genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5900655--5901017	160	2.3	161	80	2	390	42	14	9	33	1.78
5904632--5904674	17	2.5	18	82	17	56	37	16	13	32	1.88
5907187--5907354	22	7.6	22	76	5	115	38	9	7	44	1.66
5907525--5907597	22	3.3	22	75	3	74	34	10	6	47	1.65
5907510--5907573	23	2.8	22	83	4	74	35	12	7	43	1.71
5907839--5908030	22	8.8	22	76	10	110	39	8	7	44	1.63
5908029--5908166	22	6.3	21	76	6	96	42	8	4	44	1.55
5908117--5908649	22	24.4	22	69	11	128	36	8	6	48	1.60
5908421--5908649	44	5.2	44	79	8	175	36	8	5	49	1.57
5908421--5908586	87	1.9	87	81	8	194	35	8	6	50	1.58
5908559--5908633	24	3.2	24	74	12	66	40	10	2	46	1.53
5909025--5909209	22	8.5	22	67	14	71	34	7	3	54	1.47
5909022--5909107	22	4.0	22	79	7	86	33	9	2	54	1.45
5909025--5909217	65	2.9	67	73	13	159	33	7	4	54	1.48
5909256--5909303	22	2.2	22	85	7	62	29	6	4	60	1.40
5909284--5909346	22	2.9	21	75	17	58	39	7	6	46	1.59
5910185--5910451	132	2.0	132	97	1	500	35	9	8	46	1.67
5911943--5911981	12	3.4	11	82	10	51	30	0	0	69	0.89
5912450--5912738	152	1.9	153	87	5	433	46	5	6	41	1.54
5921638--5921712	35	2.2	35	92	4	127	61	13	12	13	1.57
5923208--5923279	27	2.5	27	77	8	72	31	13	9	44	1.77
5925129--5925171	21	2.0	21	86	0	59	46	13	9	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5926144--5926183	15	2.7	15	100	0	80	50	5	0	45	1.23
5929229--5929299	20	3.5	20	73	16	74	57	4	4	33	1.37
5929721--5929766	18	2.6	17	87	12	67	63	0	4	32	1.14
5929704--5929765	17	3.3	19	76	17	58	62	0	3	33	1.11
5929721--5929765	17	2.6	18	89	10	67	64	0	4	31	1.13
5929160--5930041	217	4.1	214	75	11	726	51	4	9	33	1.57
5929883--5929947	21	3.2	21	77	12	73	58	6	1	33	1.32
5929977--5930103	66	1.9	66	80	6	150	46	5	14	33	1.68
5930390--5930440	21	2.4	21	69	18	52	49	1	7	41	1.43
5933514--5933548	17	2.1	17	94	5	63	51	0	0	48	1.00
5942535--5942601	25	2.7	25	83	4	82	46	32	7	13	1.71
5942604--5942657	28	1.9	28	84	0	72	48	24	3	24	1.67
5942728--5943028	160	1.9	160	98	0	584	53	7	11	26	1.65
5943299--5945028	568	3.1	555	85	3	2329	39	12	14	33	1.83
5943299--5945025	754	2.3	740	86	3	2361	39	12	14	33	1.83
5943299--5945028	186	9.3	186	85	1	2127	39	12	14	33	1.83
5944870--5945096	123	1.8	124	81	2	287	38	13	13	34	1.84
5954617--5954649	17	1.9	17	88	11	50	54	0	6	39	1.25
5955212--5955394	63	2.9	64	80	8	189	40	10	14	34	1.80
5957074--5957125	20	2.6	21	81	6	72	65	3	3	26	1.27
5957875--5957938	31	2.1	31	100	0	128	62	9	0	28	1.26
5959551--5959584	13	2.8	12	82	8	50	50	32	0	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5960168--5960267	47	2.1	47	98	1	191	45	4	17	34	1.67
5960451--5960885	189	2.3	188	83	6	526	40	11	11	37	1.78
5960746--5961011	124	2.1	124	86	2	374	40	10	12	36	1.77
5960774--5960969	62	3.2	61	70	18	172	41	9	11	37	1.74
5960796--5961002	62	3.3	60	72	16	163	42	8	12	36	1.74
5960870--5961289	187	2.2	187	86	2	576	39	11	12	36	1.79
5961519--5961858	121	2.8	121	87	2	392	40	14	11	34	1.82
5961624--5961816	62	3.2	62	67	12	182	39	13	11	34	1.82
5961594--5961877	121	2.3	121	90	3	433	39	14	11	34	1.82
5961663--5961855	62	3.2	61	66	15	173	37	13	12	36	1.83
5967987--5968040	27	2.0	27	96	0	99	61	11	1	25	1.40
5968621--5968679	21	2.9	21	71	2	66	45	15	22	16	1.84
5972950--5973014	32	2.1	32	83	13	82	27	12	13	46	1.79
5978596--5978630	18	1.9	18	88	11	54	51	5	25	17	1.67
5979339--5979380	21	2.0	21	95	0	75	52	7	9	30	1.61
5981469--5981639	54	3.2	52	71	14	168	28	10	8	52	1.64
5981478--5981703	109	2.1	110	87	8	329	26	11	6	54	1.61
