genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  93  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28266669--28266709	16	2.6	16	84	0	55	31	26	4	36	1.78
28266669--28266721	16	3.3	16	76	10	54	30	26	3	39	1.74
28267952--28268005	21	2.6	21	78	0	63	7	48	16	27	1.73
28270576--28271131	9	62.1	8	68	18	101	33	1	16	48	1.55
28270587--28271251	27	25.0	27	81	7	603	33	1	15	49	1.52
28270588--28271258	36	18.7	36	81	6	641	33	1	15	49	1.52
28270568--28271257	18	38.6	17	77	8	470	33	1	15	49	1.53
28275486--28275524	21	1.9	20	89	5	60	43	35	0	20	1.52
28275597--28276123	115	4.6	115	76	5	444	24	23	19	33	1.97
28275584--28276125	229	2.4	230	78	5	580	25	23	18	32	1.97
28276245--28276477	112	2.1	113	84	2	299	24	22	21	32	1.98
28279085--28279150	18	3.7	18	72	10	55	34	1	3	60	1.21
28283600--28283635	3	12.0	3	100	0	72	33	33	0	33	1.58
28284705--28284738	12	2.8	12	90	4	50	79	0	5	14	0.91
28289903--28289939	17	2.1	18	90	5	58	67	2	29	0	1.04
28289892--28289948	23	2.6	21	81	10	60	71	1	26	0	0.95
28290495--28290530	19	1.9	19	94	5	65	33	0	0	66	0.92
28290496--28290537	19	2.3	18	87	4	57	33	0	0	66	0.92
28290938--28290986	22	2.4	20	80	10	55	46	12	20	20	1.82
28291252--28291293	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
28291256--28291292	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
28294674--28294723	15	3.3	15	82	0	64	38	34	10	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28295176--28295275	6	16.7	6	78	0	92	60	13	6	21	1.54
28295175--28295287	18	6.3	18	74	8	95	58	11	7	22	1.58
28296356--28296392	19	2.0	19	89	5	58	43	0	2	54	1.14
28299047--28299292	44	5.3	44	70	10	150	27	23	20	28	1.99
28299075--28299494	143	2.9	142	84	1	536	27	23	19	29	1.98
28306646--28306689	19	2.3	19	96	0	79	50	22	6	20	1.72
28313304--28313395	31	3.0	31	68	9	89	36	11	14	36	1.83
28313775--28313808	14	2.4	14	90	0	50	44	8	2	44	1.50
28316836--28316916	41	2.0	41	87	0	117	50	1	8	39	1.41
28318654--28318719	23	2.9	23	83	0	87	22	28	22	25	1.99
28322680--28322779	51	2.0	50	88	2	146	8	30	10	52	1.64
28326764--28326826	27	2.3	27	91	0	99	12	30	33	23	1.92
28330337--28330416	25	3.3	25	79	13	112	50	5	7	37	1.53
28330330--28330399	23	3.0	23	79	12	88	51	7	8	32	1.60
28330752--28330787	16	2.2	16	100	0	72	27	5	8	58	1.50
28337493--28337586	19	4.8	19	89	5	125	38	19	8	34	1.82
28337470--28337585	40	2.8	40	84	7	137	39	18	7	34	1.79
28337910--28337959	25	2.0	25	100	0	100	28	16	24	32	1.96
28337955--28338232	89	3.2	89	87	3	427	29	24	15	31	1.95
28337987--28338236	44	5.7	44	78	4	272	29	24	14	31	1.95
28338197--28338609	88	4.7	88	87	0	529	25	25	23	25	2.00
28338287--28338606	44	7.3	44	66	6	182	26	26	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28343865--28344357	247	2.0	243	94	1	860	33	15	19	32	1.92
28344741--28344778	15	2.5	15	100	0	76	7	26	21	44	1.79
28347018--28347118	50	2.0	50	100	0	202	47	7	3	40	1.51
28347306--28347608	48	6.3	48	96	0	572	49	6	8	35	1.59
28356676--28356721	24	1.9	24	86	8	67	47	23	2	26	1.63
28357305--28357438	71	1.9	71	93	0	232	32	5	23	38	1.77
28362390--28362450	19	3.3	19	84	6	81	73	4	0	21	1.01
28362595--28362651	29	2.0	28	82	3	69	43	3	12	40	1.59
28365518--28365716	42	4.7	41	86	5	192	29	24	17	28	1.97
28365518--28365716	84	2.4	83	83	7	242	29	24	17	28	1.97
28365969--28366020	20	2.7	19	80	13	61	42	17	0	40	1.49
28366933--28366980	24	2.0	24	100	0	96	16	45	8	29	1.76
28389053--28389181	42	3.1	42	82	2	161	16	20	18	44	1.87
28395028--28395127	42	2.4	42	94	0	173	35	10	28	27	1.89
28416169--28416197	7	4.1	7	100	0	58	31	0	27	41	1.56
28416997--28417035	20	2.0	20	94	0	69	28	12	7	51	1.67
28418456--28418751	48	6.2	48	100	0	592	40	20	18	20	1.92
