genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26184617--26184677	14	3.9	15	72	12	52	22	3	4	68	1.23
26186867--26186915	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
26188497--26188559	29	2.2	29	97	0	117	31	12	26	28	1.93
26189038--26189101	32	2.0	32	100	0	128	15	18	37	28	1.92
26190548--26190589	8	5.4	8	80	5	50	26	0	23	50	1.50
26192886--26198618	158	36.3	158	97	1	10380	28	7	9	54	1.59
26198533--26198706	96	1.8	96	91	2	289	26	8	10	54	1.64
26198953--26198991	20	2.0	20	95	5	71	71	7	0	20	1.10
26198989--26199018	14	2.1	14	93	0	51	6	16	0	76	0.99
26199078--26199137	6	9.7	6	74	18	52	0	21	1	76	0.87
26199078--26199117	13	3.3	13	80	20	59	0	17	0	82	0.67
26198999--26199099	41	2.6	38	76	11	98	2	34	0	61	1.18
26199083--26199114	16	1.9	17	93	6	57	0	15	0	84	0.63
26199099--26199137	20	2.0	20	89	0	60	0	25	2	71	0.98
26209001--26209246	85	2.9	83	85	4	343	46	11	10	30	1.74
26209243--26209565	77	4.1	78	83	3	400	37	12	15	34	1.85
26209243--26209565	155	2.1	157	85	4	440	37	12	15	34	1.85
26209476--26209649	91	1.9	89	80	9	201	36	12	13	37	1.83
26213746--26213847	42	2.4	43	83	1	125	29	17	21	31	1.96
26213706--26213864	43	3.7	42	77	7	151	26	19	25	28	1.99
26217865--26217915	20	2.4	22	78	15	54	50	3	7	37	1.50
26217891--26217974	41	2.0	41	95	0	150	57	7	2	33	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26217967--26218045	22	3.5	22	81	11	81	55	2	7	34	1.42
26222920--26223050	44	2.9	44	73	6	129	29	22	17	29	1.97
26222920--26223090	89	1.9	89	85	2	236	28	21	19	30	1.97
26223120--26223232	44	2.6	44	82	2	120	26	23	22	28	1.99
26222975--26223455	181	2.6	180	88	4	657	26	20	21	31	1.98
26223300--26223407	45	2.4	43	80	8	119	26	23	20	29	1.99
26222982--26223639	181	3.6	178	81	8	467	26	20	20	31	1.98
26223488--26223599	45	2.5	45	82	2	127	25	25	20	27	1.99
26223524--26223638	45	2.6	45	90	0	167	27	22	20	29	1.98
26223566--26223728	44	3.7	43	72	8	123	28	19	17	33	1.95
26235608--26235642	6	5.8	6	86	0	52	42	17	22	17	1.88
26235622--26235726	45	2.3	45	83	6	142	41	17	18	22	1.89
26236931--26236987	30	1.9	29	86	10	80	49	5	0	45	1.24
26237080--26237113	16	2.1	17	88	5	52	44	11	0	44	1.40
26240099--26240221	43	2.9	43	82	11	153	31	26	20	21	1.98
26241455--26241837	41	9.4	41	83	2	423	23	21	25	30	1.99
26241476--26241836	122	3.0	123	85	2	467	23	21	25	29	1.99
26242508--26242565	21	2.8	21	76	5	55	24	0	37	37	1.56
26245937--26245990	18	2.9	19	84	10	69	38	3	1	55	1.28
26245962--26246005	18	2.3	18	84	7	52	31	9	0	59	1.29
26246026--26246050	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
26246225--26246389	13	12.5	13	70	7	109	40	11	3	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26246249--26246398	53	2.8	53	91	0	246	41	12	3	43	1.58
26246281--26246398	23	4.5	23	69	22	65	39	11	4	44	1.59
26246595--26246649	16	3.7	16	69	18	55	45	18	1	34	1.60
26246973--26247039	9	7.9	9	75	12	70	44	19	2	32	1.66
26246975--26247039	25	2.6	25	85	0	94	44	20	3	32	1.67
26250611--26250681	21	3.4	21	84	0	79	38	16	39	5	1.73
26251019--26251401	43	8.9	43	79	6	255	25	18	27	28	1.98
26251019--26251401	86	4.4	85	81	5	351	25	18	27	28	1.98
26251018--26251337	129	2.5	131	81	5	373	27	17	27	27	1.98
26251488--26251551	19	3.3	19	89	8	101	39	9	14	37	1.78
26251489--26251564	21	3.7	21	92	3	120	40	10	11	36	1.76
26251520--26251587	21	3.0	24	85	8	81	41	7	13	38	1.72
26252027--26252068	21	2.0	21	85	4	57	40	7	0	52	1.29
26252325--26252437	51	2.2	52	81	6	133	31	6	6	55	1.49
26256810--26256845	19	1.9	18	94	5	63	80	0	19	0	0.71
26256804--26256855	24	2.2	24	86	6	72	80	0	17	1	0.80
26256808--26256864	17	3.3	17	77	18	55	77	1	19	1	0.95
