genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  26  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7636747--7637135	40	9.8	39	72	12	226	25	18	24	31	1.97
7637863--7637909	19	2.5	19	96	0	85	59	19	0	21	1.38
7642026--7642105	31	2.6	31	88	3	119	42	11	17	28	1.84
7644570--7644737	63	2.6	65	88	10	240	54	3	0	41	1.17
7644710--7644750	13	3.1	14	80	19	52	73	0	0	26	0.84
7644560--7644745	59	3.0	61	81	14	229	52	3	0	44	1.17
7645637--7645681	22	2.0	22	95	0	81	46	6	6	40	1.56
7650559--7650601	22	2.0	22	95	0	77	16	20	9	53	1.70
7655420--7655465	25	1.9	25	86	8	69	32	2	6	58	1.36
7657262--7657400	43	3.2	43	86	0	179	20	29	25	24	1.99
7657715--7657752	11	3.5	11	80	20	53	0	47	23	28	1.52
7657701--7657753	21	2.5	21	93	0	88	0	47	20	32	1.51
7657749--7657896	66	2.2	66	87	2	217	16	23	15	44	1.85
7663317--7663669	49	7.0	49	81	10	415	45	6	1	46	1.39
7663359--7663491	18	8.0	18	65	27	71	43	5	1	49	1.34
7663366--7663424	30	1.9	31	89	3	93	49	1	0	49	1.11
7663409--7663781	161	2.3	161	96	0	685	45	5	2	46	1.42
7663573--7663650	18	4.6	18	66	26	62	43	7	0	48	1.31
7663462--7664049	112	5.4	111	78	14	380	46	4	3	45	1.41
7663725--7664048	18	17.8	18	65	20	124	47	3	3	45	1.36
7663848--7663919	30	2.4	30	83	6	83	50	1	1	47	1.18
7663731--7664044	160	2.0	160	94	1	558	47	3	3	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7663462--7664049	272	2.2	270	93	2	714	46	4	3	45	1.41
7666912--7666944	6	5.5	6	96	0	57	3	36	45	15	1.61
7668509--7668869	41	8.8	41	78	6	279	23	26	25	24	2.00
7668509--7668869	82	4.4	81	77	6	327	23	26	25	24	2.00
7668509--7668869	123	2.9	123	79	7	401	23	26	25	24	2.00
7678647--7678683	15	2.3	16	90	9	58	43	5	10	40	1.63
7678881--7678955	29	2.6	29	89	6	109	49	1	0	49	1.09
7678917--7678957	20	2.0	22	90	9	68	51	0	0	48	1.00
7679266--7679430	30	4.9	35	68	15	134	29	25	16	28	1.97
7679263--7679432	66	2.6	66	86	0	241	29	25	15	28	1.96
7684409--7684456	20	2.4	18	78	18	51	50	0	2	47	1.12
7684418--7684490	29	2.4	31	93	4	123	52	0	2	45	1.15
7684664--7684710	21	2.2	22	84	3	60	51	2	0	46	1.13
7684678--7684737	21	2.9	21	85	2	77	48	1	1	48	1.21
7684837--7684876	20	1.9	22	90	10	66	47	2	0	50	1.14
7684806--7684875	29	2.3	31	90	4	108	47	2	0	50	1.16
7684828--7684884	20	3.0	20	74	23	59	45	3	0	50	1.18
7689825--7689865	3	13.7	3	100	0	82	34	34	0	31	1.58
7699038--7699084	15	3.4	14	77	17	53	53	4	2	40	1.32
7702887--7702979	29	3.2	29	66	27	79	29	25	18	26	1.98
7702899--7702992	29	3.1	32	65	27	87	27	25	21	25	1.99
7702855--7703021	58	2.9	58	93	0	289	26	25	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7711839--7711886	6	8.2	6	90	4	62	50	6	0	43	1.27
7712500--7712541	17	2.5	17	84	0	57	26	23	21	28	1.99
7712870--7712907	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
7717559--7717627	35	2.0	34	86	8	95	55	0	0	44	0.99
7717662--7717718	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
7717961--7718012	26	2.0	27	84	3	70	59	3	1	34	1.27
7724291--7724321	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7729108--7729205	43	2.3	43	82	3	117	26	16	18	38	1.91
7731514--7731559	24	2.0	22	83	8	56	63	0	0	36	0.95
7735431--7735462	14	2.4	14	94	5	57	65	0	3	31	1.08
7735516--7735549	10	3.3	10	95	4	59	20	0	0	79	0.73
7735516--7735549	11	3.2	11	91	4	52	20	0	0	79	0.73
7736926--7736950	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
7738324--7738398	34	2.4	29	79	18	73	52	0	2	45	1.15
7739461--7739509	24	2.1	22	85	11	62	38	0	4	57	1.18
7740541--7740574	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
