genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21468886--21469082	41	4.8	41	88	5	265	30	24	22	22	1.99
21469123--21469217	39	2.4	39	86	6	122	22	17	21	38	1.93
21488905--21488935	15	2.1	15	93	0	53	22	29	19	29	1.98
21493394--21493420	12	2.2	12	100	0	54	0	62	0	37	0.95
21493482--21493543	25	2.4	27	76	17	69	4	35	3	56	1.37
21494036--21494061	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
21497446--21497498	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
21504893--21504939	18	2.6	18	83	6	60	10	0	14	74	1.07
21506479--21506503	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
21508318--21508361	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
21508406--21508499	45	2.1	45	89	0	143	30	22	19	27	1.98
21508520--21509433	50	18.2	50	94	1	1593	30	29	15	23	1.96
21510718--21510765	22	2.2	22	100	0	96	16	4	16	62	1.48
21510833--21510861	10	2.7	11	89	10	51	17	0	10	72	1.11
21517059--21517098	21	2.0	20	85	5	53	30	2	10	57	1.45
21518888--21518918	11	2.8	11	100	0	62	19	29	25	25	1.99
21537570--21537614	21	2.1	22	83	4	56	40	6	0	53	1.27
21538116--21538763	324	2.0	324	100	0	1296	30	11	17	39	1.86
21538739--21539350	317	1.9	317	98	0	1197	33	9	16	39	1.82
21540358--21540413	25	2.2	25	100	0	112	10	46	21	21	1.81
21541308--21541401	35	2.6	36	89	1	145	23	17	15	43	1.87
21541314--21541401	36	2.5	35	90	1	140	23	18	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21550017--21550068	20	2.6	20	87	6	79	48	0	0	51	1.00
21560880--21560931	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73
21563526--21564139	137	4.6	137	79	4	592	30	23	19	25	1.98
21563734--21563943	68	3.1	67	70	9	181	30	25	19	24	1.98
21579606--21579663	22	2.6	22	80	0	71	36	18	12	32	1.88
21580104--21580291	5	37.4	5	95	3	306	57	1	0	40	1.05
21580526--21580749	112	2.0	110	87	5	317	48	6	12	32	1.67
21580876--21580921	14	3.4	13	82	11	56	34	4	2	58	1.30
21590091--21590142	24	2.2	24	89	0	77	51	5	3	38	1.44
21590427--21590587	80	2.0	80	97	0	304	39	16	6	37	1.74
21602760--21602793	13	2.6	13	95	0	59	14	35	23	26	1.94
21606209--21606246	20	1.9	20	100	0	76	36	0	0	63	0.95
21621043--21621769	44	16.5	45	77	4	557	29	15	25	29	1.96
21621046--21621769	133	5.5	133	90	0	1119	29	16	25	29	1.96
21621803--21621919	44	2.7	44	93	0	198	30	20	20	28	1.98
21626296--21626381	41	2.1	42	88	2	129	52	6	19	20	1.69
21645791--21645870	22	3.7	21	74	15	56	40	16	5	38	1.70
21645828--21645875	21	2.4	20	93	6	80	37	14	10	37	1.81
21645862--21645887	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
21646676--21646885	44	4.8	44	83	3	262	30	25	17	26	1.97
21654102--21654154	21	2.5	21	84	0	70	33	37	5	22	1.78
21658377--21658454	41	1.9	41	89	0	120	24	16	11	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21662454--21662522	30	2.3	31	80	7	79	30	24	13	31	1.93
21669532--21669583	21	2.5	20	81	6	77	13	28	19	38	1.89
21678169--21678235	25	2.9	22	72	20	64	32	14	26	25	1.95
21678185--21678239	25	2.2	25	86	0	74	34	16	21	27	1.95
21685106--21685278	43	4.0	43	73	11	156	24	16	26	32	1.96
21685888--21686162	46	6.0	46	87	2	365	24	11	17	47	1.80
21685888--21686162	92	3.0	92	87	4	403	24	11	17	47	1.80
21685888--21686134	91	2.7	92	92	0	397	23	10	17	48	1.78
21685909--21686162	137	1.8	138	90	3	404	24	11	17	46	1.81
21687363--21687411	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
21691411--21691435	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21695670--21695703	17	2.1	17	88	5	52	26	32	5	35	1.81
21695873--21695903	11	2.8	11	95	0	53	9	6	6	77	1.12
21695888--21695945	22	2.6	22	80	0	62	18	8	6	65	1.43
21695977--21696038	30	2.1	30	90	0	97	27	3	12	56	1.52
21696156--21696183	11	2.5	11	100	0	56	67	0	0	32	0.91
