genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24751212--24751411	64	3.1	64	84	2	251	19	20	22	38	1.93
24751216--24751397	96	1.9	96	86	2	258	19	20	22	37	1.94
24753044--24753073	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
24755044--24755087	20	2.2	19	84	15	54	27	6	11	54	1.61
24758613--24758667	27	2.0	27	89	0	83	25	16	14	43	1.86
24765215--24765699	27	18.1	27	79	4	378	43	21	17	17	1.88
24765863--24765917	26	2.1	26	89	0	83	20	18	25	36	1.94
24766030--24766139	28	4.0	28	87	1	168	25	23	20	30	1.99
24777885--24777919	15	2.3	15	100	0	70	28	20	8	42	1.81
24779979--24780126	54	2.7	54	84	4	183	17	28	27	27	1.98
24780036--24780163	54	2.4	54	86	2	168	17	28	27	27	1.97
24797008--24797054	24	2.0	24	83	8	60	48	2	4	44	1.34
24798114--24798172	29	2.0	29	86	0	82	33	32	10	23	1.88
24807200--24807242	21	2.1	21	83	12	54	39	13	2	44	1.57
24821457--24821718	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
24827368--24827428	29	2.1	29	87	6	88	37	13	21	27	1.90
24827452--24827524	30	2.4	30	88	0	101	36	8	27	27	1.85
24834979--24835003	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
24835180--24835217	19	2.0	19	94	0	67	26	23	10	39	1.87
24844957--24845055	50	2.0	50	81	0	117	25	26	19	29	1.98
24858154--24858263	43	2.6	43	80	2	141	34	20	19	25	1.96
24859715--24859749	14	2.4	14	95	4	61	34	20	2	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24877252--24877424	74	2.4	73	79	13	201	34	12	19	32	1.90
24883046--24883255	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
24882993--24883255	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
24882994--24883290	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
24890992--24891201	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
24890939--24891201	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
24890940--24891236	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
24904502--24904543	21	2.0	22	85	4	59	50	11	0	38	1.40
24906469--24906520	23	2.3	23	89	0	77	28	9	21	40	1.84
24906856--24906971	48	2.5	48	88	2	173	49	12	16	22	1.78
24910641--24910674	12	2.8	12	90	0	59	32	2	0	64	1.08
24910709--24910761	21	2.5	20	82	8	61	16	3	5	73	1.17
24910823--24910864	3	14.0	3	89	0	66	30	2	2	64	1.19
24915948--24916020	18	4.1	18	76	0	74	46	19	4	30	1.68
24915950--24916028	36	2.2	36	86	4	106	46	18	5	29	1.70
24917722--24917765	23	2.0	21	83	16	54	40	6	0	52	1.28
24917695--24917765	31	2.3	31	83	13	85	40	5	0	53	1.24
24919431--24919465	14	2.5	14	100	0	70	31	14	8	45	1.75
24920890--24920926	17	2.2	17	90	0	56	51	0	0	48	1.00
24935859--24935990	45	2.9	46	95	2	232	24	15	25	34	1.95
24939976--24940024	16	3.1	16	76	2	55	38	0	0	61	0.96
24939975--24940050	34	2.3	32	82	10	91	38	0	1	60	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24939988--24940035	16	2.8	17	79	14	55	33	0	0	66	0.92
24940003--24940052	20	2.5	20	83	3	57	34	0	2	64	1.05
24940177--24940847	87	7.8	84	78	7	534	33	12	10	43	1.78
24940177--24940847	85	7.8	84	77	10	526	33	12	10	43	1.78
24940360--24940908	255	2.1	254	88	2	812	32	13	11	42	1.80
24940455--24940908	85	5.4	84	76	10	392	32	13	11	42	1.79
24946231--24946285	15	3.7	15	72	13	51	72	0	20	7	1.07
24946237--24946295	12	4.7	12	72	12	55	69	0	20	10	1.17
24949674--24949782	41	2.7	41	94	0	182	28	26	21	23	1.99
24951511--24951536	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24956354--24956462	41	2.7	41	95	0	191	26	29	22	22	1.99
24961098--24961137	20	2.0	20	90	0	62	37	7	5	50	1.53
24970823--24970946	50	2.5	50	87	0	185	20	32	22	24	1.98
24971001--24971246	50	4.9	50	87	0	330	22	30	21	25	1.99
24975440--24975730	50	5.7	50	84	2	348	23	29	20	26	1.99
