genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  78  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24362617--24362648	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24368926--24369041	61	1.9	59	84	6	153	43	3	3	50	1.36
24368928--24369061	58	2.3	59	80	8	148	44	2	3	48	1.35
24371706--24371738	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
24379952--24380067	61	2.0	60	84	5	155	50	2	4	43	1.36
24382145--24382194	26	1.9	26	83	0	64	50	8	2	40	1.43
24382724--24382755	13	2.4	14	85	15	50	56	0	0	43	0.99
24382687--24382757	37	1.9	37	85	5	99	50	0	0	49	1.00
24396499--24396584	40	2.2	40	100	0	172	51	12	24	11	1.73
24400746--24400771	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
24405591--24405746	61	2.6	61	85	2	206	32	12	25	28	1.93
24405592--24405683	32	3.0	32	71	7	91	30	10	27	31	1.91
24410179--24410203	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
24411300--24411325	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
24424707--24424735	13	2.2	13	100	0	58	37	13	24	24	1.91
24428569--24428614	3	15.3	3	90	0	74	34	4	0	60	1.16
24429030--24429218	98	1.9	96	87	4	272	42	3	10	43	1.54
24429187--24429238	22	2.3	23	83	6	61	44	0	5	50	1.26
24429030--24429269	98	2.5	98	80	8	233	43	2	9	44	1.51
24429105--24429326	51	4.5	49	69	17	145	42	3	9	44	1.53
24429099--24429632	147	3.6	147	87	6	715	42	3	10	43	1.55
24430205--24430238	15	2.3	15	89	0	50	20	11	2	64	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24452319--24452359	17	2.4	17	88	8	57	39	0	4	56	1.21
24452335--24452390	17	3.3	17	79	18	71	46	1	1	50	1.22
24453130--24453243	12	9.5	12	66	16	58	56	2	3	37	1.31
24453130--24453209	16	4.9	15	73	16	70	57	2	2	37	1.26
24453130--24453212	3	26.7	3	75	7	67	57	2	2	37	1.25
24454365--24455013	59	11.0	59	87	3	889	32	30	3	33	1.73
24454365--24455013	176	3.7	177	86	3	902	32	30	3	33	1.73
24456724--24456867	72	2.0	72	98	0	279	20	21	6	50	1.71
24467184--24467970	201	4.0	201	92	3	1223	36	21	23	18	1.95
24468350--24468391	17	2.5	17	88	7	59	40	0	4	54	1.21
24469169--24469240	16	4.4	17	73	18	55	55	1	5	37	1.32
24469130--24469207	3	25.0	3	74	7	57	57	2	2	37	1.26
24470051--24470856	29	27.4	29	64	21	172	33	29	3	33	1.74
24470059--24470905	58	14.4	59	85	4	1063	33	29	3	33	1.74
24470059--24470900	118	7.2	118	86	3	1094	33	29	3	33	1.73
24484246--24484270	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24488033--24488079	24	1.9	24	86	4	67	68	2	2	27	1.13
24495943--24496022	37	2.2	37	84	4	99	27	7	20	45	1.78
24501084--24501125	17	2.3	19	88	8	61	19	4	9	66	1.38
24502065--24502102	18	2.2	18	85	4	51	50	5	7	36	1.54
24506469--24506507	17	2.3	17	86	0	51	17	10	25	46	1.80
24509193--24509259	6	11.5	6	73	17	52	1	17	2	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24509223--24509259	19	2.0	18	89	5	56	0	18	0	81	0.70
24511966--24512123	79	2.0	78	88	1	235	29	14	17	38	1.90
24512374--24512491	48	2.5	48	91	0	182	51	15	9	23	1.72
24518419--24518576	79	2.0	78	91	1	253	27	15	18	38	1.91
24518827--24518954	48	2.6	48	87	1	184	52	14	9	23	1.71
24524401--24524447	18	2.7	17	80	3	58	65	4	12	17	1.40
24524889--24524929	3	13.3	3	94	5	73	0	34	0	65	0.93
24527944--24527996	26	2.0	28	85	14	76	3	16	0	79	0.88
24529934--24530379	222	2.0	222	97	0	847	26	21	22	29	1.99
24543700--24543737	6	6.2	6	82	17	51	2	18	0	78	0.86
24543700--24543738	19	2.0	20	90	5	62	2	20	0	76	0.90
24546660--24546699	20	2.0	20	85	5	53	67	5	12	15	1.38
24556201--24556530	23	14.3	23	88	1	491	46	14	4	33	1.66
24558615--24558690	30	2.6	30	80	2	82	50	6	18	25	1.71
24559760--24559814	26	2.1	27	84	15	73	52	0	25	21	1.47
24559932--24560060	30	4.3	30	71	7	100	43	9	13	34	1.76
