genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
598091--598180	28	3.1	27	76	16	83	62	4	5	27	1.37
598072--598142	20	3.7	20	68	22	53	60	2	2	33	1.26
598334--598408	37	2.0	37	85	10	100	33	2	1	62	1.17
598369--598498	46	2.8	45	82	6	127	33	1	1	63	1.13
598338--598498	10	17.0	10	64	16	58	34	1	1	62	1.14
599007--599068	11	5.8	10	78	12	61	27	27	0	45	1.54
599019--599068	21	2.4	21	80	9	59	28	26	0	46	1.53
600223--600248	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
600865--600902	18	2.1	18	90	0	58	23	23	10	42	1.85
604947--605208	47	5.6	47	77	15	310	29	27	19	23	1.98
604901--605257	93	3.8	93	98	0	687	28	28	20	22	1.99
604893--605254	46	7.8	46	76	15	370	29	28	20	22	1.98
612657--613476	46	17.8	46	96	2	1504	30	28	19	21	1.98
615406--615536	39	3.3	39	84	5	174	22	25	20	32	1.98
621580--621709	67	2.0	66	86	4	183	30	16	30	23	1.96
623627--623927	150	2.0	150	100	0	602	28	20	21	29	1.98
624990--625166	27	6.5	26	81	3	138	25	15	27	30	1.96
625017--625166	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
624990--625145	82	1.9	81	83	6	199	26	16	27	30	1.96
624986--625166	82	2.2	81	79	4	195	26	16	27	30	1.96
633060--633215	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
633059--633212	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
633060--633215	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
633052--633236	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
633052--633236	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
634506--634544	19	2.1	19	100	0	78	15	15	30	38	1.88
642116--642387	40	6.8	40	92	1	436	26	21	28	23	1.99
642108--642387	122	2.3	122	91	1	449	26	21	28	23	1.99
645958--646175	110	2.0	110	97	0	409	27	11	20	40	1.86
649863--649923	30	2.0	30	96	0	113	45	24	6	22	1.76
653001--653042	17	2.5	17	88	7	59	11	26	0	61	1.30
664027--664180	67	2.3	65	84	7	184	35	16	26	21	1.95
668918--669096	39	4.5	39	90	2	261	30	29	22	18	1.97
674298--674334	18	2.1	18	100	0	74	29	21	16	32	1.95
680396--680751	27	13.2	27	89	0	451	28	21	8	41	1.81
680396--680751	81	4.4	81	92	0	550	28	21	8	41	1.81
688991--689094	44	2.4	43	82	7	115	28	25	21	25	1.99
689920--689953	5	6.6	5	93	6	59	20	0	2	76	0.92
691881--692053	27	6.6	27	80	7	169	32	16	14	36	1.89
691926--691968	21	2.0	21	95	0	77	27	25	13	32	1.94
691902--692038	48	2.7	48	77	6	121	31	17	13	37	1.89
692448--692497	18	2.7	19	75	9	50	22	24	18	36	1.95
704254--704511	131	2.0	131	98	0	498	36	6	19	37	1.78
710422--710554	43	3.1	43	69	16	132	30	15	27	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710392--710594	84	2.4	84	93	0	352	26	18	29	25	1.98
710465--710594	41	3.1	41	65	16	104	26	19	29	24	1.98
715412--715599	40	4.7	40	84	3	254	28	27	20	24	1.99
717434--718134	353	2.0	353	99	0	1393	27	25	17	30	1.97
723672--724539	40	21.7	40	98	0	1659	25	27	22	24	2.00
736729--736957	42	5.4	42	66	12	137	29	18	26	25	1.98
736789--736919	41	3.1	41	65	12	95	29	19	27	23	1.99
736725--736950	84	2.7	84	94	0	389	30	18	26	24	1.98
741718--741799	42	2.0	42	87	0	119	34	2	13	50	1.55
755311--755528	46	4.7	46	80	9	237	29	28	20	21	1.98
755362--755532	93	1.8	93	89	0	270	30	28	19	21	1.97
755952--756012	30	2.0	30	83	3	77	34	24	4	36	1.77
758995--759095	37	2.7	37	93	0	175	25	31	18	23	1.98
759238--760701	48	30.4	48	92	0	2289	32	27	6	34	1.82
763223--763454	40	5.8	40	91	0	338	25	28	21	25	1.99
763502--763663	40	4.1	40	95	0	288	24	27	22	25	2.00
