genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2676182--2676236	8	6.6	9	83	6	55	43	1	0	54	1.10
2681213--2681242	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
2681250--2681274	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
2686553--2686603	26	2.1	23	89	10	75	31	3	3	60	1.33
2686557--2686612	26	2.2	24	81	9	67	32	5	3	58	1.37
2694617--2694679	29	2.2	29	94	0	108	41	7	20	30	1.81
2694624--2694680	29	2.0	29	100	0	114	42	7	21	29	1.79
2696516--2697299	208	3.7	210	83	2	882	32	15	14	37	1.88
2696516--2697299	209	3.7	209	83	2	910	32	15	14	37	1.88
2696516--2697299	105	7.5	105	82	3	862	32	15	14	37	1.88
2701954--2701978	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
2701974--2702783	26	31.2	26	100	0	1620	30	7	26	34	1.85
2707660--2707724	29	2.2	28	84	7	85	46	4	7	41	1.53
2707932--2707992	28	2.2	28	96	0	113	62	4	3	29	1.32
2708051--2708090	21	1.9	21	85	10	55	47	10	7	35	1.65
2708149--2708246	3	32.7	3	72	17	62	62	5	2	30	1.28
2708136--2708223	28	3.1	28	76	17	92	61	7	0	30	1.25
2711603--2711637	18	2.0	18	88	5	54	20	20	5	54	1.64
2713381--2713421	21	1.9	21	85	5	55	53	7	12	26	1.64
2714384--2714408	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2717100--2717146	22	2.2	20	82	17	51	36	4	6	53	1.46
2719014--2719495	133	3.6	131	78	3	439	34	19	19	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2722452--2722498	24	2.0	24	91	0	76	8	19	27	44	1.79
2724351--2724505	25	6.3	25	67	13	72	18	24	19	37	1.94
2741417--2741475	6	9.5	6	78	7	55	33	15	13	37	1.86
2741424--2741485	19	3.3	19	83	0	70	40	14	12	32	1.84
2741422--2741475	25	2.2	25	86	6	74	35	14	12	37	1.85
2744269--2744309	21	2.0	21	90	9	66	36	4	0	58	1.20
2746832--2746883	26	2.0	26	92	0	86	50	0	11	38	1.39
2747891--2748162	136	2.0	135	94	2	483	27	14	23	34	1.94
2750996--2751031	19	1.9	19	88	5	56	36	19	8	36	1.82
2759601--2759634	17	2.1	17	88	5	52	26	8	11	52	1.67
2761023--2761082	17	3.8	17	70	17	56	15	38	28	18	1.91
2764731--2765214	49	10.0	49	95	2	808	27	29	8	33	1.87
2765327--2765537	107	2.0	107	99	0	413	31	25	7	36	1.84
2766936--2767055	56	2.1	56	96	0	222	21	23	10	45	1.82
2777419--2777481	24	2.6	23	90	5	90	17	34	1	46	1.58
2792770--2792845	23	3.2	22	80	14	89	46	9	15	28	1.77
2792759--2792834	25	3.1	25	80	14	104	42	7	18	31	1.79
2799182--2799221	21	1.9	21	89	0	62	27	5	7	60	1.45
2799243--2799316	36	2.1	36	94	0	130	41	18	17	21	1.90
2807053--2807093	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2810470--2810534	28	2.4	28	82	7	71	33	1	6	58	1.32
2812399--2812479	42	1.9	42	94	0	144	24	22	6	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812409--2812498	23	4.1	23	69	11	89	22	25	5	46	1.73
2820137--2820192	23	2.4	23	77	11	60	66	5	1	26	1.23
2820916--2820951	18	2.0	18	88	0	54	80	2	16	0	0.83
2837709--2837747	20	2.0	20	85	10	53	56	0	0	43	0.99
2850778--2850817	20	2.0	21	90	5	64	47	2	0	50	1.14
2856842--2856886	22	2.0	22	83	8	56	37	2	4	55	1.32
2858963--2858988	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2859079--2859167	46	1.9	46	81	0	106	32	16	13	37	1.88
2859241--2859275	17	2.1	17	88	0	52	51	0	0	48	1.00
2860089--2860114	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2860205--2860293	46	1.9	46	81	0	106	32	16	13	37	1.88
2860367--2860401	17	2.1	17	88	0	52	51	0	0	48	1.00
2863567--2863632	27	2.4	28	85	5	82	54	12	9	24	1.66
2863811--2863911	9	11.2	9	86	0	139	40	24	9	24	1.86
2864014--2864057	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
2866581--2866647	31	2.2	30	79	10	73	46	10	10	32	1.72
