genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28266054--28266360	117	2.6	116	78	3	332	25	18	19	37	1.94
28266067--28266360	39	7.6	39	80	5	292	23	18	20	37	1.94
28266530--28266554	12	2.1	12	100	0	50	16	32	36	16	1.90
28272811--28272871	23	2.7	22	77	5	68	45	1	0	52	1.10
28273430--28273463	17	2.0	18	88	11	54	47	0	2	50	1.16
28278302--28278350	23	2.3	21	77	16	55	44	12	22	20	1.84
28279999--28280052	23	2.2	25	83	6	67	66	7	7	18	1.40
28286241--28286278	20	1.9	20	84	10	51	63	7	13	15	1.51
28289506--28289539	17	1.9	18	88	5	52	35	20	0	44	1.52
28295143--28295578	58	7.4	59	78	4	434	34	3	29	33	1.74
28295302--28295518	29	7.5	29	66	26	104	36	2	29	31	1.72
28296339--28296373	18	1.9	18	94	0	61	25	17	17	40	1.90
28299503--28299529	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
28299494--28299538	23	2.0	21	87	8	63	33	13	15	37	1.86
28299775--28299950	58	3.0	57	89	4	246	46	19	1	32	1.57
28301508--28301543	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
28307692--28307877	90	2.1	88	83	9	234	48	8	13	29	1.72
28311121--28311198	39	2.0	39	89	0	120	28	17	8	44	1.79
28315863--28315904	19	2.2	19	95	0	75	64	4	0	30	1.14
28315914--28315961	18	2.6	18	78	21	55	62	6	6	25	1.42
28315983--28316017	18	2.0	17	88	5	52	68	5	5	20	1.31
28315984--28316042	27	2.2	27	81	6	75	71	5	3	20	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28316498--28316579	36	2.4	31	73	21	74	30	3	1	64	1.18
28316911--28316957	25	1.9	24	86	4	67	38	2	2	57	1.23
28322187--28322213	12	2.2	12	100	0	54	59	0	7	33	1.25
28324454--28324518	28	2.2	29	78	10	71	33	4	16	44	1.69
28325289--28325335	20	2.6	18	78	15	60	46	0	0	53	1.00
28326878--28326923	24	1.9	24	95	0	83	63	4	0	32	1.14
28327201--28327276	27	2.7	29	72	23	74	43	2	3	50	1.34
28327574--28327629	23	2.4	25	77	17	66	53	3	3	39	1.36
28330252--28330291	7	5.7	7	81	0	53	32	37	12	17	1.87
28331975--28332045	15	4.9	15	67	16	51	33	1	0	64	1.02
28331973--28332042	30	2.4	30	81	13	83	31	1	0	67	1.00
28343434--28343466	16	2.1	16	88	11	50	51	3	12	33	1.54
28344450--28344684	52	4.6	52	87	2	334	26	13	22	36	1.92
28349574--28349633	31	1.9	31	86	0	84	30	13	20	36	1.90
28349908--28349941	9	3.8	9	84	0	50	58	2	0	38	1.13
28349911--28349984	19	3.8	19	82	12	80	60	6	2	29	1.36
28349911--28349984	18	3.8	20	84	8	73	60	6	2	29	1.36
28349989--28350035	19	2.5	19	75	6	51	74	2	2	21	1.03
28350057--28350091	17	1.9	19	88	11	56	45	0	0	54	0.99
28360070--28360140	31	2.3	31	85	7	92	18	9	19	52	1.73
28363035--28363080	23	2.0	24	91	4	76	71	4	0	23	1.03
28363315--28363369	21	2.7	19	78	16	58	63	1	0	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28365791--28365853	28	2.3	27	83	2	72	49	11	17	22	1.78
28371855--28371929	17	4.2	17	73	20	55	61	2	1	34	1.18
28380175--28380258	40	2.0	43	90	6	138	50	1	2	46	1.22
28380572--28380610	20	2.0	20	100	0	78	74	0	5	20	1.01
28382263--28382438	63	2.8	60	80	9	183	53	1	1	42	1.20
28386355--28386501	72	2.0	72	94	0	258	49	3	6	40	1.46
28390283--28390307	6	4.2	6	100	0	50	16	16	32	36	1.90
28390871--28390909	12	3.2	12	82	7	51	28	7	15	48	1.72
28391961--28391991	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28397570--28397626	18	3.0	18	79	7	60	26	1	5	66	1.22
28406471--28406550	42	1.9	42	94	0	142	40	10	18	31	1.84
28407966--28408015	24	2.1	24	92	0	82	54	12	2	32	1.49
28408145--28408176	17	1.9	16	93	6	55	43	3	12	40	1.58
28408228--28408307	31	2.6	30	82	11	90	30	13	10	46	1.76
28408240--28408307	31	2.2	31	86	5	93	29	14	8	47	1.75
28408530--28408696	58	2.9	58	83	5	187	46	10	16	26	1.79
28410061--28410092	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
