genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   

This is table  11  of  121  ( 14423 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1594157--1594206	18	2.8	19	79	14	61	16	6	2	76	1.08
1595122--1595165	23	1.9	23	85	0	61	6	6	6	79	1.06
1595256--1595667	57	6.9	58	85	10	546	45	7	12	34	1.70
1595256--1595667	122	3.4	117	87	9	575	45	7	12	34	1.70
1599212--1599307	48	2.0	48	91	0	156	36	13	25	25	1.92
1603502--1603563	8	7.6	8	73	10	54	62	3	0	33	1.11
1604131--1604160	14	2.1	15	93	6	53	43	6	0	50	1.28
1607605--1607633	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
1608848--1608894	22	2.1	22	88	0	67	51	10	2	36	1.49
1608848--1608884	8	4.6	8	89	0	56	51	10	0	37	1.37
1612563--1613019	152	3.0	153	93	2	767	38	17	14	29	1.89
1613026--1613054	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
1613379--1613427	20	2.5	20	93	0	80	24	26	26	22	2.00
1613569--1613623	26	2.2	25	90	3	83	30	18	9	41	1.81
1613904--1613976	40	1.9	39	83	10	98	61	8	9	20	1.52
1613974--1614144	3	55.3	3	70	21	63	64	5	1	28	1.22
1613969--1614137	63	2.7	60	78	15	171	65	5	1	27	1.21
1614332--1614416	1	85.0	1	78	0	80	4	0	7	88	0.64
1614319--1614414	16	6.3	15	81	12	108	6	0	7	86	0.71
1614319--1614416	41	2.5	38	83	13	128	6	0	7	86	0.70
1614424--1615244	41	20.0	42	87	8	1087	36	22	17	23	1.94
1614424--1615244	83	10.0	81	87	9	1091	36	22	17	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1616356--1616382	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
1616437--1616468	11	2.9	11	90	0	55	0	12	0	87	0.54
1616429--1616489	13	5.0	12	80	15	72	4	16	0	78	0.91
1616437--1616482	22	2.0	22	87	4	65	2	15	0	82	0.76
1619810--1619851	14	2.9	14	89	3	66	88	0	0	11	0.53
1619810--1619850	18	2.3	18	91	4	66	90	0	0	9	0.46
1619810--1619850	20	2.1	19	90	9	64	90	0	0	9	0.46
1620246--1620693	155	2.9	154	85	8	593	37	18	16	27	1.92
1620702--1620730	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
1621722--1621823	40	2.5	41	78	13	113	63	5	0	30	1.18
1625862--1625949	44	2.0	44	88	4	133	31	26	12	29	1.93
1627580--1627607	14	2.0	14	100	0	56	28	14	35	21	1.92
1628112--1628292	88	2.1	87	93	2	310	33	4	25	35	1.76
1629855--1629896	6	7.3	6	83	5	52	28	0	2	69	1.01
1629887--1629925	18	2.0	20	90	9	64	46	2	0	51	1.14
1629898--1629955	27	2.0	30	87	12	86	55	0	0	44	0.99
1630442--1630507	23	2.9	23	71	8	64	63	1	1	33	1.13
1635421--1635478	27	2.1	27	81	6	64	32	10	8	48	1.68
1642070--1642130	29	2.1	30	84	3	79	22	19	4	52	1.65
1646698--1646793	48	2.0	48	91	0	156	36	14	25	23	1.93
1649823--1649863	21	2.0	21	85	9	57	21	14	0	63	1.30
1651267--1651343	37	2.1	37	100	0	154	46	16	10	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1656772--1657081	154	2.0	154	92	1	514	38	18	11	31	1.86
1660614--1660709	48	2.0	48	89	0	147	36	14	25	23	1.93
1662718--1662777	23	2.7	21	78	16	66	60	1	3	35	1.23
1662718--1662787	23	3.1	22	70	13	61	62	1	2	32	1.18
1663639--1663877	60	4.0	61	82	5	221	44	8	12	34	1.73
1663659--1663878	59	3.8	60	85	3	254	44	8	13	34	1.74
1664703--1664748	15	3.1	14	82	17	58	76	6	0	17	1.00
1672202--1672255	24	2.2	25	83	3	65	75	1	3	18	1.03
1678126--1678176	26	2.0	26	92	0	84	35	13	21	29	1.92
1692469--1692545	36	2.1	36	80	4	84	40	5	10	44	1.61
1696849--1696891	15	2.9	14	82	6	50	62	13	0	23	1.31
1697612--1697645	13	2.4	14	90	9	52	55	5	0	38	1.24
1697843--1697891	23	2.2	23	85	3	64	30	4	12	53	1.57
1701757--1701785	13	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
1707025--1707272	137	1.8	137	85	5	358	28	21	16	33	1.95
