genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7951278--7951462	95	1.9	97	82	7	234	51	10	5	31	1.60
7951963--7952006	21	2.1	21	84	12	56	52	0	6	40	1.28
7952861--7952893	14	2.3	15	94	5	59	75	15	3	6	1.11
7953250--7953301	20	2.6	20	90	0	86	40	28	15	15	1.88
7954330--7954517	43	4.4	43	80	2	198	30	27	15	25	1.96
7954348--7954516	86	2.0	86	85	2	232	28	27	15	27	1.97
7954813--7954946	66	2.0	65	84	5	171	12	26	17	43	1.85
7960513--7960539	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
7961164--7961196	12	2.6	13	90	9	59	33	0	0	66	0.92
7984428--7984466	4	9.5	4	83	5	51	69	0	5	25	1.09
7984793--7984833	20	2.2	20	87	12	61	60	4	0	34	1.18
7984852--7984883	16	1.9	17	93	6	57	68	3	0	28	1.04
7986065--7986103	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7986329--7986426	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
7986331--7986419	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
7993437--7993475	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7993701--7993798	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
7993703--7993791	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
7997761--7997800	18	2.2	18	90	0	62	60	7	10	22	1.54
8000424--8000495	29	2.4	29	81	4	81	25	12	15	47	1.80
8007540--8007575	16	2.2	17	95	5	65	44	8	0	47	1.33
8012284--8012413	19	6.7	19	67	8	75	37	27	16	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8012300--8012413	58	2.0	58	91	3	185	38	28	15	17	1.91
8013131--8013182	19	2.7	19	93	0	86	25	28	23	23	1.99
8018676--8018865	43	4.4	43	85	7	208	24	18	27	28	1.98
8018713--8018865	43	3.6	43	90	3	220	24	18	26	30	1.98
8026487--8026605	61	2.0	60	98	0	220	31	28	5	33	1.79
8029443--8029538	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
8033517--8033547	15	2.1	15	100	0	62	38	12	19	29	1.89
8044900--8044952	2	26.5	2	80	0	52	3	7	45	43	1.50
8048283--8048592	109	2.8	110	86	4	432	30	15	19	33	1.93
8056446--8056486	19	2.0	20	86	9	57	24	12	2	60	1.43
8057505--8057543	20	1.9	21	84	5	53	58	0	12	28	1.34
8062594--8062630	19	1.9	19	100	0	74	62	0	5	32	1.18
8065622--8065701	25	3.2	25	78	1	81	26	25	16	32	1.96
8068381--8068424	15	2.9	16	83	10	56	40	2	0	56	1.11
8068473--8068509	7	5.4	7	93	3	58	45	0	8	45	1.32
8068467--8068509	14	2.9	14	86	6	59	44	0	9	46	1.35
8069368--8069420	9	5.7	9	76	8	52	26	1	0	71	0.96
8069372--8069412	20	2.0	20	90	0	64	24	2	0	73	0.96
8071520--8071555	16	2.2	16	90	0	54	55	0	2	41	1.14
8077300--8077334	18	1.9	18	88	11	54	17	14	20	48	1.81
8078536--8078583	22	2.3	22	80	16	57	16	10	0	72	1.10
8078743--8078804	18	3.4	18	68	4	52	56	0	4	38	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8082864--8083005	21	6.6	21	71	8	97	58	12	9	19	1.62
8082821--8082986	45	3.8	45	80	7	180	56	12	10	20	1.66
8082795--8082996	42	4.7	42	78	8	183	55	12	11	20	1.68
8082877--8083001	63	1.9	66	82	7	159	57	12	9	20	1.63
8084827--8084899	5	14.4	5	75	13	53	61	0	32	5	1.19
8084822--8084934	45	2.5	45	85	4	140	62	0	32	4	1.15
8084861--8084936	23	3.1	23	74	23	75	65	0	31	2	1.06
8085308--8085350	22	1.9	22	86	13	61	18	0	4	76	0.95
8085308--8085350	23	1.9	22	85	4	59	18	0	4	76	0.95
8085386--8085427	20	2.1	20	86	8	59	28	2	9	59	1.41
8085529--8085566	19	2.0	19	100	0	76	42	10	26	21	1.85
8085531--8085572	19	2.2	19	91	0	66	47	14	19	19	1.82
8085610--8085644	14	2.5	13	90	9	52	37	0	5	57	1.23
8089318--8089348	16	1.9	16	100	0	62	38	3	32	25	1.72
8089337--8089429	44	2.1	44	88	9	136	33	4	26	35	1.76
8089587--8089633	18	2.6	18	90	6	69	57	0	0	42	0.98
