	8	242	33	5	26	34	1.78
8061834--8061927	30	3.2	29	80	6	91	35	5	24	35	1.78
8061852--8061936	30	2.9	31	86	8	115	32	4	25	36	1.77
8062775--8062816	21	1.9	22	85	9	59	30	2	7	59	1.37
8062962--8063012	14	3.6	14	80	12	59	35	1	1	60	1.19
8063717--8063790	6	12.5	6	77	11	64	54	1	1	43	1.17
8063718--8063750	11	2.8	12	90	4	50	57	0	0	42	0.98
8063724--8063775	17	3.1	17	88	5	79	57	1	0	40	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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