genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  27  of  126  ( 15042 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7648547--7648633	43	2.0	43	86	0	120	42	12	11	33	1.79
7652513--7652562	16	3.1	16	85	5	73	28	0	34	38	1.57
7652804--7652838	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7652924--7653079	18	8.0	18	66	24	68	53	2	1	42	1.22
7652979--7653158	38	4.5	38	70	16	141	53	3	1	41	1.27
7652990--7653032	22	1.9	23	85	4	61	60	2	0	37	1.10
7652782--7653207	120	3.5	119	88	6	569	51	3	1	42	1.29
7653322--7653356	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7653144--7653434	157	1.8	156	85	3	411	47	3	4	44	1.41
7656137--7656175	14	2.8	14	85	11	53	30	38	0	30	1.58
7656138--7656198	21	2.9	21	87	0	77	36	36	0	27	1.57
7656472--7656510	21	1.9	21	94	5	71	53	28	0	17	1.44
7656472--7656575	7	14.4	7	74	13	52	49	27	0	22	1.56
7656659--7656685	13	2.1	13	100	0	54	37	22	7	33	1.82
7656808--7657061	41	6.2	41	85	5	309	28	30	20	20	1.98
7656808--7657061	82	3.1	82	87	2	341	28	30	20	20	1.98
7656816--7657060	123	2.0	123	87	1	357	28	29	21	20	1.98
7657096--7657232	40	3.4	41	81	6	147	18	21	23	36	1.95
7657926--7657956	12	2.6	12	100	0	62	41	0	6	51	1.27
7660286--7660329	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
7679809--7679834	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
7680930--7680969	22	1.9	22	90	10	66	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7685073--7685148	36	2.1	36	82	2	91	27	5	5	61	1.39
7688990--7689070	30	2.6	30	84	7	92	35	7	2	54	1.42
7691332--7691365	17	2.0	17	94	0	59	32	5	0	61	1.20
7691341--7691399	19	3.0	20	80	17	63	32	1	0	66	1.02
7693294--7693336	3	14.3	3	85	0	59	30	4	2	62	1.28
7705848--7706188	46	7.8	45	70	15	207	32	20	20	26	1.97
7706018--7706221	43	4.7	43	75	10	164	31	23	20	25	1.98
7706061--7706229	87	1.9	87	96	0	311	31	21	21	24	1.98
7706110--7706254	43	3.5	42	74	10	127	29	20	22	26	1.99
7706061--7706266	87	2.4	84	88	7	301	30	21	22	25	1.99
7712944--7713018	36	2.1	36	85	5	98	29	6	8	56	1.54
7715502--7715560	29	2.0	30	83	3	75	30	6	11	50	1.65
7723598--7723649	22	2.4	22	83	3	61	30	42	0	26	1.56
7723727--7723776	22	2.3	22	92	0	82	28	42	2	28	1.67
7734169--7734201	17	1.9	17	93	0	57	63	27	0	9	1.24
7738046--7738085	18	2.1	20	90	9	66	47	0	0	52	1.00
7740441--7740527	40	2.2	39	87	4	122	29	21	21	26	1.99
7740567--7740673	40	2.7	40	82	0	124	28	19	25	27	1.99
7740984--7741044	14	4.4	14	87	0	77	21	3	31	44	1.68
7740997--7741195	7	28.0	7	69	13	50	22	0	36	41	1.58
7741061--7741110	15	3.5	15	81	10	61	22	0	36	42	1.54
7741031--7741114	22	3.9	23	70	13	54	25	1	30	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7741729--7741811	42	2.0	42	86	6	116	33	18	21	26	1.96
7749762--7749805	21	2.1	21	91	0	70	20	29	20	29	1.98
7754899--7755028	43	3.0	43	83	0	170	24	14	24	36	1.93
7761577--7761651	38	2.0	38	91	0	123	50	9	10	29	1.68
7764562--7764600	20	2.0	20	100	0	78	25	25	15	33	1.95
7770808--7770834	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
7770819--7770870	19	2.7	18	82	17	61	59	5	0	34	1.21
7770821--7770862	17	2.3	19	88	12	61	61	4	0	33	1.17
7770821--7770877	19	3.1	18	80	16	55	56	5	0	38	1.22
7777733--7777772	14	2.7	15	88	7	55	5	27	0	67	1.11
7787080--7787172	48	1.9	48	97	0	177	44	21	19	15	1.87
7790466--7790598	66	2.0	66	100	0	266	30	20	19	30	1.97
7792301--7792889	294	2.0	294	99	0	1169	42	6	6	44	1.56
7792932--7793025	44	2.1	44	84	7	118	36	22	6	35	1.80
7793007--7793062	16	3.5	16	85	0	76	28	19	7	44	1.77
7794364--7794550	51	3.7	51	79	2	171	23	16	27	32	1.96
