genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104376--108667	181	23.8	180	75	9	3090	42	9	8	39	1.68
108812--109311	181	2.8	178	79	6	540	43	10	8	38	1.69
109151--109450	145	2.1	145	85	3	399	43	8	9	38	1.67
109297--111239	181	10.9	181	75	7	1420	42	10	8	38	1.71
109362--111217	356	5.2	356	75	10	1359	42	10	8	38	1.71
109678--111239	716	2.2	712	80	6	1692	42	11	8	37	1.72
109325--111239	537	3.6	530	78	8	1731	42	10	8	38	1.71
110832--112181	474	2.8	473	88	3	1860	40	9	9	40	1.69
111779--112485	181	3.9	181	76	7	494	41	9	8	39	1.68
112878--113373	181	2.8	180	79	9	526	42	9	6	41	1.63
113379--115797	181	13.5	180	75	6	1705	40	7	10	41	1.68
114068--115626	538	2.9	535	76	8	1350	40	8	9	41	1.68
113448--116587	719	4.4	710	75	8	2025	39	7	10	42	1.68
115787--116391	177	3.4	177	87	4	756	38	8	9	43	1.67
115273--116315	516	2.0	513	79	5	1095	39	7	10	41	1.69
116303--116341	20	2.0	20	90	9	64	35	2	0	61	1.10
117310--122936	181	31.0	181	70	12	2059	40	8	9	41	1.68
118511--119172	363	1.8	357	80	5	785	41	7	9	41	1.66
119899--120112	116	1.8	117	82	1	277	33	9	13	43	1.75
120016--139155	361	53.3	360	70	12	7919	40	8	9	41	1.68
120016--124311	362	12.1	359	73	10	2505	40	8	9	41	1.68
120797--122161	360	3.8	354	78	8	860	41	7	8	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122980--134981	181	66.6	181	70	12	3651	40	8	9	41	1.68
124451--124500	17	2.8	18	76	11	50	48	10	10	32	1.70
124643--124675	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
124335--139155	540	27.4	531	69	14	2552	40	8	9	41	1.68
124334--134981	181	58.9	177	71	11	3770	40	8	9	41	1.68
127156--127196	18	2.4	17	88	8	57	46	7	4	41	1.53
128388--128715	167	2.0	168	79	3	365	42	7	8	41	1.64
128798--134981	180	34.5	178	73	10	3365	39	8	9	41	1.68
131982--135680	180	20.8	180	71	12	887	39	7	9	42	1.67
133420--134481	539	2.0	541	80	5	1200	41	7	9	41	1.67
135006--135757	178	4.2	179	77	7	604	39	7	10	42	1.66
135735--135789	25	2.2	25	90	6	85	43	0	1	54	1.10
135864--136173	163	1.9	163	83	6	405	39	10	7	43	1.67
136036--136916	180	4.9	180	77	4	785	41	8	8	41	1.66
136025--139152	362	8.7	355	73	11	1263	40	8	9	41	1.68
137314--137354	18	2.4	17	88	8	57	34	9	2	53	1.47
137322--137359	18	2.1	18	100	0	76	26	13	5	55	1.59
137500--139154	180	9.2	178	75	8	1184	39	7	10	42	1.69
137407--138749	538	2.5	533	77	6	1289	40	7	10	41	1.69
137411--138797	720	1.9	716	79	7	1515	39	7	10	41	1.69
139028--139309	141	2.0	140	79	7	304	41	7	9	40	1.67
140005--140511	183	2.8	179	80	6	513	39	7	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144982--150327	181	29.8	181	73	8	3149	40	8	9	42	1.67
144982--154482	361	26.5	360	73	10	5674	40	8	9	42	1.68
146766--146806	21	2.0	21	100	0	82	41	4	0	53	1.22
148737--149798	539	2.0	541	80	5	1200	41	7	9	41	1.67
144982--154482	540	17.6	540	73	10	4539	40	8	9	42	1.68
150324--151075	178	4.2	175	76	8	606	39	6	10	42	1.66
151053--151107	25	2.2	25	90	6	85	43	0	1	54	1.10
151182--151491	163	1.9	163	83	6	405	39	10	7	43	1.67
151354--152235	180	4.9	179	77	5	767	41	8	8	41	1.66
152634--152674	18	2.4	17	88	8	57	34	9	2	53	1.47
152642--152679	18	2.1	18	100	0	76	26	13	5	55	1.59
152820--154474	181	9.2	178	75	9	1177	39	7	10	42	1.69
152697--154482	180	9.9	180	74	10	1212	39	7	10	42	1.69
154339--154614	141	2.0	142	81	7	330	39	7	10	41	1.69
155326--155792	183	2.6	179	80	7	498	38	7	9	43	1.66
165004--165047	23	2.0	22	82	13	54	34	9	0	56	1.31
164789--166326	181	8.5	180	78	6	1310	39	7	9	42	1.66
