genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  29  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8262421--8262750	40	7.8	40	71	14	191	32	21	21	24	1.98
8262410--8262709	130	2.3	127	93	1	492	33	22	20	24	1.98
8264276--8264364	46	2.0	45	84	6	117	37	13	0	49	1.42
8267927--8267975	26	2.0	25	84	8	64	36	18	4	40	1.70
8268199--8268227	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
8272242--8272266	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
8272247--8272582	103	3.2	102	84	6	422	39	12	17	30	1.86
8272695--8273015	105	3.0	104	90	8	477	29	17	14	38	1.90
8272805--8273015	112	1.9	113	95	3	381	29	17	14	37	1.90
8277888--8277952	29	2.2	30	83	2	87	29	21	9	40	1.84
8278096--8278153	24	2.4	24	86	13	84	70	1	8	18	1.21
8278273--8278309	19	1.9	19	89	10	58	62	0	5	32	1.18
8283264--8283310	17	2.8	16	73	20	51	59	4	4	31	1.36
8284560--8284621	9	6.7	9	73	12	54	61	1	0	37	1.06
8284536--8284611	38	2.0	39	84	7	102	56	3	0	39	1.18
8284584--8284629	19	2.4	19	88	3	65	63	0	0	36	0.95
8287433--8287507	39	1.9	39	86	0	105	46	5	8	40	1.56
8289400--8289479	40	2.0	40	100	0	160	50	10	12	27	1.72
8312510--8312547	16	2.4	16	100	0	76	28	34	15	21	1.94
8320717--8320770	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
8323334--8323364	16	1.9	16	93	0	53	48	6	6	38	1.55
8323549--8323587	19	2.1	19	85	4	53	41	0	5	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8328137--8328188	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
8328169--8328278	45	2.6	43	77	9	120	34	5	28	31	1.80
8328489--8329710	611	2.0	611	99	0	2435	36	16	12	33	1.87
8332874--8332925	25	2.0	25	88	7	77	46	0	9	44	1.36
8333094--8333157	3	21.3	3	77	6	67	60	1	3	34	1.22
8337109--8337134	6	4.3	6	100	0	52	0	15	15	69	1.20
8339327--8339361	10	3.5	10	88	0	52	45	0	0	54	0.99
8341942--8341992	26	2.0	25	81	7	59	27	1	9	60	1.39
8348891--8348931	20	2.0	20	85	0	55	41	17	21	19	1.90
8352409--8352447	15	2.6	14	84	11	51	74	0	2	23	0.94
8371659--8371702	22	2.0	21	87	12	63	40	0	0	59	0.98
8373094--8373132	17	2.2	18	95	4	71	17	0	7	74	1.05
8380891--8380959	30	2.2	32	80	15	90	34	4	4	56	1.39
8391086--8391138	5	10.6	5	89	6	81	60	1	0	37	1.08
8392905--8392964	31	1.9	32	89	3	95	43	15	8	33	1.76
8395459--8395506	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
8396664--8396802	46	3.0	46	90	0	206	35	10	25	28	1.88
8399238--8399306	32	2.2	31	84	7	86	55	15	11	17	1.70
8409150--8409189	21	1.9	21	84	0	53	50	10	12	27	1.72
8411120--8411145	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8427859--8427925	19	3.6	19	69	17	59	65	1	1	31	1.10
8427862--8427922	17	3.4	17	72	20	52	67	1	1	29	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8427839--8427922	36	2.3	38	80	17	99	66	1	2	29	1.11
8427841--8427919	20	4.0	20	72	21	60	65	1	2	30	1.13
8428745--8428813	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
8428745--8428813	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
8428794--8428884	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
8429049--8429085	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
8429127--8429312	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
8429029--8429318	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
8436744--8436772	7	4.1	7	100	0	58	41	13	13	31	1.84
8448011--8448066	27	2.1	27	100	0	112	33	10	14	41	1.80
8452786--8452842	20	2.8	20	78	0	69	40	3	8	47	1.52
8460498--8460606	53	2.1	53	89	3	166	36	14	11	37	1.82
8461304--8461346	16	2.6	17	85	10	63	65	0	0	34	0.93
8468194--8468303	54	2.0	54	92	0	184	40	10	24	24	1.87
8476224--8476357	43	3.1	43	77	5	146	32	25	17	24	1.96