21703621--21703651	13	2.4	13	100	0	62	32	6	19	41	1.77
21712029--21712690	112	5.9	113	93	0	1031	26	20	27	25	1.99
21712601--21712741	71	2.0	72	88	1	212	31	18	25	24	1.98
21712919--21712949	14	2.2	14	94	0	53	29	0	29	41	1.56
21713267--21713315	7	6.9	7	76	4	53	20	0	46	32	1.51
21713260--21713330	15	4.9	14	74	17	65	22	0	42	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21713870--21714419	147	3.8	145	85	8	493	38	15	15	31	1.88
21713937--21714419	147	3.4	145	90	6	758	35	15	16	32	1.90
21714148--21714466	133	2.4	134	89	3	489	37	14	15	31	1.89
21718205--21718325	43	2.8	43	83	6	149	19	16	32	31	1.94
21718290--21718453	42	3.9	42	92	0	265	20	21	25	33	1.97
21718254--21718454	84	2.4	85	87	0	278	19	19	26	33	1.96
21719190--21719367	40	4.5	40	78	5	182	33	16	27	22	1.96
21719179--21719367	80	2.4	78	84	4	234	34	15	26	22	1.95
21720288--21720312	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
21720764--21720919	82	1.9	82	97	0	294	34	12	20	32	1.90
21742446--21742485	21	1.9	21	94	0	71	47	10	7	35	1.65
21743276--21743512	84	2.8	84	96	1	422	35	25	16	22	1.94
21743229--21743513	42	6.8	42	82	9	341	35	25	16	22	1.95
21744953--21744996	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
21746541--21746580	10	3.8	10	81	12	53	37	0	5	57	1.21
21747076--21747115	18	2.2	18	91	8	64	62	0	0	37	0.95
21754618--21754719	21	5.0	21	71	4	91	35	6	11	46	1.67
21762042--21762226	40	4.7	40	80	6	207	25	27	22	24	2.00
21762042--21762224	79	2.3	81	80	8	205	25	27	21	25	2.00
21762988--21763186	100	2.0	100	96	0	371	31	22	15	30	1.94
21767182--21767298	43	2.8	42	82	8	139	27	15	24	32	1.95
21767842--21767883	19	2.2	19	91	0	66	23	11	26	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21771032--21771089	26	2.2	26	84	3	71	39	22	5	32	1.76
21771049--21771215	27	6.2	27	81	0	210	29	21	7	41	1.80
21771159--21771299	69	2.0	69	83	0	174	31	18	8	41	1.80
21771227--21771306	27	3.0	25	75	10	70	30	18	8	42	1.81
21771185--21771272	42	2.1	42	82	0	104	31	18	9	40	1.81
21771131--21771320	96	2.0	95	84	3	247	31	18	8	41	1.82
21771315--21771510	27	7.3	27	85	0	248	36	18	19	25	1.95
21771315--21771510	54	3.6	54	87	2	277	36	18	19	25	1.95
21771709--21771791	27	3.1	26	84	5	94	20	21	20	37	1.95
21772104--21772175	27	2.7	27	85	6	85	18	26	20	34	1.95
21772293--21772437	6	23.8	6	74	15	120	17	17	15	49	1.80
21772364--21772437	31	2.4	30	88	2	103	16	17	16	50	1.79
21772287--21772444	73	2.2	73	82	8	214	17	17	15	49	1.80
21772319--21772458	18	7.7	18	74	12	90	16	16	16	50	1.78
21781774--21781861	44	2.0	44	93	0	149	27	23	22	26	2.00
21782643--21782700	23	2.6	22	81	10	73	44	20	3	31	1.68
21784684--21784714	15	2.1	15	100	0	62	19	19	12	48	1.81
21795815--21795852	16	2.2	18	86	9	53	44	7	0	47	1.32
21798322--21798567	50	4.8	50	81	3	249	26	19	30	23	1.98
21806034--21806274	50	4.7	51	81	5	227	26	18	29	25	1.98
21806034--21806274	100	2.3	102	80	5	254	26	18	29	25	1.98
21806523--21806554	12	2.7	12	95	0	55	56	6	18	18	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21809426--21809453	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
21809400--21809537	68	2.1	66	93	2	231	45	8	5	40	1.57
21809526--21809567	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
21809541--21809601	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
21810746--21810793	20	2.4	21	75	6	55	52	8	2	37	1.44
21816991--21817082	45	2.0	45	100	0	184	36	23	8	30	1.85
21825744--21825799	25	2.2	26	84	12	71	67	3	25	3	1.22
21838816--21838893	25	3.1	25	81	0	84	23	23	20	33	1.97
21838826--21838907	25	3.3	25	81	3	76	21	25	23	29	1.99
21843726--21843774	21	2.4	20	80	12	55	32	8	2	57	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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