genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20901186--20901482	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
20908438--20908471	16	2.2	15	89	5	50	55	2	0	41	1.15
20911670--20911708	20	2.0	20	89	0	60	17	17	5	58	1.56
20911909--20912088	50	3.6	50	82	3	195	22	28	21	27	1.99
20912450--20912509	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
20912588--20912631	18	2.3	20	81	14	58	20	29	0	50	1.49
20920273--20920392	60	2.0	60	100	0	240	21	23	20	35	1.96
20927116--20927146	11	2.7	12	90	10	55	51	0	0	48	1.00
20930669--20930826	79	2.0	80	82	3	194	41	6	13	37	1.72
20931192--20931294	41	2.5	41	79	3	118	29	17	22	31	1.97
20932854--20932984	49	2.7	48	89	3	190	41	9	0	48	1.40
20932932--20933105	94	1.9	94	88	2	269	40	8	4	47	1.52
20934734--20935028	71	4.2	71	99	0	581	38	14	8	38	1.75
20943663--20943751	45	2.0	45	88	0	133	25	17	23	32	1.97
20946137--20946345	103	2.0	103	98	0	400	35	14	22	27	1.93
20950720--20950772	26	2.0	26	88	0	79	18	24	32	24	1.97
20950746--20950861	43	2.8	41	83	6	142	20	18	26	34	1.96
20952990--20953030	22	1.9	22	85	5	57	24	26	24	24	2.00
20958164--20958346	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
20958164--20958346	40	4.6	41	83	8	218	24	22	27	25	2.00
20958215--20958369	79	2.0	79	82	7	190	26	21	25	26	1.99
20960528--20960618	45	2.0	45	85	4	121	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20963705--20963733	15	2.0	15	93	6	51	27	31	20	20	1.98
20968113--20968383	26	10.3	26	81	7	291	35	18	18	26	1.94
20968113--20968383	78	3.5	77	84	7	332	35	18	18	26	1.94
20968739--20968795	28	2.0	28	82	0	69	22	21	22	33	1.97
20982095--20982128	16	2.1	17	88	5	52	76	14	2	5	1.09
20984307--20984336	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
20988122--20988191	35	2.0	36	88	2	106	35	22	12	28	1.91
20994608--20994654	23	2.0	23	100	0	94	44	12	4	38	1.62
20994877--20994928	25	2.1	25	100	0	104	26	21	7	44	1.79
21009026--21009155	45	2.9	45	82	4	167	31	23	15	29	1.95
21009162--21009306	72	2.0	72	100	0	290	31	26	16	26	1.97
21014334--21014557	45	5.0	45	81	1	245	32	24	16	27	1.96
21016223--21016297	20	3.6	20	74	10	78	57	8	8	26	1.55
21016210--21016296	43	2.0	43	100	0	174	54	9	9	27	1.63
21020643--21021010	185	2.0	185	91	2	596	40	17	14	27	1.88
21034322--21034370	26	1.9	25	91	4	80	34	10	8	46	1.67
21035453--21035493	19	2.2	19	100	0	82	26	14	9	48	1.75
21036745--21036775	14	2.1	15	94	5	55	22	12	3	61	1.46
21038967--21039045	39	2.0	39	97	0	149	21	29	18	30	1.97
21039169--21039209	16	2.5	17	84	15	59	60	4	0	34	1.18
21039179--21039216	16	2.4	16	86	8	51	60	5	2	31	1.33
21050368--21050464	40	2.4	41	84	3	126	43	17	17	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21050504--21050737	41	5.7	41	91	5	357	20	21	27	29	1.98
21051091--21051135	14	3.1	15	87	9	67	26	0	35	37	1.57
21051428--21051471	14	3.1	14	81	12	54	20	0	40	38	1.53
21051458--21051547	36	2.6	35	82	3	101	24	2	37	35	1.68
21051772--21051910	58	2.4	58	95	0	251	52	0	5	41	1.25
21051861--21051915	15	3.3	16	77	22	60	56	0	3	40	1.17
21054158--21054252	27	3.5	27	70	16	72	67	3	2	27	1.17
21056292--21056630	43	7.9	43	88	1	457	20	17	32	29	1.96
21056967--21057020	27	2.0	27	88	0	81	27	18	20	33	1.96
21058065--21058113	4	12.2	4	78	8	55	30	0	24	44	1.54
21058056--21058102	25	1.9	24	91	4	76	31	2	23	42	1.66
21060343--21060545	13	15.2	13	70	10	97	41	2	17	37	1.63
21060460--21060520	27	2.2	28	80	8	72	45	1	16	36	1.57
21060352--21060519	84	2.0	81	82	5	203	44	2	16	36	1.61
21060480--21060520	14	3.0	14	82	3	57	46	0	14	39	1.45
21060480--21060545	27	2.5	27	87	4	91	40	0	15	43	1.46
21062061--21062107	24	1.9	24	83	12	60	38	0	34	27	1.57