763290--763708	209	2.0	209	95	0	757	27	26	18	27	1.98
763748--763871	62	2.0	62	96	0	230	36	28	8	27	1.85
764930--765032	37	2.8	38	94	2	174	25	32	18	24	1.97
765173--766175	48	21.0	48	85	3	1301	31	24	6	36	1.82
765173--766175	144	7.0	144	88	4	1456	31	24	6	36	1.82
765894--765977	35	2.4	35	89	0	123	27	22	8	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765846--766024	83	2.1	84	89	2	270	29	25	7	37	1.84
765798--766075	133	2.1	131	87	1	385	30	25	7	36	1.83
765929--766177	98	2.5	98	99	0	489	32	22	6	38	1.80
769904--769964	6	10.5	6	80	3	54	16	4	3	75	1.11
769905--769984	5	14.8	5	73	19	56	18	5	2	73	1.13
769904--769986	12	7.0	12	79	10	66	19	4	3	72	1.18
773415--773599	79	2.3	81	83	7	218	25	27	22	24	2.00
773396--773599	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
774730--774849	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
775984--776016	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
777706--777786	40	2.0	40	95	0	144	41	14	19	23	1.89
795945--796036	40	2.3	40	87	7	125	27	26	22	23	2.00
799255--799389	58	2.4	55	85	5	171	43	1	2	51	1.25
799485--799561	34	2.2	34	84	9	93	38	20	5	35	1.75
801036--801076	19	2.2	19	86	0	55	2	17	0	80	0.82
801106--801147	14	3.2	13	80	9	50	64	2	0	33	1.07
801871--801927	25	2.3	25	81	6	71	26	0	5	68	1.11
802081--802393	3	105.3	3	65	11	90	29	9	3	57	1.47
802079--802116	19	2.0	19	89	0	58	23	15	5	55	1.61
802116--802163	13	3.6	13	83	13	62	27	6	2	64	1.28
802317--802390	20	3.8	20	71	8	64	27	8	6	58	1.52
802356--802398	24	1.9	23	86	13	63	25	4	4	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802558--802777	3	73.0	3	68	12	76	30	10	2	56	1.46
808135--808303	88	1.9	88	84	2	223	28	21	21	28	1.98
808384--808892	44	11.7	44	68	4	181	19	23	21	36	1.95
808373--808906	87	6.2	86	84	3	662	20	22	20	35	1.96
808367--808887	173	3.0	174	86	3	748	19	23	21	35	1.96
808373--808908	260	2.1	261	87	2	767	20	22	20	35	1.96
816440--816473	18	1.9	17	94	5	59	41	11	23	23	1.87
820464--820582	3	40.3	3	69	6	73	57	1	8	31	1.38
820457--820544	20	4.2	22	74	10	60	60	2	5	31	1.33
820650--820695	17	2.7	18	87	12	62	67	2	4	26	1.21
820728--821091	3	122.3	3	65	12	108	60	4	6	28	1.40
828038--828106	35	2.0	35	97	0	129	21	11	49	17	1.78
828589--828636	17	2.8	17	96	0	87	27	29	2	41	1.67
832167--832216	17	2.9	17	96	0	91	24	26	6	44	1.76
849303--849342	20	2.0	20	90	0	62	45	0	0	55	0.99
853357--853400	23	2.0	23	90	4	72	40	4	2	52	1.34
853492--853561	27	2.6	27	86	4	97	27	25	28	18	1.98
853604--853742	4	34.0	4	75	17	92	68	0	31	0	0.90
853593--853663	18	4.1	17	78	10	72	64	0	35	0	0.94
853594--853803	34	6.0	34	75	17	155	67	0	32	0	0.91
853609--853775	40	4.2	40	73	21	134	68	0	31	0	0.89
853639--853793	45	3.5	45	80	7	158	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853594--853808	79	2.8	78	85	10	259	67	0	32	0	0.91
853687--853788	15	7.1	15	73	21	69	68	0	31	0	0.90
854570--854601	15	2.1	15	100	0	64	53	0	6	40	1.26
858578--858618	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
858925--858950	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
859238--859298	29	2.1	29	93	0	104	50	3	1	44	1.28
859768--859822	22	2.5	21	82	8	65	70	1	5	21	1.16
862631--862701	25	3.0	23	83	6	79	30	18	29	21	1.97
862730--862807	25	3.1	25	84	0	102	38	19	25	16	1.92
862946--863006	24	2.5	23	76	7	59	32	18	22	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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