genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210286--211542	686	1.8	681	80	6	1493	42	9	7	40	1.66
210909--211739	361	2.3	358	81	6	919	42	10	6	40	1.66
210908--211790	180	4.9	182	80	6	910	42	10	7	40	1.66
212483--212786	162	1.9	163	81	3	371	43	9	9	37	1.69
212625--213011	177	2.2	177	78	7	408	38	9	8	43	1.69
213110--214008	447	2.0	445	91	1	1442	42	8	6	41	1.62
214104--214421	169	1.9	169	84	1	431	41	9	6	41	1.65
214256--214727	180	2.6	178	79	6	493	41	8	8	41	1.67
214738--218860	181	22.9	181	75	7	2960	41	9	8	40	1.69
218997--219029	16	2.1	16	88	5	50	69	0	6	24	1.10
218912--233405	181	80.7	179	69	13	4891	41	10	8	40	1.69
223688--223724	17	2.3	17	86	9	51	40	10	0	48	1.38
224469--226072	866	1.9	852	78	8	1783	42	9	8	39	1.67
225309--226983	176	9.3	181	74	10	632	42	10	8	38	1.70
225223--226983	542	3.3	530	81	5	1789	41	10	8	39	1.70
225231--227255	541	3.8	533	79	6	1780	41	10	8	39	1.70
228574--242079	529	25.4	532	69	13	3553	41	9	7	40	1.67
227539--229156	898	1.8	892	82	4	2067	41	9	9	39	1.69
230079--230402	170	1.9	171	83	1	418	41	8	9	41	1.68
232418--233292	179	4.9	183	75	9	518	42	9	7	41	1.65
233723--234074	191	1.9	189	86	3	510	43	8	7	41	1.62
233912--234374	177	2.6	179	80	5	467	42	9	6	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234461--234933	176	2.7	174	77	9	467	45	9	6	38	1.62
234993--235215	113	2.0	114	80	7	258	51	6	7	35	1.55
235113--238361	178	18.6	176	72	11	1056	41	9	7	40	1.67
237109--237431	164	2.0	162	83	4	409	42	8	7	42	1.61
237276--242079	176	27.1	174	71	12	1506	42	9	7	40	1.68
238778--238810	17	1.9	17	100	0	66	42	6	3	48	1.43
238780--238818	17	2.4	16	87	8	53	48	5	2	43	1.38
238795--242079	180	18.5	181	75	8	2422	42	9	8	40	1.67
236937--242039	353	14.5	355	71	11	2123	42	9	7	40	1.67
242032--242124	45	2.0	46	95	2	170	38	12	13	34	1.84
242307--242756	178	2.5	176	78	8	438	40	13	8	37	1.74
243034--243687	179	3.7	178	75	8	505	41	9	8	41	1.66
243001--243679	356	1.9	357	81	5	818	41	9	8	41	1.67
243762--246818	180	17.2	179	75	8	2035	41	10	8	40	1.69
244516--244558	23	1.9	23	85	4	61	60	2	2	34	1.22
243961--246818	359	8.0	356	75	9	1982	41	9	8	39	1.69
243961--246818	358	8.0	350	73	11	1420	41	9	8	39	1.69
247871--248163	153	1.9	153	83	4	376	37	7	9	45	1.65
248021--249314	181	7.3	180	76	9	1093	38	8	10	42	1.69
248021--253971	354	16.7	353	69	15	1565	40	8	10	41	1.69
249387--250871	181	8.3	178	77	8	1077	40	8	10	40	1.69
249948--249996	16	2.8	18	72	15	57	44	10	8	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249360--257411	362	22.6	353	68	13	1765	40	8	10	41	1.69
250714--251031	163	2.0	163	81	5	374	41	8	10	40	1.69
251033--251461	182	2.4	181	79	8	435	41	8	9	40	1.67
251035--252936	180	10.6	180	76	8	1484	40	7	10	41	1.68
251033--257411	181	36.0	178	71	11	2751	40	8	10	41	1.69
251033--253971	361	8.3	357	74	9	1827	40	7	10	41	1.68
254031--257383	360	9.4	361	74	7	2107	40	8	10	41	1.69
257456--257773	165	1.9	166	80	3	363	40	7	11	40	1.70
257622--259422	181	10.1	180	74	8	1320	40	8	10	41	1.68
257622--262035	718	6.2	716	75	7	3146	39	7	9	42	1.67
259265--259581	158	2.0	158	84	6	419	36	8	9	45	1.69
259423--262035	181	14.5	180	74	6	1591	39	7	9	42	1.67
262412--262797	41	9.4	41	77	7	329	42	18	14	24	1.88
262413--262797	83	4.7	82	80	7	406	42	18	14	24	1.88
264567--264633	27	2.4	28	73	16	68	5	23	1	68	1.20
270959--271252	154	1.9	153	83	4	378	36	7	10	44	1.68
271110--272410	181	7.2	180	76	7	1107	38	8	10	42	1.69
