genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  6  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1780822--1780868	19	2.5	19	75	3	51	38	0	2	59	1.09
1793197--1793247	26	2.0	26	84	0	66	29	11	3	54	1.54
1793827--1793869	17	2.5	17	80	0	50	53	2	4	39	1.34
1794002--1794060	22	2.6	22	79	15	57	57	0	3	38	1.15
1794012--1794060	22	2.2	23	85	3	64	57	0	2	40	1.10
1794132--1794184	19	2.7	20	85	8	72	35	0	0	64	0.94
1796394--1796478	32	2.7	31	83	7	91	54	1	0	44	1.07
1797095--1797168	36	2.3	31	73	22	78	14	60	4	20	1.50
1805359--1805402	21	2.1	21	83	8	54	52	4	4	38	1.42
1818662--1818700	19	2.1	19	90	0	60	33	7	17	41	1.79
1826073--1826241	82	2.1	82	80	8	184	50	4	2	43	1.34
1828339--1828385	15	2.9	16	78	18	53	38	0	0	61	0.96
1828353--1828396	22	2.0	22	82	8	54	36	0	0	63	0.95
1828716--1828751	16	2.3	15	90	4	54	36	0	5	58	1.22
1844434--1844490	22	2.6	22	80	0	69	64	19	5	10	1.43
1855105--1855179	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
1856444--1856492	21	2.4	21	80	19	59	65	2	8	24	1.31
1856516--1856579	28	2.4	27	75	15	69	45	4	1	48	1.32
1858641--1858702	25	2.5	25	89	0	97	29	14	4	51	1.63
1860730--1860759	10	3.0	10	100	0	60	20	0	30	50	1.49
1865038--1865079	21	2.0	21	85	4	57	19	11	2	66	1.34
1869641--1869684	18	2.4	18	81	7	54	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1869837--1870153	164	1.9	164	90	1	501	30	19	17	31	1.96
1871652--1871700	20	2.6	18	81	15	62	55	2	2	40	1.23
1871652--1871702	19	2.6	20	85	11	70	54	1	1	41	1.22
1871696--1871738	10	4.3	10	85	5	52	67	2	0	30	1.03
1871695--1871737	19	2.3	19	79	0	50	65	2	0	32	1.06
1874824--1874893	30	2.3	30	95	0	122	15	5	20	58	1.57
1878038--1878076	16	2.4	17	86	4	53	17	10	17	53	1.71
1887146--1887184	20	2.0	20	89	0	60	33	25	12	28	1.93
1887364--1887398	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
1888272--1888456	60	3.0	60	84	2	235	53	14	5	25	1.64
1899132--1899214	30	2.8	30	74	5	78	33	10	15	39	1.82
1899448--1899508	26	2.4	26	86	2	79	57	0	0	42	0.98
1901665--1901709	22	2.0	22	82	0	54	20	11	15	53	1.72
1903137--1903168	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
1903787--1903990	102	2.0	102	97	0	381	40	9	21	29	1.84
1910729--1910794	30	2.2	29	81	10	71	48	3	9	39	1.50
1920316--1920355	20	2.0	21	90	5	64	70	7	10	12	1.35
1923553--1923606	21	2.5	22	82	14	69	22	22	18	37	1.95
1924359--1924403	23	2.0	21	87	8	63	35	0	2	62	1.08
1933923--1933995	36	2.0	36	97	0	137	17	23	23	35	1.95
1934596--1934637	21	2.0	21	90	0	66	35	4	23	35	1.76
1935074--1935129	27	2.1	27	93	0	94	55	5	0	39	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1935072--1935125	14	3.9	14	73	4	56	55	5	0	38	1.23
1943364--1943407	17	2.6	17	85	7	54	56	2	0	40	1.11
1944222--1944273	22	2.3	22	80	3	59	53	3	21	21	1.61
1945109--1945486	59	6.4	59	82	4	444	32	29	3	34	1.75
1945109--1945482	117	3.2	117	86	4	495	31	29	3	35	1.74
1948906--1948953	24	2.0	24	84	8	62	25	4	6	64	1.35
1951493--1951550	29	2.0	29	96	0	107	32	20	5	41	1.75
1953935--1953963	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
1958108--1958175	21	3.1	21	81	8	75	13	23	8	54	1.66
1959863--1959911	24	2.0	25	84	4	64	53	0	0	46	1.00
1959856--1959909	20	2.8	19	76	13	58	55	0	0	44	0.99
1961352--1961409	28	2.0	30	90	6	93	62	6	0	31	1.22
1966398--1966430	17	1.9	17	88	11	50	54	0	9	36	1.32
1967360--1967388	15	2.0	15	93	6	51	48	0	20	31	1.50
1970727--1970773	20	2.3	20	85	10	60	34	4	4	57	1.38
1974912--1974950	19	2.0	21	90	10	64	46	0	0	53	1.00
1975169--1975212	22	2.0	22	100	0	88	36	0	18	45	1.49
