genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  68  of  125  ( 14887 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21201734--21201785	19	2.6	20	81	6	61	28	28	11	30	1.92
21201716--21201785	21	3.4	21	76	7	72	28	25	15	30	1.96
21208864--21208920	21	2.5	22	79	17	64	35	29	10	24	1.89
21221067--21221117	11	4.5	11	80	11	50	31	1	0	66	1.03
21233325--21233427	23	4.2	23	78	15	84	30	19	16	33	1.94
21238349--21238392	22	2.2	19	88	12	61	47	0	15	36	1.46
21243373--21243418	21	2.2	20	88	7	65	39	28	17	15	1.90
21251517--21251575	7	8.7	7	87	7	86	42	0	57	0	0.98
21251615--21251699	38	2.3	37	84	10	102	45	0	1	52	1.08
21251618--21251703	20	4.4	18	69	23	59	46	0	1	52	1.08
21254446--21254470	13	1.9	13	100	0	50	56	4	24	16	1.57
21264812--21264892	40	2.0	40	81	9	94	34	17	25	22	1.95
21265965--21266026	7	9.3	6	81	11	52	1	51	0	46	1.10
21265964--21266026	14	4.7	13	81	13	74	1	52	0	46	1.10
21265972--21266026	19	2.7	20	83	11	67	0	52	0	47	1.00
21266375--21266415	21	2.0	21	85	0	55	19	12	4	63	1.46
21273297--21273617	170	1.9	172	92	1	538	33	20	13	33	1.91
21274502--21274562	23	2.7	23	84	0	77	31	22	16	29	1.96
21282838--21282908	15	5.1	14	75	23	69	76	0	23	0	0.79
21282861--21282906	20	2.3	20	92	7	76	80	0	19	0	0.71
21282831--21282906	29	2.7	30	86	11	99	77	0	21	1	0.84
21282802--21282906	7	14.9	7	74	19	69	79	1	16	2	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21283826--21284009	49	3.8	49	72	2	127	32	15	30	21	1.94
21284299--21284375	40	1.9	40	86	0	109	33	20	16	28	1.95
21284339--21284508	79	2.2	79	81	11	197	32	24	14	28	1.94
21284339--21284508	40	4.3	40	76	10	172	32	24	14	28	1.94
21284638--21284929	40	7.4	40	77	11	235	33	25	15	25	1.95
21284745--21284929	78	2.3	79	84	7	234	35	24	14	25	1.94
21284930--21285284	154	2.3	154	89	2	547	38	18	20	22	1.93
21298091--21298364	30	9.1	29	79	7	246	35	22	4	37	1.75
21298098--21298364	90	3.0	89	83	6	288	34	22	4	37	1.76
21302829--21302995	81	2.1	81	93	0	280	38	17	16	26	1.91
21304291--21305175	99	8.9	99	81	2	868	34	15	31	19	1.93
21304344--21305168	149	5.6	149	78	5	758	34	15	31	19	1.92
21304387--21305176	50	16.0	49	76	6	212	34	15	31	19	1.93
21305405--21305786	39	9.5	40	85	7	504	28	28	17	25	1.97
21305398--21305786	81	4.8	81	88	1	575	29	28	17	25	1.97
21306895--21306919	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
21307552--21307801	30	8.4	29	81	9	188	33	20	4	42	1.71
21307552--21307812	60	4.4	59	80	4	238	33	20	3	42	1.70
21307574--21307809	90	2.6	90	80	6	253	33	21	3	41	1.71
21307556--21307832	90	3.1	89	79	5	236	34	20	3	41	1.70
21312473--21312532	21	2.9	21	84	0	75	36	13	15	35	1.86
21317806--21318241	194	2.2	195	81	6	474	28	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21337705--21337758	12	4.1	13	76	11	56	77	0	18	3	0.91
21337705--21337758	25	2.0	28	86	10	78	77	0	18	3	0.91
21346936--21347225	52	5.6	52	84	1	377	35	23	12	27	1.91
21346936--21347225	103	2.8	104	86	1	413	35	23	12	27	1.91
21346934--21347225	155	1.9	155	84	1	397	36	23	12	27	1.91
21355836--21356279	228	1.9	228	92	2	741	31	22	18	26	1.97
21358323--21358393	20	3.5	20	71	9	54	70	14	2	12	1.28
21358336--21358408	22	3.3	22	73	5	67	69	15	4	10	1.31
21362990--21363017	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21365814--21365854	20	2.1	20	90	4	66	56	2	0	41	1.13
21376668--21376734	7	9.7	7	83	3	73	35	17	22	23	1.95
21376668--21376735	21	3.3	21	82	12	86	35	19	22	23	1.96
21376682--21376734	27	2.0	27	92	0	88	37	16	20	24	1.93
21383484--21383525	20	2.1	20	86	0	57	38	21	23	16	1.93
21391373--21391598	37	6.5	37	67	20	137	29	15	25	30	1.96
21391373--21391517	69	2.1	70	92	1	238	29	16	25	28	1.97
