genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24108528--24108955	78	5.5	78	88	0	543	26	15	23	34	1.95
24108524--24108964	234	1.9	233	87	0	648	26	15	23	34	1.94
24120771--24120975	60	3.5	58	75	11	177	41	5	19	33	1.74
24120771--24120975	30	6.9	30	73	8	152	41	5	19	33	1.74
24120806--24120996	87	2.2	90	81	7	223	41	5	18	34	1.73
24122800--24122853	17	3.0	17	79	12	63	29	12	14	42	1.83
24126416--24126577	82	2.0	82	88	0	243	24	18	24	32	1.97
24137789--24137833	7	6.3	7	79	5	54	20	0	4	75	0.97
24137953--24137993	10	3.8	11	84	12	50	41	0	0	58	0.98
24140714--24140844	41	3.2	41	83	0	172	20	29	17	32	1.96
24140826--24140863	20	1.9	20	94	0	67	15	23	15	44	1.85
24140879--24141258	41	9.3	41	84	0	490	17	29	20	32	1.96
24140879--24141304	123	3.5	122	81	5	484	18	28	19	33	1.95
24142474--24142508	18	1.9	18	88	0	52	2	8	11	77	1.10
24148566--24149243	32	21.3	32	80	4	658	36	16	17	29	1.92
24148566--24149243	159	4.3	159	82	4	697	36	16	17	29	1.92
24148586--24149184	127	4.7	128	86	1	731	35	17	16	30	1.92
24149141--24149284	63	2.3	63	86	1	189	36	18	18	27	1.94
24150781--24150878	49	2.0	50	88	6	146	56	11	2	30	1.46
24152924--24153263	51	6.6	51	86	3	461	29	21	15	33	1.94
24160317--24160460	51	2.8	51	93	1	243	29	23	15	31	1.95
24162701--24162753	27	2.0	27	81	7	63	11	22	1	64	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24180805--24180855	21	2.4	21	86	0	75	25	19	23	31	1.98
24185407--24185444	4	9.8	4	82	5	51	73	0	2	23	0.95
24185407--24185445	16	2.5	15	88	8	60	74	0	2	23	0.94
24193861--24193930	29	2.4	30	85	2	97	31	4	5	58	1.41
24198057--24198238	30	6.1	30	81	6	203	40	2	21	35	1.66
24198001--24198238	60	4.0	59	78	10	209	38	3	22	35	1.71
24198057--24198237	59	3.0	58	79	8	195	40	2	21	35	1.66
24202598--24202795	87	2.3	87	81	6	226	38	16	8	36	1.78
24202598--24202784	90	2.2	86	80	7	220	39	16	7	37	1.76
24202804--24202914	10	11.6	10	71	13	74	63	1	2	32	1.19
24202808--24202914	19	5.7	20	74	18	95	64	1	2	30	1.18
24202809--24202908	38	2.7	37	84	4	139	66	2	3	29	1.18
24202802--24202963	56	2.8	57	82	15	183	59	2	4	32	1.32
24202845--24202942	28	3.4	28	78	10	101	58	2	5	34	1.32
24203170--24203208	20	2.0	20	85	10	53	25	5	7	61	1.44
24203975--24204009	16	2.2	16	90	10	54	31	0	8	60	1.27
24204525--24204551	12	2.2	12	100	0	54	48	7	14	29	1.71
24204721--24204768	13	3.7	12	83	10	51	81	2	14	2	0.88
24204721--24204758	16	2.4	16	83	16	53	84	2	13	0	0.73
24205054--24205218	81	2.0	81	94	0	285	39	16	15	27	1.90
24205655--24205716	19	3.4	18	80	10	65	80	0	19	0	0.71
24205641--24205717	32	2.4	31	81	12	84	81	0	15	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24205665--24205717	18	2.9	18	86	5	72	81	0	18	0	0.70
24206692--24207131	50	8.9	50	76	6	376	35	17	30	16	1.93
24206681--24206985	98	3.1	97	83	3	344	34	19	30	15	1.93
24206720--24207097	98	3.8	98	80	3	341	34	19	30	15	1.93
24206684--24207138	148	3.1	148	80	4	411	35	18	30	16	1.92
24206904--24207161	99	2.6	100	77	4	263	36	15	30	17	1.91
24207359--24208384	42	25.2	42	84	5	1193	29	25	16	27	1.97
24207371--24208478	81	13.7	80	82	6	1061	30	25	16	27	1.97
24208396--24208479	39	2.2	39	84	2	107	35	23	13	27	1.92
24209524--24209829	30	10.2	30	73	12	143	33	19	4	41	1.72
24209546--24209845	60	5.0	60	81	6	288	32	20	4	42	1.73
24209524--24209832	120	2.6	119	80	9	349	33	19	4	42	1.72
24213195--24213252	18	3.4	17	79	9	64	58	25	0	15	1.37
24213195--24213252	17	3.3	18	81	9	68	58	25	0	15	1.37
24213627--24213678	18	3.1	18	70	16	56	40	3	3	51	1.38
24213622--24213698	33	2.4	33	88	2	120	40	2	5	51	1.38
24218380--24218640	130	2.0	130	98	0	504	34	15	9	40	1.79
