genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21609011--21609086	27	2.8	27	90	4	118	32	18	21	27	1.96
21609141--21609198	28	2.1	28	86	0	80	37	22	17	22	1.93
21611182--21611226	15	3.1	15	83	3	56	22	8	11	57	1.60
21612765--21612809	23	2.1	20	88	12	63	20	0	11	68	1.19
21617915--21618067	69	2.2	69	89	0	234	40	26	11	21	1.87
21619004--21619127	31	4.1	33	77	14	99	66	0	5	27	1.20
21619036--21619127	28	3.2	28	87	6	139	68	1	4	26	1.15
21619002--21619127	30	4.3	30	81	6	150	65	0	5	27	1.20
21619003--21619127	58	2.1	59	86	2	171	65	0	5	28	1.20
21620812--21621139	100	3.3	99	71	13	316	25	21	18	34	1.96
21620731--21621216	194	2.5	193	89	0	738	26	22	17	33	1.96
21624060--21624182	29	4.5	28	81	11	139	66	2	6	24	1.27
21624060--21624156	29	3.3	29	92	0	149	67	3	5	24	1.26
21624124--21624175	24	2.3	23	90	6	79	67	1	7	23	1.27
21624095--21624200	51	2.0	52	85	3	142	65	2	10	21	1.37
21625633--21625742	23	4.8	23	87	0	166	45	13	6	34	1.69
21625633--21625742	46	2.4	46	92	0	184	45	13	6	34	1.69
21627156--21627197	21	1.9	22	85	9	59	35	9	19	35	1.84
21626981--21627222	129	1.8	133	81	10	302	34	10	14	40	1.79
21651769--21651832	28	2.2	28	86	2	83	29	18	15	35	1.92
21662156--21662219	12	5.4	12	70	10	51	43	20	10	25	1.84
21662150--21662219	24	3.0	23	78	4	77	42	18	10	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21662157--21662219	23	2.7	24	85	2	83	44	20	9	25	1.82
21664037--21664159	61	2.0	61	100	0	246	19	17	38	24	1.93
21668022--21668073	24	2.2	24	89	0	77	23	11	15	50	1.76
21668165--21668234	23	3.0	23	85	2	95	28	12	17	41	1.86
21669620--21669651	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
21670737--21670761	11	2.3	11	100	0	50	16	28	36	20	1.93
21675362--21675406	22	2.0	22	100	0	90	8	26	8	55	1.60
21684323--21684366	7	6.4	7	97	2	81	61	0	13	25	1.32
21685063--21685100	19	2.0	19	89	0	58	36	0	0	63	0.95
21685824--21685858	18	1.9	18	88	0	52	42	28	22	5	1.76
21685832--21685879	18	2.7	18	86	0	60	37	25	27	10	1.88
21685915--21685967	22	2.3	22	81	15	63	79	5	0	15	0.91
21686755--21686794	20	2.0	20	95	0	71	67	15	2	15	1.34
21687487--21687515	3	10.0	3	92	7	51	68	0	31	0	0.89
21687633--21687666	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
21687894--21687941	22	2.1	23	84	3	62	33	4	4	58	1.36
21693796--21693845	26	1.9	26	91	0	82	18	22	2	58	1.49
21694501--21694581	27	3.0	27	87	0	108	18	28	33	19	1.96
21697514--21697538	9	2.8	9	100	0	50	36	0	20	44	1.52
21699836--21699878	21	2.0	21	91	8	70	67	27	0	4	1.10
21713110--21713156	21	2.2	21	85	7	60	2	31	12	53	1.51
21718213--21718262	24	2.1	23	82	10	57	34	6	2	58	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21718240--21718406	58	2.9	57	83	7	203	43	1	2	52	1.24
21718568--21718598	16	1.9	16	93	0	53	25	29	6	38	1.81
21732347--21732417	24	3.0	24	83	4	90	26	29	21	22	1.99
21732432--21732582	82	1.8	82	87	2	223	33	25	19	21	1.96
21742934--21742980	24	2.0	23	87	4	67	76	0	14	8	1.01
21742940--21742979	19	2.0	21	85	9	57	77	0	15	7	0.98
21744404--21744537	30	4.5	30	77	3	119	35	16	5	41	1.73
21749762--21749815	6	8.8	6	86	13	67	79	0	20	0	0.73
21750738--21750921	49	3.8	49	82	2	217	35	16	27	20	1.94
21750735--21750921	98	1.9	98	85	2	259	35	16	27	20	1.94
21750732--21750955	98	2.3	94	80	8	241	35	16	27	20	1.94
21751199--21751393	42	4.5	43	78	8	164	30	28	14	26	1.95
21751226--21751418	46	4.3	45	83	6	207	33	23	18	24	1.97
21751446--21751609	74	2.2	75	90	1	258	39	17	21	21	1.92
21751564--21751705	48	2.9	47	85	5	167	40	14	22	22	1.91
21751758--21751849	48	1.9	48	86	4	132	42	15	20	21	1.89
21751743--21752438	123	5.5	123	78	9	716	40	17	19	21	1.91
