genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21107920

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514136--2514170	6	5.8	6	90	10	54	34	0	0	65	0.93
2514186--2514255	35	2.0	34	91	2	113	55	4	0	40	1.19
2514629--2514687	29	2.1	28	90	3	91	49	0	5	45	1.24
2514747--2514817	29	2.4	30	85	4	99	40	5	1	52	1.34
2524692--2524864	86	2.0	86	94	0	301	39	16	13	30	1.87
2533158--2533191	14	2.4	15	90	9	54	55	2	2	38	1.30
2533311--2533378	26	2.6	25	82	15	93	51	2	0	45	1.16
2533349--2533427	16	4.8	16	71	18	54	51	2	0	45	1.14
2533496--2533573	18	4.6	17	78	18	92	42	1	1	55	1.16
2533494--2533562	31	2.2	30	89	5	102	43	1	1	53	1.18
2540366--2540423	18	3.3	18	70	18	59	56	3	0	39	1.16
2540356--2540424	34	2.0	34	94	0	120	56	4	0	39	1.19
2540798--2540856	29	2.1	28	90	3	91	49	0	5	45	1.24
2540916--2540987	29	2.4	30	86	6	101	40	5	1	52	1.33
2550892--2551064	86	2.0	86	95	0	310	39	16	14	30	1.88
2557357--2557420	31	2.1	31	82	5	76	40	0	6	53	1.26
2557480--2557538	29	2.0	29	83	0	73	47	3	0	49	1.18
2558415--2558571	52	3.0	51	86	3	206	25	26	8	38	1.85
2558826--2558892	25	2.8	22	75	16	62	26	34	5	32	1.81
2558896--2558949	24	2.2	25	80	12	67	18	33	9	38	1.83
2558943--2559027	31	2.8	30	78	5	98	25	24	20	29	1.99
2572390--2572445	2	28.5	2	83	3	69	51	3	0	44	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582106--2582160	18	3.1	17	76	10	56	41	0	1	56	1.10
2582108--2582173	19	3.5	18	78	15	62	39	0	1	59	1.07
2583593--2583647	10	5.5	10	91	0	83	0	56	0	43	0.99
2583593--2583647	6	9.2	6	87	0	74	0	56	0	43	0.99
2583593--2583647	4	13.8	4	88	0	74	0	56	0	43	0.99
2587679--2588195	257	2.0	259	90	4	810	19	12	21	47	1.81
2600412--2600462	16	3.1	16	86	8	59	33	1	0	64	1.05
2600412--2600463	10	4.7	11	82	15	63	32	1	0	65	1.04
2600413--2600476	12	5.2	12	81	9	67	35	3	0	60	1.12
2600413--2600465	24	2.3	22	87	9	79	33	1	0	64	1.05
2606928--2606989	30	2.1	30	96	0	115	51	9	14	24	1.72
2611622--2611680	28	2.1	28	96	0	109	22	8	13	55	1.64
2615895--2615931	2	18.5	2	94	0	65	2	45	0	51	1.15
2624593--2624617	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
2625741--2625817	29	2.7	28	80	6	75	37	2	1	58	1.20
2625839--2625934	30	3.2	30	69	12	81	46	3	8	41	1.49
2625899--2625957	28	2.1	28	81	15	68	52	3	10	33	1.52
2634091--2634140	26	2.0	26	92	4	84	58	0	0	42	0.98
2634085--2634140	26	2.1	27	83	9	80	55	0	0	44	0.99
2634094--2634140	24	2.0	24	84	16	62	59	0	0	40	0.97
2637924--2637982	30	2.0	30	86	6	84	52	0	0	47	1.00
2637936--2637987	26	2.0	27	85	11	72	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641771--2641797	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2643287--2643333	24	2.0	24	83	8	60	42	2	0	55	1.12
2643467--2643502	15	2.4	15	95	0	63	63	13	8	13	1.50
2648224--2648262	21	1.9	19	85	10	51	35	10	12	41	1.77
2649206--2649541	174	1.9	174	79	4	374	37	11	15	35	1.84
2659265--2659291	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2663081--2663376	149	2.0	150	85	6	404	57	8	7	27	1.54
2668630--2668693	24	2.7	22	81	15	74	51	0	6	42	1.27
2670826--2670987	58	2.7	59	75	14	163	35	11	6	47	1.64
2671118--2671338	73	3.0	73	86	5	272	33	9	7	49	1.63
2671340--2671384	23	2.0	23	86	0	63	73	0	2	24	0.95
2671349--2671389	11	3.6	12	80	9	50	73	0	2	24	0.96
2671409--2671453	17	2.8	16	80	19	58	73	0	0	26	0.84
2671413--2671452	14	2.8	14	82	17	55	72	0	0	27	0.85
2671409--2671469	26	2.4	26	84	13	74	73	0	3	22	0.97
2672234--2672346	7	15.6	7	75	14	72	69	0	3	26	1.11
2672215--2672338	31	4.4	29	79	16	120	69	0	4	25	1.11