24566500--24566588	3	29.7	3	97	0	124	32	6	0	60	1.23
24569594--24569681	31	2.9	30	80	6	97	45	10	7	36	1.67
24571765--24571905	52	2.7	52	88	2	194	25	14	24	34	1.94
24578940--24579136	52	3.8	52	83	4	247	25	13	24	36	1.92
24585735--24585878	70	2.0	73	88	8	215	26	38	0	34	1.62
24592120--24592162	18	2.6	16	85	7	50	48	4	2	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24607532--24607562	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24610881--24610954	32	2.3	33	79	9	89	28	5	4	62	1.36
24617881--24617937	12	4.9	12	73	16	57	66	0	33	0	0.92
24617871--24617923	23	2.3	23	93	3	90	75	0	24	0	0.80
24626822--24626855	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
24629905--24629931	6	4.5	6	100	0	54	18	18	48	14	1.82
24636021--24636051	7	4.6	7	96	4	55	41	0	0	58	0.98
24636010--24636051	14	3.2	13	87	9	59	42	2	0	54	1.13
24636860--24637042	78	2.5	73	81	8	201	31	22	15	30	1.95
24636914--24637061	78	1.9	78	88	0	224	31	22	14	31	1.94
24638062--24638102	21	2.0	21	90	0	64	24	9	4	60	1.47
24638445--24639423	488	2.0	488	99	0	1931	34	19	12	33	1.89
24641070--24641128	29	2.0	29	96	0	109	35	27	8	28	1.86
24641667--24641757	20	4.4	20	77	13	96	6	7	18	67	1.38
24641769--24641875	55	1.9	55	90	5	171	7	6	19	66	1.39
24649002--24649035	17	2.0	17	94	0	59	52	5	2	38	1.41
24651624--24651666	7	6.1	7	100	0	86	27	13	30	27	1.95
24667857--24667887	3	10.3	3	92	0	53	35	0	29	35	1.58
24667897--24667928	15	2.0	17	88	11	50	50	6	9	34	1.60
24672508--24672537	16	1.9	15	93	6	51	46	0	20	33	1.51
24676369--24676403	18	1.9	18	88	11	54	37	20	11	31	1.88
24676464--24676506	22	1.9	24	86	13	65	44	4	2	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24677442--24677527	41	2.1	41	100	0	172	46	4	13	34	1.65
24684858--24684907	26	2.1	24	85	14	68	48	4	2	46	1.32
24685473--24685523	22	2.3	22	75	0	57	50	0	0	49	1.00
24686099--24686301	99	2.0	100	80	2	221	30	10	11	47	1.74
24686445--24686497	9	6.8	9	71	28	50	50	0	0	49	1.00
24686441--24686497	20	3.0	20	74	23	59	52	0	0	47	1.00
24686450--24686522	29	2.4	31	93	4	123	52	0	1	46	1.09
24686450--24686529	30	2.7	29	83	9	99	50	0	1	48	1.08
24687219--24687287	9	8.2	9	71	26	62	47	0	1	50	1.09
24687186--24687295	49	2.2	48	88	4	166	46	1	0	50	1.18
24687198--24687257	20	2.9	21	82	9	70	46	1	1	50	1.21
24687219--24687287	29	2.4	29	83	11	97	47	0	1	50	1.09
24687250--24687289	22	1.9	22	90	10	66	50	0	0	50	1.00
24687217--24687257	20	2.0	20	95	0	73	48	0	2	48	1.14
24689618--24689682	24	2.7	24	85	0	85	24	0	47	27	1.52
24689655--24689688	15	2.3	15	89	0	50	14	0	58	26	1.36
24689885--24689961	33	2.3	34	78	10	88	18	2	42	36	1.64
24692777--24692827	24	2.1	25	88	3	77	41	11	7	39	1.71
24693041--24693098	19	2.9	19	71	5	53	20	3	6	68	1.27
24693159--24693187	12	2.5	12	94	5	51	10	0	6	82	0.83
24693021--24693202	97	1.9	100	88	5	282	20	5	6	67	1.35
24693625--24693654	14	2.2	13	94	5	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24694847--24694904	4	14.5	4	100	0	116	50	24	0	25	1.50
24695482--24695510	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
24695509--24695538	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24695973--24696479	143	3.5	142	85	7	643	42	3	9	44	1.53
24696319--24696366	22	2.1	23	84	3	62	50	0	6	43	1.27
24696313--24696368	23	2.4	24	76	11	62	46	1	5	46	1.36
24696361--24696588	123	1.9	122	91	2	377	38	3	9	48	1.53
24696361--24696630	123	2.2	123	83	9	354	38	3	9	48	1.53
24697626--24698109	241	2.0	238	90	3	765	38	6	13	42	1.69
24704849--24705055	48	4.2	45	76	18	148	41	22	24	11	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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