genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28001588--28001896	41	7.5	40	83	6	257	24	20	27	28	1.99
28001585--28001896	82	3.8	82	84	0	365	24	20	27	27	1.99
28001589--28001896	123	2.5	123	83	0	364	24	20	27	28	1.99
28002262--28002298	14	2.6	14	91	0	56	27	0	32	40	1.57
28002273--28002351	21	3.7	21	76	8	70	24	0	41	34	1.55
28002308--28002345	14	2.6	15	87	8	60	15	0	52	31	1.43
28002315--28002345	7	4.3	7	95	4	53	12	0	58	29	1.35
28002338--28002377	14	2.7	15	80	7	55	30	0	32	37	1.58
28002415--28002462	25	1.9	25	91	0	78	35	2	2	60	1.20
28002642--28002682	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
28002497--28002890	197	2.0	197	99	0	779	28	3	27	41	1.71
28002839--28002879	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
28002875--28002921	21	2.2	21	88	0	67	23	0	42	34	1.54
28002850--28002901	14	3.7	14	76	5	52	23	0	40	36	1.55
28004585--28004639	21	2.6	21	88	0	83	21	9	38	30	1.85
28005598--28005652	21	2.6	21	88	0	83	21	9	38	30	1.85
28013192--28013228	16	2.3	16	95	0	65	27	18	13	40	1.88
28014743--28014979	43	5.5	43	83	5	275	27	16	27	28	1.97
28015043--28015100	21	2.8	21	100	0	116	48	24	15	12	1.79
28016865--28016905	21	2.0	21	100	0	82	36	4	9	48	1.58
28030452--28030494	19	2.3	18	80	4	50	48	11	13	25	1.77
28030986--28031082	33	2.8	35	72	20	89	44	3	1	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28031291--28031317	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
28032379--28033154	387	2.0	388	95	0	1385	32	11	16	39	1.84
28035993--28036081	29	3.2	29	64	20	80	49	14	10	25	1.75
28035976--28036084	55	2.0	55	98	0	209	49	13	11	25	1.75
28036695--28036725	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
28038099--28038388	51	5.7	51	80	5	327	28	15	26	29	1.96
28038099--28038380	102	2.8	102	92	0	440	28	15	26	29	1.96
28038106--28038425	102	3.1	102	87	1	302	29	14	26	29	1.95
28038106--28038426	152	2.1	153	80	5	373	29	14	26	29	1.95
28044166--28044228	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
28045734--28045820	45	1.9	45	86	4	122	35	20	16	27	1.94
28045820--28045963	50	2.9	50	83	3	182	29	26	18	25	1.98
28056255--28056294	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
28056240--28056306	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
28056234--28056310	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
28056888--28056923	18	2.1	18	89	5	56	8	16	16	58	1.61
28058737--28058782	23	1.9	25	86	8	69	69	0	15	15	1.19
28058903--28058960	22	2.8	20	72	10	62	39	22	3	34	1.71
28059190--28059248	31	1.9	31	89	0	91	50	10	18	20	1.75
28060193--28060243	26	2.0	26	84	0	66	50	0	1	47	1.12
28073226--28073264	21	1.9	21	94	5	71	74	5	12	7	1.20
28073274--28073319	19	2.2	21	85	11	60	23	6	13	56	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28078530--28078568	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
28078794--28078891	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
28078796--28078884	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
28099541--28099575	16	2.2	16	90	5	54	40	8	17	34	1.80
28113785--28113838	26	2.1	26	96	0	99	38	16	27	16	1.90
28119014--28119046	14	2.5	14	90	9	52	66	0	15	18	1.25
28120314--28120778	44	10.2	43	69	15	231	32	19	21	26	1.97
28120367--28120547	98	1.8	97	82	6	231	34	20	18	26	1.96
28120509--28120689	98	1.8	98	81	4	222	33	19	20	27	1.96
28120323--28120745	142	3.0	142	94	0	729	33	19	21	26	1.97
28126712--28126847	67	2.0	67	97	0	254	33	14	23	28	1.94
28127703--28127774	31	2.4	31	84	13	96	43	12	11	33	1.78
28129412--28129436	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28129452--28129497	18	2.6	18	89	0	65	43	8	8	39	1.66
28130048--28130085	9	4.2	9	80	12	51	65	0	2	31	1.06
