genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8581225--8581267	20	2.2	20	82	0	50	67	9	13	9	1.42
8581412--8581486	12	6.7	12	69	14	61	52	33	1	13	1.49
8582842--8582889	20	2.4	20	92	0	78	35	29	4	31	1.76
8583393--8583427	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
8583671--8583700	13	2.3	13	94	0	51	60	0	3	36	1.14
8583710--8583749	16	2.4	16	91	4	62	35	0	7	57	1.27
8583754--8583785	14	2.2	15	94	5	57	43	0	0	56	0.99
8584950--8584975	11	2.4	11	100	0	52	69	7	0	23	1.14
8585456--8585499	23	2.0	22	86	13	63	20	9	13	56	1.64
8585456--8585500	22	2.0	21	84	16	56	22	8	13	55	1.65
8586475--8586525	20	2.5	20	76	17	52	37	1	5	54	1.36
8586467--8586603	48	2.8	48	76	15	113	39	1	7	51	1.39
8589155--8589192	12	3.2	12	92	0	58	31	42	0	26	1.56
8589159--8589192	3	11.3	3	87	0	50	32	41	0	26	1.56
8592833--8592872	19	2.0	20	85	4	55	70	12	0	17	1.18
8593286--8593340	18	3.1	18	86	5	76	5	23	0	70	1.07
8596077--8596116	18	2.2	18	86	8	55	42	5	0	52	1.23
8597191--8597280	22	4.2	20	77	14	74	44	14	6	34	1.71
8597213--8597274	20	3.0	20	76	19	65	45	16	6	32	1.72
8597397--8597593	18	10.6	19	70	16	92	45	12	13	28	1.80
8597496--8597530	17	2.0	18	94	5	63	45	11	14	28	1.79
8597402--8597575	73	2.3	75	77	6	185	47	12	12	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8597615--8597684	17	4.3	16	78	14	81	41	7	14	37	1.73
8597615--8597684	16	4.3	17	76	10	83	41	7	14	37	1.73
8597615--8597684	33	2.2	32	84	7	88	41	7	14	37	1.73
8597698--8597922	44	5.2	43	86	6	294	42	18	10	28	1.83
8598012--8598221	109	2.0	107	85	2	287	39	14	8	38	1.77
8598218--8598368	24	6.5	24	76	10	154	37	18	6	37	1.77
8598045--8598276	109	2.1	108	80	3	243	38	15	8	37	1.79
8598217--8598347	45	2.9	45	84	0	181	38	18	6	36	1.78
8598666--8598715	24	2.1	24	92	0	82	40	24	16	20	1.91
8599548--8599601	8	6.9	8	79	12	58	12	14	1	70	1.25
8603496--8603717	119	1.9	120	79	10	258	34	11	9	45	1.71
8604558--8604599	22	1.9	22	85	0	57	52	2	0	45	1.13
8604558--8604871	21	14.5	21	68	18	121	45	2	2	49	1.32
8604586--8604872	42	6.7	41	74	13	229	44	2	3	49	1.32
8604603--8604742	7	19.9	7	67	25	64	44	3	1	50	1.28
8604696--8604742	16	3.1	16	87	6	62	44	0	0	55	0.99
8604633--8604799	71	2.3	73	77	11	166	46	3	1	47	1.30
8604732--8604871	63	2.2	62	83	6	176	44	2	4	49	1.34
8604919--8604965	24	2.0	23	84	8	60	38	19	0	42	1.51
8624325--8624743	145	2.9	145	82	4	477	41	11	13	33	1.80
8629786--8629839	20	2.7	20	74	5	56	31	12	25	29	1.93
8630498--8630584	45	1.9	45	80	0	102	22	25	31	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8640803--8640902	45	2.2	45	82	3	112	28	22	28	22	1.99
8666250--8666305	26	2.2	26	96	0	103	46	7	23	23	1.76
8669987--8670079	45	2.1	44	88	8	134	13	30	13	41	1.84
8670061--8670097	19	1.9	19	100	0	74	16	29	10	43	1.82
8680834--8680866	13	2.5	13	95	0	57	42	45	3	9	1.51
8685751--8685893	76	1.9	77	84	5	193	32	20	25	20	1.98
8691985--8692071	46	1.9	45	86	6	122	28	20	25	25	1.99
8702563--8702616	27	2.1	26	86	10	76	31	7	20	40	1.80
8702619--8702902	102	2.8	102	85	1	381	21	16	24	37	1.93
8703096--8703122	14	1.9	14	100	0	54	25	0	14	59	1.36
8703511--8703553	14	3.1	14	81	18	54	65	0	0	34	0.93
8711821--8711919	49	2.0	49	94	0	171	22	25	19	33	1.97
8713051--8713110	26	2.2	26	82	5	66	58	13	3	25	1.50
8714177--8714226	22	2.3	22	78	0	55	30	18	26	26	1.98
8732583--8732613	10	3.1	10	95	0	53	32	29	32	6	1.83
8748576--8748717	64	2.3	66	81	8	172	30	13	14	41	1.84
8748576--8748846	63	4.3	61	70	13	174	31	15	15	38	1.88
8748962--8749170	104	2.0	104	100	0	418	32	18	12	36	1.89
