genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27452546--27452572	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27453878--27453911	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
27455009--27455169	85	1.9	85	85	2	225	39	14	22	24	1.91
27454926--27456503	208	7.5	208	84	5	1926	39	16	20	23	1.92
27455212--27455378	85	2.0	85	82	0	208	39	16	20	23	1.92
27455420--27455585	85	2.0	85	83	0	215	37	15	22	24	1.92
27455627--27455794	85	2.0	85	87	0	246	38	13	21	26	1.91
27455842--27455999	85	1.9	85	84	5	212	38	14	24	22	1.91
27456043--27456208	85	2.0	85	85	2	226	38	18	21	22	1.93
27456546--27456692	48	3.3	47	66	23	118	39	18	19	23	1.92
27456477--27456683	85	2.4	84	90	3	324	37	18	19	24	1.94
27456272--27456747	246	1.9	245	88	0	711	38	17	20	23	1.93
27457192--27457228	17	2.2	17	90	0	56	51	0	0	48	1.00
27458565--27458935	30	12.5	30	74	12	185	34	22	3	39	1.70
27458615--27458935	59	5.4	58	79	7	288	34	23	2	38	1.68
27458624--27458934	89	3.5	89	79	6	326	35	24	2	38	1.69
27459866--27459891	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
27461745--27461806	13	4.8	13	74	16	58	41	14	4	38	1.67
27462226--27462269	6	6.7	6	80	19	52	77	4	15	2	1.04
27464337--27464393	23	2.3	24	76	8	62	43	0	15	40	1.47
27465794--27465836	21	2.0	22	86	4	61	13	0	32	53	1.41
27472829--27472879	21	2.6	20	81	9	61	35	1	29	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27484577--27484630	24	2.4	22	77	14	56	64	0	0	35	0.94
27484791--27484829	5	7.8	5	91	0	60	23	58	15	2	1.49
27484839--27484869	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
27489365--27489389	10	2.5	10	100	0	50	0	52	0	48	1.00
27494550--27494594	20	2.3	20	88	3	65	37	4	4	53	1.41
27496375--27496446	32	2.2	32	90	0	108	44	13	6	34	1.71
27496629--27496671	20	2.0	20	86	8	59	48	2	4	44	1.36
27496771--27496843	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
27497790--27497832	22	2.1	20	87	12	61	34	2	0	62	1.08
27497913--27497937	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27502364--27502473	57	1.9	57	85	9	152	41	11	7	39	1.69
27502434--27502502	29	2.4	28	83	11	86	39	11	5	43	1.65
27502434--27502511	29	2.7	27	79	15	77	41	12	5	41	1.65
27505860--27505906	20	2.2	20	85	11	58	63	6	0	29	1.19
27508401--27508460	28	2.2	27	94	5	111	28	21	6	43	1.78
27508408--27508470	28	2.2	28	88	5	92	30	25	9	34	1.88
27509315--27509421	27	4.0	26	73	14	92	33	0	1	63	1.11
27509419--27509444	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
27509517--27509570	16	3.5	15	80	9	56	48	5	1	44	1.37
27514536--27514570	17	2.1	17	88	0	52	45	5	0	48	1.26
27515776--27515853	16	5.2	16	64	24	53	62	0	0	37	0.95
27521001--27521655	243	2.7	243	94	0	1150	25	16	12	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27525862--27525891	11	2.7	11	89	0	51	33	0	6	60	1.23
27526169--27526214	21	2.2	21	92	0	74	34	0	10	54	1.36
27526316--27526367	20	2.5	20	73	14	52	34	5	7	51	1.54
27527375--27527468	29	3.3	28	68	26	72	34	4	31	29	1.77
27527375--27527486	56	2.0	57	87	5	165	34	3	29	32	1.75
27527473--27527671	30	6.7	29	74	11	143	39	4	19	36	1.71
27527481--27527655	60	2.9	59	85	2	233	41	4	18	36	1.69
27528562--27528597	18	1.9	19	88	5	56	41	5	0	52	1.24
27529416--27529458	17	2.4	18	92	3	70	55	2	0	41	1.12
27531836--27531868	5	6.6	5	100	0	66	63	0	0	36	0.95
27531920--27532007	24	3.6	24	71	22	67	63	6	0	29	1.20
27541434--27541471	20	1.9	20	94	0	67	42	0	0	57	0.98
27541434--27541478	20	2.2	20	88	4	63	48	0	0	51	1.00
27549715--27549772	22	2.8	22	80	12	61	36	8	13	41	1.76
27549728--27549772	20	2.1	21	84	8	56	35	4	13	46	1.63
27553899--27553933	17	2.0	17	88	5	52	60	0	5	34	1.21
27558347--27558395	15	3.3	15	79	0	53	55	0	0	44	0.99
