genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21882179--21882217	17	2.3	17	86	0	51	15	10	25	48	1.76
21888962--21889199	50	4.7	50	78	4	212	34	18	23	23	1.96
21889654--21889687	15	2.3	15	100	0	68	50	23	26	0	1.50
21890354--21890406	23	2.1	23	83	13	61	30	7	0	62	1.23
21892305--21892335	8	3.8	8	95	4	53	29	22	0	48	1.51
21895808--21896065	129	2.0	129	97	0	489	31	13	22	32	1.93
21896669--21896735	23	2.9	23	62	16	57	28	10	2	58	1.46
21897095--21897133	6	6.5	6	96	0	51	41	0	41	17	1.50
21897095--21897133	12	3.2	12	92	0	60	41	0	41	17	1.50
21897099--21897134	6	6.0	6	96	0	54	38	0	44	16	1.48
21898964--21899002	21	1.9	21	89	5	62	46	15	23	15	1.83
21910492--21910538	12	3.8	12	81	13	60	61	0	38	0	0.96
21930944--21930991	18	2.7	18	86	0	69	29	29	18	22	1.98
21936995--21937053	17	3.4	17	78	4	55	20	18	13	47	1.82
21937056--21937086	16	1.9	16	100	0	62	32	16	19	32	1.94
21937716--21937774	17	3.4	17	78	4	55	20	18	13	47	1.82
21947867--21947908	21	2.0	22	90	4	68	28	19	26	26	1.98
21948663--21948700	20	1.9	20	84	10	51	34	2	2	60	1.24
21955870--21956011	28	5.1	28	72	13	103	24	16	23	35	1.94
21955873--21956011	56	2.5	56	87	0	197	24	16	23	35	1.95
21958041--21958112	21	3.4	21	82	0	72	29	9	26	34	1.88
21966942--21966979	20	2.0	20	89	5	60	50	18	10	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21969393--21969691	62	4.8	62	91	0	447	34	21	11	32	1.89
21972330--21972358	12	2.4	12	100	0	58	6	0	24	68	1.13
21986673--21986719	24	2.0	24	83	8	60	51	8	12	27	1.69
21988769--21988875	20	5.2	20	75	5	90	49	11	6	32	1.64
21989071--21989109	19	2.0	21	90	10	64	58	0	5	35	1.20
21989245--21989294	26	1.9	26	84	15	68	66	0	22	12	1.24
21989248--21989294	23	2.0	23	84	8	60	65	0	23	10	1.23
21989953--21990009	23	2.5	23	82	0	69	33	17	24	24	1.96
21997181--21997503	41	7.9	41	81	6	257	19	25	20	34	1.96
21999609--21999665	23	2.5	23	94	0	96	31	15	24	28	1.96
22000305--22000345	22	1.9	21	85	5	55	21	4	19	53	1.63
22005116--22005174	31	1.9	31	86	6	84	57	6	8	27	1.53
22014241--22014288	24	2.0	25	87	4	71	64	6	12	16	1.46
22014294--22014332	20	2.0	20	85	10	53	64	10	0	25	1.25
22015067--22015099	14	2.4	14	85	5	50	51	0	12	36	1.39
22015039--22015101	26	2.4	25	74	7	63	41	1	19	38	1.61
22017119--22017301	72	2.6	72	94	0	314	54	16	5	24	1.63
22018738--22018769	16	2.0	16	93	0	55	21	18	21	37	1.94
22022261--22022416	77	2.0	77	98	0	303	33	21	19	26	1.97
22026852--22026880	11	2.6	11	100	0	58	27	0	37	34	1.57
22032448--22032491	16	2.8	16	82	6	54	50	0	0	50	1.00
22039623--22039674	17	3.0	16	77	22	52	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22043814--22043856	23	2.0	23	86	9	63	25	0	2	72	0.97
22043814--22043863	26	2.0	23	81	11	55	26	2	2	70	1.09
22046074--22046103	14	2.1	14	93	0	51	10	6	0	83	0.81
22054441--22054513	29	2.4	31	90	4	114	53	0	1	45	1.09
22054441--22054520	30	2.7	29	84	9	108	51	0	1	47	1.08
22059623--22059708	28	3.2	28	66	12	81	38	19	22	19	1.94
22059600--22059733	52	2.6	52	86	0	205	34	17	26	21	1.95
22066703--22066792	45	2.0	45	97	0	171	16	13	4	65	1.42
22092201--22092241	21	2.0	21	95	4	75	29	24	4	41	1.75
22092898--22092949	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
22095222--22095654	195	2.2	195	83	2	539	26	24	19	29	1.98
22096152--22096183	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
22100380--22100827	195	2.3	196	87	3	620	26	27	19	27	1.99
22101230--22101261	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
22103794--22103822	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
22105140--22105201	25	2.4	25	94	2	106	9	4	43	41	1.59
22105679--22105845	50	3.3	50	76	11	169	26	20	18	34	1.96
