genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3990--4062	26	2.8	26	79	8	94	41	30	10	17	1.84
4612--4701	42	2.1	42	95	0	162	42	20	6	31	1.77
21149--21183	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
25015--25054	20	2.0	20	90	9	64	55	5	0	40	1.22
31273--31304	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
34288--34323	16	2.2	17	90	5	56	36	0	52	11	1.37
36820--37033	45	4.8	45	82	5	222	36	24	14	24	1.93
36819--37038	89	2.5	89	81	9	252	36	24	14	24	1.92
45296--45509	45	4.8	45	82	5	222	36	24	14	24	1.93
45295--45514	89	2.5	89	81	9	252	36	24	14	24	1.92
48243--48316	36	2.1	36	97	0	139	33	17	17	31	1.93
49658--49833	88	2.0	87	97	1	334	48	11	19	19	1.79
50984--51161	27	6.6	27	83	3	196	27	15	27	29	1.96
50985--51135	82	1.9	81	88	4	232	27	15	27	29	1.96
50981--51161	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
51092--51169	27	2.9	27	84	1	75	28	15	25	30	1.96
67195--67242	5	8.8	5	84	15	60	2	20	0	77	0.88
67195--67237	22	1.9	23	95	4	79	0	23	0	76	0.78
67194--67242	17	2.9	16	85	8	71	2	20	0	77	0.87
67195--67242	22	2.2	22	88	7	71	2	20	0	77	0.88
70646--70743	50	2.0	50	97	0	187	48	16	2	32	1.57
91425--91510	24	3.5	24	85	4	109	45	2	3	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91826--91885	11	5.6	11	73	18	56	58	0	1	40	1.08
91824--91888	30	2.1	31	88	8	98	61	0	1	36	1.05
91819--91893	31	2.6	29	80	17	84	60	0	1	38	1.06
97039--97083	13	3.5	13	76	11	56	40	4	22	33	1.74
97043--97099	26	2.2	26	87	0	78	43	5	19	31	1.73
101080--101422	51	6.8	51	74	10	276	28	15	25	30	1.95
101080--101422	102	3.4	102	80	8	348	28	15	25	30	1.95
104773--105127	114	3.1	114	90	0	539	24	23	25	26	2.00
105359--105389	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
107655--107680	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
109789--109873	43	2.0	43	88	0	125	34	8	10	47	1.68
110135--110403	43	6.3	43	84	3	317	26	17	28	28	1.97
110135--110403	129	2.1	129	85	2	362	26	17	28	28	1.97
110804--110886	26	3.2	26	65	21	66	28	10	26	33	1.90
110800--111142	102	3.4	102	80	7	346	28	14	26	30	1.95
110800--111136	51	6.7	50	76	7	270	28	14	26	30	1.95
112318--112410	47	2.0	47	95	0	168	45	9	13	31	1.77
118465--118803	51	6.7	51	77	9	293	27	15	26	30	1.96
118465--118806	102	3.4	102	81	6	369	27	15	26	30	1.96
120297--121030	357	2.1	357	88	1	1105	27	20	16	35	1.94
122867--122912	18	2.6	18	96	0	83	26	0	10	63	1.27
124122--124258	35	3.9	35	83	0	157	39	17	18	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124893--125044	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
124961--125229	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
125004--125223	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
124961--125229	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
129259--129443	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
129259--129443	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
138412--138486	18	4.2	17	73	11	69	64	4	1	30	1.20
138458--138492	18	1.9	18	88	0	52	65	5	0	28	1.15
138993--139061	20	3.5	20	86	7	97	55	8	0	36	1.31
142869--142903	15	2.3	15	95	0	61	48	14	11	25	1.77
150848--150899	27	1.9	27	84	0	68	55	0	7	36	1.29
150937--151199	56	4.7	55	100	0	490	58	6	5	30	1.46
158886--159118	125	1.9	125	100	0	466	33	14	17	34	1.90
163118--163176	23	2.6	22	75	21	59	27	8	16	47	1.76
163992--164105	40	2.8	40	83	0	129	26	20	23	29	1.99
