genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115614--2115674	15	3.9	15	71	14	52	63	3	4	27	1.30
2117012--2117043	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
2117186--2117224	21	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
2117229--2117261	16	2.1	16	88	11	50	30	6	0	63	1.18
2117684--2117720	8	4.8	8	84	15	51	21	0	2	75	0.92
2117671--2117720	23	2.2	23	85	7	66	16	2	4	78	1.00
2117687--2117717	16	1.9	16	100	0	62	19	0	3	77	0.90
2118434--2118466	15	2.2	15	94	0	57	57	12	3	27	1.49
2118667--2119109	62	7.1	61	74	16	263	46	7	5	39	1.57
2119103--2119268	62	2.6	62	80	10	185	39	8	6	45	1.61
2120253--2120293	12	3.5	12	78	18	50	65	0	0	34	0.93
2121426--2121455	11	2.7	11	100	0	60	26	0	0	73	0.84
2122360--2122398	20	1.9	21	89	5	62	64	2	0	33	1.08
2122714--2122754	17	2.3	19	79	12	50	48	0	4	46	1.23
2122731--2122790	30	2.0	30	86	3	84	55	1	3	40	1.27
2122978--2123015	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2125090--2125141	19	2.8	20	75	16	58	23	0	3	73	1.00
2125656--2125690	12	2.8	13	82	8	54	37	34	0	28	1.58
2132006--2132041	18	1.9	18	94	5	63	83	0	16	0	0.65
2139807--2139833	13	2.1	13	100	0	54	14	29	0	55	1.40
2141462--2141522	30	2.0	30	87	0	86	45	0	0	54	1.00
2143393--2143445	27	2.0	27	81	7	63	30	11	15	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144927--2144985	21	2.8	21	81	0	73	27	23	0	49	1.51
2160399--2160423	11	2.3	11	100	0	50	40	12	16	32	1.84
2162944--2162976	12	2.8	12	90	0	57	87	0	12	0	0.53
2162944--2162974	14	2.3	13	94	5	53	90	0	9	0	0.46
2176230--2176264	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2177374--2177400	13	2.1	13	100	0	54	14	29	0	55	1.40
2191874--2192308	49	8.9	48	88	5	581	34	26	11	27	1.91
2192366--2192667	22	13.8	22	71	11	174	30	20	20	28	1.98
2192378--2192667	43	6.6	44	85	2	309	31	20	20	28	1.97
2192376--2192667	87	3.3	87	83	6	340	31	19	20	28	1.97
2192530--2192653	21	5.8	21	74	12	119	32	17	20	29	1.96
2192376--2192667	130	2.2	129	81	7	338	31	19	20	28	1.97
2192514--2192851	152	2.2	150	80	6	392	34	19	19	27	1.96
2192682--2193003	43	7.4	43	81	6	371	36	19	16	27	1.93
2192797--2193026	22	10.3	23	73	10	147	35	19	18	26	1.95
2192637--2193027	177	2.2	176	86	4	533	35	19	18	26	1.95
2192551--2193026	109	4.4	109	75	8	419	34	19	18	27	1.95
2194955--2195019	9	7.0	9	85	13	87	9	4	0	86	0.71
2194955--2195019	19	3.5	18	87	10	87	9	4	0	86	0.71
2194991--2195029	15	2.5	16	83	8	53	10	5	0	84	0.76
2195580--2195609	10	2.8	11	95	5	53	0	16	0	83	0.65
2201200--2201234	16	2.2	16	89	0	52	20	2	22	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201843--2201926	30	2.8	30	96	1	150	5	27	51	15	1.67
2202484--2202554	32	2.3	30	82	4	79	29	15	11	43	1.81
2202798--2202845	5	10.4	5	79	20	52	0	2	14	83	0.74
2202798--2202842	19	2.5	18	89	7	65	0	2	13	84	0.72
2203319--2203673	109	3.3	108	85	2	487	19	20	14	45	1.86
2203805--2203897	45	2.0	47	91	4	154	16	13	18	51	1.76
2203850--2204160	134	2.3	135	87	1	455	21	16	15	46	1.83
2203876--2204093	67	3.3	66	69	10	190	22	17	15	44	1.86
2204120--2204205	45	1.9	45	88	4	129	20	13	12	52	1.74
2204291--2204385	45	2.1	46	92	2	156	22	13	15	48	1.80
2203984--2204520	180	3.0	180	86	1	754	21	16	14	47	1.82
2205932--2205977	16	2.8	18	78	18	55	23	0	2	73	0.94
2206089--2206124	3	12.3	3	94	5	65	63	0	0	36	0.94
2208405--2208442	8	4.4	9	83	12	53	18	0	0	81	0.69
2208402--2208435	15	2.3	15	94	0	59	14	0	0	85	0.60
2208407--2208439	17	1.9	17	93	0	57	15	0	0	84	0.61