22105869--22106161	50	5.8	50	81	1	307	22	26	18	33	1.96
22105870--22106162	101	2.9	101	82	2	340	22	26	17	33	1.96
22105882--22106161	151	1.9	151	84	0	380	22	26	18	32	1.97
22106334--22106436	50	2.1	50	92	0	170	20	22	17	39	1.92
22114200--22114534	51	6.6	51	90	0	517	32	14	22	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22121533--22121916	51	7.5	51	89	1	590	32	16	22	28	1.96
22125439--22125512	21	3.5	21	92	7	116	27	13	33	25	1.93
22125456--22125525	21	3.3	21	84	7	72	25	15	28	30	1.96
22127744--22127769	12	2.2	12	100	0	52	42	7	23	26	1.81
22137099--22137173	24	3.1	24	88	0	96	28	22	21	28	1.99
22151184--22151220	16	2.2	17	86	13	51	67	2	5	24	1.25
22152449--22152510	25	2.4	25	89	7	90	11	4	37	46	1.61
22156062--22156092	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
22156345--22156394	18	2.8	17	76	8	55	50	4	0	46	1.20
22157519--22157546	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
22158768--22158798	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
22159673--22159735	24	2.6	24	79	0	72	30	11	6	52	1.61
22160028--22160052	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
22161665--22161732	24	2.9	23	80	2	73	30	10	5	52	1.59
22162643--22162692	24	2.1	24	88	0	73	52	2	6	40	1.38
22162869--22162922	26	2.0	26	82	10	65	24	7	5	62	1.42
22168353--22168402	20	2.4	22	90	6	77	50	0	2	48	1.12
22168353--22168402	11	4.7	11	82	9	68	50	0	2	48	1.12
22169852--22170137	24	12.2	24	85	4	341	30	17	23	29	1.97
22175038--22175102	30	2.2	28	79	12	69	24	1	4	69	1.16
22180781--22180820	20	2.0	20	100	0	80	25	20	20	35	1.96
22189975--22190014	18	2.3	18	91	4	64	22	17	7	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22194717--22194742	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
22200274--22200307	14	2.4	14	100	0	68	47	5	5	41	1.52
22201650--22201695	16	2.8	17	72	24	53	50	2	4	43	1.34
22210302--22210645	52	6.6	52	88	3	480	25	16	23	34	1.95
22211342--22211412	24	3.1	24	72	23	64	28	12	23	35	1.92
22215276--22215618	52	6.6	52	83	3	397	25	15	23	36	1.94
22215275--22215618	155	2.2	156	82	4	417	25	15	22	36	1.94
22216315--22216385	24	3.1	24	72	23	64	28	12	23	35	1.92
22217144--22217209	30	2.2	30	100	0	132	21	21	22	34	1.96
22220986--22221203	24	9.1	24	88	4	314	27	25	17	29	1.97
22222479--22222524	17	2.9	16	75	12	51	15	10	0	73	1.08
22232434--22232566	70	1.9	67	84	4	176	33	12	12	42	1.79
22235472--22235519	2	24.0	2	82	0	60	41	0	58	0	0.98
22235472--22235519	10	4.6	10	87	10	69	41	0	58	0	0.98
22239177--22239217	21	1.9	22	85	5	57	36	2	0	60	1.10
22241585--22241621	18	2.0	19	85	15	51	51	0	5	43	1.24
22241579--22241632	11	5.6	10	76	22	53	57	0	3	38	1.17
22253631--22253685	26	2.1	26	100	0	110	25	14	10	49	1.76
22254880--22255027	75	2.0	75	98	0	287	39	14	23	22	1.91
22263640--22263981	52	6.6	52	87	1	436	26	13	22	36	1.92
22264670--22264720	21	2.4	21	90	6	77	23	15	27	33	1.95
22270488--22270673	52	3.6	52	81	3	232	27	12	23	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22271364--22271420	21	2.8	20	81	7	78	22	14	33	29	1.93
22278820--22278854	17	2.1	18	89	10	56	40	11	0	48	1.39
22283882--22283941	10	6.2	9	73	19	50	38	1	0	60	1.07
22283878--22283944	20	3.3	21	74	17	70	38	1	0	59	1.06
22289992--22290022	11	2.7	11	95	5	53	61	0	0	38	0.96
22291000--22291033	15	2.1	17	89	10	54	67	2	0	29	1.05
22298168--22298278	50	2.2	50	85	0	141	34	24	14	27	1.94
22298137--22298280	25	5.8	25	72	7	96	34	23	15	26	1.95
22299087--22299115	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22304375--22304419	22	2.1	22	83	4	56	28	24	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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