genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25383612--25383858	130	1.9	130	86	5	356	27	34	16	21	1.95
25384011--25384076	34	1.9	35	84	9	91	53	1	3	42	1.25
25387749--25388090	147	2.3	146	86	2	481	33	12	14	39	1.84
25388937--25389091	82	1.9	82	86	5	224	44	26	1	27	1.62
25388937--25389116	82	2.3	79	80	6	197	44	27	2	26	1.66
25389131--25389169	13	2.9	13	81	7	51	33	46	0	20	1.51
25389131--25389169	14	2.9	14	84	3	53	33	46	0	20	1.51
25390452--25390719	41	6.5	41	92	0	392	29	28	23	17	1.97
25390755--25390888	40	3.4	39	79	6	146	21	21	20	35	1.96
25390773--25390889	40	3.0	40	83	1	155	23	21	20	35	1.96
25391723--25391779	26	2.2	25	81	6	60	56	3	3	36	1.34
25394378--25394469	25	3.6	25	75	10	80	64	1	1	33	1.08
25394414--25394491	18	4.3	18	78	10	88	65	0	0	34	0.93
25394403--25394485	10	9.1	10	75	18	67	66	1	0	32	1.00
25394393--25394491	37	2.9	35	82	13	116	64	1	0	34	1.00
25394385--25394487	8	12.1	8	71	14	57	66	0	0	32	0.98
25394980--25395044	9	7.1	9	77	13	53	27	3	0	69	1.03
25402195--25402308	43	2.7	43	91	0	183	28	31	15	24	1.96
25405760--25405839	31	2.6	31	95	0	142	45	21	15	18	1.86
25407301--25407349	14	3.4	14	74	2	53	48	36	0	14	1.44
25407300--25407355	28	2.0	29	85	3	78	50	35	0	14	1.43
25408890--25409276	51	7.6	50	74	5	339	29	26	14	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25408890--25409233	102	3.4	102	90	0	501	29	26	15	29	1.96
25414642--25414975	50	6.6	50	77	6	325	29	26	14	29	1.95
25414642--25414975	101	3.3	101	88	1	465	29	26	14	29	1.95
25414633--25414975	151	2.3	149	79	6	370	29	26	14	29	1.95
25416500--25416755	41	6.2	41	76	7	180	33	24	18	23	1.96
25416573--25416800	41	5.5	41	78	6	210	31	25	19	23	1.98
25416521--25416813	82	3.6	81	75	2	244	33	24	17	23	1.96
25416882--25416983	39	2.6	40	85	3	143	20	21	19	38	1.94
25419247--25419286	21	2.0	21	85	5	55	37	20	7	35	1.81
25420596--25420628	15	2.1	16	94	5	59	63	0	0	36	0.95
25429857--25429894	13	3.1	12	88	11	51	18	2	5	73	1.14
25440148--25440305	59	2.6	60	73	10	171	43	0	2	53	1.19
25440512--25440546	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25440692--25440801	45	2.6	44	76	8	113	33	27	5	33	1.80
25440780--25440849	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
25445841--25446664	132	6.2	132	96	0	1423	28	19	25	26	1.98
25448075--25448111	13	2.7	14	84	16	51	21	2	0	75	0.92
25448090--25448173	38	2.3	35	80	10	80	29	0	2	67	1.03
25455466--25455508	21	2.0	21	95	0	77	39	18	32	9	1.83
25456439--25456504	23	2.8	23	79	2	78	36	16	16	30	1.91
25457362--25457440	26	3.0	26	78	5	88	51	1	0	46	1.08
25462603--25462641	20	2.1	20	86	13	57	2	17	2	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25462598--25462648	24	2.1	24	85	7	68	5	15	1	76	1.07
25473762--25473797	17	2.1	18	89	5	56	69	8	2	19	1.27
25473813--25473852	20	2.1	19	90	9	64	70	0	0	30	0.88
25473840--25473928	19	4.7	18	70	13	72	62	1	4	31	1.22
25473822--25473948	10	13.0	10	71	17	72	63	0	3	31	1.18
25480909--25481113	10	21.7	9	65	17	53	35	4	3	56	1.39
25481135--25481204	11	6.3	11	76	14	54	24	1	4	70	1.14
25481144--25481194	12	4.4	12	75	9	52	23	0	3	72	1.01
25481135--25481204	22	3.1	22	89	4	104	24	1	4	70	1.14
25481706--25481821	56	2.1	56	96	0	214	35	13	17	33	1.89
25485752--25485865	34	3.5	31	78	18	106	39	0	12	47	1.47
25485937--25486309	125	3.0	124	84	4	477	37	17	16	27	1.92
25489520--25489595	21	3.6	21	91	5	118	10	15	43	30	1.81
25489849--25489885	18	2.1	18	94	0	65	40	8	27	24	1.83
25490927--25491225	109	2.7	107	88	5	456	33	19	16	30	1.94
25491199--25491240	18	2.4	17	84	11	57	30	9	7	52	1.61
25491675--25491708	3	11.3	3	87	0	50	61	0	5	32	1.20