21751612--21752239	268	2.3	267	86	3	879	41	17	19	21	1.91
21751880--21752112	48	4.8	48	68	12	145	40	17	19	22	1.91
21752148--21752239	48	1.9	48	95	0	166	42	16	20	20	1.89
21752270--21752361	48	1.9	48	86	0	130	38	14	21	26	1.91
21754071--21754134	30	2.1	30	85	5	85	29	14	7	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21754086--21754156	30	2.4	29	86	9	99	36	11	4	47	1.59
21754110--21754187	30	2.6	30	81	0	84	39	17	1	41	1.58
21756891--21756930	21	2.0	21	85	5	55	50	12	15	22	1.77
21756930--21756954	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
21757284--21757332	11	4.6	11	80	10	66	0	12	0	87	0.54
21757284--21757330	20	2.3	20	92	0	76	0	12	0	87	0.55
21758389--21758430	18	2.4	18	88	11	61	2	35	0	61	1.09
21779835--21779867	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
21781998--21782047	21	2.3	22	77	19	52	40	0	12	48	1.40
21784944--21784974	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21794303--21794574	52	5.2	52	88	0	400	34	22	15	26	1.95
21797687--21797759	21	3.5	21	79	5	85	41	31	4	23	1.73
21797745--21797803	20	3.0	20	73	14	59	40	27	6	25	1.80
21800211--21800256	24	1.9	24	82	8	58	34	0	2	63	1.07
21803042--21803083	20	2.0	20	90	4	66	64	4	0	30	1.14
21806537--21806610	38	1.9	38	100	0	148	29	21	8	40	1.82
21807473--21807557	11	7.8	10	70	17	53	42	2	0	55	1.12
21807456--21807501	21	2.1	23	84	8	60	43	0	4	52	1.21
21807481--21807621	17	7.9	17	66	16	70	40	3	2	53	1.30
21807485--21807567	28	3.0	28	96	0	148	42	3	0	54	1.18
21807500--21807559	11	5.9	11	70	18	58	40	3	0	56	1.16
21807473--21807616	6	25.3	6	68	20	87	40	3	1	54	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21807481--21807612	45	2.8	47	79	15	132	40	3	1	53	1.28
21807575--21807624	11	4.6	11	73	11	50	42	2	6	50	1.38
21808453--21808591	59	2.3	60	81	7	167	30	20	7	41	1.79
21817948--21818671	42	17.2	42	87	1	896	33	11	27	27	1.91
21821765--21821860	36	2.7	36	90	0	147	36	16	25	21	1.94
21821834--21821888	28	2.0	28	88	0	83	32	16	27	23	1.96
21826184--21826217	8	4.2	8	92	0	50	41	0	2	55	1.15
21828235--21828708	144	3.3	142	85	6	598	46	10	1	41	1.45
21829156--21829184	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
21830105--21830177	28	2.6	29	84	2	94	57	4	1	36	1.26
21834680--21834749	25	2.8	25	91	0	122	38	17	22	21	1.93
21835682--21835720	19	2.1	19	86	13	55	38	2	2	56	1.27
21839772--21839859	44	2.0	44	100	0	176	31	20	22	25	1.98
21841211--21841249	19	2.1	19	86	13	55	38	2	2	56	1.27
21843367--21843572	28	7.4	28	79	3	191	18	19	22	39	1.93
21843364--21843570	56	3.7	55	86	2	254	18	19	22	39	1.92
21843558--21843612	22	2.5	22	82	5	67	18	18	20	43	1.88
21844641--21844687	24	2.0	24	87	8	69	42	0	0	57	0.98
21844675--21844715	18	2.3	18	83	8	57	31	0	4	63	1.15
21845996--21846050	28	1.9	29	85	3	76	56	16	3	23	1.56
21845995--21846056	28	2.2	29	79	2	72	56	16	3	24	1.55
21854550--21854593	23	2.0	23	82	13	56	9	20	0	70	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21859315--21859452	57	2.4	56	83	8	154	45	2	2	49	1.29
21864795--21864865	24	2.9	24	85	6	81	36	7	2	53	1.43
21866150--21866187	15	2.6	16	84	16	55	47	0	0	52	1.00
21866117--21866181	24	2.6	24	79	11	78	47	0	1	50	1.10
21867868--21867897	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21869648--21869696	2	24.5	2	95	0	89	48	0	2	48	1.12
21872440--21872478	19	2.1	19	95	0	69	46	12	17	23	1.83
21872665--21872720	21	2.6	21	86	13	87	46	17	14	21	1.84
21872735--21872789	22	2.5	22	93	0	101	43	25	21	9	1.82
21876273--21876328	21	2.6	21	86	13	87	46	17	14	21	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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