genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22054456--22054512	26	2.1	27	84	9	73	28	8	7	56	1.56
22065357--22065404	19	2.5	20	74	12	57	68	6	8	16	1.35
22077839--22077982	72	2.0	72	87	0	207	31	18	28	21	1.96
22088854--22089118	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
22088821--22089118	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
22089050--22089127	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22096802--22097063	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
22100013--22100057	21	2.1	23	88	12	69	26	8	13	51	1.70
22115121--22115194	31	2.5	30	93	6	132	33	17	10	37	1.85
22126079--22126139	30	2.0	30	96	0	113	29	19	14	36	1.92
22127296--22127375	25	3.2	25	66	13	74	41	15	6	37	1.72
22127287--22127389	50	2.1	50	100	0	206	41	15	5	36	1.71
22127310--22127389	25	3.2	25	66	13	74	43	16	7	32	1.76
22127795--22127825	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
22129107--22129633	261	2.0	261	97	0	1000	30	32	7	29	1.84
22140441--22140487	24	2.0	24	91	0	76	51	31	2	14	1.55
22143164--22143200	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
22155744--22155811	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
22155633--22155960	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
22155913--22155991	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
22157602--22157724	61	2.0	62	80	4	142	36	4	17	42	1.68
22158116--22158151	4	9.0	4	100	0	72	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22159498--22159527	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
22169261--22169564	40	7.7	40	90	4	431	25	21	27	25	1.99
22173974--22174027	25	2.1	27	83	16	71	31	3	3	61	1.31
22176278--22176324	22	2.2	22	85	11	62	40	4	0	55	1.19
22179447--22179482	18	2.0	18	88	0	54	30	25	25	19	1.98
22183704--22184320	88	7.0	88	88	0	871	26	23	25	24	2.00
22185710--22185756	22	2.2	22	85	11	62	40	4	0	55	1.19
22190951--22190984	14	2.5	14	90	4	52	35	2	0	61	1.11
22194855--22194942	44	2.0	44	97	0	167	44	6	23	25	1.78
22195469--22195671	101	2.0	101	97	0	379	45	6	18	28	1.75
22202853--22202900	25	1.9	25	95	0	87	14	10	20	54	1.70
22208451--22208480	14	2.1	14	93	0	51	36	26	3	33	1.73
22219602--22219742	36	3.7	36	79	15	174	38	13	21	26	1.90
22219625--22219787	45	3.9	45	78	15	195	36	15	19	28	1.92
22219556--22219768	81	2.6	81	94	0	363	35	15	20	28	1.93
22223683--22223841	43	3.7	43	73	13	148	23	20	27	28	1.99
22224774--22224834	31	2.0	31	96	0	113	24	3	19	52	1.61
22226112--22226157	21	2.1	22	84	11	60	60	8	8	21	1.53
22227006--22227041	12	3.1	12	92	4	56	22	25	0	52	1.47
22229695--22229726	15	2.1	16	94	5	57	50	3	0	46	1.17
22232376--22232405	15	1.9	16	93	6	53	56	10	0	33	1.32
22233812--22233855	20	2.2	20	87	4	61	61	9	0	29	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22239963--22240542	86	6.7	87	81	7	569	32	14	10	42	1.80
22239963--22240542	174	3.4	174	81	7	598	32	14	10	42	1.80
22251050--22251085	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
22251500--22251656	60	2.6	61	78	7	160	22	21	19	36	1.95
22251666--22251812	58	2.5	60	83	8	183	41	17	20	20	1.90
22256981--22257040	30	2.0	30	83	0	75	60	3	1	35	1.23
22257032--22257092	11	5.8	11	71	24	51	59	0	1	39	1.08
22257002--22257109	41	2.7	40	81	7	130	62	0	1	35	1.06
22257035--22257115	17	4.4	17	71	19	63	64	0	1	34	1.02
22257018--22257081	30	2.1	31	88	5	96	62	0	1	35	1.05
22257052--22257081	12	2.5	12	94	0	51	63	0	0	36	0.95
22257479--22257509	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22257563--22257599	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22272914--22272957	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
22278977--22279014	21	1.9	19	85	15	51	47	15	2	34	1.60
