genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2730	178	15.5	177	73	12	1098	40	8	9	41	1.67
543--593	18	2.8	19	74	17	63	43	7	11	37	1.71
1274--1309	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
454--2737	180	12.8	179	75	10	1413	40	8	9	41	1.67
471--2737	540	4.2	535	75	10	1626	40	8	9	41	1.67
910--2292	181	7.8	175	74	12	651	40	7	9	42	1.65
2123--2624	177	2.9	175	77	7	448	39	8	9	42	1.69
2884--4644	181	9.8	180	75	9	1185	39	8	9	41	1.68
2742--5516	363	7.8	362	72	11	1472	39	8	10	41	1.68
2884--5505	181	14.8	175	70	14	892	39	8	10	42	1.68
4511--4966	164	2.8	162	74	14	381	41	7	9	42	1.65
5558--22832	181	95.1	181	70	10	6315	40	8	10	41	1.69
5606--19036	361	37.7	357	74	9	7008	40	8	9	41	1.68
5558--19036	719	18.9	719	75	9	8519	40	8	9	41	1.68
9775--9830	18	3.1	20	73	23	61	39	5	12	42	1.65
10554--10876	168	1.9	168	87	4	472	40	6	10	43	1.64
12588--12921	160	2.1	160	83	3	413	42	6	8	42	1.62
13725--14043	169	1.9	169	84	0	431	41	5	10	42	1.63
18546--19519	483	2.0	488	82	6	1184	38	8	10	41	1.71
19043--22832	538	7.1	535	77	7	3003	39	8	10	41	1.69
22886--23207	172	1.9	172	79	3	362	40	9	9	40	1.69
22859--23799	356	2.6	351	79	7	888	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22895--23826	180	5.2	178	75	8	546	42	9	8	39	1.68
22859--23866	181	5.7	179	72	10	655	41	9	8	39	1.69
23727--24008	142	2.0	142	92	0	465	43	8	8	40	1.65
23869--25254	181	7.7	180	74	10	886	41	10	7	40	1.67
25870--26782	178	5.1	182	75	9	496	43	10	8	38	1.69
27356--27892	182	3.0	181	78	5	453	40	10	8	40	1.68
26349--29799	709	4.9	689	72	12	1751	42	10	7	39	1.68
27125--30955	181	21.5	180	72	12	1349	41	10	7	39	1.69
25913--30955	541	9.5	538	74	10	2562	41	10	7	39	1.68
30809--31075	146	1.8	147	89	2	421	35	13	11	38	1.82
31035--33243	181	12.3	180	75	8	1496	42	9	8	39	1.68
31117--33006	890	2.1	896	85	4	2528	43	9	8	39	1.68
31116--33243	361	5.9	356	75	8	1565	42	9	8	39	1.67
33202--33339	67	2.1	67	91	0	222	36	11	6	45	1.66
33269--34191	361	2.6	347	79	7	902	42	11	7	39	1.68
33269--34191	180	5.2	177	71	10	575	42	11	7	39	1.68
34206--34261	26	2.2	26	100	0	112	48	0	14	37	1.44
34330--34762	181	2.4	180	80	4	460	36	10	10	42	1.74
34801--38467	181	20.7	175	71	12	1568	40	9	8	41	1.69
34803--37356	180	14.4	179	73	10	1594	40	9	9	40	1.70
34784--38486	357	10.4	355	75	8	2743	40	9	8	41	1.69
34801--38494	885	4.2	889	74	10	3044	40	9	8	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36562--38485	363	5.4	358	76	9	1463	39	9	8	42	1.68
39076--39924	181	4.8	181	75	10	698	42	9	7	40	1.67
39978--41192	181	6.8	180	76	5	918	41	9	9	40	1.69
40053--41192	355	3.2	356	76	8	916	40	9	9	40	1.70
41223--41553	180	1.8	181	84	3	454	41	7	9	41	1.67
41434--41686	133	1.9	133	83	4	332	42	7	9	40	1.66
42191--53398	181	62.7	181	73	9	5936	39	8	10	42	1.69
43293--43774	182	2.7	180	83	3	497	42	8	8	40	1.66
43371--53220	536	18.4	528	71	11	1947	39	8	10	42	1.69
47663--47695	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
42191--53398	360	31.4	352	72	10	5266	39	8	10	42	1.69
45049--53344	536	15.5	528	73	10	3794	38	8	10	42	1.69
43258--53365	359	28.3	352	70	12	2945	39	8	10	42	1.69
49611--49643	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
49219--53398	355	11.6	356	73	10	2201	38	8	10	42	1.70
51376--51691	174	1.8	174	82	6	408	38	7	10	43	1.67
52437--52474	20	1.9	20	84	10	51	44	5	7	42	1.56