1707901--1708118	59	3.7	58	83	12	291	33	15	7	43	1.75
1707901--1708121	60	3.7	60	87	5	315	33	14	7	44	1.74
1707901--1708120	119	1.9	118	93	2	379	33	15	7	44	1.74
1708113--1708155	20	2.2	20	92	8	72	20	0	2	76	0.89
1707995--1708260	140	1.9	138	88	4	399	32	10	6	49	1.64
1709926--1709965	18	2.3	17	86	4	53	17	30	7	45	1.76
1711002--1711084	14	6.0	13	78	14	69	8	0	8	83	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1711032--1711083	1	52.0	1	80	0	59	0	0	9	90	0.46
1711032--1711084	7	7.9	7	91	8	76	0	0	11	88	0.51
1711092--1711636	42	13.2	42	91	2	878	35	24	17	22	1.95
1711092--1711636	83	6.6	83	92	2	870	35	24	17	22	1.95
1711092--1711636	125	4.4	125	95	1	924	35	24	17	22	1.95
1711871--1711962	39	2.4	39	80	12	93	39	18	14	28	1.89
1713187--1713272	16	5.5	15	76	17	61	8	16	1	74	1.11
1713187--1713238	8	6.5	8	82	6	61	9	15	1	73	1.18
1713217--1713269	20	2.6	22	77	17	60	3	16	0	79	0.88
1713201--1713260	8	7.4	8	79	7	50	5	15	0	80	0.88
1717055--1717285	118	2.0	118	92	1	392	33	13	7	45	1.72
1717055--1717273	59	3.7	59	88	3	325	33	14	7	43	1.74
1717266--1717308	21	2.1	21	91	8	72	20	0	2	76	0.89
1717149--1717413	139	1.9	138	89	3	406	32	10	6	49	1.64
1717207--1717368	80	2.1	78	81	6	186	30	9	7	53	1.60
1719927--1719988	24	2.4	25	76	10	63	66	6	3	24	1.30
1725975--1726005	15	2.1	15	93	0	53	3	38	0	58	1.15
1729519--1729554	15	2.4	15	86	13	56	69	0	0	30	0.89
1731347--1731403	23	2.4	24	76	5	62	59	1	10	28	1.40
1734567--1734616	25	2.0	25	88	0	73	42	0	0	58	0.98
1735328--1735395	21	3.4	20	73	19	61	51	1	1	45	1.19
1735367--1735442	30	2.5	31	79	8	86	52	2	1	43	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735410--1735459	24	2.0	25	84	3	66	56	0	2	42	1.11
1735433--1735492	29	2.1	29	84	6	77	53	3	3	40	1.34
1746254--1746297	2	23.0	2	86	9	65	54	0	0	45	0.99
1749457--1749613	52	3.0	52	80	1	172	27	19	6	47	1.73
1750398--1750422	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
1750571--1750955	42	9.3	41	80	4	238	46	18	11	22	1.82
1750646--1750959	42	7.7	41	79	7	244	46	20	10	22	1.81
1750641--1750959	123	2.6	124	82	3	376	46	20	10	22	1.82
1751489--1751606	21	5.1	21	66	26	60	40	16	7	34	1.77
1751977--1752317	79	4.3	79	84	0	405	31	23	7	38	1.81
1751977--1752304	158	2.1	157	87	4	473	31	23	6	38	1.81
1752726--1752755	15	1.9	16	93	6	53	53	10	6	30	1.60
1752969--1753027	11	5.3	11	75	20	52	10	6	0	83	0.82
1752977--1753030	18	3.1	17	86	7	63	11	7	0	81	0.87
1752994--1753027	10	3.6	9	88	11	50	8	2	0	88	0.62
1753394--1753427	17	2.0	17	88	0	50	2	14	2	79	0.97
1756906--1757129	120	1.9	120	87	4	337	25	12	9	53	1.68
1757788--1758733	472	2.0	473	94	1	1682	35	13	15	35	1.87
1760875--1760969	48	2.0	48	87	0	136	23	29	9	37	1.86
1761815--1761849	11	3.1	11	88	8	52	71	0	11	17	1.14
1764268--1764306	18	2.2	18	85	0	51	56	0	5	38	1.22
1764545--1766277	134	13.0	135	87	3	2526	29	16	19	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1764545--1766277	397	4.3	399	90	3	2465	29	16	19	33	1.94
1764545--1766275	666	2.6	666	95	0	3051	29	16	19	33	1.94
1767297--1767362	33	1.9	35	84	6	91	50	0	7	42	1.31
1774581--1774610	16	1.9	16	93	6	53	6	20	6	66	1.38
1778361--1778455	31	3.1	31	85	0	136	32	17	9	40	1.82
1792376--1792573	108	1.8	108	79	6	231	32	11	14	42	1.80
1796062--1796118	21	2.7	21	79	17	64	22	7	7	63	1.44
1797608--1797673	33	2.0	33	100	0	132	39	9	27	24	1.85
1800487--1800575	40	2.2	42	82	11	105	41	12	12	33	1.80
1800567--1800649	42	2.0	42	85	4	114	32	18	10	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121