genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27819445--27819536	41	2.3	38	78	9	103	59	2	4	33	1.29
27821416--27821484	33	2.1	33	97	0	129	8	8	27	55	1.60
27829366--27829394	12	2.5	12	94	5	51	89	0	6	3	0.57
27829364--27829406	21	2.0	21	90	0	68	83	4	9	2	0.87
27834998--27835032	18	1.9	18	94	0	61	40	17	20	22	1.92
27837765--27837809	3	15.7	3	90	9	76	68	0	0	31	0.89
27839065--27839217	30	5.2	29	77	10	150	34	3	21	39	1.72
27839513--27839571	26	2.2	28	87	6	86	40	25	1	32	1.66
27840798--27840938	40	3.5	40	79	7	169	25	15	29	29	1.96
27840765--27840938	80	2.2	79	87	1	240	26	14	27	31	1.95
27840990--27841119	50	2.6	50	80	2	154	20	23	20	36	1.95
27851981--27852021	20	2.0	20	95	0	73	48	24	9	17	1.76
27852229--27852385	30	5.3	30	85	6	178	33	4	21	40	1.74
27856559--27856619	28	2.1	28	82	8	70	40	9	11	37	1.75
27861942--27861981	3	13.3	3	100	0	80	32	35	0	32	1.58
27863803--27863847	21	2.1	21	87	0	63	57	13	4	24	1.54
27867605--27867792	57	3.3	55	85	9	243	37	3	26	32	1.72
27867605--27867792	29	6.5	30	72	17	157	37	3	26	32	1.72
27867598--27867792	59	3.4	58	87	5	279	36	4	27	31	1.76
27867605--27867820	59	3.7	56	84	10	235	37	3	25	33	1.72
27867605--27867820	29	7.5	28	71	18	144	37	3	25	33	1.72
27868595--27868625	15	2.0	16	93	6	55	35	19	25	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27868866--27868924	20	2.9	20	87	7	75	33	0	3	62	1.12
27869692--27869811	6	20.0	6	75	18	108	51	0	4	44	1.20
27869713--27869794	11	7.8	11	73	10	64	52	0	6	41	1.26
27869697--27869811	31	3.7	31	93	4	180	53	0	4	42	1.21
27872561--27872879	168	1.9	167	81	10	389	22	35	0	41	1.58
27873344--27873381	19	2.0	19	85	10	51	36	10	15	36	1.82
27875377--27875426	25	2.0	26	88	4	75	62	4	0	34	1.14
27875996--27876056	24	2.5	24	89	0	86	50	8	13	27	1.69
27880639--27880710	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
27883895--27883941	20	2.2	21	85	7	60	34	0	4	61	1.15
27886968--27887063	49	2.0	49	97	0	183	51	11	15	21	1.75
27891116--27891170	17	3.4	15	82	9	56	41	3	1	52	1.29
27891110--27891169	28	2.1	28	84	0	75	40	3	1	55	1.27
27891144--27891185	21	2.0	21	81	9	50	42	2	2	52	1.27
27893070--27893235	29	5.6	29	75	12	131	40	25	2	31	1.69
27893074--27893281	30	7.0	29	72	14	147	38	24	2	34	1.70
27893134--27893303	59	2.9	59	80	7	159	40	23	2	34	1.68
27900086--27900257	49	3.5	49	70	15	138	39	20	26	13	1.89
27900037--27900278	98	2.4	99	80	3	290	41	21	24	12	1.87
27900458--27900608	40	3.5	40	66	23	108	29	15	19	34	1.94
27900391--27901298	92	9.9	92	95	0	1609	32	15	18	33	1.92
27900391--27901434	184	5.8	184	94	1	1767	32	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27900391--27901435	276	3.8	276	93	1	1751	32	15	19	33	1.93
27900923--27901252	40	7.3	40	66	25	162	31	14	20	33	1.92
27901222--27901375	77	2.0	77	100	0	308	29	18	18	33	1.94
27901689--27901747	17	3.6	15	80	13	64	42	3	1	52	1.28
27901686--27901740	28	2.0	28	85	0	74	40	3	1	54	1.28
27901688--27901748	11	5.5	11	76	3	50	42	3	1	52	1.27
27901717--27901762	22	2.1	22	84	8	58	41	2	4	52	1.33
27903643--27903848	30	6.9	29	72	11	98	38	22	3	34	1.73
27903687--27903848	60	2.7	60	84	7	181	37	24	3	35	1.71
27903826--27903897	28	2.5	30	76	19	80	37	22	2	37	1.69
27903881--27903943	28	2.2	28	88	0	90	26	28	12	31	1.93
27907033--27907083	25	2.0	25	81	7	59	45	3	5	45	1.46
27910926--27911448	58	8.9	58	87	6	668	31	3	31	33	1.75
27910926--27911458	117	4.6	116	88	5	690	31	3	31	33	1.75
27911520--27911860	162	2.1	162	88	2	508	43	11	17	26	1.83
27913442--27913522	17	4.8	17	83	3	83	54	3	1	40	1.26
27913435--27913500	22	2.8	23	80	13	73	56	3	0	40	1.15
