genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27745135--27745795	109	6.1	107	76	12	431	47	25	0	26	1.55
27748972--27749349	125	3.0	125	92	0	630	30	23	16	29	1.96
27754377--27754516	50	2.8	51	86	5	203	24	17	28	30	1.97
27754744--27754775	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
27760815--27760853	20	1.9	21	89	5	62	64	0	10	25	1.25
27763021--27763050	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
27771953--27772019	21	3.2	22	77	14	52	19	19	16	44	1.87
27771981--27772095	42	2.8	42	78	4	117	19	20	14	45	1.85
27772033--27772095	21	3.0	21	68	9	56	17	22	14	46	1.84
27772092--27772144	21	2.6	21	79	5	56	13	20	16	49	1.79
27773950--27774012	25	2.5	25	78	0	72	26	19	25	28	1.98
27774093--27774135	21	2.0	21	95	0	77	30	13	25	30	1.94
27775685--27775726	21	2.0	21	86	9	59	59	2	4	33	1.31
27778926--27778973	23	2.0	24	84	4	62	27	2	4	66	1.21
27779583--27779624	21	2.0	22	85	4	59	40	2	0	57	1.12
27779630--27779664	18	1.9	18	88	0	52	42	0	0	57	0.99
27780196--27780255	31	1.9	31	86	6	86	60	5	8	26	1.47
27780831--27780880	24	2.0	26	85	14	70	16	2	10	72	1.21
27780849--27780893	22	2.1	21	83	4	54	17	0	8	73	1.08
27781102--27781187	38	2.3	37	84	13	106	31	4	10	53	1.55
27786221--27787295	153	7.0	151	80	8	1165	30	9	7	52	1.61
27786227--27787297	306	3.5	305	88	2	1562	30	9	7	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27787626--27787743	10	11.0	10	68	17	60	0	30	0	68	0.95
27787663--27787758	20	4.7	20	80	14	99	1	31	0	67	0.97
27787691--27787729	14	2.6	15	84	12	53	2	28	0	69	1.02
27787671--27787744	35	2.1	34	92	2	121	1	29	0	68	0.97
27787658--27787758	28	3.7	25	81	15	87	0	31	0	67	0.98
27787663--27787776	10	11.9	10	72	16	66	0	34	0	64	0.99
27787628--27787769	69	2.1	68	79	13	150	0	33	0	66	0.97
27788843--27788918	20	3.9	19	80	11	82	39	1	2	56	1.21
27788842--27788926	39	2.2	38	81	6	100	37	1	4	56	1.28
27788845--27788927	19	4.2	20	81	6	82	36	1	3	59	1.23
27789020--27789099	39	2.1	39	100	0	160	37	17	7	37	1.78
27814702--27814755	28	1.9	28	92	0	90	16	33	9	40	1.80
27816105--27816148	21	2.1	21	87	8	63	34	6	11	47	1.66
27817420--27817512	45	2.1	45	91	0	150	41	11	21	24	1.87
27817621--27817702	32	2.6	32	76	7	94	26	2	17	53	1.56
27819838--27819879	21	2.0	21	95	0	75	45	19	23	11	1.83
27822777--27822818	21	2.0	21	95	0	75	23	23	26	26	2.00
27826531--27826585	28	2.0	26	86	13	76	63	0	1	34	1.05
27828790--27828927	40	3.5	38	75	12	102	34	23	15	27	1.94
27829085--27829131	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
27829800--27829856	13	4.4	13	74	22	57	54	1	1	42	1.21
27831677--27831753	38	2.0	38	97	0	145	31	36	14	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27836709--27836754	23	2.0	23	86	4	65	28	0	6	65	1.17
27837626--27837677	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
27837658--27837752	45	2.1	44	84	1	118	35	5	25	33	1.78
27837914--27837948	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27837872--27837944	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
27837833--27838107	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
27838061--27838095	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27838076--27838263	61	3.1	61	68	19	185	49	5	2	42	1.41
27838039--27838336	120	2.5	120	92	3	492	50	4	3	42	1.37
27838160--27838205	15	3.0	16	78	9	60	58	0	0	41	0.98
27838154--27838347	54	3.4	54	68	22	144	53	3	3	40	1.32
27840172--27840219	24	2.0	24	84	8	62	62	10	6	20	1.49
27844405--27844449	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
27847924--27847962	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98
27847929--27848173	89	2.7	91	92	2	413	46	3	3	46	1.36
27848183--27848280	33	2.8	32	76	16	88	39	2	7	51	1.41