27558358--27558407	25	2.0	25	92	0	82	56	0	0	44	0.99
27558314--27558407	30	3.3	30	68	17	83	56	1	1	41	1.13
27558672--27558710	17	2.4	17	86	4	53	25	17	5	51	1.66
27558876--27558917	21	2.0	21	95	0	75	54	16	9	19	1.69
27558895--27558975	40	2.0	40	97	0	153	45	13	9	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27559092--27559126	15	2.2	16	95	5	63	71	2	0	25	1.00
27559544--27559584	15	2.7	16	85	7	50	39	0	0	60	0.96
27559544--27559584	8	5.4	8	80	8	50	39	0	0	60	0.96
27559558--27559589	15	2.1	15	100	0	64	34	0	0	65	0.93
27564831--27564857	12	2.2	12	100	0	54	11	48	0	40	1.39
27569553--27569587	14	2.5	14	85	0	52	62	0	0	37	0.95
27573549--27573592	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
27573553--27573595	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
27581122--27581158	17	2.2	17	100	0	74	13	10	35	40	1.80
27583601--27583668	28	2.4	29	82	2	84	52	0	1	45	1.09
27583601--27583676	28	2.7	27	80	13	73	51	0	1	47	1.09
27598528--27598592	16	4.1	16	71	15	62	10	12	1	75	1.12
27599881--27600013	60	2.2	60	81	1	151	46	15	16	21	1.83
27599908--27600099	31	6.4	30	72	8	142	43	13	19	23	1.87
27599901--27600013	60	1.9	60	84	0	154	45	14	17	23	1.85
27600026--27600077	27	2.0	26	92	3	86	50	7	19	23	1.73
27600718--27600777	28	2.1	28	81	6	68	11	1	16	70	1.25
27600745--27600857	21	5.3	21	76	15	81	11	5	10	72	1.26
27614336--27614380	20	2.2	20	84	7	56	35	4	11	48	1.59
27617575--27617635	29	2.1	29	84	3	79	31	8	22	37	1.84
27617622--27617812	29	6.6	28	70	18	83	36	5	26	32	1.79
27617630--27617729	29	3.4	29	77	12	98	37	7	25	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27617593--27617987	59	6.7	58	76	12	267	36	3	25	34	1.74
27617616--27617987	117	3.2	115	77	13	375	36	3	25	34	1.72
27617651--27618008	30	12.2	29	75	13	243	37	2	25	34	1.70
27619181--27619220	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
27619185--27619219	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
27619182--27619220	20	2.0	20	100	0	78	66	0	0	33	0.92
27619886--27619980	17	5.5	17	78	1	100	54	7	2	35	1.40
27620436--27620556	48	2.5	48	85	5	156	23	24	15	36	1.94
27620484--27621418	209	4.5	209	90	1	1441	22	22	18	35	1.95
27620484--27621418	413	2.3	415	90	1	1455	22	22	18	35	1.95
27628386--27628425	16	2.6	16	92	4	64	55	20	2	22	1.56
27630024--27630084	29	2.1	28	81	3	68	29	11	26	32	1.91
27630048--27630414	29	12.5	28	69	18	112	38	4	22	34	1.76
27630062--27630249	59	3.2	59	83	10	212	36	5	26	31	1.79
27630304--27630452	59	2.5	61	80	11	166	38	3	21	36	1.70
27630071--27630452	30	13.0	30	73	13	221	38	4	22	34	1.75
27631549--27631607	6	10.0	6	75	10	59	50	1	0	47	1.11
27631551--27631607	24	2.4	24	91	2	89	52	1	0	45	1.11
27631581--27631666	17	5.1	17	76	0	91	54	6	2	36	1.40
27633323--27633357	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
27634169--27634788	98	6.3	98	86	3	778	18	24	17	39	1.92
27634118--27634796	49	13.8	49	71	7	392	18	24	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27635701--27635749	17	2.8	17	87	3	62	0	16	0	83	0.64
27635706--27635749	8	5.5	8	81	7	54	0	15	0	84	0.63
27635699--27635739	6	7.0	6	83	5	57	0	19	0	80	0.71
27644064--27644121	26	2.2	26	78	12	64	53	3	1	41	1.28
27647738--27647800	24	2.6	26	78	12	71	63	0	0	36	0.95
27647749--27647776	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
27650983--27651118	68	2.0	68	100	0	272	48	11	14	25	1.78
27654016--27654061	23	2.0	23	100	0	92	4	30	21	43	1.72
27662072--27662119	21	2.4	20	82	6	62	47	2	4	45	1.33
27663318--27663414	27	3.6	27	78	1	95	39	11	22	26	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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