165664--165704	18	2.3	18	84	16	59	43	2	9	43	1.50
166385--172453	181	34.0	181	75	7	4221	40	8	9	41	1.69
166734--167050	168	1.9	169	81	7	385	43	8	7	39	1.65
166385--172461	361	17.0	360	75	7	4100	40	8	9	41	1.69
170129--170441	169	1.9	167	84	6	418	40	6	9	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167410--172440	542	9.4	542	75	9	1622	40	8	9	41	1.69
172554--173006	180	2.5	179	80	5	486	39	8	9	43	1.68
173549--174946	181	7.8	180	77	7	1116	41	8	9	40	1.68
173464--174946	361	4.1	360	76	7	1311	41	8	9	40	1.69
174811--175081	135	2.0	135	82	7	327	36	12	9	41	1.74
175222--175250	14	2.0	15	93	6	51	41	6	6	44	1.58
174943--182603	180	42.5	178	70	11	1454	40	8	9	42	1.67
176285--176317	16	2.1	16	88	11	50	39	0	9	51	1.34
176472--176526	25	2.2	25	83	6	67	43	1	1	52	1.22
177104--177137	18	2.0	17	88	11	52	47	8	5	38	1.59
176497--178412	872	2.2	875	89	2	2927	40	8	9	41	1.68
177643--183186	360	15.4	357	71	11	2395	40	8	9	41	1.68
177643--183185	537	10.3	532	71	11	2169	40	8	9	41	1.68
178228--180249	897	2.3	896	80	6	2163	39	7	9	42	1.66
180255--181099	460	1.8	460	80	4	1033	39	7	10	42	1.68
180710--182765	180	11.4	181	76	6	1534	40	8	9	41	1.69
181764--181815	18	2.9	18	80	13	72	44	7	7	40	1.62
180750--183193	721	3.4	710	75	9	1861	40	8	9	41	1.68
180712--182713	541	3.7	537	75	7	1300	40	8	9	41	1.68
190868--190911	23	2.0	22	82	13	54	34	9	0	56	1.31
190650--192899	180	12.5	179	77	6	1674	41	7	9	41	1.66
190650--192899	542	4.2	536	77	6	1638	41	7	9	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190650--192899	361	6.2	354	77	7	1710	41	7	9	41	1.66
192965--193422	181	2.5	179	80	5	528	37	7	9	45	1.64
193831--195379	180	8.7	178	72	11	533	39	8	10	41	1.70
194663--195510	177	4.8	177	75	7	482	38	8	10	41	1.71
194121--195123	520	1.9	524	78	5	1091	39	8	10	41	1.70
195595--198049	181	13.6	179	75	8	1640	39	7	10	41	1.68
195608--198051	359	6.7	355	75	9	1652	40	7	10	41	1.68
198410--200710	181	12.8	179	76	7	1674	39	7	9	42	1.66
198407--201021	361	7.4	355	77	8	1817	40	7	9	42	1.66
200014--200060	19	2.4	21	79	13	55	48	6	12	31	1.66
198445--201021	538	4.8	529	75	8	1480	39	7	9	42	1.67
200558--200844	159	1.8	159	82	0	378	38	7	10	42	1.68
201115--202981	181	10.5	181	77	6	1544	39	8	9	41	1.69
201453--202968	180	8.5	178	76	7	831	39	9	9	41	1.69
202978--203997	179	5.7	180	77	6	753	41	6	8	42	1.63
202534--203829	521	2.4	522	79	9	1333	41	7	8	42	1.64
202978--203934	359	2.7	357	79	7	983	42	7	9	41	1.63
203888--203934	18	2.7	18	80	12	53	46	0	8	44	1.33
204392--204428	16	2.1	18	85	14	51	45	2	10	40	1.53
204264--205178	179	5.1	174	73	11	574	38	8	10	42	1.70
205290--207296	181	11.2	181	74	8	1254	39	8	10	41	1.69
205476--206705	535	2.3	534	79	6	1248	40	7	10	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205773--207061	538	2.4	527	79	6	1247	40	7	10	41	1.69
206297--207303	538	1.9	537	79	5	1163	39	8	10	41	1.70
207642--207976	181	1.9	181	83	2	449	39	9	10	40	1.72
207846--208121	145	1.9	146	84	2	376	38	7	10	43	1.68
207506--208481	505	1.9	506	79	5	1087	39	8	10	40	1.71
207993--209382	181	7.7	180	75	6	1068	39	8	10	42	1.68
208465--208516	18	2.9	18	75	13	54	46	3	9	40	1.55
207999--209295	361	3.6	357	76	7	997	39	8	9	42	1.68
209384--210855	182	8.2	178	76	8	1091	42	10	7	39	1.68
209382--210635	537	2.3	535	82	4	1465	42	10	7	38	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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