genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14716479--14717136	33	19.8	32	83	6	640	32	15	22	29	1.94
14718308--14718338	14	2.3	14	94	5	55	0	9	6	83	0.79
14718423--14718456	6	5.7	6	90	10	52	0	0	14	85	0.60
14725139--14725203	14	4.5	14	75	7	58	18	1	32	47	1.58
14725226--14725399	16	10.5	16	69	14	102	18	2	29	49	1.60
14725275--14725390	7	15.0	7	68	16	52	21	1	24	52	1.56
14725230--14725393	8	20.9	8	67	16	76	20	2	27	50	1.61
14725275--14725354	31	2.5	32	87	4	126	21	2	25	51	1.60
14725332--14725373	14	2.9	14	89	10	66	23	0	16	59	1.37
14725718--14725766	22	2.2	22	82	10	55	53	6	0	40	1.26
14725725--14725766	22	1.9	22	85	9	59	54	7	0	38	1.28
14726936--14726970	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
14729800--14729826	10	2.7	10	100	0	54	0	7	0	92	0.38
14731547--14731705	71	2.2	73	80	6	182	47	6	6	38	1.56
14731776--14731959	71	2.6	69	76	19	180	46	5	8	39	1.59
14732031--14732113	37	2.2	37	82	0	94	53	4	1	40	1.30
14732696--14732746	3	17.0	3	95	0	93	66	0	1	31	1.03
14734651--14734710	31	1.9	31	83	6	77	46	1	11	40	1.50
14744409--14744464	20	3.1	17	76	16	58	50	12	8	28	1.70
14744419--14744468	20	2.4	21	83	12	68	60	10	8	22	1.55
14746100--14746187	43	2.1	43	91	2	142	32	11	19	36	1.87
14746151--14746417	117	2.3	116	78	8	269	31	13	16	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14746369--14746685	42	7.5	42	74	8	225	28	12	15	43	1.83
14748127--14748195	21	3.3	20	67	15	50	72	1	2	23	1.06
14748664--14748697	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
14748978--14749021	20	2.1	21	91	4	72	52	0	6	40	1.28
14749440--14749493	17	3.2	16	82	12	56	62	5	0	31	1.18
14749446--14749493	24	2.0	24	88	8	71	64	4	0	31	1.12
14759160--14759194	18	1.9	18	88	11	54	74	0	2	22	0.95
14759094--14759276	94	1.9	93	84	7	240	56	7	7	28	1.54
14760772--14760820	25	2.0	25	88	8	73	63	0	4	32	1.13
14760800--14760837	15	2.5	15	87	12	51	73	2	5	18	1.14
14761234--14761273	21	1.9	21	94	0	71	47	15	17	20	1.83
14770184--14770231	2	24.0	2	95	0	87	52	0	47	0	1.00
14771831--14771878	19	2.5	20	83	10	64	54	0	0	45	0.99
14772275--14772308	11	3.2	10	91	8	50	70	0	0	29	0.87
14779007--14779039	11	3.0	11	100	0	66	27	9	9	54	1.62
14779600--14779882	59	4.8	59	79	7	254	36	12	5	45	1.65
14779602--14779883	118	2.4	118	77	8	286	36	12	4	46	1.64
14779878--14779931	21	2.7	19	78	15	56	77	1	0	20	0.86
14779882--14779922	21	2.0	21	90	9	66	78	2	0	19	0.87
14780808--14780859	15	3.5	15	82	10	63	80	0	5	13	0.88
14780852--14781013	7	22.3	7	70	20	79	65	1	4	28	1.22
14780862--14780931	20	3.3	24	67	27	59	61	1	2	34	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14780824--14781013	15	13.4	14	69	22	80	67	1	4	26	1.19
14780867--14780953	42	2.1	42	85	12	117	62	2	3	32	1.25
14780882--14780989	55	2.0	54	81	18	127	65	1	3	28	1.20
14780958--14781014	23	2.5	23	83	8	64	71	1	1	24	1.04
14780968--14781024	18	3.1	19	80	7	64	73	3	1	21	1.07
14781202--14781391	43	4.4	43	86	5	233	39	21	15	23	1.92
14781434--14781621	43	4.4	43	84	4	222	38	19	15	26	1.92
14781434--14781621	85	2.2	85	83	5	229	38	19	15	26	1.92
14781460--14781702	42	5.8	42	80	8	208	38	19	15	26	1.91
14781498--14781745	43	5.9	41	80	7	205	36	21	15	26	1.93
14781542--14781773	83	2.8	83	84	7	276	37	20	15	26	1.93
14788182--14788398	59	3.7	58	85	6	276	36	12	6	44	1.69
14788226--14788324	32	3.2	32	63	25	86	36	12	7	44	1.69
14788182--14788407	60	3.8	59	86	7	289	37	12	6	43	1.67
14788182--14788407	119	1.9	120	83	8	300	37	12	6	43	1.67
14788402--14788471	21	3.3	20	72	18	61	75	1	2	20	1.00
14788444--14788478	18	2.0	17	88	5	52	74	0	2	22	0.95