21062775--21062859	27	3.1	27	87	0	125	42	22	15	20	1.89
21065032--21065070	20	2.0	19	90	5	60	15	10	15	58	1.62
21068226--21068290	32	2.0	32	100	0	130	35	15	18	30	1.92
21081749--21081852	52	2.0	53	84	1	138	23	24	24	28	1.99
21081894--21081956	24	2.6	24	85	5	83	15	23	33	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21088217--21088327	42	2.6	42	84	5	136	24	28	25	21	1.99
21094414--21094498	37	2.3	37	89	0	125	36	27	1	35	1.65
21101140--21101179	20	2.0	20	85	0	53	65	0	27	7	1.20
21101280--21101314	16	2.2	16	89	0	52	37	8	0	54	1.31
21104578--21104636	23	2.6	23	76	7	57	50	23	11	13	1.74
21106945--21106995	23	2.2	23	82	0	57	27	15	21	35	1.94
21106996--21107040	23	2.0	23	100	0	90	48	22	13	15	1.79
21106998--21107047	23	2.2	23	92	0	82	52	22	10	16	1.73
21111283--21111320	16	2.3	16	86	13	51	44	36	2	15	1.61
21111744--21111823	36	2.2	36	79	0	97	5	27	3	63	1.32
21111795--21111901	6	17.7	6	78	5	117	5	16	0	76	1.02
21113367--21113428	31	2.0	31	96	0	115	33	19	24	22	1.97
21122829--21122859	12	2.6	12	100	0	62	35	35	0	29	1.58
21125640--21125760	57	2.1	58	81	4	147	28	19	22	29	1.98
21131308--21131392	40	2.2	39	95	2	152	32	2	0	64	1.06
21131366--21131405	21	1.9	21	89	0	62	32	2	0	65	1.06
21132167--21132216	24	2.1	24	96	0	91	26	0	22	52	1.48
21132244--21132274	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
21132475--21132536	26	2.2	30	83	11	78	37	0	4	58	1.20
21137152--21137229	38	2.1	38	97	0	147	46	17	0	35	1.49
21144270--21144338	26	2.5	28	80	19	67	55	4	2	37	1.35
21147995--21148034	16	2.4	17	88	12	57	52	2	0	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21152480--21152657	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21152481--21152636	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21152477--21152657	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21156798--21157065	138	1.9	138	83	4	344	33	28	18	19	1.96
21159759--21159936	54	3.3	54	83	0	221	19	19	23	38	1.94
21159755--21159913	27	5.9	26	72	14	108	20	20	22	37	1.95
21159807--21159936	27	4.8	27	72	11	104	20	20	22	37	1.94
21176719--21176757	19	2.1	19	100	0	78	43	5	15	35	1.69
21186389--21186630	50	4.8	50	83	0	286	26	21	29	21	1.99
21186394--21186679	50	5.7	50	80	4	175	26	21	28	23	1.99
21190100--21190151	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
21190461--21190485	7	3.6	7	100	0	50	16	40	0	44	1.47
21196337--21196386	18	3.0	18	80	13	63	12	28	0	60	1.32
21197684--21197718	19	1.9	17	88	11	52	28	11	0	60	1.32
21203232--21203272	19	2.2	19	95	0	73	34	9	21	34	1.87
21206913--21206984	21	3.3	22	73	21	71	23	0	9	66	1.21
21206913--21207006	42	2.3	41	82	12	104	25	1	9	63	1.31
21207212--21207265	21	2.6	21	93	0	90	22	37	5	35	1.77
21221615--21221659	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
21227731--21227762	16	1.9	17	93	6	57	15	0	3	81	0.82
21227907--21227967	25	2.4	26	75	10	63	59	9	8	22	1.56
21228233--21228273	19	2.1	19	86	4	55	7	17	0	75	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21228781--21228812	16	2.0	17	88	11	50	12	6	12	68	1.37
21230218--21230272	25	2.2	25	86	0	74	25	18	27	29	1.98
21230268--21230322	25	2.2	25	90	0	83	34	18	25	21	1.96
21233965--21234008	23	1.9	22	82	17	54	36	27	0	36	1.57
21234141--21234279	51	2.7	51	83	4	181	33	28	15	23	1.95
21236831--21236863	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
21240766--21240804	14	2.8	14	92	0	60	33	23	7	35	1.83
21242570--21242612	20	2.2	20	82	0	50	39	6	4	48	1.51
21242774--21242863	41	2.2	41	83	0	117	51	4	21	23	1.66
21246824--21246913	24	3.8	23	82	1	81	22	14	18	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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