genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  28  of  125  ( 14887 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8063719--8063783	7	9.7	7	76	17	59	56	1	0	41	1.08
8064266--8064305	8	4.9	8	96	3	71	50	0	0	50	1.00
8064289--8064362	30	2.6	28	78	15	80	48	0	1	50	1.09
8071629--8072052	209	2.0	207	85	6	572	25	13	16	45	1.83
8083331--8083591	130	2.0	130	93	0	450	39	17	17	25	1.91
8086184--8086250	34	2.0	34	90	0	107	17	22	19	40	1.92
8088102--8088173	16	4.5	16	78	0	81	34	6	29	29	1.83
8088102--8088173	32	2.2	32	82	4	92	34	6	29	29	1.83
8088155--8088249	44	2.1	46	84	7	124	30	5	28	35	1.79
8088337--8088447	26	4.4	26	71	8	95	52	1	1	44	1.22
8088356--8088505	58	2.6	58	82	7	171	54	1	1	43	1.17
8088330--8088466	74	1.9	74	85	8	192	53	1	1	43	1.18
8092095--8092245	82	1.8	82	79	0	176	30	27	24	17	1.97
8092236--8092281	22	2.1	22	87	0	65	45	13	21	19	1.84
8094053--8094115	31	2.0	31	90	6	101	22	46	0	31	1.52
8102809--8102850	19	2.2	19	86	0	57	50	9	2	38	1.48
8108492--8109159	335	2.0	335	100	0	1336	37	12	15	33	1.86
8109847--8110181	167	2.0	168	93	0	573	30	8	21	38	1.84
8110590--8111059	254	1.9	254	94	1	845	31	11	26	30	1.91
8117989--8118463	163	2.9	163	94	0	799	24	17	26	32	1.96
8119265--8119444	97	1.9	97	89	0	279	36	16	11	36	1.84
8119371--8119661	142	2.0	142	100	0	582	28	15	16	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8120909--8120938	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
8143449--8144164	201	3.6	201	88	1	1026	36	20	22	20	1.96
8144516--8144613	18	5.5	17	78	8	97	36	1	6	56	1.31
8144550--8144613	6	10.8	6	73	15	53	40	1	3	54	1.25
8145362--8145391	12	2.4	12	94	5	51	50	0	3	46	1.18
8145370--8145404	17	2.0	17	94	5	61	54	0	0	45	0.99
8146470--8146630	29	5.4	30	72	14	127	32	24	7	35	1.83
8146476--8146796	59	5.4	58	82	8	285	32	25	5	36	1.80
8146553--8146796	59	4.2	59	83	6	300	31	26	4	37	1.77
8146566--8146663	30	3.3	29	74	17	87	32	20	6	40	1.77
8146667--8146758	29	3.1	28	69	25	73	29	30	1	39	1.64
8148459--8148519	17	3.5	17	82	10	79	19	16	13	50	1.77
8148437--8148516	34	2.3	34	82	2	88	21	22	10	46	1.81
8148459--8148539	34	2.4	34	81	8	85	23	14	13	48	1.80
8152746--8152790	20	2.3	19	85	7	63	71	2	0	26	0.98
8157926--8158027	34	3.0	34	97	0	186	23	14	20	41	1.89
8157931--8158018	17	5.2	17	65	28	53	23	14	20	40	1.90
8158407--8158480	37	2.0	37	84	5	96	41	6	0	51	1.28
8160401--8160451	25	2.1	24	85	3	66	23	19	13	43	1.87
8164961--8165192	30	7.7	30	78	5	227	32	4	22	40	1.75
8166372--8166416	16	2.8	16	84	15	58	22	0	2	75	0.91
8175353--8175834	74	6.5	74	80	6	487	38	15	19	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8175355--8175840	147	3.3	146	81	6	554	39	14	19	26	1.90
8175358--8175841	221	2.2	220	84	4	602	39	14	19	26	1.90
8176068--8176100	15	2.1	16	88	5	50	78	0	6	15	0.93
8176220--8176552	36	9.2	36	81	6	370	37	15	21	25	1.93
8176219--8176549	109	3.1	107	84	7	366	37	15	21	25	1.93
8176220--8176549	71	4.6	72	82	4	364	37	15	21	25	1.93
8177439--8177829	126	3.0	126	82	6	453	31	21	18	28	1.97
8177570--8177829	137	1.9	137	88	1	396	31	20	18	28	1.97
8178111--8178159	19	2.5	19	87	9	64	55	2	0	42	1.11
8188491--8188634	35	4.1	35	71	13	116	33	6	31	29	1.82
8189817--8189927	51	2.2	52	85	1	143	44	5	20	29	1.74
8189916--8189945	7	4.4	7	95	4	53	73	0	13	13	1.10
8200871--8200950	31	2.5	31	79	6	88	66	21	7	5	1.36
8200928--8201006	12	7.0	12	66	13	60	69	24	3	2	1.17
8200873--8201005	55	2.4	53	80	14	137	66	22	6	4	1.32
8200930--8200999	23	3.2	20	80	12	59	70	22	4	2	1.19