27848254--27848288	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27848216--27848405	104	1.8	104	94	0	335	43	2	5	48	1.38
27848548--27848637	45	2.0	45	82	6	112	35	25	4	34	1.76
27856048--27856088	20	2.0	20	90	0	64	12	12	7	68	1.39
27857014--27857056	7	6.0	7	81	13	52	65	2	18	13	1.38
27857018--27857064	13	3.5	13	78	16	51	63	2	19	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27858317--27858901	89	6.6	89	87	1	798	31	18	22	26	1.97
27858317--27858897	268	2.2	266	87	1	813	31	18	22	26	1.97
27858318--27859003	44	15.4	45	72	5	302	31	18	22	27	1.97
27861681--27861872	96	2.0	96	88	4	289	25	27	16	30	1.97
27885700--27885841	27	5.3	27	99	0	275	27	15	28	28	1.96
27892900--27893077	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27892901--27893056	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27892897--27893077	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27894941--27895101	83	1.9	83	82	6	198	35	8	14	41	1.76
27899202--27899238	20	1.9	20	94	5	67	56	8	0	35	1.29
27899220--27899277	19	3.1	19	75	5	55	51	6	0	41	1.28
27899268--27899306	17	2.3	17	90	0	60	53	0	0	46	1.00
27899268--27899307	18	2.2	18	86	8	55	55	0	0	45	0.99
27902354--27902431	11	7.4	11	79	15	67	34	2	0	62	1.09
27902341--27902445	40	2.6	40	87	7	149	35	1	0	62	1.06
27910979--27911059	32	2.6	32	84	5	103	44	3	0	51	1.19
27911479--27911536	26	2.2	26	81	0	71	15	50	17	17	1.79
27911647--27911699	12	4.4	13	79	11	60	75	0	24	0	0.80
27911652--27911686	3	12.3	3	93	6	56	71	0	28	0	0.86
27911626--27911680	22	2.4	24	80	20	64	67	0	30	1	1.01
27911860--27911978	60	2.0	60	94	0	211	34	0	11	53	1.37
27912173--27912487	103	3.1	102	85	6	390	28	0	14	55	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27914739--27914962	71	3.0	76	86	7	314	27	8	8	54	1.60
27918058--27918125	27	2.5	27	85	0	82	23	33	22	20	1.97
27919584--27919669	19	4.2	19	74	19	68	54	2	0	43	1.13
27919597--27919657	28	2.2	29	80	14	74	52	3	0	44	1.17
27919583--27919697	10	12.0	10	69	22	54	55	2	0	41	1.13
27921249--27921282	12	2.8	12	90	0	50	44	0	2	52	1.16
27922497--27922544	19	2.5	19	89	0	78	29	33	25	12	1.92
27923573--27923602	13	2.2	14	94	5	53	46	6	0	46	1.29
27935126--27935281	42	3.7	40	76	10	116	30	25	17	25	1.97
27936362--27936388	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
27944295--27944321	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
27948116--27948243	38	3.4	38	87	0	184	31	14	19	35	1.91
27949110--27949152	16	2.6	16	85	3	50	72	0	23	4	1.04
27949804--27949849	24	1.9	24	91	8	76	54	8	8	28	1.61
27952382--27952513	56	2.5	52	85	7	160	24	30	20	25	1.99
27958423--27958478	18	3.1	18	84	0	76	35	46	8	8	1.67
27964892--27964941	15	3.6	14	75	22	52	48	0	0	52	1.00
27966683--27966724	21	2.0	21	95	0	75	52	14	11	21	1.73
27966576--27966769	67	2.9	67	92	2	307	42	11	12	32	1.80
27973227--27973257	13	2.4	13	94	0	53	35	29	6	29	1.82
27973362--27973402	17	2.4	19	80	19	54	39	0	4	56	1.21
27985448--27985485	17	2.2	17	90	0	58	34	34	21	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27989789--27990149	126	2.9	125	85	1	481	29	17	22	30	1.96
27990149--27990331	22	8.4	22	78	3	190	26	1	28	43	1.62
27990161--27990321	43	3.7	43	83	3	144	24	1	29	44	1.62
27991478--27991515	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
27992452--27992549	51	1.9	51	83	4	126	45	2	23	28	1.64
27992511--27992587	11	6.9	11	68	24	54	42	2	28	25	1.68
27992511--27992587	33	2.3	33	78	10	84	42	2	28	25	1.68
27992511--27992587	22	3.5	21	78	19	77	42	2	28	25	1.68
27992995--27993053	17	3.4	17	71	17	57	37	1	3	57	1.25
27995469--27995508	18	2.2	18	86	0	53	25	5	0	70	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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