8101924--8101959	16	2.2	17	90	5	56	38	5	8	47	1.57
8107451--8107497	20	2.2	21	78	17	53	65	2	6	25	1.27
8109129--8109300	2	86.0	2	100	0	344	0	0	50	50	1.00
8111244--8111304	17	3.4	17	68	12	50	31	3	14	50	1.59
8111243--8111313	37	1.9	37	97	0	133	30	5	15	47	1.68
8111314--8111425	47	2.4	47	87	0	170	40	8	8	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8114852--8114925	36	2.1	36	82	5	87	47	8	2	41	1.47
8117398--8117451	28	2.0	27	85	10	74	57	0	1	40	1.09
8117413--8117451	17	2.2	19	86	9	55	61	0	0	38	0.96
8118057--8118099	15	2.7	15	82	7	50	39	0	2	58	1.11
8124026--8124057	17	1.9	17	93	6	57	15	50	25	9	1.74
8125031--8125076	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
8125183--8125228	23	2.0	22	88	12	67	34	2	0	63	1.07
8127992--8128064	35	2.1	35	89	0	110	42	20	9	27	1.83
8130048--8130120	35	2.1	35	100	0	146	39	19	13	27	1.89
8135404--8135438	3	11.7	3	87	0	52	60	0	40	0	0.97
8151888--8151942	27	2.0	27	82	3	65	45	3	3	47	1.38
8154381--8154431	26	1.9	27	84	11	70	33	5	1	58	1.33
8154373--8154429	26	2.3	24	80	16	64	33	5	1	59	1.30
8154766--8154811	20	2.2	22	84	7	60	30	0	4	65	1.12
8156587--8156628	22	1.9	22	85	9	59	61	4	4	28	1.36
8160588--8160630	15	2.8	16	79	10	54	60	2	0	37	1.10
8161383--8161426	14	3.4	13	81	9	54	72	11	15	0	1.11
8161390--8161430	13	3.1	13	82	6	55	73	7	19	0	1.07
8168482--8168747	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
8186709--8186736	13	2.2	13	100	0	56	50	14	0	35	1.43
8187959--8188041	37	2.2	36	83	8	96	37	6	2	54	1.38
8188376--8188410	17	2.1	17	88	0	52	14	2	5	77	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8188725--8188921	98	2.0	98	92	0	331	28	9	23	38	1.85
8198719--8198761	22	2.0	21	86	4	59	18	2	0	79	0.85
8200978--8201078	43	2.3	43	84	3	132	35	30	14	18	1.92
8207185--8207286	9	11.6	9	71	10	68	34	0	16	48	1.53
8207158--8207327	36	4.6	36	85	11	227	34	0	16	48	1.51
8207185--8207318	43	3.3	43	81	14	192	34	0	16	48	1.52
8207159--8207315	79	2.0	79	97	0	296	35	0	16	47	1.52
8207246--8207304	18	3.3	18	74	9	66	33	0	15	50	1.44
8207374--8207400	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
8207609--8207634	12	2.2	12	100	0	52	46	0	7	46	1.31
8208161--8208200	19	2.3	17	87	12	55	10	12	5	72	1.26
8208294--8208348	28	2.0	28	92	0	92	47	12	20	20	1.82
8208371--8208568	71	2.8	72	75	3	211	44	13	7	34	1.70
8209161--8209396	116	2.0	116	95	0	418	41	13	18	26	1.88
8210664--8210707	22	2.0	23	86	8	65	61	13	0	25	1.32
8211477--8211524	25	1.9	25	100	0	96	58	0	8	33	1.28
8217016--8217078	32	2.0	32	90	3	101	52	15	0	31	1.44
8229072--8229515	224	2.0	224	100	0	888	41	9	14	34	1.78
8233307--8233348	20	2.0	22	86	9	61	14	2	7	76	1.10
8233837--8233875	16	2.5	15	88	12	53	28	0	0	71	0.86
8242245--8242283	19	2.1	18	85	4	51	58	0	2	38	1.12
8242249--8242311	26	2.3	28	83	8	85	61	0	3	34	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8247455--8247503	20	2.4	19	80	12	53	48	0	0	51	1.00
8251914--8251965	17	2.9	17	85	5	59	80	3	13	1	0.93
8251916--8251965	22	2.2	23	89	7	75	80	4	14	2	0.95
8252854--8253116	44	6.0	43	75	7	219	26	15	26	30	1.96
8252852--8253117	132	2.0	132	97	0	496	27	15	26	30	1.96
8254567--8254790	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
8255119--8255182	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
8255126--8255182	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
8261531--8261594	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
8261538--8261594	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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