24231048--24231106	31	1.9	31	89	0	91	38	5	22	33	1.76
24242174--24242226	28	2.0	27	88	7	81	37	3	9	49	1.53
24242640--24242677	18	2.1	18	85	9	51	52	15	7	23	1.69
24247173--24247614	219	2.0	219	100	0	884	33	14	22	30	1.93
24251252--24251328	39	2.0	39	97	0	145	55	7	6	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24269816--24269870	22	2.6	21	88	2	74	38	30	14	16	1.89
24272131--24272193	32	2.0	32	90	0	99	31	11	11	46	1.75
24277281--24277440	63	2.6	63	85	4	200	43	13	10	33	1.77
24279673--24279731	26	2.3	26	93	0	100	35	13	20	30	1.91
24284404--24284517	40	2.8	40	86	0	165	35	33	19	12	1.89
24286867--24286937	23	3.1	23	85	2	90	40	22	25	11	1.87
24294660--24294837	89	2.0	89	94	0	311	23	24	12	39	1.89
24299460--24299484	10	2.5	10	100	0	50	28	20	12	40	1.87
24302702--24302735	15	2.3	15	90	5	52	32	20	0	47	1.51
24307738--24307944	9	21.9	9	64	20	59	59	2	3	34	1.27
24307744--24307792	20	2.4	21	80	16	59	59	0	0	40	0.98
24307745--24307792	21	2.4	19	77	16	53	58	0	0	41	0.98
24307739--24307906	55	3.0	55	78	15	150	59	2	2	35	1.23
24307819--24307939	18	6.4	19	70	16	74	59	3	4	32	1.35
24308098--24308149	10	5.3	10	81	4	52	30	3	1	63	1.23
24308089--24308131	19	2.3	19	84	8	52	30	0	4	65	1.13
24320278--24320331	26	2.0	26	82	7	63	48	0	0	51	1.00
24320278--24320325	18	2.5	19	90	6	71	45	0	0	54	0.99
24327190--24327223	17	1.9	18	94	5	61	35	20	0	44	1.52
24327843--24327883	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
24336090--24336167	25	3.3	24	76	11	65	37	3	1	57	1.25
24336131--24336167	11	3.3	11	85	7	56	37	2	0	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24340095--24340164	29	2.5	26	82	13	77	50	4	2	42	1.37
24340483--24340558	29	2.6	29	85	2	98	28	3	10	56	1.51
24340777--24340944	57	2.9	57	85	2	194	50	8	13	26	1.71
24340777--24340903	31	4.4	27	70	18	96	48	8	16	26	1.75
24340782--24340890	31	3.7	30	77	12	118	44	9	19	26	1.80
24340803--24340944	58	2.5	57	83	1	167	51	9	12	26	1.71
24342166--24342228	4	16.0	4	76	15	60	73	1	25	0	0.93
24342491--24342546	14	4.0	14	71	17	53	25	0	5	69	1.09
24343930--24344027	43	2.3	43	89	3	153	31	11	12	44	1.77
24349632--24349656	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24350490--24350634	30	4.9	29	82	7	148	36	22	1	39	1.63
24350494--24350634	59	2.4	60	80	2	160	37	21	1	39	1.63
24350593--24350732	29	4.9	28	78	7	120	36	27	4	31	1.76
24350610--24350724	27	4.1	26	80	13	122	35	27	4	32	1.77
24350674--24350797	28	4.3	28	77	10	97	33	25	7	33	1.83
24350674--24350778	28	3.6	28	77	11	104	31	24	8	35	1.86
24350593--24350830	58	4.1	57	75	10	146	35	25	6	33	1.81
24356289--24356357	20	3.5	18	78	11	66	79	0	13	7	0.92
24356305--24356371	29	2.3	29	82	10	75	79	0	16	4	0.90
24356336--24356371	16	2.2	16	90	9	56	77	0	13	8	0.98
24357319--24357807	50	9.9	50	76	9	328	32	17	31	18	1.94
24357319--24357807	99	5.0	98	78	8	413	32	17	31	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24357390--24357668	148	1.9	148	86	2	398	34	18	29	18	1.95
24357415--24357728	98	3.2	98	80	4	292	33	16	30	19	1.94
24358037--24358329	41	7.0	41	86	6	385	33	22	16	27	1.95
24358038--24358329	84	3.5	82	87	7	392	33	22	16	27	1.95
24358037--24358329	125	2.3	126	88	5	430	33	22	16	27	1.95
24358361--24358491	39	3.4	38	77	8	122	27	29	17	25	1.98
24358527--24359041	209	2.5	206	88	3	730	36	15	23	24	1.94
24359881--24359920	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
24362282--24362413	24	5.4	23	71	14	70	36	16	29	17	1.92
24362219--24362413	50	3.9	50	81	11	183	37	15	27	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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