genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22304403--22304637	63	3.7	63	75	8	219	34	19	32	14	1.91
22304383--22304638	42	6.1	42	80	5	250	33	20	31	14	1.93
22304382--22304637	21	12.1	21	73	10	191	33	19	32	14	1.93
22306455--22306504	21	2.4	21	83	9	66	32	18	12	38	1.87
22307210--22307307	25	3.9	25	78	5	108	34	27	18	19	1.95
22307210--22307351	50	2.8	50	82	2	151	33	26	16	23	1.96
22310712--22310934	99	2.3	99	82	4	263	17	29	16	37	1.91
22310699--22310934	50	4.8	49	69	6	163	16	28	16	38	1.91
22323943--22324055	56	2.0	56	100	0	226	28	13	15	42	1.85
22349669--22350275	86	7.1	87	81	4	565	39	21	16	22	1.92
22349669--22350275	43	14.2	43	70	7	324	39	21	16	22	1.92
22351306--22351505	72	2.8	72	82	0	258	41	20	17	20	1.90
22352318--22352371	21	2.6	21	82	5	56	29	20	24	25	1.99
22353141--22353447	158	1.9	158	83	1	391	29	22	23	23	1.99
22358500--22358524	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
22368465--22368508	17	2.6	17	82	7	54	15	13	11	59	1.62
22374143--22374231	36	2.5	36	90	0	133	37	12	22	28	1.90
22374143--22374243	36	2.8	36	89	0	121	38	11	23	25	1.89
22381448--22381551	36	2.9	37	84	2	140	36	17	25	21	1.94
22395832--22395868	11	3.2	11	88	11	56	86	0	13	0	0.57
22411136--22411172	11	3.2	11	88	11	56	86	0	13	0	0.57
22421870--22421916	24	2.0	24	95	0	85	27	23	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22424240--22424335	37	2.6	36	86	4	138	29	33	16	20	1.95
22424351--22424434	38	2.2	38	85	6	118	33	26	10	29	1.90
22425580--22425619	21	1.9	21	89	0	62	20	22	25	32	1.98
22433377--22433449	25	3.0	25	89	2	103	21	21	23	32	1.98
22437114--22437236	30	4.1	29	79	2	102	42	28	9	19	1.83
22437590--22437619	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
22439152--22439185	11	2.9	12	91	8	61	0	14	0	85	0.60
22440262--22440297	12	3.2	12	85	14	51	0	38	0	61	0.96
22450378--22450431	10	5.4	10	76	8	56	79	1	16	1	0.91
22450395--22450431	11	3.5	11	92	7	67	83	0	16	0	0.64
22450381--22450431	21	2.3	23	90	6	79	80	1	15	1	0.89
22450395--22450427	7	4.7	7	85	14	50	84	0	15	0	0.61
22451957--22451986	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
22458112--22458152	6	6.8	6	94	0	55	17	21	0	60	1.35
22458112--22458152	12	3.4	12	89	0	64	17	21	0	60	1.35
22462651--22462695	22	2.0	22	83	8	56	46	8	22	22	1.79
22464217--22464275	28	2.1	28	83	3	73	52	0	27	20	1.47
22477470--22477510	20	2.0	20	100	0	82	14	14	26	43	1.84
22486456--22486548	24	3.8	24	77	8	105	36	19	27	16	1.93
22486450--22486558	51	2.1	51	91	0	173	41	17	23	17	1.90
22493008--22493117	42	2.6	42	84	2	141	22	27	11	38	1.89
22493050--22493197	42	3.5	40	78	6	116	27	27	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22496776--22496814	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
22498484--22498714	50	4.7	48	78	5	194	36	16	27	19	1.93
22498591--22498720	24	5.3	24	76	3	134	37	16	25	20	1.93
22498521--22498720	98	2.0	98	86	0	274	38	16	25	19	1.92
22498538--22498721	48	3.8	48	78	2	179	36	17	26	19	1.94
22504692--22504734	22	2.0	22	81	9	52	53	0	2	44	1.13
22505081--22505108	12	2.3	12	100	0	56	32	42	0	25	1.55
22506476--22506732	72	3.6	72	87	3	383	53	15	6	24	1.65
22507163--22507214	18	2.9	18	88	11	88	38	11	9	40	1.74
22514374--22514421	19	2.6	18	77	9	51	70	2	27	0	0.98
22514580--22514614	18	1.9	18	88	0	52	28	0	11	60	1.32
22514860--22514893	16	2.0	18	88	11	54	41	0	5	52	1.25
22515371--22515416	14	3.1	15	71	22	51	60	8	0	30	1.26
22515369--22515418	16	3.2	16	73	21	61	60	8	0	32	1.26
22515451--22515545	30	3.2	30	72	8	95	35	6	13	44	1.70
22517346--22517437	45	2.0	45	85	0	121	33	29	15	21	1.94
