genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  93  of  125  ( 14887 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27991076--27991108	12	2.8	12	90	0	57	30	33	27	9	1.88
27992639--27992730	45	2.0	45	97	0	175	32	3	32	31	1.74
27997905--27997952	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
28002598--28002656	31	1.9	31	89	0	91	49	10	8	32	1.67
28002591--28002642	16	3.3	16	74	15	54	50	11	5	32	1.62
28004453--28004484	15	2.1	15	94	0	55	50	0	15	34	1.45
28004454--28004491	15	2.7	14	84	8	51	44	0	15	39	1.47
28008204--28008287	31	2.7	31	98	0	159	38	8	9	44	1.67
28009752--28009796	19	2.5	18	83	16	58	55	11	6	26	1.59
28010050--28010088	20	2.0	20	100	0	78	20	20	0	58	1.39
28010687--28010736	25	2.0	25	88	0	73	54	4	14	28	1.58
28011445--28011772	165	2.0	167	86	1	462	33	21	20	24	1.97
28016371--28016495	64	2.0	64	85	0	169	31	25	16	26	1.97
28018081--28018126	23	1.9	25	86	8	69	21	0	4	73	1.00
28018085--28018126	20	2.1	20	82	8	50	21	0	4	73	1.01
28018083--28018132	23	2.2	23	82	7	57	22	2	4	72	1.12
28020689--28020740	22	2.4	22	100	0	104	25	19	17	38	1.93
28020974--28021032	19	3.1	19	76	9	57	64	1	10	23	1.34
28020982--28021021	20	2.0	21	95	5	73	60	0	12	27	1.33
28022009--28022037	14	2.0	15	93	6	51	82	3	13	0	0.79
28023411--28023438	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
28024284--28024381	50	2.0	48	94	4	169	47	2	5	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28025414--28025442	7	4.3	7	91	8	51	13	0	0	86	0.58
28025414--28025442	13	2.1	14	93	6	51	13	0	0	86	0.58
28028384--28028413	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28035956--28035980	7	3.6	7	100	0	50	16	0	40	44	1.47
28039786--28039823	12	3.2	12	77	7	51	39	23	15	21	1.92
28039763--28039850	23	3.8	23	83	4	97	38	19	12	29	1.88
28049305--28049363	30	1.9	31	86	10	86	38	0	1	59	1.08
28049773--28049802	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28053106--28053176	31	2.3	31	78	9	83	30	9	0	59	1.30
28053106--28053178	30	2.4	30	80	13	78	30	9	0	60	1.29
28053269--28053310	20	2.0	21	82	13	52	26	2	2	69	1.13
28066165--28066195	7	4.4	7	95	0	53	38	45	3	12	1.59
28067945--28068548	300	2.0	300	90	1	951	33	22	22	22	1.98
28075414--28075446	17	1.9	18	88	11	52	78	0	15	6	0.93
28076969--28077002	14	2.6	14	90	9	54	35	20	8	35	1.84
28082388--28082485	50	2.0	50	91	0	160	39	16	23	20	1.91
28082657--28082827	50	3.4	50	75	6	157	35	19	22	22	1.96
28082763--28082887	50	2.5	50	74	5	119	36	16	26	20	1.94
28086810--28086850	8	4.8	8	85	14	55	48	2	0	48	1.14
28092374--28092432	31	1.9	31	83	13	77	20	3	8	67	1.31
28097430--28097486	30	1.9	30	96	0	105	36	10	29	22	1.88
28105573--28105637	32	2.0	32	100	0	130	44	15	9	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28108358--28108427	31	2.2	33	80	12	83	32	0	0	67	0.91
28113167--28113207	21	2.0	21	90	0	64	36	31	17	14	1.90
28123632--28123819	23	8.1	23	75	9	109	12	24	21	40	1.88
28123768--28123824	22	2.6	23	83	8	66	14	21	26	38	1.91
28132005--28132058	28	2.0	28	92	3	92	31	16	29	22	1.96
28133662--28133860	71	2.8	71	88	3	292	33	24	18	24	1.97
28137141--28137195	24	2.3	24	90	0	83	34	23	18	23	1.96
28141101--28141214	23	5.0	23	81	8	126	40	24	24	10	1.87
28141101--28141214	46	2.5	45	79	12	142	40	24	24	10	1.87
28141077--28141214	23	5.9	23	80	7	120	39	23	25	10	1.87
28147293--28147406	23	5.0	23	78	8	117	41	24	23	10	1.86
28147293--28147406	46	2.5	45	78	14	135	41	24	23	10	1.86
28147269--28147406	23	5.9	23	78	10	113	40	23	24	10	1.87
28152218--28152256	20	2.0	20	85	10	53	41	2	2	53	1.28
28152498--28152541	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
