genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2445670--2446023	45	7.9	45	90	1	532	25	19	16	39	1.91
2445669--2446023	90	3.9	90	93	2	597	25	19	16	39	1.92
2446310--2446364	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
2447783--2447925	57	2.4	59	82	8	164	10	25	4	59	1.50
2448877--2449023	67	2.1	68	93	5	251	18	19	12	49	1.79
2449648--2449790	45	3.2	45	90	0	223	24	20	14	39	1.91
2449873--2449919	20	2.3	20	92	0	76	31	17	29	21	1.96
2450441--2450480	18	2.2	19	95	4	73	42	5	5	47	1.47
2456077--2456116	21	2.0	20	85	14	55	25	25	7	42	1.80
2456676--2456723	19	2.6	18	87	6	69	31	6	27	35	1.82
2456684--2456725	19	2.2	19	95	0	75	35	4	26	33	1.77
2458769--2458796	9	3.1	9	100	0	56	10	21	0	67	1.20
2459975--2460087	10	12.0	9	69	19	54	61	1	6	30	1.31
2460012--2460082	19	3.6	19	71	17	56	60	2	7	29	1.37
2460477--2460676	88	2.3	87	80	8	199	33	7	17	42	1.76
2461280--2461305	12	2.2	12	100	0	52	69	23	0	7	1.14
2464472--2464513	18	2.3	18	95	0	75	40	11	19	28	1.87
2465625--2465656	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
2469740--2469790	19	2.7	19	84	3	68	25	3	1	68	1.17
2469871--2469935	21	3.1	21	80	10	80	35	3	0	61	1.12
2469867--2469945	20	4.3	18	76	14	74	36	5	0	58	1.20
2469882--2469931	23	2.1	24	85	10	68	38	4	0	58	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474124--2474171	15	3.3	15	81	16	57	22	25	12	39	1.89
2478429--2479443	47	21.6	47	97	0	1861	29	28	8	33	1.87
2478480--2478557	25	3.2	25	64	10	72	32	29	5	33	1.79
2485758--2485784	11	2.5	11	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2485770--2485808	15	2.5	15	91	4	60	84	0	5	10	0.76
2485770--2485808	8	5.0	8	84	6	53	84	0	5	10	0.76
2485711--2486041	98	3.4	98	99	0	644	54	11	22	11	1.67
2485856--2485882	11	2.5	11	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2485868--2485906	15	2.5	15	91	4	60	84	0	5	10	0.76
2485868--2485906	8	5.0	8	84	6	53	84	0	5	10	0.76
2485954--2485980	11	2.5	11	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2485966--2486004	15	2.5	15	91	4	60	84	0	5	10	0.76
2485966--2486004	8	5.0	8	84	6	53	84	0	5	10	0.76
2486854--2487641	119	6.6	119	96	0	1423	31	16	21	30	1.95
2487567--2487846	83	3.5	83	78	11	305	33	18	20	27	1.96
2487599--2487743	73	2.0	73	95	0	263	34	20	20	25	1.96
2487672--2487870	83	2.4	83	80	8	217	32	18	21	27	1.96
2489500--2489550	19	2.7	19	84	3	68	25	3	1	68	1.17
2489631--2489695	21	3.1	21	80	10	80	35	3	0	61	1.12
2489627--2489705	20	4.3	18	76	14	74	36	5	0	58	1.20
2489642--2489691	23	2.1	24	85	10	68	38	4	0	58	1.17
2490062--2490087	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494083--2494111	5	6.0	5	92	8	51	79	0	20	0	0.74
2494084--2494111	14	2.0	14	100	0	56	78	0	21	0	0.75
2495500--2495526	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
2497325--2497352	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
2498532--2498679	52	2.8	52	79	4	172	31	4	4	58	1.39
2498544--2498681	26	5.3	25	81	3	141	30	4	5	60	1.38
2500023--2500067	19	2.4	19	85	7	56	62	2	4	31	1.27
2500038--2500081	18	2.5	17	82	13	54	56	2	6	34	1.38
2501944--2501975	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2505052--2505353	154	2.0	152	88	5	448	40	12	16	30	1.85
2505547--2505611	6	11.2	6	81	6	53	52	0	47	0	1.00
2505547--2505605	17	3.4	17	78	2	64	54	0	45	0	0.99
2505564--2505596	3	11.3	3	87	6	50	60	0	39	0	0.97
2505627--2505671	20	2.2	20	88	0	63	71	0	28	0	0.87
2505702--2505757	27	2.1	27	83	12	71	41	0	8	50	1.34
2506218--2506704	148	3.2	153	90	4	734	60	7	5	26	1.46