28143723--28143765	19	2.3	19	80	11	54	44	16	2	37	1.60
28144915--28144961	21	2.2	22	85	7	62	63	6	0	29	1.19
28144923--28144962	21	1.9	21	90	10	64	65	2	0	32	1.06
28146058--28146104	14	3.3	15	72	22	55	78	12	0	8	0.95
28147416--28147453	19	2.0	20	85	14	55	23	7	2	65	1.32
28147455--28147495	15	2.7	16	81	11	50	21	9	2	65	1.34
28147630--28147654	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28153237--28153292	28	2.0	28	96	0	103	35	19	17	26	1.94
28158946--28158998	17	3.2	17	78	2	54	32	5	1	60	1.31
28158945--28159011	28	2.4	28	82	9	75	29	7	1	61	1.32
28158975--28159010	12	2.9	12	88	8	54	33	8	0	58	1.28
28158948--28159027	22	3.6	21	70	14	63	32	6	2	58	1.36
28159134--28159179	24	2.0	24	87	12	69	28	0	8	63	1.24
28165836--28166318	50	9.7	50	71	7	372	34	24	17	24	1.96
28165810--28166368	50	11.2	50	68	7	330	33	23	18	24	1.97
28165810--28166345	100	5.4	100	93	0	874	33	23	19	24	1.97
28170954--28170998	23	2.0	23	90	0	72	31	33	6	28	1.83
28170977--28171230	44	5.6	44	73	10	192	29	21	20	27	1.98
28171030--28171206	94	1.9	94	80	9	209	31	20	20	27	1.98
28170982--28171236	138	1.8	138	82	0	330	29	20	21	28	1.98
28171391--28171436	13	3.3	14	72	22	51	78	8	0	13	0.97
28171391--28171435	14	3.3	13	76	11	54	77	8	0	13	0.98
28171391--28171442	15	3.5	15	71	12	54	75	11	0	13	1.06
28172788--28172828	15	2.7	16	81	11	50	21	9	2	65	1.34
28172967--28172991	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
28173724--28173763	17	2.4	16	87	4	53	12	10	5	72	1.26
28173724--28173786	16	3.9	16	85	6	65	12	6	6	74	1.20
28173744--28173788	15	2.9	15	86	3	54	11	4	4	80	1.01
28174706--28174860	3	51.7	3	100	0	310	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28177232--28177331	19	5.3	19	71	7	78	33	25	22	20	1.97
28177237--28177331	38	2.5	38	77	3	102	33	25	21	20	1.97
28187538--28187704	9	18.1	9	66	22	53	29	4	1	63	1.25
28187656--28187704	18	2.7	18	87	3	62	32	0	0	67	0.91
28193868--28193901	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
28197389--28197958	84	6.6	87	70	15	305	28	22	20	28	1.99
28197389--28197963	44	13.3	44	72	12	340	28	22	20	28	1.99
28197394--28197962	217	2.6	217	91	0	935	27	22	20	28	1.99
28209498--28209738	121	2.0	121	97	0	455	38	16	17	27	1.91
28209844--28210040	98	2.0	98	96	0	367	38	23	9	28	1.85
28213390--28213485	7	13.4	7	76	8	86	45	33	1	19	1.58
28213390--28213434	8	6.1	8	80	17	53	46	37	0	15	1.46
28213390--28213486	29	3.4	29	75	13	85	46	32	1	19	1.57
28221514--28221566	20	2.7	19	78	18	56	37	0	28	33	1.58
28241239--28241357	45	2.6	46	86	4	159	39	21	25	14	1.90
28241239--28241365	48	2.8	45	86	3	164	37	21	25	14	1.92
28242184--28242235	24	2.2	24	92	0	86	38	11	19	30	1.87
28242530--28242697	51	3.4	50	80	11	202	30	17	25	26	1.98
28242540--28242682	46	3.0	45	79	13	169	27	18	25	27	1.98
28244216--28244267	14	3.7	13	76	23	52	28	5	1	63	1.28
28245572--28245673	23	4.5	23	77	2	71	35	19	11	33	1.88
28247065--28247112	24	2.0	24	92	4	80	10	31	12	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28253021--28253241	111	2.0	111	93	1	381	44	15	11	28	1.81
28256311--28256406	19	4.8	20	72	20	67	59	3	0	37	1.13
28256362--28256406	10	4.8	9	80	20	56	64	2	0	33	1.06
28258933--28259143	105	2.0	106	92	0	352	37	11	22	27	1.90
28259822--28260387	126	4.5	125	87	2	787	29	17	23	29	1.97
28263562--28264208	21	30.7	21	76	8	575	26	1	27	45	1.61
28263562--28264216	22	31.0	21	75	9	512	26	1	27	45	1.61
28263562--28264208	43	15.4	42	77	8	568	26	1	27	45	1.61
28265449--28265474	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
28266341--28266496	59	2.7	58	83	9	194	42	3	2	51	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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