22517430--22517474	21	2.1	21	95	0	81	24	37	15	22	1.93
22517695--22517817	28	4.4	28	77	6	106	47	26	2	22	1.63
22517694--22517829	7	19.4	7	75	16	86	46	26	2	25	1.64
22523526--22523592	10	6.7	10	72	14	50	28	2	1	67	1.14
22523528--22523577	21	2.4	22	80	16	61	26	4	2	68	1.18
22523528--22523598	11	6.9	9	76	19	52	26	2	2	67	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22524946--22524997	26	2.1	24	82	13	61	63	0	1	34	1.06
22524953--22525040	42	2.2	40	82	12	99	61	0	1	37	1.04
22527949--22527977	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22529193--22529248	19	3.1	18	85	10	69	55	3	0	41	1.17
22529193--22529279	45	1.9	45	83	4	113	52	2	0	44	1.13
22529238--22529278	18	2.2	19	86	4	57	48	0	0	51	1.00
22529918--22529980	30	2.1	31	82	14	78	46	14	14	25	1.82
22530345--22530383	6	6.3	6	82	5	51	17	0	15	66	1.25
22532462--22532586	23	5.4	23	90	1	146	10	24	23	41	1.85
22534853--22534890	13	2.9	13	96	0	67	47	2	0	50	1.15
22539163--22539203	15	2.9	15	75	24	52	36	17	7	39	1.77
22539934--22539991	6	9.7	6	96	0	107	65	1	0	32	1.03
22543262--22543312	22	2.3	22	93	0	84	50	1	0	47	1.12
22545807--22545924	19	6.2	19	74	0	110	23	22	21	33	1.98
22545836--22545910	38	2.0	38	91	0	123	22	25	22	29	1.99
22548976--22549273	165	1.8	164	80	11	358	43	11	13	31	1.79
22551269--22551354	28	3.0	30	86	6	124	26	29	17	26	1.98
22555096--22555381	83	3.5	82	75	6	245	44	12	11	31	1.78
22556742--22557003	84	3.1	82	75	12	264	46	12	10	30	1.76
22556701--22557003	84	3.6	83	76	12	262	45	12	11	29	1.78
22558380--22558563	95	1.9	95	92	0	305	29	29	14	26	1.95
22558423--22558904	225	2.1	225	96	0	903	31	26	12	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22561868--22562176	83	3.7	84	74	9	263	45	11	11	30	1.77
22563917--22563965	16	3.1	17	77	8	50	48	2	2	46	1.25
22565217--22565260	19	2.3	19	96	0	79	25	9	22	43	1.82
22565955--22565986	9	3.4	9	95	4	55	18	0	0	81	0.70
22565955--22565986	10	3.3	10	91	8	57	18	0	0	81	0.70
22566337--22566397	7	8.3	7	76	16	52	68	0	31	0	0.89
22566348--22566413	24	2.8	24	80	17	75	63	0	36	0	0.95
22566342--22566420	31	2.7	31	84	7	85	67	0	32	0	0.91
22566351--22566413	30	2.2	29	88	8	94	63	0	36	0	0.95
22566355--22566410	7	7.9	7	81	13	53	60	0	39	0	0.97
22590286--22590316	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
22590753--22591135	146	2.6	146	83	6	488	41	3	10	44	1.55
22591097--22591143	25	2.0	24	83	8	60	51	4	8	36	1.52
22591561--22591607	25	1.9	24	83	12	60	21	6	12	59	1.55
22592767--22592816	20	2.3	22	86	10	68	26	4	12	58	1.51
22595630--22595675	20	2.3	20	84	0	56	15	28	8	47	1.74
22599487--22599557	21	3.5	21	83	16	96	81	4	12	1	0.90
22599508--22599536	15	2.0	15	93	6	51	89	0	10	0	0.48
22599490--22599566	40	2.0	38	87	5	109	79	3	14	2	0.99
22599965--22600465	42	11.9	42	85	1	592	22	19	23	34	1.96
22601253--22601764	146	3.4	147	87	4	708	41	3	10	45	1.54
22602301--22602366	27	2.3	27	80	14	71	27	6	1	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22610830--22610895	12	6.0	10	79	10	51	45	1	3	50	1.26
22610844--22610898	2	27.5	2	82	14	69	45	1	1	50	1.22
22610942--22610998	24	2.4	24	85	5	71	50	0	5	43	1.24
22611491--22611523	17	1.9	17	93	0	57	42	6	0	51	1.26
22610985--22611986	504	2.0	478	81	10	1115	38	7	7	46	1.60
22611720--22611772	16	3.5	15	78	14	54	41	3	5	49	1.44
22611857--22611907	10	5.1	10	81	13	61	47	1	1	49	1.24
22611971--22612026	30	1.9	30	92	7	98	41	0	7	51	1.29
22611965--22612032	30	2.3	31	85	12	97	41	0	5	52	1.25
22612158--22612190	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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