genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27665714--27665744	14	2.1	15	94	5	55	48	0	0	51	1.00
27674213--27674269	27	2.1	27	86	0	78	33	24	31	10	1.89
27674438--27674475	4	9.2	4	88	5	58	68	0	31	0	0.90
27677659--27677698	21	2.0	20	90	5	62	32	15	32	20	1.93
27679551--27679652	30	3.4	30	64	9	73	45	11	4	38	1.62
27680062--27680104	21	2.1	21	86	4	61	58	13	2	25	1.48
27679923--27680101	95	1.9	95	90	1	279	48	12	1	37	1.52
27680461--27680529	4	18.2	4	78	16	67	0	30	0	69	0.89
27680493--27680540	22	2.2	22	85	7	62	4	27	0	68	1.07
27680706--27680765	27	2.2	27	85	5	77	18	26	18	36	1.94
27680867--27680892	10	2.6	10	100	0	52	88	0	0	11	0.52
27682992--27683047	26	2.2	26	81	12	62	73	3	3	19	1.13
27683026--27683055	7	4.3	7	95	0	51	83	0	0	16	0.65
27688003--27688049	25	1.9	25	91	4	78	40	19	4	36	1.71
27688135--27688239	51	2.1	50	85	5	140	23	5	7	62	1.43
27688397--27688447	24	2.1	25	85	3	68	45	0	1	52	1.12
27693555--27693673	62	2.0	59	86	5	166	52	3	1	42	1.28
27693614--27693690	17	4.3	18	69	22	56	54	3	0	41	1.19
27693614--27693711	48	2.0	51	86	8	139	53	3	1	42	1.23
27695706--27695740	12	2.9	12	82	0	52	37	0	0	62	0.95
27695706--27695757	24	2.2	24	82	0	59	44	1	0	53	1.11
27697670--27697715	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27702876--27702927	23	2.3	23	86	3	70	50	1	5	42	1.37
27705085--27705144	28	2.1	29	87	9	88	30	11	26	31	1.92
27705163--27705378	29	7.5	27	68	18	105	34	4	29	32	1.77
27705102--27705407	58	5.2	59	84	5	372	35	4	27	32	1.78
27705162--27705398	59	4.1	59	88	2	228	35	4	28	31	1.77
27706483--27706533	21	2.5	20	80	3	66	43	7	1	47	1.43
27707256--27707330	31	2.5	30	87	8	109	50	0	4	45	1.20
27707256--27707330	6	12.5	6	77	16	75	50	0	4	45	1.20
27707254--27707328	17	4.6	17	81	9	93	49	0	4	46	1.20
27707299--27707346	16	2.9	16	87	3	51	50	6	2	41	1.39
27707617--27708503	38	23.5	37	65	20	308	31	19	14	34	1.92
27707613--27708526	76	12.1	76	85	7	1159	31	19	15	34	1.92
27707615--27708520	145	6.0	147	82	9	1023	31	18	15	34	1.92
27707856--27708510	221	3.0	221	92	2	1023	31	19	15	33	1.92
27720792--27720895	29	3.6	28	71	18	79	34	4	28	31	1.78
27720760--27720912	57	2.7	58	86	7	197	33	3	30	32	1.76
27720821--27720921	28	3.5	29	75	20	113	35	3	25	34	1.75
27720817--27720951	58	2.3	57	85	7	166	34	4	25	34	1.76
27722018--27722064	21	2.2	21	84	0	58	44	6	2	46	1.40
27722790--27722864	6	12.5	6	77	16	66	49	0	4	46	1.20
27722788--27722864	11	7.0	11	75	8	59	48	0	3	48	1.20
27722788--27722862	17	4.6	17	80	9	84	48	0	4	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27722833--27722880	16	2.9	16	87	3	51	50	6	2	41	1.39
27727676--27727720	17	2.6	17	100	0	90	11	0	28	60	1.31
27730904--27730988	42	2.0	42	84	8	111	29	5	1	63	1.25
27730915--27731001	42	2.1	41	80	8	95	31	5	1	62	1.26
27732089--27732128	21	1.9	21	84	0	53	55	2	0	42	1.13
27736991--27737041	25	2.0	25	100	0	102	64	0	3	31	1.11
27736991--27737036	12	3.8	12	80	5	56	65	0	4	30	1.12
27737570--27737700	29	4.5	29	85	1	156	39	16	19	24	1.91
27737568--27737707	58	2.4	58	83	7	185	40	16	19	24	1.91
27737568--27737716	29	5.1	29	81	6	126	39	16	19	24	1.92
27738404--27738511	57	1.9	57	82	3	137	31	37	12	17	1.88
27744268--27744298	13	2.5	13	94	5	55	74	0	0	25	0.82
27744436--27744469	17	2.0	17	88	0	50	35	0	2	61	1.11
27745235--27745542	154	2.0	154	100	0	616	35	12	23	28	1.91
27747206--27747238	15	2.1	16	88	5	50	48	9	3	39	1.50
27751648--27751687	18	2.3	17	86	4	53	67	5	0	27	1.11
27751638--27751741	42	2.4	44	75	15	110	61	7	0	30	1.24