164515--164566	14	3.7	14	86	0	68	21	0	28	50	1.49
164973--165020	13	3.4	14	80	8	53	60	2	0	37	1.09
165072--165110	20	2.0	20	89	0	60	48	10	0	41	1.37
165127--165169	21	2.1	21	91	4	70	27	39	4	27	1.76
166269--166351	42	2.0	42	90	2	132	13	3	59	24	1.50
168122--168306	43	4.3	43	80	5	212	24	17	23	34	1.96
169603--169922	96	3.3	95	83	2	327	29	13	19	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169603--169894	48	6.1	48	72	9	200	28	13	19	37	1.90
169673--169922	48	5.2	47	73	6	200	28	13	20	38	1.90
174332--174358	12	2.2	12	100	0	54	25	7	18	48	1.74
176202--176317	60	2.0	59	83	5	146	53	5	2	38	1.37
180771--180843	19	3.8	19	88	0	119	39	9	13	36	1.78
180771--180869	19	4.9	21	83	6	84	38	8	15	38	1.77
189533--189675	72	2.0	72	98	0	277	38	16	11	34	1.84
192645--192693	14	3.4	14	78	21	57	71	10	2	16	1.22
192641--192701	23	2.7	22	85	5	77	72	9	3	14	1.24
192688--192729	6	7.0	6	89	8	59	80	0	14	4	0.86
192688--192722	11	3.1	11	91	4	52	85	0	11	2	0.69
194131--194236	53	2.0	53	96	0	194	33	26	18	20	1.96
195274--195883	50	12.4	49	77	6	529	32	20	20	26	1.97
195328--196010	150	4.6	148	80	5	598	32	20	19	26	1.97
195269--196023	50	15.3	49	75	7	528	33	20	19	26	1.97
195473--196001	195	2.7	195	79	6	480	33	20	19	26	1.97
196074--196108	18	1.9	18	94	0	61	25	37	11	25	1.90
196092--196723	132	4.8	132	92	0	1012	31	17	23	27	1.97
196228--196568	44	7.8	44	66	13	155	32	18	23	26	1.97
196905--196946	17	2.4	18	80	11	52	54	35	0	9	1.33
200400--200434	12	2.8	12	91	4	52	60	0	8	31	1.27
202131--202558	44	9.8	44	70	10	243	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202086--202571	175	2.8	175	93	0	819	28	22	19	30	1.98
203888--203957	1	70.0	1	79	0	77	1	0	8	90	0.53
203888--203957	10	6.7	10	84	12	88	1	0	8	90	0.53
203888--203957	22	3.2	21	90	8	104	1	0	8	90	0.53
203888--203957	32	2.2	33	94	2	124	1	0	8	90	0.53
215383--215417	12	2.8	12	91	4	52	60	0	8	31	1.27
218332--218376	16	2.6	18	79	6	58	71	4	6	17	1.25
218339--218368	8	3.6	8	95	4	51	76	0	10	13	1.01
218765--218809	18	2.5	19	89	7	67	37	0	2	60	1.09
218772--218810	19	2.1	18	90	4	60	41	0	0	58	0.98
226709--226754	22	2.1	22	84	8	58	47	23	6	21	1.74
229963--230028	20	3.3	20	75	8	71	36	18	30	15	1.91
232789--233009	11	22.4	11	73	23	158	38	1	0	59	1.08
232772--233014	39	6.2	39	90	7	386	37	1	0	60	1.07
232772--233019	77	3.2	77	94	2	419	37	1	0	60	1.07
232992--233030	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
232991--233048	20	2.8	20	80	17	57	41	1	3	53	1.28
233339--233414	26	2.9	26	78	3	73	34	17	7	40	1.78
233577--233614	18	2.1	18	95	0	67	21	18	0	60	1.36
235356--235389	17	2.0	17	88	0	50	23	17	17	41	1.90
235365--235402	17	2.2	17	90	0	58	26	15	13	44	1.83
235399--235442	17	2.6	17	81	0	61	27	31	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243840--243915	40	1.9	40	97	0	143	35	22	10	31	1.88
248037--248095	3	19.7	3	100	0	118	0	33	0	66	0.92
249158--249187	16	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
257224--257272	26	1.9	25	91	4	80	28	12	22	36	1.90
266588--266612	11	2.3	11	100	0	50	48	20	0	32	1.50
267991--268689	233	3.0	233	98	0	1317	36	13	7	42	1.74
272785--272974	50	3.7	50	78	7	175	27	20	26	25	1.99
280481--280600	49	2.4	49	79	6	127	33	20	24	21	1.97
286713--286841	49	2.6	49	90	0	213	20	2	13	62	1.42
286763--286834	16	4.4	16	68	16	58	23	1	9	65	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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