2867414--2867474	30	2.1	31	84	9	83	32	3	3	60	1.29
2869620--2869678	28	2.1	28	81	6	66	32	8	13	45	1.74
2870096--2870167	31	2.3	31	90	0	108	47	12	11	29	1.76
2875459--2875514	21	2.5	22	72	16	62	48	8	1	41	1.45
2881976--2882014	18	2.2	18	86	9	53	41	2	0	56	1.13
2884031--2884070	19	2.1	19	86	9	55	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2891375--2891827	223	2.0	223	99	0	897	35	16	12	34	1.87
2891869--2892126	140	1.8	139	90	2	410	37	17	11	34	1.85
2892658--2892695	16	2.3	17	86	4	51	71	10	7	10	1.32
2893489--2893519	12	2.7	12	95	5	55	22	0	6	70	1.09
2894540--2894565	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
2903186--2903237	23	2.3	24	74	12	56	51	1	5	40	1.37
2922175--2922340	81	2.0	82	97	2	316	39	13	12	34	1.81
2922624--2922681	27	2.2	27	77	19	68	62	1	5	31	1.27
2926372--2927022	89	7.3	89	95	0	1014	31	19	23	26	1.98
2932004--2932079	29	2.5	29	85	6	89	19	21	18	40	1.91
2935787--2935844	27	2.2	27	77	19	68	62	1	5	31	1.27
2943922--2944134	91	2.3	91	95	0	372	46	3	4	46	1.40
2943922--2944055	44	3.0	45	69	16	132	45	3	5	45	1.43
2944049--2944109	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
2943967--2944109	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
2944139--2944566	54	7.3	55	65	22	129	41	2	5	50	1.38
2944275--2944326	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
2944388--2944426	16	2.4	17	86	4	53	38	0	0	61	0.96
2944149--2944561	120	3.5	119	93	1	693	41	2	5	50	1.39
2944709--2944798	45	2.0	44	87	6	128	34	28	5	31	1.80
2944778--2944810	16	2.1	16	94	0	57	24	36	6	33	1.80
2946516--2946679	30	5.5	30	75	8	129	36	21	2	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2946518--2946680	60	2.7	59	78	10	170	36	22	3	38	1.70
2946518--2946709	89	2.1	89	79	10	205	34	21	3	39	1.71
2947346--2947403	3	20.3	3	81	13	61	68	0	29	1	0.99
2947500--2947557	27	2.1	28	90	6	91	25	37	31	5	1.78
2947598--2947641	9	4.9	9	78	10	54	77	0	20	2	0.88
2947597--2947641	17	2.5	19	78	14	58	77	0	20	2	0.87
2947585--2947644	26	2.3	26	86	11	79	78	1	18	1	0.92
2947967--2947991	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
2948016--2948063	20	2.4	20	82	6	53	45	10	8	35	1.68
2948003--2948063	21	3.0	21	77	20	58	40	11	9	37	1.75
2948239--2948318	18	4.4	18	82	7	92	32	10	8	48	1.67
2948261--2948318	17	3.3	17	87	4	80	34	8	10	46	1.69
2948289--2948356	35	1.9	36	87	3	102	39	5	8	45	1.60
2948253--2948353	18	5.7	17	72	16	73	35	7	9	46	1.66
2950039--2950063	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
2954024--2954104	1	81.0	1	72	0	63	86	7	4	1	0.75
2954036--2954098	8	7.6	8	91	7	90	87	7	4	0	0.67
2954024--2954083	8	6.7	9	85	11	79	88	10	0	1	0.59
2954035--2954098	17	3.8	17	89	4	94	87	7	4	0	0.66
2954973--2955626	76	8.6	75	89	3	849	29	16	19	34	1.94
2954981--2955626	151	4.3	149	88	5	847	29	16	19	34	1.94
2955937--2956100	30	5.5	31	78	9	155	35	21	1	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2955939--2956099	60	2.7	60	81	10	179	35	22	1	40	1.65
2955939--2956099	59	2.7	59	81	10	177	35	22	1	40	1.65
2957389--2957438	25	2.0	26	84	7	68	36	30	18	16	1.92
2958684--2958724	20	2.0	20	95	0	73	31	17	21	29	1.96
2961022--2961273	135	1.9	132	90	4	407	18	13	24	42	1.87
2983460--2983727	135	2.0	134	91	3	434	20	13	23	42	1.87
2984794--2984838	21	2.0	21	83	12	54	55	2	0	42	1.12
2988074--2988212	70	2.0	70	85	0	188	37	20	19	23	1.94
2988144--2988495	90	3.9	90	84	4	456	34	25	17	22	1.96
2988144--2988495	185	1.9	179	86	6	501	34	25	17	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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