genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24704907--24704947	16	2.6	16	100	0	82	46	24	17	12	1.82
24704935--24705055	23	5.2	23	79	7	145	39	23	25	11	1.88
24713242--24713270	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
24713191--24713333	66	2.2	67	85	11	197	55	2	0	40	1.19
24713182--24713339	62	2.5	64	84	12	193	56	2	0	39	1.17
24713301--24713345	12	3.5	12	80	16	54	75	0	2	22	0.91
24713857--24715378	79	19.2	80	92	3	2452	24	18	24	32	1.97
24715463--24715608	50	2.9	50	86	0	202	21	25	17	35	1.95
24716538--24716597	7	8.7	7	77	15	54	0	18	1	80	0.80
24716537--24716595	21	2.9	21	82	9	77	0	20	1	77	0.85
24716537--24716620	27	3.2	27	81	6	84	3	15	1	79	0.92
24716544--24716617	9	8.6	8	69	19	51	4	14	1	79	0.94
24716587--24716635	23	2.3	21	78	21	50	12	8	2	77	1.07
24721574--24721601	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
24721578--24721741	52	3.0	54	78	13	165	51	2	0	45	1.19
24721832--24721856	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24733219--24733665	195	2.3	194	81	5	492	28	17	26	27	1.98
24735979--24736086	55	2.0	55	88	3	164	37	15	25	21	1.93
24736549--24736627	28	2.7	29	78	3	79	20	16	22	40	1.91
24737227--24737252	12	2.2	12	100	0	52	23	0	23	53	1.46
24745033--24745199	20	8.4	20	72	9	117	20	28	20	30	1.97
24745033--24745199	60	2.8	60	80	3	176	20	28	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24745073--24745201	40	3.2	39	82	10	129	20	28	20	31	1.97
24745703--24745799	45	2.2	45	96	0	176	22	6	21	49	1.71
24758325--24758378	23	2.5	22	79	8	65	62	7	1	27	1.32
24758882--24758973	49	1.9	46	84	6	121	36	15	11	35	1.84
24760668--24760758	42	2.0	43	87	12	130	42	12	10	34	1.77
24762251--24762297	16	2.9	16	90	6	69	29	23	2	44	1.65
24770473--24770579	24	4.5	23	83	2	133	23	19	24	32	1.97
24770480--24770571	48	1.9	48	90	0	148	27	18	20	33	1.96
24784538--24784582	22	2.0	21	83	16	54	46	4	0	48	1.22
24784639--24784680	18	2.3	18	76	11	50	64	0	11	23	1.27
24786061--24786108	3	16.0	3	100	0	96	33	33	0	33	1.58
24789322--24789397	6	13.0	6	75	15	70	52	1	1	44	1.17
24789322--24789415	35	2.7	34	83	9	109	53	3	1	42	1.24
24791122--24791410	52	5.6	52	93	0	470	34	24	15	25	1.94
24792194--24792224	10	2.9	11	90	9	55	0	35	9	54	1.33
24791904--24792599	346	2.0	347	97	1	1315	23	15	15	44	1.85
24793037--24793095	16	3.9	15	73	22	52	50	1	1	45	1.21
24793037--24793122	18	5.1	16	79	10	75	52	2	1	44	1.21
24793052--24793111	6	10.2	6	78	10	61	53	1	0	45	1.10
24793061--24793118	23	2.5	23	83	8	64	53	3	0	43	1.17
24793037--24793129	35	2.7	35	83	5	109	52	3	1	43	1.24
24793049--24793124	17	4.4	17	80	8	91	53	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24794836--24795124	52	5.6	52	90	0	443	35	23	14	26	1.93
24800186--24800425	52	4.6	52	90	0	372	35	23	14	26	1.93
24801414--24801446	16	2.1	16	94	0	57	24	18	3	54	1.57
24805531--24805583	24	2.2	24	89	0	79	24	22	18	33	1.97
24806896--24806923	12	2.3	12	100	0	56	32	7	35	25	1.83
24809153--24809249	21	4.6	21	75	0	86	23	18	17	40	1.91
24809153--24809249	42	2.3	42	81	0	104	23	18	17	40	1.91
24814049--24814114	24	2.8	22	80	11	60	63	1	4	30	1.23
24814162--24814203	14	2.9	14	85	3	57	54	0	2	42	1.13
24814857--24814904	13	3.4	14	77	8	53	54	2	2	41	1.24
24814958--24815008	17	3.0	16	76	21	50	41	5	0	52	1.25
24815677--24815711	12	2.9	12	86	0	52	48	20	11	20	1.79
24815690--24815752	17	3.6	17	73	2	54	38	25	19	17	1.93
24815888--24815989	40	2.5	40	87	0	150	25	18	19	36	1.95
24816528--24816658	52	2.5	53	86	1	174	30	35	13	19	1.91
24816662--24816765	43	2.4	43	88	0	163	33	38	12	15	1.85
24816728--24816832	55	1.9	55	92	3	176	28	36	16	19	1.93