14789041--14789072	16	2.1	16	94	5	57	65	12	3	18	1.38
14789370--14789418	16	3.1	16	74	14	57	79	0	4	16	0.88
14789426--14789512	42	2.1	42	83	12	108	62	3	4	29	1.32
14789409--14789513	15	7.3	13	71	20	68	61	2	5	29	1.33
14789528--14789580	18	2.9	19	81	8	58	73	3	1	20	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14791343--14791379	19	1.9	19	89	10	58	5	24	5	64	1.36
14791783--14791807	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14807257--14807300	17	2.6	17	85	3	54	40	0	2	56	1.11
14807309--14807340	16	1.9	17	93	6	57	53	6	0	40	1.26
14809360--14809412	13	3.9	13	80	9	61	33	1	0	64	1.05
14809344--14809399	15	3.8	14	81	13	60	35	1	0	62	1.06
14809344--14809413	28	2.4	28	88	4	95	35	1	0	62	1.04
14811264--14811347	42	2.0	42	92	0	141	42	10	20	26	1.84
14811442--14811526	32	2.7	32	78	7	84	42	1	1	55	1.15
14811539--14811578	19	2.1	19	95	0	71	70	0	0	30	0.88
14811539--14811579	17	2.3	18	91	8	66	70	0	0	29	0.87
14811614--14811664	13	4.0	13	77	7	52	47	0	1	50	1.12
14811971--14811999	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
14814970--14815001	14	2.3	14	94	0	55	68	0	0	31	0.90
14815593--14815708	42	2.9	39	76	18	121	39	12	17	30	1.87
14816409--14816439	7	4.4	7	100	0	62	61	0	25	12	1.32
14833661--14833823	89	1.8	89	85	2	229	31	19	18	30	1.96
14836831--14836902	29	2.5	30	81	6	94	34	1	2	61	1.19
14849848--14849887	20	2.0	20	100	0	80	30	25	5	40	1.77
14852882--14852926	20	2.2	20	84	15	56	33	0	2	64	1.06
14853936--14853979	18	2.5	18	88	3	63	79	2	2	15	0.93
14855399--14855570	66	2.6	66	83	5	215	39	12	25	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14858141--14858269	18	6.7	20	73	20	73	55	5	3	34	1.41
14858142--14858225	5	15.2	5	81	16	87	54	3	3	38	1.35
14859093--14859144	20	2.5	20	85	14	63	30	3	1	63	1.23
14861282--14861311	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
14861322--14861354	9	3.8	9	84	8	50	12	9	0	78	0.95
14861319--14861361	17	2.6	16	75	7	50	9	6	2	81	0.95
14862144--14862185	19	2.2	19	91	0	66	19	0	2	78	0.86
14862237--14862274	14	2.7	14	87	0	58	15	7	7	68	1.37
14863132--14863166	18	1.9	18	88	0	52	20	8	11	60	1.57
14873684--14874218	115	4.6	113	76	6	330	19	18	14	47	1.82
14873604--14874218	231	2.7	229	79	5	679	20	19	14	46	1.83
14875765--14875822	18	3.2	17	76	11	53	77	1	1	18	0.94
14876085--14876114	15	1.9	15	93	6	51	0	33	0	66	0.92
14876074--14876116	23	2.0	22	83	16	56	0	32	0	67	0.91
14876645--14876693	4	13.0	4	75	12	50	71	2	2	24	1.07
14876649--14876691	15	2.9	15	80	13	54	72	2	2	23	1.08
14876894--14877189	45	6.7	44	82	7	309	40	21	13	23	1.89
14876924--14877202	45	6.2	45	86	6	327	44	19	13	22	1.85
14878634--14878696	27	2.3	28	83	8	76	14	14	0	71	1.15
14878634--14878710	17	4.3	17	73	15	57	11	14	0	74	1.08
14878678--14878723	11	4.1	11	86	5	65	6	13	0	80	0.89
14878650--14878723	10	7.3	10	70	19	55	10	12	0	77	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14879199--14879253	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
14886283--14886331	4	12.8	4	82	8	66	71	0	2	26	0.97
14887305--14887343	14	2.8	14	88	0	51	20	12	2	64	1.40
14892757--14892848	47	2.0	47	93	0	157	32	17	8	41	1.80
14899298--14899342	4	11.2	4	100	0	90	24	24	0	51	1.49
14899340--14899370	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
14901240--14901264	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
14902548--14902585	18	2.1	19	85	5	51	7	0	23	68	1.16
14903930--14904061	10	13.6	10	70	17	84	55	4	1	38	1.30
14903955--14904025	36	2.0	37	88	5	110	49	7	1	42	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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