genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22926908--22926950	7	6.1	7	86	0	59	20	0	37	41	1.53
22934676--22934753	25	3.2	25	83	3	97	35	26	23	14	1.93
22945893--22946048	40	3.8	41	72	11	129	37	12	26	23	1.90
22945887--22946048	85	1.9	85	83	6	215	38	11	25	24	1.89
22948213--22948275	13	4.8	13	82	3	65	36	3	22	38	1.70
22948210--22948275	26	2.5	26	90	0	96	34	4	22	37	1.75
22949022--22949420	201	2.0	200	88	2	595	27	17	13	40	1.88
22959962--22959992	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
22962432--22962633	71	2.8	71	87	3	291	25	18	24	31	1.97
22962591--22962897	114	2.7	114	87	3	438	31	13	23	31	1.92
22965409--22965467	29	2.0	30	86	3	84	50	13	5	30	1.63
22968740--22968806	28	2.4	28	80	9	82	43	0	7	49	1.31
22973692--22973734	23	1.9	22	85	4	59	51	4	13	30	1.62
22974294--22974420	28	4.6	28	80	10	129	29	14	23	32	1.94
22974314--22974420	57	1.9	56	81	9	128	30	14	23	31	1.94
22974379--22974448	28	2.5	29	86	4	90	31	17	27	24	1.97
22977425--22977463	19	2.1	19	100	0	78	33	0	15	51	1.44
22981161--22981266	28	3.8	28	72	5	90	35	16	21	26	1.94
22981131--22981266	55	2.5	54	72	4	130	33	16	22	28	1.95
22983133--22983178	21	2.1	23	88	8	69	45	0	26	28	1.54
22985819--22985883	30	2.2	30	86	2	87	38	21	15	24	1.92
22990150--22990184	16	2.3	15	90	5	52	51	2	5	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22992142--22992180	21	1.9	21	89	5	62	41	15	17	25	1.89
22992177--22992201	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
22993225--22993255	3	10.3	3	92	0	53	32	29	0	38	1.57
23000395--23000435	15	2.6	16	84	7	57	58	0	0	41	0.98
23002758--23002798	19	2.1	20	82	13	50	41	2	0	56	1.13
23012164--23012217	27	2.0	27	100	0	108	59	7	14	18	1.58
23013612--23013711	24	4.2	24	88	5	148	30	18	24	28	1.97
23019029--23019120	46	2.0	45	87	2	130	36	4	19	39	1.72
23019340--23019364	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
23019363--23019392	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
23019816--23019864	24	2.1	23	85	11	64	61	6	2	30	1.32
23022573--23022684	42	2.7	42	95	0	197	35	20	18	25	1.95
23025550--23025577	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
23026066--23026095	2	15.0	2	92	0	51	0	50	3	46	1.18
23027003--23027035	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
23027883--23027939	24	2.3	25	80	11	64	33	0	1	64	1.04
23049361--23049437	40	1.9	40	84	5	102	31	23	22	23	1.99
23049390--23049501	37	2.8	40	72	9	104	33	25	18	22	1.96
23049604--23049637	12	2.8	12	81	0	50	26	26	0	47	1.53
23062172--23062200	14	2.0	15	93	6	51	20	10	0	68	1.18
23064352--23064403	24	2.2	24	85	0	68	59	9	25	5	1.51
23075116--23075166	9	5.9	9	79	6	61	80	0	19	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23079014--23079049	17	2.1	17	89	0	54	16	11	13	58	1.63
23079632--23079680	5	9.6	5	82	12	64	81	0	18	0	0.69
23084409--23084444	14	2.6	14	90	0	54	33	19	2	44	1.65
23087535--23087583	20	2.4	20	86	10	64	18	4	34	42	1.69
23087543--23087592	19	2.5	19	83	6	64	24	6	32	38	1.79
23093899--23094818	489	1.9	489	94	1	1621	39	23	13	23	1.91
23097829--23097878	12	4.1	12	72	23	50	46	2	0	52	1.12
23101110--23101163	27	2.0	27	96	0	99	29	18	16	35	1.93
23101469--23101522	17	3.1	17	78	5	63	53	14	9	22	1.69
23101479--23101522	18	2.5	18	81	3	54	54	15	9	20	1.68
23101634--23101676	21	2.0	21	82	8	52	2	27	11	58	1.46
23103818--23103861	20	2.2	20	88	8	63	70	2	13	13	1.26
23103817--23103853	14	2.7	14	88	12	51	70	2	13	13	1.28
23120282--23120312	11	2.8	11	100	0	62	19	29	0	51	1.47
23120463--23120531	32	2.2	32	81	5	77	28	0	0	71	0.87
23120476--23120549	27	2.8	26	85	6	87	31	1	0	67	0.99
23121854--23121896	15	2.9	15	85	0	68	32	51	11	4	1.59