27752031--27752059	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27752031--27752062	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
27752120--27752144	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27755690--27755721	14	2.3	14	94	0	55	40	0	12	46	1.42
27756101--27756130	15	2.1	15	93	6	53	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27756160--27756211	22	2.5	20	76	14	52	51	1	0	46	1.12
27756593--27756664	32	2.2	33	83	11	87	51	15	4	29	1.62
27761180--27761311	58	2.2	59	91	2	212	34	1	31	32	1.67
27761180--27761275	30	3.2	30	68	12	81	36	2	30	31	1.69
27761211--27761300	28	3.1	28	68	12	83	35	1	33	30	1.65
27761285--27761611	30	10.9	29	81	7	314	34	3	22	38	1.73
27761180--27761330	58	2.6	55	81	15	169	35	1	31	31	1.69
27761305--27761612	90	3.4	89	88	4	415	34	4	21	39	1.73
27761967--27762008	6	6.5	6	84	15	57	28	0	4	66	1.12
27761952--27762004	28	2.0	26	81	7	61	28	1	7	62	1.33
27762004--27762063	11	5.8	10	78	20	61	56	1	1	40	1.19
27761981--27762052	6	12.2	6	81	14	60	48	0	1	50	1.09
27762329--27763464	68	16.7	68	92	2	1827	29	20	15	33	1.94
27762356--27763464	203	5.4	204	92	2	1834	29	20	15	33	1.94
27764315--27764346	8	3.9	8	92	8	55	9	0	0	90	0.45
27764314--27764349	9	4.1	9	92	7	65	11	0	0	88	0.50
27764314--27764346	17	1.9	17	100	0	66	9	0	0	90	0.44
27775155--27775281	58	2.2	60	84	7	170	35	3	30	30	1.73
27775246--27775304	29	2.0	29	83	6	75	32	5	32	30	1.79
27775313--27775586	30	9.1	30	82	5	286	35	2	21	39	1.67
27775323--27775563	93	2.6	93	86	2	346	36	2	21	38	1.69
27777312--27777353	6	6.5	6	84	15	57	28	0	4	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27777297--27777349	28	2.0	26	81	7	61	28	1	7	62	1.33
27777326--27777414	6	15.2	6	79	17	71	49	0	2	48	1.13
27777335--27777407	36	2.0	37	83	2	94	50	0	2	46	1.15
27777349--27777426	11	6.8	11	72	13	50	56	1	2	39	1.21
27777343--27777414	17	4.5	16	83	11	94	54	0	2	43	1.15
27778399--27778460	29	2.1	31	90	6	101	35	12	19	32	1.90
27780076--27780308	113	2.1	114	90	2	371	35	7	21	35	1.82
27786856--27786910	10	5.2	10	81	12	65	30	18	29	21	1.97
27787398--27787470	27	2.7	27	78	4	85	41	0	0	58	0.98
27787408--27787531	19	6.2	19	71	16	65	41	1	0	56	1.14
27787487--27787543	19	3.0	18	84	7	62	40	1	1	56	1.20
27788003--27788059	19	3.0	19	89	0	78	33	14	10	42	1.79
27788786--27788832	22	2.1	23	88	4	69	48	0	25	25	1.51
27794664--27794697	13	2.6	13	85	0	50	0	20	0	79	0.73
27795206--27795235	15	2.0	15	93	0	51	43	33	3	20	1.68
27795272--27795339	10	6.7	10	74	1	64	16	23	32	27	1.96
27795272--27795380	20	5.3	21	85	7	102	15	22	31	30	1.95
27795347--27795392	7	6.7	7	90	5	76	15	26	26	32	1.95
27795347--27795385	20	2.0	20	100	0	78	15	25	25	33	1.95
27796439--27796467	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
27809111--27809382	133	2.0	134	89	0	411	33	14	11	40	1.82
27809498--27809525	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27809630--27809673	17	2.6	17	79	13	54	50	4	0	45	1.22
27809806--27809851	17	2.7	17	86	6	58	21	4	2	71	1.14
27809885--27809915	16	1.9	16	93	0	53	12	6	3	77	1.08
27809965--27810007	22	2.0	22	90	0	68	30	27	13	27	1.95
27810685--27810730	22	2.1	22	88	8	67	26	2	10	60	1.41
27810841--27810888	19	2.5	20	79	6	62	64	2	4	29	1.23
27814292--27814362	35	2.0	35	100	0	142	33	14	2	49	1.58
27815316--27815350	17	2.0	18	88	5	54	28	0	5	65	1.15
27816981--27817014	12	2.7	13	86	4	52	0	26	0	73	0.83
27819445--27819536	9	9.3	9	68	21	51	59	2	4	33	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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