27913428--27913526	34	2.9	34	80	3	110	55	4	1	39	1.25
27913435--27913527	12	8.1	11	71	15	64	54	4	1	39	1.27
27913798--27914579	76	10.8	76	83	8	904	32	18	16	33	1.93
27913956--27914225	64	4.0	64	85	11	378	33	18	15	32	1.92
27913798--27914579	140	5.4	141	83	6	787	32	18	16	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27914096--27914193	32	3.1	32	61	16	76	33	19	12	34	1.89
27913798--27914579	216	3.6	216	81	10	782	32	18	16	33	1.93
27914218--27914558	38	9.4	37	64	21	114	30	19	14	35	1.92
27914367--27914565	68	2.9	68	90	2	281	29	20	14	36	1.92
27914409--27914565	31	4.6	32	71	15	102	29	19	15	35	1.92
27926686--27927219	58	9.2	58	87	5	629	32	2	29	35	1.71
27926686--27927226	117	4.7	117	88	5	657	32	2	29	35	1.71
27926704--27927229	29	18.1	29	73	18	345	32	2	29	34	1.72
27927317--27927649	162	2.1	162	86	3	456	46	9	16	27	1.78
27936560--27936610	25	2.0	25	81	7	59	45	3	5	45	1.46
27942733--27942862	30	4.4	29	82	5	154	35	6	21	36	1.79
27942733--27942885	59	2.6	58	82	4	164	34	5	21	37	1.78
27943933--27943993	3	20.0	3	81	9	61	36	0	1	62	1.05
27943932--27944006	19	4.2	19	71	23	63	33	0	2	64	1.08
27943964--27944005	18	2.3	19	87	4	59	35	0	2	61	1.09
27944704--27944743	17	2.4	17	86	0	53	55	5	2	37	1.35
27944693--27944754	23	2.7	23	85	7	72	51	3	1	43	1.27
27944717--27944767	17	2.9	17	91	2	75	52	0	1	45	1.12
27944690--27944777	6	14.5	6	77	12	74	50	2	2	45	1.27
27945200--27945864	208	3.2	208	91	0	1053	23	22	17	37	1.94
27947753--27947786	15	2.3	15	89	0	50	5	23	0	70	1.09
27953118--27953176	31	1.9	31	89	0	91	49	10	8	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27953111--27953162	16	3.3	16	74	15	54	50	11	5	32	1.62
27954480--27954553	38	2.0	37	84	7	96	39	5	25	29	1.78
27954518--27954606	28	3.1	28	69	23	76	35	4	28	31	1.77
27954518--27954816	59	5.1	59	89	2	406	34	2	29	33	1.70
27954525--27954816	117	2.5	118	86	4	403	35	2	29	32	1.71
27956671--27956711	17	2.4	17	91	4	64	53	0	2	43	1.13
27957497--27957528	15	2.1	15	94	0	55	50	0	15	34	1.45
27957498--27957535	15	2.7	14	84	8	51	44	0	15	39	1.47
27962773--27962818	19	2.6	18	83	16	60	56	10	6	26	1.58
27965332--27965522	23	8.4	23	76	12	164	42	20	23	13	1.87
27965402--27965522	48	2.6	46	89	2	188	42	22	22	13	1.88
27972780--27972818	17	2.3	17	86	0	51	41	0	0	58	0.98
27975316--27975380	34	1.9	34	93	0	112	40	4	36	18	1.71
27975315--27975373	17	3.5	17	68	25	52	38	3	38	18	1.68
27976776--27977591	405	2.0	405	95	0	1465	25	19	12	43	1.85
27979941--27980130	97	1.9	98	82	7	235	38	13	16	31	1.87
27980400--27980656	30	8.8	30	70	18	168	33	4	27	34	1.78
27980392--27980650	117	2.2	117	84	4	353	33	5	28	33	1.79
27980395--27980650	59	4.4	59	84	2	322	33	4	28	33	1.78
27980368--27980660	29	10.1	28	70	19	149	33	5	28	32	1.80
27981855--27981903	20	2.4	21	80	13	57	46	0	0	53	1.00
27982609--27982691	6	14.2	6	75	9	82	55	0	3	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27982609--27982691	17	4.4	17	75	20	76	55	0	3	40	1.17
27982609--27982691	41	2.0	41	93	4	141	55	0	3	40	1.17
27982612--27982690	29	2.7	29	76	7	72	55	0	3	40	1.18
27982623--27982679	23	2.4	24	91	2	89	54	0	3	42	1.17
27983139--27983777	49	13.0	49	70	13	393	18	25	18	37	1.93
27983141--27983785	99	6.6	99	88	1	843	18	25	18	37	1.93
27984204--27984238	18	1.9	18	88	0	52	60	11	8	20	1.57
27989118--27989159	18	2.4	18	88	11	61	52	2	0	45	1.13
27989118--27989159	6	7.2	6	81	13	52	52	2	0	45	1.13
27989468--27989518	25	2.0	25	82	14	61	45	1	5	47	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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