25493378--25493557	95	1.9	94	86	1	252	30	23	16	29	1.96
25493745--25494126	88	4.3	88	92	0	631	24	26	23	25	2.00
25493807--25494121	44	7.2	44	67	15	186	25	26	22	25	2.00
25495400--25495497	23	4.3	23	89	2	153	31	25	21	21	1.98
25495407--25495495	45	2.0	45	93	0	151	31	25	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25503172--25503246	23	3.3	23	86	3	116	32	26	21	20	1.97
25505704--25505741	19	1.9	21	89	10	62	13	10	0	76	1.02
25506577--25506606	14	2.2	14	94	5	53	0	16	0	83	0.65
25508931--25508983	24	2.1	27	86	10	76	66	11	3	18	1.38
25509480--25509778	109	2.7	107	87	5	447	34	19	16	30	1.93
25509752--25509793	18	2.4	17	84	11	57	30	9	7	52	1.61
25510227--25510260	3	11.3	3	87	0	50	61	0	5	32	1.20
25513715--25513777	27	2.4	27	84	12	78	39	1	0	58	1.07
25513745--25513787	15	3.1	14	83	9	61	44	0	0	55	0.99
25513739--25513787	13	3.7	13	86	5	71	42	0	0	57	0.99
25531324--25531955	316	2.0	316	100	0	1264	30	11	25	32	1.91
25535958--25536417	245	1.9	244	88	1	697	43	11	12	32	1.80
25542175--25542211	18	2.1	18	100	0	74	29	10	10	48	1.72
25543266--25543317	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
25550230--25550269	20	2.0	21	85	14	57	47	17	0	35	1.48
25558176--25558237	26	2.4	26	83	5	72	14	11	35	38	1.82
25563117--25563232	43	2.7	43	77	10	130	25	19	27	27	1.99
25564225--25564315	47	1.9	47	84	0	119	24	17	16	41	1.89
25564225--25564292	24	2.9	24	82	2	84	25	19	16	39	1.91
25564234--25564497	70	3.8	69	85	5	314	25	14	18	42	1.88
25564283--25564377	47	2.0	46	85	2	127	24	10	18	46	1.81
25564239--25564523	23	12.2	23	75	10	121	26	13	17	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25564760--25564784	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
25567525--25567578	25	2.2	25	82	0	63	18	31	18	31	1.95
25567545--25567591	25	1.9	24	86	4	67	23	27	17	31	1.96
25576174--25576238	28	2.4	27	82	7	69	52	3	3	41	1.32
25576233--25576279	21	2.4	19	76	16	51	44	0	2	53	1.12
25578745--25578797	23	2.5	21	81	9	63	56	3	3	35	1.35
25583442--25583503	24	2.6	24	74	2	72	41	20	12	24	1.87
25585327--25585458	18	7.8	18	67	17	77	56	1	1	40	1.18
25585378--25585433	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
25585388--25585450	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
25585365--25585603	120	2.0	120	97	0	451	51	4	1	43	1.31
25588912--25588938	13	2.1	13	100	0	54	44	18	14	22	1.86
25595207--25595238	3	11.0	3	93	6	57	65	0	0	34	0.93
25595843--25595878	17	2.1	18	89	5	56	63	2	5	27	1.30
25596056--25596099	16	2.8	17	83	13	58	50	2	0	47	1.13
25596165--25596199	17	2.0	18	94	5	63	34	0	0	65	0.93
25596164--25596211	23	2.0	25	88	8	73	39	0	0	60	0.97
25605580--25606469	32	27.8	32	85	1	1084	31	9	16	42	1.80
25607503--25607601	49	2.0	49	100	0	198	38	2	26	33	1.68
25613683--25614221	32	16.8	32	82	3	654	31	8	15	43	1.78
25613683--25614221	96	5.6	96	90	1	839	31	8	15	43	1.78
25613690--25614221	64	8.3	64	86	2	721	31	8	15	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25632989--25633032	17	2.6	18	85	7	56	20	4	0	75	0.98
25633170--25633205	9	3.9	9	85	7	54	38	2	0	58	1.13
25633193--25633233	20	2.0	22	85	9	59	41	0	0	58	0.98
25634119--25634150	16	2.1	16	88	11	50	56	0	0	43	0.99
25635057--25635104	22	2.2	22	96	0	87	20	4	25	50	1.66
25639692--25639730	18	2.2	18	95	0	69	66	10	12	10	1.44
25640434--25640481	25	1.9	25	86	0	69	35	25	10	29	1.89
25641200--25641258	22	2.6	22	91	2	91	22	30	23	23	1.99
25644339--25644393	23	2.3	24	87	6	85	10	16	29	43	1.82
25644436--25644735	110	2.7	109	86	3	404	28	16	23	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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