2672248--2672334	24	3.6	25	83	11	110	67	1	2	28	1.10
2672220--2672338	55	2.2	55	85	7	154	68	0	3	26	1.10
2672190--2672351	28	5.7	28	68	19	70	70	1	4	24	1.13
2672560--2672768	44	4.8	44	84	3	260	43	21	13	22	1.87
2672560--2672768	88	2.4	88	87	3	296	43	21	13	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2672720--2672881	87	1.9	86	83	5	209	40	20	12	26	1.88
2673961--2673991	16	1.9	16	100	0	62	12	0	0	87	0.55
2679301--2679344	18	2.5	17	82	10	52	4	13	0	81	0.83
2679335--2679396	6	10.2	6	75	16	56	20	1	0	77	0.85
2679338--2679383	18	2.5	19	85	7	67	21	0	0	78	0.76
2679318--2679396	17	4.4	17	74	16	61	17	6	0	75	1.00
2679515--2679592	22	3.6	21	78	16	70	24	5	7	62	1.42
2680409--2680460	14	3.9	14	80	14	56	15	1	1	80	0.88
2680411--2680451	12	3.6	12	80	12	59	14	0	2	82	0.76
2680582--2681095	59	8.7	57	86	7	645	45	7	12	34	1.70
2686960--2687152	73	2.6	73	82	6	205	35	11	6	46	1.65
2687078--2687122	15	2.9	16	80	6	56	35	2	8	53	1.45
2687019--2687181	73	2.2	73	86	7	224	34	7	6	51	1.56
2687210--2687236	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2688010--2688044	14	2.5	14	85	0	52	82	0	5	11	0.82
2688010--2688046	15	2.6	15	83	12	51	81	0	5	13	0.86
2688044--2688100	30	1.9	30	92	0	96	63	0	5	31	1.17
2688076--2688153	19	3.8	20	80	11	72	70	1	2	25	1.07
2688029--2688153	22	5.5	22	69	22	73	68	0	4	27	1.13
2688028--2688161	23	5.9	22	70	22	73	67	1	3	26	1.16
2691098--2691130	16	2.1	16	94	0	57	78	0	0	21	0.75
2695208--2695269	26	2.4	27	83	5	74	56	4	4	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695206--2695265	24	2.5	26	76	10	65	53	5	6	35	1.49
2695263--2695310	14	3.3	15	80	11	55	64	14	0	20	1.28
2695438--2695462	11	2.3	11	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2702804--2703034	117	2.0	115	91	4	374	36	13	12	36	1.83
2704551--2704614	31	2.1	31	100	0	128	50	3	18	28	1.62
2713392--2713569	93	1.9	94	97	1	340	47	5	11	35	1.62
2719370--2719415	16	2.9	16	78	12	51	28	0	0	71	0.86
2721080--2721212	49	2.7	49	88	1	140	38	9	4	48	1.55
2721103--2721212	49	2.2	49	93	1	184	36	10	4	49	1.57
2721386--2721421	15	2.2	16	90	9	56	25	0	0	75	0.81
2722814--2722851	7	5.4	7	93	0	67	15	13	0	71	1.16
2722814--2722859	21	2.2	21	88	0	65	17	10	2	69	1.27
2731706--2731911	105	2.0	105	92	3	344	39	8	17	34	1.80
2746496--2746533	18	2.1	18	85	9	51	31	0	0	68	0.90
2756429--2756493	33	1.9	33	87	3	94	35	1	3	60	1.22
2756664--2756714	17	2.9	17	72	11	50	41	1	1	54	1.22
2757711--2757744	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
2759117--2759174	30	1.9	31	85	3	82	51	10	12	25	1.70
2763417--2763462	22	2.1	22	83	0	56	36	4	4	54	1.40
2771503--2771535	17	1.9	17	88	11	50	36	3	0	60	1.12
2771594--2771646	20	2.6	19	85	8	61	54	5	5	33	1.47
2777236--2777273	19	2.0	20	84	5	51	23	15	0	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779051--2779092	20	2.0	21	90	4	68	52	0	0	47	1.00
2779034--2779091	23	2.4	25	81	18	70	50	1	0	48	1.11
2779040--2779094	20	2.7	19	81	10	65	52	1	0	45	1.11
2787875--2787908	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2793730--2793764	18	1.9	18	88	0	52	17	2	5	74	1.14
2796526--2796563	14	2.7	14	88	11	60	34	5	0	60	1.19
2798210--2798309	51	2.0	49	84	3	128	22	18	27	33	1.96
2798309--2798418	58	1.9	58	90	1	177	20	21	20	36	1.95
2806542--2806567	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2811450--2811480	11	2.8	11	100	0	62	25	0	29	45	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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