5981496--5981693	54	3.7	53	72	13	154	29	12	7	50	1.68
5981468--5981706	54	4.4	52	72	10	153	27	11	6	53	1.62
5982311--5982345	17	2.1	17	88	0	52	74	5	0	20	1.02
5983039--5983096	9	6.6	9	74	2	55	13	13	0	72	1.13
5983039--5983096	27	2.2	26	84	3	71	13	13	0	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5983274--5983772	42	11.9	42	80	8	329	42	21	13	23	1.87
5983300--5983768	84	5.6	83	81	6	486	42	20	13	23	1.87
5983270--5983768	126	4.0	126	82	7	545	42	21	13	23	1.87
5984199--5984245	20	2.3	21	81	7	60	34	12	14	38	1.85
5984210--5984340	58	2.3	58	87	1	192	30	15	13	40	1.86
5984047--5984300	78	3.2	78	77	7	251	32	18	11	37	1.87
5984326--5984379	21	2.5	21	78	3	63	38	14	9	37	1.79
5984711--5984754	23	1.9	23	86	9	63	27	25	4	43	1.74
5985599--5985630	11	2.9	11	100	0	64	18	25	0	56	1.42
5985641--5985704	20	3.4	19	78	22	73	9	12	0	78	0.97
5985630--5985716	27	3.3	26	75	20	74	8	12	0	79	0.93
5985630--5985698	9	7.8	9	77	20	74	8	13	0	78	0.97
5985624--5985724	44	2.3	44	85	11	127	8	13	0	77	0.99
5988634--5988677	17	2.6	17	92	0	70	50	2	20	27	1.60
5989832--5989938	50	2.1	51	85	1	144	24	10	7	57	1.57
5989834--5990039	111	1.9	108	86	5	297	26	11	6	55	1.60
5990377--5990424	8	6.0	8	85	9	53	12	2	2	83	0.83
5990635--5990676	4	10.2	4	84	5	57	73	4	0	21	1.01
5992697--5992839	62	2.3	63	81	6	157	41	9	14	33	1.79
5994518--5994569	20	2.6	21	81	6	72	65	3	3	26	1.27
5995319--5995382	31	2.1	31	100	0	128	62	9	0	28	1.26
5997783--5998256	190	2.5	188	86	5	645	41	11	11	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5998117--5998381	123	2.1	124	87	0	388	42	10	11	35	1.76
5997927--5998567	310	2.1	313	83	2	815	41	10	11	36	1.76
5998241--5998659	187	2.2	186	83	2	520	40	11	11	36	1.78
5998898--5999227	121	2.7	121	85	1	318	36	13	13	35	1.85
5999032--5999224	62	3.2	62	65	12	173	36	13	13	36	1.84
5999008--5999238	121	1.9	122	94	1	410	37	13	13	34	1.85
6005343--6005396	27	2.0	27	96	0	99	61	11	1	25	1.40
6005977--6006035	21	2.9	21	71	2	66	45	15	22	16	1.84
6010319--6010383	32	2.1	32	83	13	82	27	12	13	46	1.79
6016588--6016629	21	2.0	22	95	4	77	57	2	4	35	1.33
6018665--6018850	54	3.4	54	76	7	187	25	11	6	56	1.58
6019448--6019498	8	6.4	8	84	6	50	76	7	0	15	1.00
6019438--6019498	21	3.0	20	79	9	70	73	8	1	16	1.14
6019446--6019491	4	11.2	4	81	4	56	73	6	0	19	1.04
6020172--6020212	9	4.6	9	81	0	55	9	14	2	73	1.19
6020403--6021071	42	15.9	42	83	5	701	44	20	11	23	1.84
6020432--6021071	167	3.8	165	81	7	666	44	20	11	23	1.84
6021502--6021548	20	2.3	21	81	7	60	34	12	14	38	1.85
6021349--6021603	79	3.2	79	78	5	262	32	18	11	38	1.87
6021513--6021643	58	2.3	58	87	1	192	30	15	13	40	1.86
6021629--6021682	21	2.5	21	78	3	63	38	14	9	37	1.79
6022017--6022060	23	1.9	23	86	9	63	27	25	4	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6022915--6023009	27	3.7	27	68	17	76	12	12	0	74	1.07
6022932--6023005	31	2.4	30	82	10	87	10	10	0	78	0.97
6022988--6023029	16	2.6	16	88	7	59	7	14	0	78	0.95
6022942--6023021	10	8.6	9	70	23	51	8	11	0	80	0.92
6022974--6023029	25	2.1	27	84	12	73	10	12	0	76	1.01
6025931--6025974	17	2.6	17	88	0	70	50	4	20	25	1.67
6027118--6027227	53	2.1	53	86	3	150	29	11	8	50	1.67
6027575--6027618	15	2.9	15	82	3	52	13	2	2	81	0.88
6027830--6027873	4	11.0	4	80	9	54	72	4	0	22	1.02
6031384--6031456	34	2.1	35	82	7	87	43	1	5	49	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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