2208434--2208488	26	2.0	28	86	6	78	47	0	1	50	1.11
2210604--2210655	26	2.0	26	92	0	86	28	13	5	51	1.64
2211958--2212009	25	2.2	24	82	6	61	34	7	9	48	1.65
2213331--2213355	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2213117--2213536	212	2.0	213	98	0	806	35	11	7	45	1.68
2216029--2216186	64	2.5	64	82	10	173	48	5	4	41	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216492--2216527	18	2.0	18	100	0	72	55	11	5	27	1.57
2216789--2216837	21	2.3	21	78	3	53	22	6	2	69	1.21
2217352--2217394	6	7.0	6	89	5	50	83	0	4	11	0.78
2218774--2218827	28	1.9	28	81	7	65	37	1	3	57	1.27
2218945--2218977	13	2.5	14	85	14	52	57	3	0	39	1.14
2220176--2220219	22	2.0	22	95	0	79	40	11	13	34	1.81
2225528--2225585	27	2.1	27	87	0	80	24	6	34	34	1.82
2232177--2232212	17	2.1	17	100	0	72	36	11	30	22	1.89
2240273--2240310	14	2.6	14	84	15	51	68	0	2	28	1.03
2242927--2243167	124	2.0	123	81	7	283	38	10	12	39	1.77
2244650--2244686	17	2.1	19	85	10	51	86	13	0	0	0.57
2244650--2244690	5	8.6	5	91	8	52	85	14	0	0	0.60
2244650--2244690	14	2.9	15	82	10	50	85	14	0	0	0.60
2257482--2257522	21	1.9	22	85	5	57	21	7	0	70	1.11
2265458--2265705	133	1.9	129	82	6	311	50	16	13	19	1.78
2265688--2265726	10	3.9	10	86	0	51	87	12	0	0	0.55
2271860--2271904	21	2.2	21	88	4	65	68	4	15	11	1.34
2272495--2272553	13	4.8	12	78	15	59	22	0	1	76	0.88
2272496--2272542	16	3.0	15	80	17	51	17	0	2	80	0.80
2272495--2272550	28	2.0	28	86	6	78	21	0	1	76	0.87
2272494--2272562	23	2.9	24	78	8	70	26	0	1	72	0.93
2274719--2274798	41	2.0	41	82	5	99	28	6	16	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274849--2274930	37	2.2	37	82	6	94	31	7	14	46	1.72
2275315--2275347	17	1.9	17	93	0	57	12	0	15	72	1.12
2275876--2275940	23	2.8	23	90	2	94	15	1	18	64	1.37
2276314--2276404	7	12.7	7	70	16	53	17	2	2	78	0.96
2276316--2276403	12	7.5	12	75	12	76	18	2	2	77	0.98
2276470--2276528	24	2.5	24	82	15	70	23	6	10	59	1.54
2276632--2276708	25	3.2	24	80	10	68	22	6	14	57	1.60
2281018--2281110	39	2.3	42	80	12	106	21	8	20	49	1.75
2289970--2290002	16	2.1	17	88	11	52	18	0	3	78	0.87
2292193--2292382	88	2.2	88	82	1	220	29	8	16	44	1.78
2292797--2292851	18	3.1	17	82	10	56	12	0	12	74	1.07
2293360--2293424	23	2.8	23	90	2	94	15	1	18	64	1.37
2293797--2293823	12	2.2	12	100	0	54	0	7	0	92	0.38
2293804--2293888	12	7.6	11	71	20	52	15	2	3	78	0.98
2293846--2293895	14	3.5	14	82	17	59	22	0	2	76	0.89
2293843--2293893	21	2.4	21	86	0	75	19	0	1	78	0.85
2293960--2294018	24	2.5	24	82	15	70	23	6	10	59	1.54
2294122--2294198	25	3.2	24	80	10	68	22	6	14	57	1.60
2298502--2298594	40	2.3	41	85	7	120	21	8	20	49	1.75
2299849--2299895	5	9.6	5	88	2	51	25	10	0	63	1.26
2304053--2304254	101	2.0	100	91	3	325	37	32	6	24	1.81
2304410--2304517	52	2.1	52	84	6	139	31	13	7	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307892--2307927	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2308337--2308377	2	21.5	2	85	9	59	53	0	0	46	1.00
2313853--2313914	30	2.0	31	87	9	92	43	8	14	33	1.75
2316813--2316870	29	1.9	31	86	6	84	63	3	0	32	1.11
2317044--2317093	26	1.9	26	84	8	66	58	10	6	26	1.54
2317427--2317453	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2319929--2319966	16	2.3	16	90	4	58	28	0	2	68	1.03
2320946--2321021	37	2.1	37	100	0	152	35	32	5	26	1.79
2321349--2321390	11	3.8	11	87	0	57	47	30	2	19	1.62
2321349--2321391	22	2.0	22	90	0	68	46	30	2	20	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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