1976472--1976512	13	3.2	13	85	0	55	29	7	14	48	1.71
1976472--1976519	13	3.8	13	86	2	53	27	6	12	54	1.61
1987270--1987326	29	2.0	29	82	6	71	22	8	3	64	1.37
1998794--1998820	13	2.1	13	100	0	54	0	7	11	81	0.87
2016592--2016653	2	31.0	2	96	0	115	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2033606--2033686	21	3.6	20	76	18	63	43	20	24	11	1.85
2033605--2033707	23	4.5	23	77	14	79	41	20	27	10	1.85
2036660--2036722	16	4.0	16	69	19	51	47	3	0	49	1.17
2038605--2038650	24	1.9	24	86	0	65	63	4	2	30	1.26
2046211--2046237	12	2.2	12	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2046239--2046282	20	2.3	19	84	4	52	54	4	0	40	1.21
2046795--2046868	31	2.4	31	88	2	105	47	22	6	22	1.75
2048447--2048488	17	2.4	18	85	14	54	40	0	0	59	0.97
2049958--2050038	34	2.4	34	89	2	117	55	1	13	29	1.46
2051815--2051885	31	2.3	31	87	0	106	35	7	8	49	1.60
2057582--2057624	2	22.5	2	88	9	63	46	2	0	51	1.13
2069563--2069600	20	1.9	20	88	0	58	21	23	2	52	1.59
2069791--2069834	21	2.1	21	100	0	88	38	0	9	52	1.33
2069799--2069834	12	3.2	12	77	22	51	36	0	11	52	1.37
2069853--2069892	16	2.5	16	87	0	62	40	5	0	55	1.22
2069887--2069996	57	1.9	56	82	12	136	35	1	2	60	1.22
2069992--2070019	9	3.1	9	100	0	56	21	10	0	67	1.20
2074473--2074507	17	2.1	17	94	0	61	37	2	11	48	1.54
2085856--2085900	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
2086704--2086733	16	1.9	16	93	6	53	13	13	3	70	1.30
2086699--2086759	22	2.8	22	85	7	72	13	11	3	72	1.24
2091538--2091627	45	2.0	45	100	0	180	46	6	17	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095128--2095159	16	2.0	16	93	0	55	34	12	28	25	1.92
2107232--2107280	26	1.9	25	84	12	64	36	0	2	61	1.08
2117483--2117534	27	1.9	27	84	0	68	40	0	1	57	1.10
2126669--2126749	42	1.9	42	89	0	126	19	12	48	19	1.80
2130141--2130194	21	2.7	20	88	5	90	44	0	0	55	0.99
2138680--2138821	72	2.0	72	85	2	196	40	13	21	25	1.89
2144823--2144860	15	2.6	15	87	4	51	42	0	21	36	1.53
2144981--2145041	23	2.6	24	80	14	74	49	0	21	29	1.50
2144979--2145043	30	2.2	30	83	5	78	50	0	20	29	1.48
2148470--2148541	16	4.5	16	87	0	108	38	5	27	27	1.79
2148708--2148856	58	2.6	55	83	13	183	50	0	2	46	1.20
2156368--2156417	24	2.1	24	85	3	66	48	4	4	44	1.40
2156996--2157068	34	2.1	34	89	0	110	20	34	2	42	1.67
2161016--2179603	821	22.7	821	98	0	35547	32	15	17	33	1.92
2182021--2183370	228	6.0	228	90	3	2056	40	17	17	24	1.90
2189470--2189522	22	2.4	21	81	12	61	49	0	0	50	1.00
2192492--2192537	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
2197092--2197127	16	2.2	17	90	5	56	30	16	0	52	1.44
2198043--2198219	88	2.0	88	94	0	309	23	23	15	37	1.93
2205420--2205469	25	2.0	25	84	4	64	52	0	2	46	1.12
2216784--2216813	4	7.5	4	100	0	60	0	0	23	76	0.78
2216829--2216939	23	4.7	24	85	9	158	27	13	18	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216829--2216939	47	2.4	47	100	0	222	27	13	18	40	1.88
2216818--2216939	12	10.2	12	70	17	85	28	13	16	40	1.87
2219907--2219957	25	2.0	25	92	0	84	39	25	15	19	1.91
2224340--2224375	18	2.0	19	89	10	58	16	19	36	27	1.93
2226835--2226870	19	1.9	18	88	5	54	55	2	13	27	1.52
2227115--2227157	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
2232225--2232287	25	2.5	25	79	7	65	58	3	11	26	1.47
2234769--2234811	18	2.4	19	80	11	54	62	2	0	34	1.08
2252125--2252751	133	4.7	132	80	4	602	19	11	18	51	1.76
2252125--2252755	263	2.4	265	86	2	833	19	11	18	51	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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