23122460--23122492	12	2.6	13	90	4	50	36	0	3	60	1.12
23123271--23123318	20	2.5	19	83	9	62	39	4	6	50	1.47
23124239--23124283	23	1.9	24	90	4	74	31	0	0	68	0.89
23126912--23126951	20	2.0	20	85	9	55	45	5	12	37	1.64
23127875--23127914	21	1.9	21	84	0	53	22	12	15	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23135320--23135376	30	1.9	30	85	3	80	35	1	17	45	1.59
23137910--23138055	36	4.1	36	81	5	179	30	9	24	34	1.88
23138302--23138661	120	3.0	120	84	1	470	29	23	15	30	1.96
23140447--23140479	7	4.7	7	88	11	50	54	12	0	33	1.37
23151658--23151682	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
23152920--23152963	15	2.9	15	76	10	54	40	0	0	59	0.98
23152930--23152954	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
23153694--23153742	24	2.0	24	92	0	80	34	6	4	55	1.44
23153697--23153753	24	2.3	24	84	3	69	40	5	3	50	1.42
23153886--23153935	19	2.6	19	74	17	50	54	0	2	44	1.11
23154531--23154555	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
23154889--23154934	4	11.8	4	77	13	51	76	0	23	0	0.79
23154890--23154922	13	2.5	13	90	9	50	78	0	21	0	0.75
23154889--23154928	21	2.0	20	95	5	71	77	0	22	0	0.77
23154926--23154970	7	6.3	7	82	14	56	60	0	40	0	0.97
23154926--23154970	16	2.9	16	84	12	51	60	0	40	0	0.97
23155114--23155148	18	1.9	18	88	0	52	28	0	11	60	1.32
23155109--23155182	40	1.9	36	81	10	85	36	0	8	55	1.30
23155168--23155250	23	3.4	24	74	15	73	24	0	9	66	1.21
23155320--23155362	21	2.1	21	86	4	61	27	0	11	60	1.31
23155992--23156081	29	3.1	29	73	9	92	36	5	11	46	1.63
23155985--23156081	30	3.2	30	74	10	99	38	5	10	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23157250--23157334	43	2.0	43	86	4	118	30	11	10	47	1.74
23157902--23158038	45	3.0	45	90	2	204	32	27	21	18	1.97
23158030--23158145	21	5.2	21	77	13	124	25	31	19	22	1.98
23158030--23158169	70	2.0	70	98	0	271	27	28	20	22	1.99
23159026--23159154	48	2.7	48	78	9	147	31	23	13	31	1.94
23159018--23159188	48	3.5	48	76	5	121	32	25	13	29	1.94
23162681--23163593	39	23.0	39	85	3	1040	23	17	29	29	1.97
23170346--23170401	25	2.2	25	78	6	60	73	7	7	12	1.25
23182944--23182983	7	5.7	7	100	0	80	30	0	55	15	1.41
23183375--23183418	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
23190139--23190169	11	2.8	11	100	0	62	16	0	9	74	1.07
23195270--23195324	19	2.7	19	86	13	67	16	12	9	61	1.55
23223457--23223504	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
23226498--23226544	24	2.0	24	87	8	69	27	14	8	48	1.73
23231153--23231235	33	2.5	33	90	0	139	27	21	15	34	1.94
23243250--23243298	25	2.0	25	100	0	98	38	8	28	24	1.84
23247697--23247752	3	18.7	3	79	20	55	1	32	1	64	1.14
23251705--23251757	18	2.9	18	80	0	70	18	13	28	39	1.88
23255450--23255486	17	2.1	18	90	5	58	24	5	8	62	1.44
23260975--23261009	17	2.0	18	88	5	54	45	0	5	48	1.26
23261229--23261444	25	8.6	25	77	2	173	25	18	24	31	1.97
23261227--23261416	75	2.5	75	81	3	247	25	17	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23262871--23262909	17	2.4	16	91	8	69	25	5	17	51	1.66
23265639--23265700	16	3.4	19	81	18	87	50	0	0	50	1.00
23266680--23266752	32	2.3	32	83	4	85	46	26	4	23	1.70
23268375--23268614	25	9.6	25	80	2	221	25	16	23	34	1.96
23268377--23268612	100	2.3	100	84	2	303	25	16	23	34	1.95
23285831--23285906	30	2.5	30	80	4	82	38	21	5	35	1.76
23292543--23292763	57	3.9	57	83	3	286	27	17	24	30	1.97
23292632--23292727	28	3.5	28	68	13	81	27	19	25	28	1.99
23292543--23292761	112	1.9	113	86	3	307	27	17	24	31	1.97
23292543--23292804	57	4.6	57	81	5	257	27	18	23	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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