genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8035200--8035285	38	2.3	37	82	4	102	67	5	2	24	1.24
8035200--8035287	37	2.4	35	78	10	95	65	5	2	26	1.26
8035330--8035426	49	2.0	49	80	13	112	40	4	4	51	1.40
8035434--8035517	21	4.5	18	72	20	66	32	1	5	60	1.28
8035482--8035535	27	2.0	26	82	13	65	37	3	5	53	1.42
8035477--8035541	26	2.5	24	79	18	69	30	3	6	60	1.37
8055915--8055957	20	2.0	22	86	8	63	67	9	6	16	1.40
8057320--8057361	19	2.3	18	84	12	50	64	14	2	19	1.39
8061109--8061153	21	2.1	21	95	0	81	46	6	20	26	1.75
8062182--8062213	11	3.1	11	82	17	50	34	0	0	65	0.93
8063133--8063157	13	1.9	13	100	0	50	60	0	16	24	1.36
8070267--8070293	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
8070326--8070414	28	3.1	28	79	11	90	47	1	1	50	1.15
8075924--8075967	22	2.0	22	91	8	72	31	9	13	45	1.75
8076225--8076273	25	2.0	25	88	8	73	20	24	14	40	1.89
8079913--8079956	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
8082250--8082276	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
8088382--8088478	7	14.6	7	70	16	55	18	2	36	43	1.62
8088437--8088554	12	9.9	12	65	15	66	14	0	33	51	1.48
8093018--8093059	18	2.3	19	76	12	52	14	14	11	59	1.61
8095392--8095427	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
8095426--8095460	3	12.0	3	93	6	63	31	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8095790--8095827	17	2.2	18	81	13	53	18	7	0	73	1.06
8098455--8098502	22	2.2	21	78	10	53	75	4	2	18	1.07
8099780--8100218	86	5.1	86	79	4	402	36	12	17	33	1.87
8099720--8100157	172	2.5	172	79	5	456	36	12	17	33	1.87
8100394--8100645	55	4.6	55	75	6	201	41	14	22	21	1.89
8100955--8101045	43	2.1	44	91	2	148	27	20	5	46	1.73
8104649--8104685	17	2.2	17	95	0	65	51	2	10	35	1.51
8105733--8105761	9	3.3	9	95	4	51	89	0	0	10	0.48
8111827--8111875	23	2.0	25	84	7	66	28	4	36	30	1.76
8111955--8112005	17	2.9	18	88	5	77	11	11	33	43	1.78
8111995--8112066	31	2.4	31	79	6	85	22	4	27	45	1.70
8112072--8112119	18	2.6	19	77	12	55	20	2	39	37	1.65
8112098--8112168	28	2.5	28	88	4	108	18	0	36	45	1.50
8113867--8113922	11	5.5	11	79	16	75	30	14	17	37	1.90
8113868--8113922	20	2.8	20	94	0	101	30	14	18	36	1.91
8114533--8114822	20	14.2	20	67	15	105	58	7	1	32	1.35
8114621--8114747	9	13.6	9	68	16	71	54	6	0	38	1.31
8114533--8114827	10	31.1	10	65	16	78	57	7	1	33	1.35
8114817--8114852	19	1.9	19	88	5	56	47	5	0	47	1.25
8114882--8115015	18	7.5	17	68	15	67	47	4	1	47	1.31
8114881--8114959	19	4.2	19	76	9	72	41	6	1	50	1.36
8115050--8115084	16	2.2	16	100	0	70	65	5	0	28	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8115031--8115084	16	3.2	17	82	10	67	68	3	0	27	1.06
8115135--8115182	8	5.5	8	81	13	51	29	2	8	60	1.37
8115184--8115224	19	2.2	19	86	0	55	43	0	7	48	1.30
8115192--8115232	20	2.1	19	90	4	64	41	0	7	51	1.30
8115281--8115333	20	2.7	20	85	5	72	41	0	11	47	1.39
8115363--8115410	20	2.3	21	78	7	62	31	2	4	62	1.26
8115948--8115996	20	2.5	20	93	0	80	55	4	2	38	1.31
8116015--8116053	17	2.1	18	86	13	53	48	0	0	51	1.00
8119828--8119876	21	2.5	18	76	20	53	20	4	2	73	1.10
8119816--8119879	18	3.6	17	69	23	51	21	4	1	71	1.12
8119816--8119879	27	2.4	26	78	14	67	21	4	1	71	1.12
8120753--8120804	17	3.3	15	82	17	61	13	0	3	82	0.80
8120753--8120802	22	2.4	21	90	6	75	14	0	4	82	0.82
8121394--8121586	53	3.6	52	78	7	208	49	7	13	29	1.70
8121381--8121586	108	1.9	109	88	5	310	51	7	13	28	1.67
8121884--8122027	54	2.7	54	80	7	152	53	6	12	27	1.62