21391404--21391700	33	8.8	32	71	10	164	30	16	23	29	1.96
21391407--21391655	102	2.4	102	87	3	367	30	15	23	30	1.95
21394663--21394692	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
21396835--21396878	19	2.2	20	80	4	54	59	9	13	18	1.60
21404477--21404535	27	2.1	28	84	9	77	23	10	30	35	1.88
21410572--21410706	40	3.4	38	73	12	96	30	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21410604--21410707	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
21415317--21415451	40	3.4	38	73	12	96	30	28	20	21	1.98
21415349--21415452	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
21423644--21423713	29	2.4	30	78	7	81	55	2	8	32	1.45
21425466--21425502	17	2.2	17	90	0	56	48	5	2	43	1.40
21428315--21428367	27	2.0	27	100	0	106	28	0	11	60	1.31
21428323--21428385	27	2.3	27	86	0	81	22	0	20	57	1.41
21439560--21439659	46	2.2	46	90	1	157	51	11	21	17	1.75
21441849--21441893	12	3.7	12	80	14	56	2	20	0	77	0.87
21441849--21441892	18	2.4	18	85	11	54	2	20	0	77	0.88
21441835--21441894	24	2.5	24	80	20	72	3	20	1	75	1.04
21443558--21443841	145	2.0	145	92	0	469	19	17	19	43	1.88
21447192--21447319	39	3.2	39	78	11	143	32	28	14	24	1.95
21449106--21449286	52	3.5	52	86	0	245	26	12	23	37	1.91
21456342--21456520	52	3.4	52	86	3	252	26	13	24	36	1.92
21463309--21463541	52	4.5	52	88	0	340	24	13	24	37	1.91
21470306--21470440	52	2.6	52	86	0	198	25	11	23	39	1.89
21492167--21492218	17	2.9	18	81	13	72	28	9	1	59	1.40
21505010--21505125	56	2.1	56	98	1	225	43	12	12	31	1.79
21508627--21508670	19	2.2	20	88	4	63	34	29	6	29	1.83
21515346--21515397	21	2.5	21	81	6	61	32	28	11	26	1.91
21522489--21522553	29	2.2	29	81	5	69	13	15	20	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21528351--21528389	4	9.8	4	94	0	69	48	23	0	28	1.51
21530753--21530798	24	1.9	24	95	0	83	34	8	6	50	1.59
21532054--21532114	22	2.8	21	73	9	59	49	4	0	45	1.23
21533414--21533543	24	5.4	24	88	0	188	19	26	16	36	1.93
21539425--21539559	71	1.9	72	81	4	166	25	24	14	34	1.94
21541097--21541201	21	5.0	21	77	0	102	35	9	23	31	1.87
21541097--21541212	42	2.7	42	83	1	142	32	11	25	31	1.91
21549014--21549112	37	2.7	38	78	7	96	29	32	17	21	1.96
21549090--21549187	38	2.6	38	79	7	128	29	25	15	29	1.96
21549173--21549231	26	2.3	26	88	2	84	28	16	25	28	1.97
21552202--21552525	175	1.9	174	88	3	490	27	22	7	42	1.80
21552791--21552890	30	3.4	30	76	9	107	55	9	9	27	1.61
21552781--21552885	29	3.6	28	76	10	95	54	8	11	25	1.64
21553352--21553376	7	3.6	7	100	0	50	0	16	0	84	0.63
21553576--21553620	17	2.6	17	92	3	72	64	8	17	8	1.47
21555528--21555572	22	2.0	22	86	4	63	24	17	2	55	1.53
21557256--21557348	44	2.1	44	84	8	116	53	6	5	34	1.49
21559111--21559173	30	2.1	30	85	5	83	30	19	17	33	1.95
21562964--21562993	13	2.2	14	94	5	53	20	10	6	63	1.47
21567861--21567896	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
21569468--21569795	158	2.1	158	88	0	476	24	23	22	29	1.99
21576571--21576830	131	2.0	131	90	0	412	23	22	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21578202--21578280	36	2.2	36	97	0	149	43	15	7	34	1.75
21580264--21580307	18	2.4	18	80	3	52	50	11	13	25	1.75
21584861--21584895	15	2.2	17	90	10	56	11	20	0	68	1.20
21587699--21587748	26	1.9	26	91	0	82	38	22	8	32	1.83
21594895--21594939	3	15.0	3	84	9	56	35	2	0	62	1.08
21595196--21595220	7	3.6	7	100	0	50	40	0	12	48	1.40
21595895--21595953	28	2.1	28	83	0	73	27	50	3	18	1.62
21605537--21605670	41	3.3	41	84	0	178	39	18	8	32	1.82
21605537--21605729	82	2.4	82	78	8	195	40	17	7	33	1.78
21605723--21605775	23	2.3	23	90	0	79	41	11	11	35	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125