7794364--7794554	101	1.9	101	84	3	240	24	17	27	31	1.97
7795340--7795997	329	2.0	329	95	0	1181	35	8	23	33	1.85
7799174--7799221	20	2.5	19	83	6	69	22	0	2	75	0.91
7802010--7802053	18	2.4	19	88	3	63	68	0	11	20	1.20
7802548--7802574	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
7802548--7802591	10	4.2	11	88	11	58	20	0	2	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7804673--7804722	13	3.8	13	74	10	57	44	0	14	42	1.44
7805547--7805592	25	1.9	23	86	8	65	39	2	4	54	1.32
7808675--7808950	151	1.8	151	92	0	471	24	17	30	27	1.97
7816598--7816635	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
7820229--7820570	171	2.0	171	100	0	684	40	21	6	32	1.78
7823632--7823681	3	16.7	3	91	0	82	28	4	0	68	1.08
7825421--7825463	22	2.0	22	85	0	59	39	0	4	55	1.20
7825466--7825528	31	2.0	31	87	6	92	42	3	4	49	1.39
7831762--7831797	6	6.0	6	86	0	54	16	22	0	61	1.35
7843114--7843143	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
7848229--7848258	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
7849341--7849407	30	2.2	30	81	7	73	53	8	2	34	1.47
7851895--7851941	25	2.0	25	84	12	64	36	17	0	46	1.48
7855605--7855657	23	2.3	23	86	0	79	32	13	16	37	1.88
7858935--7858990	23	2.4	23	90	3	85	46	3	5	44	1.43
7872014--7872074	16	3.8	16	80	0	77	39	4	29	26	1.77
7872018--7872087	32	2.2	32	84	0	86	42	4	27	25	1.73
7872064--7872159	44	2.2	44	83	5	113	30	4	28	37	1.76
7872437--7872472	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
7872299--7872913	120	5.1	120	95	0	1023	51	4	2	42	1.34
7876873--7876916	18	2.4	19	84	3	63	52	2	2	43	1.26
7877355--7877417	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7877534--7877571	11	3.3	12	85	10	53	63	0	0	36	0.95
7878015--7878091	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
7887157--7887233	7	10.3	7	80	13	82	50	1	1	46	1.17
7887159--7887234	2	44.0	2	68	27	50	50	1	1	47	1.18
7887448--7887491	19	2.3	19	92	4	70	36	0	2	61	1.09
7887448--7887484	19	1.9	19	100	0	74	37	0	0	62	0.96
7888138--7888194	28	2.0	29	86	6	80	43	7	26	22	1.78
7894447--7894478	6	5.7	6	89	10	50	18	0	0	81	0.70
7894447--7894478	11	2.8	12	90	9	50	18	0	0	81	0.70
7897650--7897679	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
7898556--7898805	78	3.1	81	62	16	187	46	3	3	46	1.37
7898559--7898868	157	2.0	157	94	0	539	47	4	3	44	1.40
7898998--7899065	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
7907922--7907980	28	2.1	29	83	3	75	57	3	3	35	1.32
7908988--7909044	9	6.3	9	84	8	71	33	1	0	64	1.04
7908988--7909044	19	3.2	18	82	7	71	33	1	0	64	1.04
7908998--7909050	26	2.0	27	81	3	63	41	1	0	56	1.10
7912674--7912803	17	7.2	20	60	32	53	41	30	10	17	1.82
7912659--7912817	35	4.5	35	93	0	246	42	31	9	16	1.81
7926003--7926054	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7928308--7928414	41	2.6	41	85	2	135	31	22	17	28	1.97
7929355--7929400	25	1.9	23	83	16	58	39	13	0	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7930544--7930595	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
7936654--7936696	18	2.2	20	88	8	63	81	2	0	16	0.79
7938235--7938274	17	2.4	17	91	0	62	72	0	0	27	0.85
7942530--7942622	48	1.9	48	93	0	159	32	8	11	47	1.71
7942609--7942640	8	4.0	8	95	0	55	28	0	21	50	1.49
7942966--7943051	33	2.6	33	75	3	84	29	15	36	19	1.92
7944792--7944822	11	2.8	11	95	0	53	74	6	0	19	1.03
7944904--7944969	26	2.5	26	97	2	123	57	7	0	34	1.27
7945145--7945184	3	13.7	3	94	5	73	0	35	0	65	0.93
7951201--7951266	22	3.1	22	82	4	73	34	21	7	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126