7744901--7744925	12	2.1	12	100	0	50	24	12	48	16	1.79
7750982--7751040	24	2.5	24	88	0	91	54	11	8	25	1.65
7755184--7755244	11	5.4	11	75	7	50	6	1	24	67	1.24
7757073--7757176	41	2.5	41	93	1	172	36	10	24	28	1.89
7757203--7757299	40	2.4	40	91	3	160	44	9	23	22	1.82
7767741--7767885	41	3.5	41	93	0	245	35	11	24	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7767913--7768009	40	2.4	40	91	0	158	40	7	28	23	1.81
7771704--7771741	20	1.9	20	100	0	76	52	23	10	13	1.71
7771900--7771945	22	2.1	22	91	0	74	10	8	34	45	1.70
7779216--7779245	12	2.4	13	88	11	53	80	0	20	0	0.72
7787017--7787490	49	9.7	49	76	5	142	44	15	19	20	1.87
7786988--7787706	98	7.4	98	76	6	518	41	17	21	19	1.90
7786983--7787706	196	3.7	194	81	4	714	41	17	21	19	1.90
7787564--7787753	49	3.9	49	80	3	193	39	21	22	16	1.92
7787537--7787729	98	2.0	99	82	5	239	39	20	23	15	1.91
7795946--7796204	30	8.9	30	73	11	193	37	1	25	35	1.66
7795946--7796205	29	9.0	28	76	11	158	37	1	25	35	1.66
7797462--7797504	3	14.0	3	95	4	77	32	0	0	67	0.91
7798615--7799224	39	15.7	39	71	9	370	24	19	32	24	1.97
7798738--7799193	155	2.9	155	83	3	603	24	18	32	24	1.97
7798657--7799192	78	6.9	78	86	0	581	24	19	32	23	1.98
7798854--7799226	194	1.9	195	80	4	441	24	19	33	23	1.97
7798615--7799224	78	7.8	78	83	3	523	24	19	32	24	1.97
7799486--7800064	50	11.7	50	74	5	387	19	30	16	33	1.94
7799489--7800064	98	5.9	98	77	5	498	18	30	16	33	1.94
7799489--7800014	197	2.7	195	80	3	518	19	30	16	33	1.94
7799488--7800080	246	2.4	244	79	6	592	19	30	16	33	1.94
7799561--7800064	197	2.6	196	79	4	541	19	31	16	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7801016--7801069	22	2.5	21	88	5	81	5	25	1	66	1.23
7801016--7801109	7	13.6	7	80	15	99	3	25	1	70	1.09
7801029--7801138	7	15.7	7	79	7	71	3	21	0	74	0.97
7801037--7801131	14	6.5	15	87	6	90	3	23	0	73	0.97
7801064--7801131	15	4.5	15	83	3	66	1	22	0	76	0.87
7801105--7801149	20	2.3	19	85	11	63	6	8	2	82	0.93
7801078--7801142	15	4.2	16	82	5	64	3	18	0	78	0.88
7805786--7805820	14	2.4	15	90	4	54	71	0	8	20	1.11
7805956--7806072	30	4.0	28	81	9	110	36	2	25	35	1.70
7805957--7806072	59	1.9	59	83	8	146	36	2	25	35	1.70
7807962--7807990	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
7814033--7814104	9	7.9	9	76	14	67	61	1	2	34	1.19
7814021--7814074	27	2.0	27	88	0	81	64	3	1	29	1.21
7814033--7814106	19	3.9	19	79	13	73	60	1	2	35	1.19
7815659--7815755	6	16.0	6	72	8	72	34	8	0	57	1.28
7815659--7815755	13	7.5	13	70	23	71	34	8	0	57	1.28
7815660--7815747	35	2.5	35	82	12	92	32	9	0	57	1.30
7816324--7816413	41	2.2	41	93	0	162	27	12	10	50	1.72
7820419--7820465	23	2.0	23	87	8	67	61	4	0	34	1.15
7829315--7829359	22	2.0	22	100	0	90	13	8	40	37	1.76
7831798--7831846	18	2.7	19	79	17	52	28	0	6	65	1.16
7833652--7833685	6	5.7	6	92	0	59	20	50	14	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7836560--7836619	31	1.9	31	90	6	95	46	8	8	36	1.64
7841470--7841512	22	2.0	22	95	0	77	53	4	2	39	1.34
7842142--7842207	27	2.4	27	71	19	64	62	1	0	36	1.05
7842929--7842953	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
7848655--7848697	22	2.0	22	95	0	77	53	4	2	39	1.34
7849327--7849392	27	2.4	27	71	19	64	62	1	0	36	1.05
7850114--7850138	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
7855840--7855882	22	2.0	22	95	0	77	53	4	2	39	1.34
7861052--7861159	23	4.8	23	71	15	66	64	0	0	34	1.00
7861083--7861145	15	4.0	15	77	8	54	69	0	0	30	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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