24832185--24832254	30	2.5	27	84	9	79	72	7	0	20	1.07
24832394--24832434	11	3.9	11	81	9	50	65	7	0	26	1.18
24832394--24832434	21	2.0	21	85	0	55	65	7	0	26	1.18
24835069--24835110	18	2.3	18	81	18	52	78	2	2	16	0.96
24839597--24839647	21	2.4	21	90	0	84	52	13	5	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24842745--24842802	23	2.5	23	88	0	80	27	27	22	22	1.99
24849085--24849194	55	2.0	55	90	0	175	25	7	15	51	1.69
24849120--24849193	18	4.0	20	72	15	52	24	6	17	51	1.69
24849574--24849637	21	3.0	21	73	15	60	45	26	1	26	1.63
24852824--24852866	14	3.1	14	81	18	54	0	39	0	60	0.97
24860063--24860108	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
24860772--24860800	10	2.9	10	100	0	58	0	41	0	58	0.98
24862954--24862994	13	3.2	13	92	0	73	43	21	19	14	1.87
24862956--24862998	7	6.4	7	78	10	54	39	23	20	16	1.92
24863063--24863143	25	3.5	24	66	17	71	17	3	32	46	1.65
24870145--24870191	14	3.5	13	82	11	51	40	23	17	19	1.91
24874297--24874377	28	2.9	28	74	7	74	37	29	17	16	1.91
24875475--24875584	30	3.7	30	77	0	121	39	18	4	38	1.71
24875471--24875584	60	1.9	60	87	3	158	37	18	4	39	1.71
24875640--24875672	13	2.5	14	85	14	52	21	0	6	72	1.05
24876026--24876130	30	3.5	30	77	0	102	39	20	4	36	1.73
24875123--24876225	548	2.0	547	92	0	1857	33	13	12	40	1.82
24876165--24876233	27	2.7	26	80	12	74	24	1	10	63	1.34
24878208--24878283	31	2.5	31	82	0	98	34	17	10	38	1.84
24883016--24883382	50	7.4	49	83	8	417	37	18	22	20	1.94
24883042--24883366	100	3.3	100	89	2	476	37	19	22	21	1.95
24883016--24883435	150	2.8	150	84	5	507	37	18	23	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24883776--24883998	50	4.4	50	76	9	186	31	18	23	26	1.98
24885264--24885374	30	3.7	30	76	5	109	37	20	4	36	1.73
24885454--24885487	16	2.1	16	88	5	50	23	0	8	67	1.18
24886199--24886520	81	4.0	81	82	1	403	32	29	16	21	1.95
24886147--24886485	162	2.1	162	95	0	606	30	30	17	21	1.96
24890961--24891023	24	2.6	24	87	0	81	28	14	7	49	1.71
24895699--24895743	23	2.0	23	82	8	56	44	6	4	44	1.50
24898041--24898114	28	2.7	28	78	17	84	77	1	4	17	1.00
24903842--24903879	11	3.5	11	85	7	51	81	2	0	15	0.80
24903808--24903879	16	4.5	17	65	19	55	77	6	1	13	1.03
24906798--24906826	6	4.8	6	100	0	58	17	31	0	51	1.45
24906785--24906829	18	2.5	18	85	0	63	22	28	0	48	1.50
24909146--24909192	22	2.1	22	84	7	60	12	12	4	70	1.31
24909161--24909203	21	2.0	22	90	4	70	13	9	6	69	1.35
24909151--24909203	22	2.3	24	81	15	67	13	11	5	69	1.34
24920374--24920416	8	5.0	9	77	11	54	4	30	0	65	1.13
24920371--24920416	17	2.7	17	100	0	92	6	30	0	63	1.20
24920517--24920545	3	9.7	3	100	0	58	34	0	65	0	0.93
24925337--24925496	80	2.0	80	97	0	302	33	13	20	33	1.91
24940279--24940330	26	2.0	26	88	3	79	55	3	23	17	1.58
24943064--24943121	28	2.1	28	83	6	73	32	0	15	51	1.44
24945661--24945698	17	2.3	17	90	4	60	57	2	0	39	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24946456--24946489	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
24946808--24946859	27	1.9	27	92	7	88	19	25	32	23	1.97
24953648--24953769	52	2.3	52	81	2	147	47	9	7	36	1.63
24958080--24958410	79	4.2	79	84	3	416	30	24	20	24	1.98
24958078--24958410	157	2.1	158	85	0	452	30	24	20	24	1.98
24961534--24961573	16	2.5	16	95	0	71	20	7	22	50	1.73
24962744--24962781	19	2.0	20	89	5	60	36	10	13	39	1.79
24962943--24962996	21	2.6	21	93	0	90	27	7	27	37	1.84
24963079--24963130	19	2.6	19	80	17	61	32	11	28	26	1.91
24975068--24975631	45	12.3	47	77	4	314	22	13	25	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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