8749082--8749383	62	4.9	61	73	9	229	32	14	15	37	1.87
8749495--8749610	40	2.8	41	81	3	135	40	11	14	33	1.82
8749598--8749683	42	2.0	42	84	6	109	33	22	10	33	1.88
8753696--8753746	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8756681--8756723	20	2.1	21	86	4	61	62	11	11	13	1.54
8759161--8759192	10	3.2	10	95	0	55	31	6	0	62	1.20
8759258--8759359	48	2.1	50	92	3	172	65	1	8	23	1.31
8759243--8759359	48	2.4	48	88	4	171	65	1	9	23	1.31
8760366--8760399	18	1.9	18	88	5	52	73	8	2	14	1.19
8760827--8760885	16	3.6	16	79	9	57	69	11	3	15	1.31
8762279--8762317	15	2.5	15	91	4	60	79	2	0	17	0.84
8762811--8762855	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
8765754--8765824	34	2.1	34	89	0	106	47	18	12	21	1.81
8766135--8766478	60	5.7	59	69	11	180	31	15	12	40	1.84
8766035--8766502	243	1.9	241	81	6	554	31	15	12	40	1.84
8766216--8766652	183	2.4	183	78	9	444	32	15	12	40	1.84
8766642--8766679	20	1.9	20	88	0	58	50	10	10	28	1.70
8768191--8768217	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
8771468--8771579	58	1.9	58	92	3	190	32	22	8	36	1.85
8779314--8781303	821	2.4	820	77	8	1926	33	9	23	33	1.87
8782608--8782816	103	2.0	103	96	0	382	31	19	10	38	1.86
8789028--8789068	21	2.0	21	90	0	64	36	9	17	36	1.82
8789894--8789939	22	2.1	22	100	0	92	43	17	8	30	1.79
8794688--8797388	316	8.6	317	73	9	1202	39	11	17	31	1.86
8794472--8797388	159	18.6	159	71	10	1398	39	11	17	31	1.86
8796804--8797241	147	2.9	148	79	8	415	39	12	16	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8796354--8797387	158	6.7	151	72	12	440	39	12	17	30	1.87
8797105--8797672	286	2.0	286	80	4	635	40	10	17	31	1.83
8797438--8798965	159	9.7	157	73	9	590	39	11	15	32	1.84
8797907--8798194	157	1.8	157	82	6	366	39	11	15	33	1.83
8798286--8798753	158	3.0	156	80	4	478	41	12	14	31	1.83
8799149--8799462	130	2.4	130	88	1	441	39	10	20	29	1.85
8799463--8799918	228	2.0	224	92	1	750	41	12	17	29	1.86
8799780--8800820	160	6.6	158	74	5	715	39	10	17	31	1.84
8803246--8804283	162	6.6	154	73	10	565	40	12	16	30	1.85
8802663--8804283	159	10.3	159	73	8	928	40	11	15	31	1.84
8803213--8804233	473	2.2	469	80	5	1087	40	11	17	30	1.85
8804026--8804321	158	1.9	158	80	6	357	41	10	14	32	1.80
8817894--8818029	39	3.4	39	78	6	123	26	11	19	42	1.85
8817894--8818060	40	4.2	39	80	5	147	28	13	17	40	1.88
8818310--8818589	118	2.4	118	81	4	305	26	13	18	41	1.88
8818218--8818634	39	10.5	40	75	5	276	28	14	17	40	1.88
8818252--8818624	79	4.7	79	81	5	335	27	13	17	41	1.88
8819515--8819544	15	2.0	15	93	0	51	60	0	30	10	1.30
8819700--8819747	20	2.4	19	83	10	60	14	2	10	72	1.19
8819805--8819838	12	2.7	12	90	9	50	79	2	2	14	0.97
8822666--8822702	20	2.0	20	84	10	51	45	0	18	35	1.50
8822888--8822930	22	2.0	22	90	0	68	44	9	11	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8826874--8826917	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
8826877--8826929	22	2.4	22	84	6	54	49	9	11	30	1.70
8827012--8827043	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8828787--8828868	42	2.0	42	85	0	110	51	8	8	31	1.63
8831353--8831391	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
8840071--8840134	17	3.6	17	73	8	56	48	3	6	42	1.44
8850898--8851070	62	2.7	63	76	16	194	37	16	6	38	1.76
8851556--8851627	28	2.6	28	88	0	108	23	2	27	45	1.66
8851587--8851726	12	11.1	12	71	11	84	21	5	27	46	1.72
8851587--8851689	37	2.7	38	80	10	113	20	3	28	47	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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