genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24303681--24303959	81	3.4	80	81	7	317	27	25	12	34	1.92
24303692--24303919	113	2.0	113	86	0	321	27	26	13	32	1.94
24312789--24312837	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
24313103--24313225	50	2.5	50	80	0	129	20	28	24	26	1.99
24316276--24316474	30	6.7	30	77	3	114	22	23	15	39	1.91
24316299--24316466	89	1.9	89	85	2	230	21	23	16	39	1.92
24316453--24316528	29	2.6	30	89	2	127	18	30	11	39	1.87
24316274--24316562	119	2.4	118	82	2	373	21	25	15	37	1.92
24316306--24316528	59	3.8	60	75	10	199	20	24	15	39	1.91
24327866--24328160	50	5.9	50	88	0	401	23	30	19	26	1.98
24336325--24336382	17	3.2	17	79	13	71	46	1	1	50	1.22
24336290--24336424	69	2.0	68	83	4	173	44	2	5	46	1.43
24336997--24337060	25	2.5	24	78	9	65	70	6	9	14	1.33
24337019--24337088	33	2.1	33	86	5	97	64	12	10	12	1.50
24347699--24347755	28	2.0	28	100	0	114	40	10	7	42	1.66
24349979--24350009	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
24356265--24356315	25	2.0	25	100	0	102	35	11	3	49	1.58
24368399--24368470	23	3.0	24	84	8	94	15	9	6	68	1.39
24368417--24368471	13	4.5	13	72	21	55	14	9	7	69	1.36
24368567--24368599	16	1.9	18	88	11	52	33	0	0	66	0.92
24373377--24373446	25	2.8	25	82	4	79	21	21	22	34	1.97
24375016--24375209	102	1.9	102	90	3	311	26	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24375012--24375209	51	3.9	49	82	5	227	26	17	25	30	1.97
24375209--24375294	45	1.9	45	90	0	136	25	15	24	34	1.94
24383201--24383268	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
24385585--24385825	50	4.8	50	85	1	286	29	21	26	21	1.99
24389981--24390127	36	4.1	36	88	0	204	34	11	20	34	1.89
24389981--24390108	18	7.1	18	69	10	91	33	10	20	35	1.86
24389986--24390124	18	7.7	18	72	9	68	35	12	20	31	1.89
24390574--24390625	27	1.9	27	88	0	77	32	21	17	28	1.96
24401350--24401386	18	2.1	18	100	0	74	51	5	21	21	1.68
24405991--24406041	11	4.5	11	75	15	50	60	5	5	27	1.43
24406123--24406152	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24408135--24408319	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
24408116--24408319	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
24416085--24416307	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
24416085--24416307	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
24418822--24419186	100	3.7	100	86	0	453	23	19	23	33	1.97
24418822--24419181	50	7.2	50	72	6	253	23	18	23	33	1.97
24418822--24419186	200	1.8	200	85	0	514	23	19	23	33	1.97
24419330--24419564	44	5.1	44	71	16	147	26	21	18	33	1.96
24419280--24419564	141	2.0	142	93	2	493	27	20	17	34	1.95
24421864--24421897	15	2.3	15	90	5	52	17	0	8	73	1.08
24428867--24428895	15	1.9	15	100	0	58	31	6	27	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24431727--24431815	45	2.0	45	90	0	142	32	22	17	26	1.97
24446006--24446039	16	2.2	15	89	5	50	55	2	0	41	1.15
24454222--24454254	17	1.9	17	93	0	57	75	6	0	18	1.00
24456673--24456895	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
24456673--24456895	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
24467422--24467449	9	3.1	9	100	0	56	35	0	0	64	0.94
24475479--24475615	69	2.0	69	83	8	172	43	19	18	18	1.89
24483477--24483542	7	9.1	7	85	6	51	53	0	1	45	1.09
24483496--24483544	7	6.9	7	93	4	80	46	0	0	53	1.00
24495706--24495733	6	4.7	6	100	0	56	67	0	0	32	0.91
24496102--24496138	13	3.1	12	92	7	58	75	0	8	16	1.02
24507888--24507934	20	2.3	20	85	0	76	8	29	23	38	1.84
24512086--24512127	10	3.9	11	84	12	52	0	11	0	88	0.53
24512086--24512130	17	2.8	16	93	6	74	0	11	0	88	0.50
24512086--24512128	11	3.9	11	84	9	61	0	11	0	88	0.52
24512086--24512130	16	2.7	17	79	6	56	0	11	0	88	0.50