28410096--28410129	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
28413516--28413553	7	5.4	7	87	9	51	10	5	0	84	0.77
28415642--28415795	81	1.9	82	86	4	222	42	5	22	28	1.77
28415963--28416007	23	2.0	23	81	0	54	37	0	2	60	1.09
28416126--28416215	45	2.0	44	87	10	130	42	24	1	32	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28416194--28416260	16	4.2	16	80	0	80	31	25	1	41	1.64
28427131--28427173	18	2.4	18	84	0	59	30	0	4	65	1.13
28427139--28427179	18	2.2	19	86	8	57	26	2	2	68	1.15
28429306--28429343	20	1.9	20	88	0	58	50	23	13	13	1.76
28440237--28440402	90	1.9	88	85	2	233	36	5	13	44	1.67
28450830--28450884	21	2.7	20	72	8	56	67	18	7	7	1.38
28450830--28450885	22	2.7	21	75	5	60	67	17	7	7	1.37
28451492--28451562	22	3.2	23	80	6	83	69	15	7	8	1.36
28451504--28451577	22	3.3	23	74	14	73	66	18	10	4	1.38
28451801--28451836	17	2.1	17	89	0	54	36	0	0	63	0.94
28458551--28458607	29	2.0	29	82	0	69	36	1	3	57	1.26
28465352--28465395	18	2.5	18	85	10	56	40	0	2	56	1.11
28466257--28466297	20	2.0	20	90	0	64	53	4	0	41	1.22
28467909--28468089	91	2.0	91	100	0	362	31	19	11	37	1.87
28475789--28475830	18	2.4	17	84	4	57	50	2	4	42	1.36
28476212--28476274	13	4.8	13	78	2	63	41	9	1	47	1.45
28477761--28477829	32	2.2	31	87	7	95	36	7	2	53	1.44
28478051--28478090	20	2.1	19	85	4	53	55	5	0	40	1.22
28480532--28480581	23	2.2	23	82	7	57	26	20	6	48	1.72
28486782--28486868	40	2.2	40	97	0	165	32	14	27	25	1.95
28486848--28486906	28	2.0	30	78	15	70	32	13	25	28	1.94
28486982--28487106	30	4.2	30	73	10	112	35	5	22	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28487017--28487129	59	1.9	59	80	7	131	33	7	22	37	1.81
28488927--28488978	6	8.8	6	76	4	52	57	3	0	38	1.17
28488934--28489001	35	2.0	35	91	2	111	57	8	0	33	1.30
28489518--28489757	119	2.0	120	92	0	401	23	19	20	36	1.95
28501347--28501407	28	2.1	28	82	8	70	32	13	26	27	1.93
28501505--28501646	59	2.4	59	84	6	182	39	4	23	32	1.74
28501547--28501642	29	3.3	29	75	13	99	35	4	23	36	1.75
28501559--28501760	30	6.8	30	74	10	150	33	3	24	38	1.72
28501570--28501760	29	6.4	29	75	9	127	33	3	24	39	1.71
28501547--28501760	59	3.6	59	80	8	215	33	3	24	39	1.72
28503590--28503682	6	15.8	6	77	4	73	59	2	0	38	1.10
28503595--28503670	23	3.3	23	87	3	107	59	2	0	38	1.12
28503620--28503684	18	3.7	18	83	4	87	64	0	0	35	0.94
28503597--28503676	41	2.0	41	87	5	117	62	2	0	35	1.09
28503614--28503704	29	3.3	29	77	14	79	60	3	0	36	1.13
28507187--28507230	18	2.4	18	84	0	61	11	4	4	79	1.02
28507206--28507248	19	2.2	20	84	12	54	11	0	4	83	0.78
28507189--28507248	18	3.3	19	81	9	54	13	3	5	78	1.04
28507719--28507759	20	2.0	21	86	13	59	63	2	2	31	1.20
28507888--28508001	58	1.9	59	94	1	203	42	14	11	32	1.81
28517226--28517295	33	2.1	33	97	0	131	31	17	28	22	1.96
28524700--28524733	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28526920--28527007	44	2.0	44	97	0	167	29	13	26	30	1.94
28526932--28527018	44	2.0	43	86	4	113	33	12	26	27	1.93
28530083--28530229	50	2.9	50	83	3	197	23	15	26	34	1.95
28532136--28532202	31	2.2	31	100	0	134	23	14	19	41	1.89
28533940--28533971	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28549728--28549769	20	2.1	20	100	0	84	28	4	35	30	1.78
28551530--28551586	28	2.0	28	83	6	71	38	5	7	49	1.53
28555712--28555757	22	2.1	22	100	0	92	43	4	13	39	1.63
28561641--28561665	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
28562812--28562952	58	2.4	58	81	12	155	35	3	23	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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