8477244--8477293	25	2.0	25	92	7	84	52	4	0	44	1.20
8478585--8478697	25	4.5	25	78	4	102	33	21	26	18	1.96
8492504--8492561	17	3.2	17	76	16	55	24	25	0	50	1.50
8497903--8497951	19	2.3	22	83	13	59	28	4	0	67	1.09
8499642--8499682	18	2.3	18	91	4	66	21	29	7	41	1.80
8499926--8499966	21	2.0	21	90	0	64	31	51	14	2	1.56
8500069--8500189	62	2.0	59	82	7	145	39	4	7	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8500204--8500236	15	2.2	15	100	0	66	39	15	6	39	1.72
8507204--8507250	11	4.5	10	80	15	51	23	34	0	42	1.54
8507184--8507261	22	3.7	21	80	13	79	25	34	1	38	1.64
8511163--8511199	18	2.0	19	89	5	58	40	5	0	54	1.24
8517511--8517562	19	2.7	19	72	3	50	25	1	1	71	1.07
8519973--8520003	16	1.9	16	100	0	62	38	9	0	51	1.35
8519959--8520000	20	2.2	18	91	8	66	42	4	0	52	1.22
8522595--8522634	21	2.0	21	85	5	55	5	15	5	75	1.15
8524306--8524335	14	2.1	15	93	6	53	13	10	0	76	1.01
8528893--8528957	33	2.0	33	90	0	103	46	21	13	18	1.84
8528785--8529063	138	2.0	139	83	3	355	44	20	15	19	1.87
8528701--8529132	27	15.9	27	79	5	370	44	20	15	19	1.87
8529310--8529359	25	2.0	25	84	11	66	12	28	26	34	1.92
8529310--8529385	26	3.0	26	79	14	70	14	27	25	32	1.94
8530022--8530064	20	2.2	20	100	0	86	46	13	16	23	1.83
8542706--8542733	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
8544042--8544071	12	2.5	12	94	0	51	26	0	36	36	1.57
8549895--8549975	25	3.3	25	79	5	76	37	18	20	23	1.94
8549959--8550051	25	3.8	25	70	7	82	36	18	25	19	1.94
8552128--8552157	12	2.5	12	100	0	60	36	13	0	50	1.42
8553890--8553915	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8554688--8554728	6	6.8	6	100	0	82	65	17	0	17	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8554768--8554843	9	8.4	9	80	11	84	27	11	22	38	1.89
8554768--8554843	27	2.8	27	82	7	100	27	11	22	38	1.89
8559204--8559239	16	2.2	17	90	9	58	0	22	0	77	0.76
8561427--8561473	23	2.1	21	84	7	58	48	4	0	46	1.21
8561450--8561509	28	2.1	29	87	6	88	50	3	0	46	1.18
8562363--8562774	133	3.1	134	79	7	460	33	15	21	30	1.94
8563123--8563175	21	2.6	20	79	5	61	20	3	37	37	1.71
8569053--8569118	26	2.6	25	80	4	78	16	22	24	36	1.94
8569116--8569169	24	2.3	24	75	9	58	18	29	16	35	1.93
8569113--8569169	23	2.4	23	74	8	62	19	28	19	33	1.96
8569152--8569219	25	2.7	23	80	11	73	23	29	16	30	1.96
8569153--8569244	26	3.6	26	81	7	84	21	26	17	34	1.95
8570954--8571145	87	2.2	87	82	6	246	25	22	14	37	1.92
8575249--8575303	27	2.2	25	80	9	58	63	1	0	34	1.05
8575251--8575312	28	2.3	25	81	13	70	62	1	0	35	1.05
8575269--8575350	40	2.0	41	88	6	123	64	0	1	34	1.01
8575854--8575917	26	2.4	27	82	15	80	50	4	18	26	1.67
8576405--8576468	29	2.2	29	81	8	76	53	3	20	23	1.60
8576722--8576767	21	2.2	21	84	0	56	34	6	15	43	1.72
8577974--8578353	190	2.0	190	85	1	510	28	17	27	26	1.97
8580430--8580736	144	2.1	146	87	6	453	53	13	1	31	1.50
8580743--8580785	17	2.5	17	78	14	52	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8580868--8580895	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
8582341--8582390	16	3.1	16	80	11	57	28	0	4	68	1.08
8595137--8595174	15	2.6	14	84	8	58	26	10	0	63	1.27
8600092--8600190	33	3.1	33	88	2	130	50	1	5	43	1.30
8600136--8600192	17	3.4	17	69	13	55	54	1	5	38	1.33
8601509--8601570	32	1.9	32	83	0	79	30	17	12	38	1.88
8601596--8601639	9	4.7	9	83	10	61	63	0	0	36	0.95
8601622--8601694	18	4.2	17	74	20	53	64	2	1	31	1.16
8601596--8601640	19	2.3	20	88	7	67	64	0	0	35	0.94
8601600--8601698	36	2.8	37	73	20	93	64	2	1	32	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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