26258078--26259568	132	11.3	132	91	0	2153	31	18	23	26	1.97
26258124--26258572	44	10.2	44	62	11	130	32	18	23	25	1.97
26260098--26260161	19	3.3	19	89	8	101	39	9	14	37	1.78
26260099--26260172	21	3.6	21	92	3	116	40	10	10	37	1.75
26260379--26260417	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26260942--26261046	52	2.0	51	81	5	122	31	6	5	56	1.49
26262074--26262116	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
26262901--26262931	15	2.0	16	93	6	55	25	6	25	41	1.79
26265433--26265459	8	3.4	8	100	0	54	22	0	0	77	0.76
26270188--26270337	43	3.4	43	79	11	178	27	16	25	30	1.97
26270167--26270390	89	2.5	89	88	2	317	28	18	23	29	1.97
26270167--26270390	45	5.0	44	78	12	217	28	18	23	29	1.97
26275696--26275724	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
26279561--26279597	15	2.5	15	95	0	65	29	10	24	35	1.89
26283657--26283747	25	3.6	25	76	8	87	29	26	18	25	1.98
26290968--26291066	25	4.0	25	75	10	94	31	22	19	27	1.98
26294552--26294584	13	2.4	14	90	5	50	69	0	3	27	1.03
26298124--26298165	20	2.2	20	87	12	61	61	4	16	16	1.50
26300114--26300149	18	1.9	19	94	5	65	66	0	0	33	0.92
26302608--26302835	105	2.2	104	82	7	273	25	19	31	23	1.98
26302780--26302891	42	2.7	42	87	0	161	23	22	35	18	1.96
26304321--26304363	13	3.5	12	84	12	52	65	0	2	32	1.06
26304922--26304954	16	2.2	16	89	10	52	39	9	0	51	1.34
26311353--26311405	25	2.2	24	86	3	70	22	22	16	37	1.94
26311353--26311407	24	2.2	25	87	3	76	21	23	18	36	1.95
26311902--26311938	19	1.9	19	94	0	65	24	0	21	54	1.45
26314419--26314459	6	6.8	6	100	0	82	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26330798--26330847	26	1.9	26	91	0	82	14	10	16	60	1.59
26331695--26332167	44	10.8	44	72	7	280	30	19	23	26	1.98
26331695--26331907	89	2.4	89	91	0	336	28	18	25	27	1.98
26331740--26332226	217	2.2	217	81	5	590	30	20	22	25	1.99
26333995--26334024	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
26333997--26334060	9	7.5	8	81	10	58	29	1	1	67	1.09
26333998--26334058	26	2.3	26	78	15	65	29	1	1	67	1.10
26335288--26335339	25	2.1	26	92	7	90	19	3	9	67	1.35
26336587--26337263	126	5.5	125	81	8	737	31	16	22	30	1.96
26336789--26336994	109	1.9	110	89	3	326	33	14	22	30	1.93
26336660--26337263	235	2.5	242	85	6	744	31	15	21	30	1.95
26339231--26340434	22	55.0	22	81	7	1258	25	0	27	45	1.58
26339231--26340434	65	18.7	64	79	8	1173	25	0	27	45	1.58
26340216--26340241	7	3.7	7	100	0	52	11	0	30	57	1.34
26341010--26341052	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
26341663--26341701	20	2.0	20	85	10	53	53	7	2	35	1.43
26342597--26342623	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
26342632--26342731	51	2.0	50	86	7	139	44	3	26	27	1.69
26342691--26342767	11	6.9	11	76	24	65	42	1	31	24	1.63
26342713--26342766	22	2.4	23	90	6	92	42	1	31	24	1.65
26344181--26344295	41	2.8	41	86	0	140	26	20	26	27	1.99
26349466--26349495	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26352994--26353034	20	2.0	20	85	0	55	39	14	21	24	1.91
26355907--26356030	45	2.8	44	82	2	140	39	13	20	25	1.90
26360357--26360402	24	1.9	24	82	8	58	17	19	34	28	1.94
26361456--26361495	15	2.7	15	96	0	71	37	12	27	22	1.90
26366157--26366197	18	2.3	18	88	12	66	24	24	0	51	1.49
26366160--26366197	19	2.1	19	95	5	69	21	23	0	55	1.44
26369653--26369689	14	2.6	15	83	12	51	56	5	5	32	1.45
26376593--26376691	50	2.0	50	97	0	189	46	24	11	18	1.81
26388984--26389347	79	4.6	79	86	3	457	31	16	11	40	1.84
26393843--26393904	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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