28418767--28418933	50	3.3	50	66	15	144	37	20	20	21	1.95
28418706--28418994	102	2.8	102	99	0	569	36	20	20	23	1.95
28418456--28418854	144	2.8	138	88	9	477	39	20	19	20	1.92
28418924--28419076	79	1.9	79	95	0	279	30	21	25	22	1.99
28419511--28420078	283	2.0	283	99	0	1127	34	12	11	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28420872--28421187	101	3.2	97	74	7	274	37	14	20	27	1.92
28420859--28422775	983	2.0	981	93	2	3310	34	16	16	32	1.91
28423128--28423310	96	1.9	97	83	7	239	42	3	15	38	1.66
28423355--28423897	126	4.3	126	89	0	825	32	18	22	26	1.97
28429296--28429326	12	2.6	12	100	0	62	51	6	29	12	1.65
28429277--28429337	12	5.5	11	84	5	52	49	3	27	19	1.64
28430680--28430715	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
28436140--28436164	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28453986--28454022	14	2.7	14	80	19	51	72	0	13	13	1.11
28454845--28454879	18	1.9	18	88	0	52	82	2	5	8	0.91
28456747--28456779	13	2.4	14	95	5	59	63	15	0	21	1.30
28460636--28460688	24	2.3	23	83	3	61	47	5	0	47	1.26
28463787--28463886	22	4.6	22	70	7	78	23	22	19	36	1.95
28470399--28470524	18	7.0	18	81	0	135	34	17	19	27	1.95
28472217--28472788	286	2.0	286	98	0	1117	29	19	16	35	1.93
28473501--28473545	22	2.0	22	87	8	65	13	15	6	64	1.47
28480932--28480986	24	2.2	24	81	9	58	45	3	3	47	1.38
28481216--28481264	11	4.3	12	75	19	52	59	0	0	40	0.98
28481216--28481255	21	1.9	21	94	0	71	60	0	0	40	0.97
28481989--28482030	20	2.1	20	95	0	75	21	21	35	21	1.96
28485160--28485218	30	2.0	30	100	0	118	44	18	6	30	1.76
28493643--28493760	62	1.9	62	87	3	175	22	30	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28498528--28498571	22	2.0	21	82	4	52	40	22	4	31	1.74
28504273--28504354	33	2.4	33	83	4	92	39	0	3	57	1.16
28510434--28510506	31	2.4	31	86	6	96	20	10	23	45	1.83
28513312--28513346	17	2.1	17	100	0	70	20	17	5	57	1.60
28515575--28515608	18	1.9	18	88	5	52	8	26	5	58	1.51
28517036--28517073	13	2.7	14	88	8	51	50	2	2	44	1.30
28517558--28517634	37	2.1	37	83	9	95	40	2	1	55	1.22
28517788--28517813	9	2.9	9	100	0	52	30	34	0	34	1.58
28520717--28520801	28	3.1	28	75	1	100	32	15	17	34	1.91
28523370--28523428	31	1.9	31	89	0	91	45	11	5	37	1.63
28528859--28528899	21	2.0	21	90	9	66	4	17	0	78	0.93
28537646--28537687	19	2.2	20	82	4	50	26	11	4	57	1.54
28543657--28543685	10	2.9	10	100	0	58	62	10	10	17	1.54
28544714--28544819	20	5.3	20	71	8	72	26	24	33	15	1.95
28544764--28544828	20	3.2	20	73	16	62	20	21	38	20	1.94
28544753--28544872	40	3.0	40	81	6	111	26	21	34	17	1.96
28544811--28544888	40	2.0	40	87	5	113	32	19	29	19	1.96
28545289--28545349	30	2.1	29	82	14	72	29	19	1	49	1.58
28559050--28559176	59	2.1	62	82	7	163	44	19	10	25	1.82
28562128--28562179	20	2.7	20	77	14	63	44	0	1	53	1.11
28562327--28562417	35	2.6	35	70	16	80	26	3	10	59	1.47
28564493--28564528	18	2.0	18	89	10	56	55	25	11	8	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28567538--28567636	39	2.5	39	85	3	128	41	21	9	28	1.83
28575698--28575749	12	4.4	12	78	2	52	59	1	1	36	1.19
28578531--28578562	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
28578613--28578664	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
28582993--28583024	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
28583075--28583126	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
28584704--28584778	27	2.7	28	82	12	84	34	4	1	60	1.24
28595930--28595969	21	1.9	21	85	10	55	45	10	5	40	1.60
28595930--28595973	22	2.0	21	83	12	54	47	11	4	36	1.60
28599052--28599105	17	3.1	16	77	15	54	11	5	14	68	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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