271110--272437	357	3.7	356	77	6	1206	38	8	10	43	1.69
271110--272411	537	2.4	535	82	3	1526	38	8	10	42	1.69
273467--273499	16	2.0	17	88	5	50	48	9	9	33	1.66
273427--273929	173	2.8	173	78	11	434	40	8	9	41	1.68
273455--274036	180	3.3	181	77	7	478	41	7	10	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273888--274195	162	1.9	163	81	6	374	41	8	10	39	1.70
274197--276114	181	10.6	181	75	8	1355	40	7	10	41	1.68
274218--275943	358	4.8	354	75	9	900	40	7	10	41	1.68
274197--280314	719	8.6	708	70	13	1750	40	8	10	41	1.69
274218--277105	539	5.4	532	73	11	1722	40	7	10	41	1.68
275279--276105	180	4.6	179	75	9	490	40	7	10	41	1.67
276253--277102	182	4.7	179	74	8	591	40	7	10	42	1.66
276253--277106	181	4.7	178	76	6	704	40	7	10	41	1.66
276309--277004	363	1.9	358	81	6	832	40	6	9	43	1.64
277403--277730	176	1.9	178	80	5	396	39	9	10	39	1.74
276713--278020	685	1.9	687	79	7	1462	40	8	9	41	1.68
277662--277965	157	1.9	157	83	1	385	42	7	9	39	1.66
277800--280532	181	15.3	177	73	10	988	40	8	9	41	1.69
278518--279814	718	1.8	718	79	5	1530	40	8	9	41	1.69
277823--280532	362	7.6	359	74	8	1656	40	8	9	41	1.69
277800--280519	543	5.1	540	74	7	1870	40	8	9	41	1.69
280619--280922	165	1.8	165	81	2	378	41	7	11	39	1.69
280781--282570	181	10.0	180	74	8	1262	40	8	9	41	1.68
281011--285110	360	11.4	358	72	10	1483	39	8	9	42	1.68
282413--282729	158	2.0	158	84	6	419	36	9	9	44	1.70
282600--285202	181	14.4	180	72	8	1317	39	8	9	42	1.67
285579--285964	41	9.4	41	77	11	328	41	18	14	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285580--285964	83	4.7	82	80	7	397	41	18	14	24	1.88
286166--286350	97	1.9	96	79	7	205	35	17	12	34	1.89
286250--286353	43	2.4	43	78	10	104	35	15	11	37	1.84
287750--287792	18	2.2	19	84	12	52	4	18	2	74	1.10
287783--287813	7	4.4	7	100	0	62	12	38	0	48	1.42
294467--294515	18	2.9	17	82	8	64	75	2	6	16	1.09
295480--295942	180	2.6	180	80	4	495	44	8	8	38	1.66
295947--298354	181	13.4	181	73	9	1368	40	8	9	41	1.68
295979--297686	721	2.4	714	78	5	1666	41	8	9	40	1.67
298062--298102	14	2.8	15	82	14	50	29	0	4	65	1.13
298380--301721	181	18.8	179	73	11	1718	40	7	9	41	1.67
299220--299252	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
298405--301706	540	6.2	538	76	8	2461	40	7	9	41	1.67
301755--303334	180	8.8	180	78	6	1306	41	7	8	41	1.65
301009--302557	851	1.8	848	82	4	1994	40	7	9	42	1.67
301908--303270	363	3.8	362	79	6	1348	41	7	8	42	1.65
301887--303331	181	8.0	180	78	5	1302	41	7	8	41	1.65
302936--302968	18	1.9	17	88	11	50	48	0	9	42	1.35
303430--305058	181	9.1	181	74	7	1116	39	8	10	42	1.68
305192--305849	181	3.6	178	74	7	492	41	8	8	41	1.66
305828--306115	158	1.8	157	83	6	384	40	7	12	38	1.71
305985--308252	180	12.6	178	74	9	1270	41	7	9	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305136--306825	881	1.9	880	78	5	1849	40	8	9	41	1.68
305990--308250	528	4.2	529	77	8	1543	41	7	8	41	1.65
305990--308250	543	4.2	539	76	9	1324	41	7	8	41	1.65
308337--308378	22	1.9	22	100	0	84	21	4	7	66	1.35
308821--308861	17	2.6	16	88	7	57	70	0	29	0	0.87
309381--309417	7	4.9	8	93	6	60	75	0	0	24	0.80
309382--309415	15	2.4	14	95	5	59	76	0	0	23	0.79
313294--313318	13	1.9	13	100	0	50	92	0	8	0	0.40
313710--313799	9	10.0	9	69	19	55	74	0	21	4	0.99
313709--313799	25	3.4	27	74	19	91	73	0	21	4	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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