24981990--24982050	32	1.9	32	100	0	122	36	21	14	27	1.93
24989561--24989744	40	4.7	40	82	8	209	25	21	27	25	2.00
24989613--24989777	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
24993948--24994132	40	4.7	40	81	6	207	24	23	27	24	2.00
24994001--24994155	79	2.0	79	82	7	190	25	21	27	25	2.00
24997220--24997749	49	10.7	49	81	5	600	25	19	25	29	1.98
24997222--24997749	150	3.5	147	83	6	652	25	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24997227--24997762	250	2.2	247	89	2	788	25	19	25	29	1.98
24997222--24997749	100	5.3	99	88	3	627	25	19	25	29	1.98
25000651--25000686	16	2.2	17	90	5	56	5	11	0	83	0.80
25000803--25000867	32	2.0	32	96	0	121	26	15	23	35	1.94
25002817--25002907	12	7.8	12	75	10	57	20	9	6	62	1.48
25002813--25002864	13	4.0	13	78	7	52	21	9	3	65	1.38
25002814--25002864	27	1.9	27	92	4	86	21	9	3	64	1.40
25002848--25002917	10	6.5	11	79	14	67	18	10	7	64	1.46
25002814--25002865	26	2.0	26	88	7	79	21	11	3	63	1.43
25002848--25002917	22	3.3	21	82	11	72	18	10	7	64	1.46
25002835--25002919	32	2.6	33	85	9	120	18	11	7	62	1.51
25002870--25002918	21	2.3	22	92	3	82	18	8	6	67	1.37
25009299--25009357	30	1.9	31	86	3	84	49	3	18	28	1.64
25009583--25009636	20	2.7	19	75	8	63	35	0	1	62	1.06
25012154--25012279	66	1.9	66	82	9	159	32	19	24	23	1.97
25012289--25012414	45	2.8	45	83	0	144	38	17	23	20	1.93
25012338--25012696	46	7.8	46	84	2	409	39	14	23	22	1.91
25012779--25012833	26	2.1	26	86	0	74	40	3	20	36	1.70
25012789--25012848	27	2.3	26	79	2	66	40	5	20	35	1.74
25012798--25012854	27	2.2	26	80	3	60	42	5	15	36	1.70
25015107--25015174	30	2.2	31	84	7	86	47	5	17	29	1.71
25016772--25016840	25	2.8	25	86	4	95	28	23	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25016885--25016929	21	2.2	20	92	4	72	31	15	17	35	1.92
25016885--25016929	10	4.4	10	91	5	72	31	15	17	35	1.92
25024589--25024633	10	4.4	10	86	5	63	31	15	15	37	1.89
25029269--25029316	22	2.2	22	96	3	89	47	8	0	43	1.33
25036680--25036712	17	2.0	17	94	5	59	12	24	0	63	1.28
25038726--25038964	50	4.8	49	79	6	221	28	25	19	26	1.98
25038777--25038964	101	1.9	101	86	2	270	28	25	19	26	1.98
25040339--25040453	27	4.3	26	74	9	88	19	21	20	38	1.94
25043837--25043911	27	2.8	26	80	8	69	40	21	9	29	1.84
25043861--25043924	26	2.4	27	89	2	94	35	23	10	29	1.89
25044026--25044140	27	4.3	26	86	5	140	20	21	21	36	1.95
25044572--25044964	27	14.7	27	81	4	350	29	9	20	40	1.83
25044597--25044964	134	2.7	134	80	6	399	29	8	20	41	1.82
25045294--25045372	28	2.8	28	96	0	140	29	36	15	18	1.92
25047317--25047372	27	2.1	27	82	0	67	21	17	25	35	1.95
25047334--25047408	27	2.8	27	82	8	89	26	14	21	37	1.92
25047390--25047862	27	17.6	27	80	4	474	32	9	19	39	1.83
25048179--25048242	28	2.3	28	91	0	101	28	37	17	17	1.92
25051030--25051108	27	2.9	27	84	3	88	30	16	17	35	1.92
25051062--25051121	27	2.2	27	96	0	111	35	8	13	43	1.74
25051075--25051468	27	14.7	27	77	5	334	30	10	20	39	1.85
25054877--25054932	27	2.1	27	82	0	67	23	17	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25054922--25055267	27	12.9	26	71	10	130	32	8	19	39	1.83
25054949--25055186	54	4.4	54	81	1	201	31	9	19	39	1.84
25055013--25055274	27	9.7	27	76	4	172	33	8	18	39	1.81
25055058--25055238	80	2.2	80	81	2	220	32	8	17	41	1.79
25055258--25055298	18	2.3	18	80	12	50	34	9	21	34	1.87
25060668--25060750	24	3.4	24	85	6	105	27	20	21	30	1.98
25060795--25060833	10	3.8	10	90	6	60	33	17	15	33	1.92
25060795--25060834	21	1.9	21	94	0	71	32	17	15	35	1.91
25060873--25060920	25	1.9	25	91	0	78	25	18	25	31	1.98
25064834--25064900	34	2.0	34	85	5	91	25	22	23	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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