8204467--8204519	22	2.5	22	81	6	65	58	7	13	20	1.59
8206028--8206067	16	2.5	16	100	0	80	35	25	27	12	1.92
8207773--8207820	17	2.8	17	84	9	62	77	12	0	10	1.00
8207773--8207820	18	2.7	18	83	3	53	77	12	0	10	1.00
8209351--8209407	17	3.3	17	82	2	69	50	8	17	22	1.73
8209840--8209894	24	2.3	24	75	6	58	3	32	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8221506--8221532	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
8224305--8224397	30	3.1	31	80	11	97	36	5	21	36	1.77
8224305--8224421	60	2.0	60	81	6	139	37	5	20	36	1.75
8226157--8226323	85	2.0	85	84	4	221	25	20	16	37	1.93
8226037--8226501	208	2.2	207	87	4	650	23	19	16	39	1.92
8226503--8226830	81	4.0	81	82	4	378	27	15	29	26	1.96
8226504--8226837	41	8.2	41	80	5	363	27	15	29	26	1.96
8227071--8227517	50	9.1	49	76	5	337	18	30	17	33	1.94
8227087--8227451	99	3.7	99	74	8	296	18	30	16	33	1.93
8227234--8227515	149	1.9	148	81	5	336	17	30	17	34	1.93
8233245--8233388	30	4.8	30	80	10	161	29	6	27	36	1.81
8233245--8233378	60	2.2	60	88	5	191	29	5	26	38	1.80
8233814--8233861	25	1.9	25	95	0	87	16	52	20	10	1.73
8235125--8235171	24	2.0	24	91	8	78	34	12	19	34	1.89
8236857--8236898	21	2.0	21	86	9	59	35	2	0	61	1.09
8239035--8239070	19	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
8240847--8240885	20	1.9	21	84	5	53	43	7	2	46	1.46
8242801--8242872	29	2.4	29	78	17	76	48	0	0	51	1.00
8246294--8246357	30	2.2	29	82	2	74	45	0	7	46	1.32
8246371--8246398	9	3.1	9	100	0	56	57	0	0	42	0.99
8249034--8249163	23	5.6	23	79	8	129	21	14	19	44	1.86
8249034--8249163	70	1.9	69	88	1	197	21	14	19	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8249034--8249142	35	3.1	35	73	10	114	22	14	18	44	1.85
8249176--8249216	19	2.2	19	86	0	55	75	9	0	14	1.04
8250408--8250446	20	2.1	17	86	13	51	69	2	5	23	1.21
8253480--8253559	23	3.5	24	78	10	78	41	17	16	25	1.89
8253480--8253559	11	7.0	11	77	9	63	41	17	16	25	1.89
8253502--8253558	12	4.9	12	80	4	64	42	19	15	22	1.89
8254835--8254909	30	2.5	30	81	10	75	37	5	21	36	1.76
8254846--8254903	30	1.9	31	85	3	82	37	5	22	34	1.76
8254925--8254988	29	2.2	29	82	0	74	26	4	28	40	1.76
8254936--8255006	29	2.4	29	83	0	88	26	5	30	36	1.80
8254945--8255016	29	2.5	29	81	4	83	30	5	25	38	1.78
8255004--8255259	29	8.8	28	75	11	221	33	4	28	33	1.78
8255012--8255262	59	4.3	59	84	3	296	32	4	29	33	1.78
8256975--8257021	17	2.8	17	83	0	58	61	4	0	34	1.15
8257195--8257245	21	2.5	20	84	12	59	27	29	11	31	1.92
8262494--8262805	36	8.5	36	76	6	250	39	12	19	28	1.88
8262494--8262751	109	2.3	109	82	3	304	39	12	18	29	1.88
8262494--8262805	74	4.3	71	77	8	288	39	12	19	28	1.88
8262799--8263215	140	3.0	139	84	2	548	32	21	20	25	1.98
8263511--8263548	17	2.2	17	86	9	51	44	5	0	50	1.24
8266903--8266960	29	2.0	29	86	3	82	63	0	3	32	1.11
8272119--8272163	21	2.2	20	84	15	56	35	4	35	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8276093--8276136	20	2.1	21	83	4	54	45	13	0	40	1.44
8280699--8280772	38	1.9	38	94	0	130	27	10	21	40	1.86
8281971--8282005	7	5.0	7	100	0	70	0	71	0	28	0.86
8282402--8282433	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
8294784--8295017	30	7.8	30	85	5	217	38	3	22	35	1.71
8294763--8295006	60	4.1	60	82	9	252	40	2	21	36	1.67
8294784--8295017	59	3.9	60	81	6	208	38	3	22	35	1.71
8296172--8296206	18	1.9	18	88	0	52	31	22	34	11	1.90
8296248--8296282	11	3.2	11	83	0	52	11	20	45	22	1.82
8297309--8297529	37	5.9	37	76	6	207	29	19	12	38	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125