52437--52477	19	2.1	20	82	13	50	41	4	9	43	1.59
53940--53997	19	3.3	19	62	18	52	55	0	5	39	1.22
54287--57569	181	18.2	177	75	8	2034	41	9	8	40	1.68
54287--66290	180	66.6	180	70	12	4278	42	9	8	39	1.68
56547--56594	18	2.8	17	78	9	53	37	6	8	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57598--58481	179	4.9	178	76	7	713	43	9	8	39	1.66
57591--58577	182	5.5	179	76	7	745	42	9	8	39	1.68
58537--58674	67	2.1	67	86	2	188	38	14	6	40	1.72
58738--58791	18	3.1	18	76	13	58	38	9	7	44	1.65
60622--63256	361	7.4	360	77	9	1585	42	9	7	40	1.65
63797--63835	18	2.2	18	100	0	78	20	0	15	64	1.30
63958--66285	361	6.5	359	74	7	1456	42	9	8	39	1.68
71149--71183	16	2.2	16	94	0	61	31	14	11	42	1.81
71796--71878	40	2.1	40	90	0	130	30	9	28	31	1.89
73659--79166	181	30.9	179	72	10	2635	42	9	7	39	1.68
73659--85801	359	33.7	355	68	14	2786	41	10	8	39	1.68
73659--79166	540	10.3	528	74	10	2256	42	9	7	39	1.68
76518--76562	18	2.6	17	86	10	56	44	6	4	44	1.50
77024--77310	153	1.9	154	83	3	373	42	11	8	37	1.71
77152--83759	181	36.3	180	69	12	1898	42	10	7	39	1.68
77930--77962	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
79409--83732	181	24.1	179	73	8	2670	41	10	8	39	1.69
80348--80394	17	2.7	18	78	18	55	42	8	0	48	1.33
79409--86472	360	19.5	356	69	12	2700	41	9	8	40	1.69
81607--81660	17	3.0	19	76	15	60	37	9	11	42	1.73
83940--84291	180	2.0	178	81	4	413	39	8	7	44	1.62
84655--84689	17	2.1	18	89	10	56	51	0	5	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84655--84690	16	2.2	18	85	14	51	52	0	5	41	1.24
84732--85788	181	5.9	176	76	8	752	41	10	8	39	1.69
85026--85395	176	2.1	175	80	6	390	42	11	8	37	1.71
85981--86472	181	2.7	178	77	8	485	41	8	8	41	1.67
86552--88665	361	5.9	356	75	9	1636	41	10	8	39	1.70
86499--88662	181	12.1	180	76	7	1781	41	10	8	39	1.70
86552--88631	180	11.6	175	72	13	583	42	10	8	38	1.70
86499--88631	710	3.0	712	76	7	1607	41	10	8	39	1.70
89226--89398	87	2.0	86	88	5	260	45	6	6	41	1.56
89324--92474	359	8.7	357	71	11	1615	40	10	8	40	1.69
89313--92441	181	17.3	179	70	12	1435	40	10	8	40	1.69
92113--92145	17	2.0	17	88	5	50	33	9	6	51	1.58
91673--92441	361	2.1	362	79	6	849	41	9	8	40	1.67
92179--92774	326	1.8	327	84	2	813	41	8	8	40	1.67
92458--94360	181	10.7	177	71	12	788	42	9	8	39	1.68
91805--93048	687	1.8	684	81	5	1542	41	9	8	40	1.67
91987--92911	507	1.8	506	81	3	1142	41	8	8	40	1.67
93086--94419	542	2.5	538	81	4	1443	42	10	8	38	1.70
93086--94419	181	7.4	179	75	8	950	42	10	8	38	1.70
94279--94571	154	1.9	154	82	7	364	45	9	8	36	1.67
94435--95316	181	4.9	181	75	7	673	41	8	8	41	1.65
94977--95643	357	1.9	354	79	6	749	41	9	8	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95769--95801	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
95765--98060	361	6.4	359	75	8	1584	40	9	9	40	1.70
95765--98060	180	12.8	178	74	8	1568	40	9	9	40	1.70
101242--101296	19	3.1	18	76	15	60	40	20	1	38	1.63
101458--101849	178	2.2	180	81	4	445	41	11	6	40	1.67
101245--103471	358	6.2	356	74	8	1449	41	9	8	40	1.68
101213--103471	181	12.6	181	76	6	1531	41	9	8	40	1.68
101783--103395	532	3.0	530	78	6	1455	41	8	8	40	1.67
102138--103433	713	1.8	712	79	4	1522	41	9	9	40	1.68
103547--104167	182	3.4	179	77	7	538	43	8	8	39	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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