28152788--28152818	12	2.6	12	89	0	53	58	0	32	9	1.31
28157916--28157968	15	3.5	16	82	10	58	37	1	3	56	1.28
28157911--28157974	15	4.3	15	75	13	53	32	4	4	57	1.40
28159627--28159820	84	2.3	84	90	3	293	43	18	19	18	1.89
28161053--28161091	17	2.3	17	86	0	51	33	2	2	61	1.23
28162219--28162308	38	2.4	38	86	0	117	22	12	32	33	1.91
28164856--28165034	63	2.9	61	79	10	184	44	1	4	50	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28164862--28165001	59	2.3	61	82	7	160	42	1	4	51	1.30
28165994--28166317	89	3.6	89	80	7	370	40	25	1	32	1.66
28165991--28166323	30	11.2	30	78	7	311	39	24	2	33	1.69
28170809--28170853	16	2.8	16	86	10	65	28	0	0	71	0.87
28170808--28170868	23	2.5	24	82	12	72	26	1	0	72	0.94
28174353--28174396	20	2.1	21	87	4	63	22	0	4	72	1.02
28174564--28174589	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
28174544--28174583	17	2.4	17	82	0	53	25	0	2	72	0.97
28174565--28174609	15	3.2	15	87	9	60	15	4	8	71	1.28
28179280--28179332	14	3.5	14	80	12	52	79	1	11	7	1.01
28181607--28181682	38	2.0	38	100	0	152	28	23	15	31	1.96
28185808--28185870	32	2.0	32	90	0	99	44	7	3	44	1.49
28204247--28204321	28	2.7	28	76	13	75	41	13	9	36	1.76
28206347--28206402	29	1.9	29	82	7	69	48	16	8	26	1.75
28206393--28206434	21	1.9	23	85	9	61	33	14	9	42	1.78
28213178--28213246	21	3.5	21	69	15	65	47	0	1	50	1.09
28213166--28213265	38	2.6	38	87	4	137	49	0	1	50	1.07
28215369--28215395	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28215965--28216240	82	3.4	81	91	1	408	25	17	24	32	1.97
28227102--28227237	39	3.5	39	77	2	148	22	18	20	38	1.93
28231376--28231412	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
28234978--28235071	30	3.2	29	81	11	95	34	5	23	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28235071--28235562	29	16.9	29	77	7	374	30	6	28	35	1.82
28235000--28235239	29	8.2	29	71	14	104	32	4	26	37	1.75
28235310--28235470	86	1.9	86	84	2	216	30	9	26	33	1.89
28235251--28235528	144	1.9	146	86	5	395	30	8	27	34	1.86
28235484--28235613	58	2.2	57	79	5	143	33	3	24	38	1.74
28235421--28235613	87	2.2	87	80	5	203	30	5	26	36	1.80
28235578--28235754	30	6.0	30	82	9	177	37	2	22	37	1.67
28235589--28235774	90	2.1	88	80	8	209	37	2	25	35	1.68
28236826--28236857	16	2.0	16	93	0	55	15	0	40	43	1.47
28236955--28237019	6	11.2	6	78	17	66	53	4	0	41	1.21
28236923--28237020	40	2.4	39	81	6	108	53	6	1	39	1.33
28236960--28237019	17	3.6	15	86	8	66	56	3	0	40	1.16
28236955--28237009	23	2.3	24	87	6	85	52	5	0	41	1.24
28236965--28237049	28	3.0	27	78	10	82	55	7	0	37	1.27
28236965--28237015	23	2.3	22	83	10	68	54	3	0	41	1.19
28236923--28237036	34	3.4	34	72	17	94	52	7	0	38	1.37
28237812--28238209	209	1.9	208	93	1	681	21	23	19	36	1.95
28238016--28238381	171	2.1	172	93	1	626	20	23	19	37	1.94
28237726--28238483	380	2.0	380	95	0	1374	21	23	18	37	1.94
28238811--28238851	21	2.0	21	85	0	55	48	12	17	21	1.79
28239695--28239753	9	6.4	9	70	18	50	50	0	1	47	1.11
28239668--28239760	37	2.5	37	85	3	116	48	1	1	49	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28246447--28246517	22	3.2	20	71	21	54	5	28	1	64	1.24
28256561--28257603	209	4.9	208	87	5	1432	36	19	23	21	1.95
28256624--28257473	432	2.0	432	98	0	1655	36	19	22	21	1.95
28258003--28258061	6	10.2	6	73	12	52	38	0	5	55	1.22
28257974--28258055	28	2.9	28	87	3	112	36	0	6	57	1.24
28258003--28258061	17	3.4	17	90	2	91	38	0	5	55	1.22
28258003--28258080	34	2.3	34	86	4	104	37	1	6	55	1.34
28258013--28258088	17	4.8	15	73	19	57	39	1	6	52	1.36
28260822--28260885	24	2.7	24	80	9	85	29	21	21	26	1.99
28266034--28266356	78	4.2	76	80	5	294	24	18	19	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125