24519482--24519511	13	2.4	13	94	5	53	13	10	0	76	1.01
24521885--24521920	18	1.9	19	94	5	65	36	19	0	44	1.51
24522188--24522241	25	2.2	25	100	0	108	38	12	11	37	1.79
24530823--24530861	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
24531060--24531299	50	4.7	50	77	5	180	23	27	21	27	1.99
24538609--24538740	49	2.7	49	79	8	142	25	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24557301--24557464	87	1.9	86	83	3	213	25	16	23	34	1.95
24557844--24557887	19	2.3	19	84	7	54	50	6	15	27	1.70
24559080--24559178	40	2.5	40	84	0	144	38	18	26	17	1.92
24559071--24559199	40	3.2	40	74	9	120	34	17	27	20	1.94
24573286--24573384	44	2.2	44	98	0	189	25	30	19	25	1.98
24576192--24576220	15	1.9	15	100	0	58	24	0	20	55	1.44
24579921--24580056	57	2.4	57	84	7	188	44	5	18	31	1.71
24580024--24580106	41	2.0	42	83	2	105	49	2	22	25	1.62
24585551--24585691	57	2.6	54	87	4	201	41	5	21	31	1.76
24585650--24585730	43	1.9	43	85	5	112	53	2	22	22	1.58
24589426--24589490	32	2.0	33	82	8	80	36	3	1	58	1.23
24603317--24603381	33	2.0	33	87	6	96	20	18	23	38	1.93
24606370--24606424	24	2.3	24	96	0	101	43	3	20	32	1.69
24610530--24610605	20	3.8	20	67	19	59	17	31	18	32	1.94
24618468--24618509	21	2.0	21	81	9	50	33	7	26	33	1.83
24621756--24621798	22	2.0	22	90	0	68	69	2	0	27	1.00
24623492--24623564	23	3.2	23	82	5	94	30	24	19	26	1.98
24623793--24623831	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
24630216--24630255	17	2.4	17	95	0	71	57	25	0	17	1.40
24630762--24630814	23	2.3	23	83	0	70	32	20	22	24	1.98
24632434--24632551	59	2.0	60	83	5	150	22	27	14	34	1.93
24632494--24632662	40	4.2	40	84	2	207	17	27	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24632595--24632656	20	3.1	20	70	9	63	12	32	17	37	1.88
24634455--24634570	25	4.6	25	72	12	76	16	24	20	38	1.92
24634513--24634595	25	3.3	25	80	12	82	21	25	19	33	1.97
24642180--24642332	73	2.1	73	90	0	234	21	22	20	35	1.96
24642432--24642503	25	2.9	26	76	13	71	23	23	18	34	1.96
24642521--24642573	25	2.1	25	82	0	61	20	26	20	32	1.98
24647898--24647938	21	2.0	21	85	9	57	26	19	21	31	1.97
24689885--24690025	49	2.9	49	84	5	185	34	29	12	24	1.91
24690892--24691633	102	7.3	102	94	1	1184	33	27	19	20	1.97
24691070--24691122	27	2.0	27	92	0	88	26	30	24	18	1.98
24693373--24693404	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
24695111--24695303	49	3.9	49	89	3	298	33	28	13	24	1.93
24696266--24696401	42	3.5	42	77	17	182	35	27	16	20	1.94
24696161--24696362	102	2.0	103	91	1	325	33	28	18	19	1.96
24696308--24696538	33	6.6	33	69	20	139	35	25	18	20	1.95
24696264--24696437	75	2.3	75	95	0	312	34	27	17	20	1.95
24696126--24696580	178	2.6	177	90	1	687	33	26	18	21	1.96
24696308--24696540	103	2.2	103	89	3	349	35	26	18	20	1.95
24696444--24696581	42	3.5	42	71	17	159	35	27	15	21	1.94
24698519--24698550	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
24700169--24700297	49	2.6	49	86	0	168	28	15	16	39	1.89
24718565--24718613	21	2.3	20	77	16	55	18	16	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24721741--24721773	16	2.1	16	94	5	59	30	0	0	69	0.88
24736938--24736969	8	4.0	8	95	0	55	59	12	0	28	1.34
24747410--24747447	20	1.9	20	88	0	58	44	0	10	44	1.38
24750413--24750441	15	1.9	15	100	0	58	34	27	13	24	1.93
24750428--24750721	27	11.0	27	75	7	201	38	19	20	22	1.94
24750428--24750800	54	7.0	54	75	8	192	37	18	20	22	1.94
24750445--24750910	81	5.8	81	78	5	232	36	18	20	24	1.95
24750626--24750918	27	10.9	27	81	0	325	34	18	21	25	1.96
24750956--24751037	24	3.5	24	77	1	76	23	3	25	47	1.68
24751212--24751411	32	6.3	32	83	2	224	19	20	22	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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