8122602--8122633	15	2.1	15	94	0	55	6	9	0	84	0.78
8126063--8126111	19	2.6	18	81	9	62	77	0	14	8	0.98
8127370--8127416	21	2.2	21	88	0	67	34	8	14	42	1.77
8127440--8127492	20	2.6	21	84	3	63	39	13	13	33	1.83
8127440--8127495	21	2.8	20	86	2	67	39	12	14	33	1.83
8127381--8127665	79	3.6	79	87	5	414	37	11	17	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8127603--8127654	21	2.5	21	87	3	70	40	11	13	34	1.81
8127615--8127654	21	1.9	21	94	0	71	42	10	12	35	1.76
8127783--8127823	20	2.0	20	86	9	57	39	17	14	29	1.89
8128082--8128284	41	4.9	41	87	3	309	23	11	22	43	1.85
8128082--8128283	83	2.5	82	93	0	341	23	11	21	43	1.85
8129410--8129450	18	2.3	18	91	0	64	19	0	4	75	0.98
8129489--8130003	184	2.9	177	80	9	484	44	7	11	36	1.69
8130033--8130222	57	3.4	55	75	10	190	53	7	12	26	1.65
8134530--8134587	30	1.9	30	89	0	89	55	1	5	37	1.33
8136592--8136644	25	2.1	26	96	3	99	49	32	3	15	1.62
8140591--8140755	85	1.9	86	90	2	260	48	15	9	26	1.75
8141555--8141588	17	2.0	17	100	0	68	47	23	0	29	1.52
8142376--8142414	19	2.1	19	95	0	69	28	17	0	53	1.44
8143793--8143839	16	2.9	15	81	12	58	61	0	6	31	1.21
8143844--8143870	12	2.2	12	100	0	54	0	14	0	85	0.61
8143925--8143951	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8144236--8144275	21	1.9	21	89	0	62	62	0	0	37	0.95
8144456--8144559	9	10.8	9	73	13	64	42	0	6	50	1.28
8144466--8144559	20	4.8	20	74	10	68	43	0	6	50	1.28
8144437--8144522	20	4.3	20	73	10	77	40	1	11	46	1.48
8144462--8144559	40	2.5	39	80	6	108	43	0	6	50	1.27
8144589--8144623	17	2.1	16	89	5	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8144596--8144630	18	1.9	18	88	0	52	37	0	0	62	0.95
8145174--8145222	20	2.5	20	93	0	80	55	4	0	40	1.19
8149539--8149576	12	3.2	12	92	0	58	65	13	7	13	1.46
8152775--8152939	85	1.9	86	93	2	287	47	15	9	26	1.76
8154965--8155002	16	2.3	17	90	4	60	65	2	7	23	1.32
8155907--8155937	16	1.9	16	93	0	53	61	0	6	32	1.21
8156415--8156575	33	4.9	33	78	8	148	40	9	19	29	1.83
8156415--8156575	66	2.4	66	83	2	180	40	9	19	29	1.83
8157760--8157786	10	2.7	10	100	0	54	7	11	0	81	0.87
8163077--8163186	51	2.2	51	86	3	150	38	12	7	41	1.71
8164388--8164443	22	2.5	22	94	2	94	8	3	7	80	1.01
8173128--8173206	39	2.0	39	87	0	113	32	7	13	45	1.72
8175943--8175998	21	2.6	23	83	8	64	51	1	1	44	1.22
8176826--8176861	18	1.9	19	88	5	56	33	11	16	38	1.84
8177136--8177180	11	4.2	11	83	10	58	20	0	0	80	0.72
8177146--8177194	20	2.6	18	83	6	62	28	0	0	71	0.86
8177139--8177199	20	2.7	24	70	21	58	27	0	0	72	0.85
8178946--8178996	16	3.2	15	81	13	57	84	13	0	1	0.71
8178946--8178996	12	4.7	10	79	15	57	84	13	0	1	0.71
8178957--8178994	6	6.5	6	90	9	53	84	15	0	0	0.63
8182573--8182602	15	2.0	15	100	0	60	93	0	6	0	0.35
8183496--8183585	35	2.6	34	83	1	117	37	15	10	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183854--8183915	21	2.8	23	82	7	74	48	1	1	48	1.21
8186371--8186572	86	2.4	85	82	5	228	38	18	13	29	1.89
8189438--8189471	18	1.9	18	88	5	52	5	11	2	79	1.02
8189734--8189792	30	2.0	30	86	6	84	45	22	5	27	1.73
8189776--8189823	18	2.6	19	80	9	55	50	25	0	25	1.50
8189803--8189861	31	1.9	31	82	6	75	54	20	5	20	1.63
8189815--8189880	31	2.1	31	82	0	78	53	16	7	22	1.68
8197111--8197141	15	2.1	15	93	0	53	51	16	12	19	1.76
8198076--8198121	21	2.2	21	84	7	58	45	4	8	41	1.55
8204661--8204968	132	2.4	133	80	9	343	52	9	18	19	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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