2506525--2506558	13	2.6	13	80	0	50	70	2	2	23	1.15
2506635--2506702	30	2.5	25	72	20	64	69	2	4	23	1.21
2521718--2521773	20	2.7	20	80	5	58	64	0	1	33	1.04
2529030--2529058	14	2.0	15	93	6	51	41	6	10	41	1.66
2531991--2532145	25	6.4	25	70	9	99	18	25	21	34	1.96
2532005--2532052	23	2.1	23	84	0	60	18	27	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2531968--2532145	73	2.4	73	76	10	175	19	25	19	34	1.96
2538659--2538710	21	2.5	21	100	0	104	23	38	19	19	1.93
2541764--2541797	5	7.0	5	96	3	61	41	0	0	58	0.98
2541979--2542008	11	2.6	12	94	5	53	86	3	10	0	0.67
2542021--2542072	25	2.0	26	85	10	72	67	3	28	0	1.08
2546215--2547078	26	33.2	26	99	0	1676	34	7	23	34	1.83
2548519--2548592	26	2.7	28	79	8	80	33	21	12	32	1.90
2548546--2548596	26	1.9	27	92	4	86	29	21	17	31	1.96
2548697--2548809	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
2548695--2548818	54	2.3	54	84	2	160	16	25	23	33	1.96
2561886--2562016	33	4.0	33	85	5	176	27	19	22	29	1.98
2561886--2562018	66	2.0	66	88	2	196	27	19	22	30	1.98
2577815--2577849	16	2.2	16	94	0	61	2	42	0	54	1.15
2581240--2581274	18	1.9	18	88	0	52	71	5	2	20	1.19
2581463--2581538	39	1.9	39	82	15	95	55	1	1	42	1.16
2581646--2581734	3	29.3	3	72	22	62	64	0	2	33	1.06
2581656--2581735	15	5.5	15	72	18	71	63	0	2	33	1.08
2581650--2581818	29	6.1	27	70	22	95	65	1	2	30	1.16
2581635--2581818	12	15.2	12	71	17	98	64	2	2	30	1.17
2581641--2581818	26	6.5	27	70	25	92	64	2	2	30	1.18
2581849--2581906	27	2.2	27	82	14	77	65	0	0	34	0.93
2581851--2581905	26	2.2	26	87	9	78	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589910--2589936	14	1.9	14	100	0	54	29	22	18	29	1.97
2600584--2600638	26	2.1	26	83	6	67	29	0	5	65	1.15
2601843--2601900	25	2.2	27	84	9	75	36	0	0	63	0.94
2602642--2602707	23	3.0	22	78	6	80	51	1	0	46	1.10
2605694--2605723	16	1.9	16	93	6	53	73	10	0	16	1.09
2607856--2607964	44	2.5	44	80	5	130	32	14	22	31	1.94
2621291--2621320	16	1.9	16	93	6	53	73	10	0	16	1.09
2621270--2621311	19	2.2	20	86	4	59	73	9	0	16	1.08
2625946--2626045	49	2.0	49	86	0	137	32	12	38	18	1.87
2627300--2627389	29	3.1	29	85	1	119	28	12	27	31	1.93
2630812--2631128	46	6.9	45	84	5	359	41	13	23	21	1.89
2630810--2631128	137	2.3	138	85	2	408	41	13	23	21	1.89
2633558--2633624	34	1.9	35	93	3	118	47	10	7	34	1.66
2636662--2636690	7	4.1	7	100	0	58	44	0	0	55	0.99
2640555--2640662	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	33	1.80
2643038--2643063	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2643489--2643537	20	2.4	21	78	18	59	69	4	0	26	1.06
2643498--2643523	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
2643618--2643649	16	2.0	16	93	0	55	40	0	6	53	1.26
2643569--2643668	11	8.7	11	67	22	55	52	0	5	43	1.23
2643925--2643989	10	6.9	9	71	15	51	38	0	1	60	1.07
2643925--2644001	20	3.9	19	77	14	59	40	1	1	57	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2644060--2644100	21	2.1	18	86	13	55	43	4	0	51	1.23
2645456--2645491	3	12.0	3	93	0	63	63	0	36	0	0.94
2648189--2648488	150	2.0	150	98	0	582	30	25	17	27	1.97
2652381--2652641	131	2.0	131	97	0	495	41	25	13	20	1.88
2663698--2663750	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
2665237--2665292	26	2.2	26	96	0	103	37	26	7	28	1.83
2666587--2666621	18	1.9	18	94	0	61	31	14	25	28	1.95
2670793--2670847	27	2.0	27	100	0	110	27	29	10	32	1.91
2674178--2674223	23	2.0	23	100	0	92	21	8	39	30	1.84
2675449--2675495	17	2.8	17	78	18	53	46	19	2	31	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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