22298025--22298057	17	1.9	17	88	11	50	57	9	0	33	1.30
22299736--22299782	17	2.8	16	87	3	58	29	0	14	55	1.40
22299936--22300253	159	2.0	159	98	0	609	32	7	14	44	1.74
22300800--22300984	46	4.0	46	91	0	298	34	10	26	28	1.90
22307282--22307322	21	2.0	21	85	0	55	31	4	0	63	1.15
22307756--22307997	50	4.8	50	76	4	225	30	26	16	26	1.97
22307753--22307994	101	2.4	101	82	4	292	30	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22317153--22317196	23	1.9	23	90	0	70	47	6	34	11	1.66
22334710--22334847	43	3.3	43	74	8	138	31	16	25	26	1.97
22343321--22343758	31	14.3	31	70	10	263	43	14	6	35	1.71
22343285--22343779	31	16.1	30	69	10	218	42	14	7	35	1.73
22343285--22343773	92	5.3	92	90	0	735	42	14	7	35	1.73
22353003--22353047	15	2.6	17	80	20	58	55	0	2	42	1.12
22354007--22354396	194	2.0	194	91	3	633	32	16	17	33	1.93
22354619--22354679	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
22355230--22355306	39	2.0	38	84	2	100	36	14	6	42	1.71
22359183--22359234	16	3.2	16	86	0	77	42	1	25	30	1.66
22359401--22359516	61	1.9	61	87	5	173	57	0	1	39	1.15
22364970--22365283	27	11.7	27	81	7	286	41	18	15	24	1.89
22364981--22365283	54	5.6	54	81	6	328	41	18	16	23	1.90
22367673--22367734	24	2.6	24	79	5	72	25	16	27	30	1.96
22370291--22370417	62	2.1	58	86	5	173	49	3	3	43	1.37
22371068--22371209	68	2.1	66	93	2	239	45	8	4	40	1.56
22371198--22371239	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
22371213--22371268	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
22371068--22371231	68	2.5	65	85	10	205	46	8	4	40	1.54
22373032--22373090	29	2.0	29	96	0	109	35	18	5	40	1.73
22375883--22375941	29	2.0	29	96	0	109	35	18	5	40	1.73
22377451--22377493	14	3.2	14	74	12	54	18	27	2	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22378043--22378075	14	2.3	15	90	10	52	39	3	0	57	1.14
22380472--22380541	29	2.5	28	86	4	95	32	17	20	30	1.95
22380406--22380515	56	2.0	57	83	7	145	40	12	20	27	1.88
22386127--22386182	16	3.5	16	75	0	58	30	16	10	42	1.82
22386115--22386199	32	2.7	32	78	14	111	32	20	8	38	1.82
22386706--22386937	40	5.8	40	80	6	233	34	16	26	22	1.95
22386725--22386937	79	2.7	77	84	7	259	33	15	27	23	1.95
22387327--22387367	20	2.0	20	85	4	55	39	26	2	31	1.70
22393200--22393250	21	2.5	20	77	3	57	31	1	5	60	1.31
22393949--22394010	21	3.0	21	86	9	90	17	30	25	25	1.97
22393941--22394012	21	3.4	21	83	7	83	18	30	25	26	1.98
22394141--22394177	19	1.9	20	94	5	67	27	5	18	48	1.70
22395861--22396155	29	10.3	29	70	11	171	36	18	18	26	1.94
22395861--22396166	111	2.7	112	82	5	366	36	18	19	26	1.94
22396083--22396177	29	3.2	29	73	8	84	41	17	16	24	1.90
22401442--22401478	19	1.9	19	94	0	65	35	0	0	64	0.94
22404626--22404673	25	1.9	25	87	8	71	33	16	16	33	1.92
22412081--22412137	25	2.3	25	84	0	69	31	19	21	28	1.97
22415076--22415112	18	2.1	18	100	0	74	29	21	21	27	1.99
22431508--22431673	72	2.3	72	81	2	181	31	8	20	39	1.82
22431921--22431958	20	1.9	20	94	0	67	18	10	21	50	1.76
22434940--22435051	33	3.4	33	81	3	127	17	21	14	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22434964--22435065	33	3.1	32	78	5	105	15	24	14	45	1.84
22445390--22445456	30	2.2	30	83	0	80	22	20	25	31	1.98
22448412--22448453	9	4.4	9	83	16	50	38	26	0	35	1.57
22450465--22451037	287	2.0	287	100	0	1146	38	22	8	30	1.85
22452039--22452153	46	2.5	46	91	0	176	32	26	20	21	1.98
22452039--22452152	23	5.0	23	83	2	140	32	26	20	21	1.97
22454475--22454532	9	6.4	9	91	0	98	43	20	10	25	1.84
22454572--22454596	11	2.3	11	100	0	50	16	0	16	68	1.22
22455746--22455827	42	2.0	42	82	4	103	30	23	14	31	1.94
22455787--22455879	47	2.0	48	84	2	125	32	27	16	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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