genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27432082--27432146	32	2.1	32	91	2	105	32	9	13	44	1.76
27432693--27432726	12	2.9	11	91	8	50	79	0	20	0	0.73
27432690--27432729	17	2.3	18	79	12	57	80	0	20	0	0.72
27432696--27432729	14	2.4	14	100	0	68	79	0	20	0	0.73
27438292--27438356	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
27444104--27444135	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
27445773--27445803	14	2.1	15	94	5	55	41	0	0	58	0.98
27446005--27446064	26	2.3	26	85	2	75	36	41	1	20	1.62
27446144--27446202	17	3.4	17	71	17	57	32	3	6	57	1.41
27446478--27446515	19	2.0	19	94	0	67	36	7	26	28	1.84
27455198--27455287	43	2.1	44	83	6	112	48	8	11	31	1.69
27455920--27455984	30	2.3	27	84	7	76	52	0	3	44	1.16
27456117--27456154	3	12.7	3	83	10	51	34	0	2	63	1.09
27456170--27456213	9	5.1	9	78	10	56	77	6	15	0	0.97
27456167--27456213	17	2.8	17	100	0	94	76	6	17	0	0.98
27456167--27456210	8	5.2	8	81	8	52	77	4	18	0	0.94
27456432--27456470	16	2.4	16	87	8	53	48	2	25	23	1.63
27456777--27456886	23	5.1	21	80	7	123	19	20	22	37	1.94
27462599--27462664	34	2.1	31	86	11	89	21	13	16	48	1.80
27463012--27463064	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
27463734--27463771	8	4.8	8	84	12	51	2	7	2	86	0.74
27463730--27463771	16	2.6	16	84	0	66	2	7	4	85	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27463734--27463779	24	1.9	24	95	0	83	4	8	2	84	0.83
27463730--27463779	16	3.1	15	78	21	57	4	8	4	84	0.87
27463791--27463846	28	2.0	28	100	0	112	46	3	17	32	1.66
27466435--27466511	3	25.7	3	75	15	70	62	3	2	31	1.27
27468340--27468383	18	2.5	18	88	3	63	72	6	4	15	1.22
27468633--27468677	24	1.9	23	86	4	63	57	2	8	31	1.41
27468639--27468687	20	2.6	18	75	12	53	55	2	10	32	1.45
27468746--27468772	14	1.9	14	100	0	54	66	3	0	29	1.09
27470217--27470250	15	2.3	15	90	10	52	20	0	2	76	0.92
27470627--27470665	20	1.9	21	84	5	53	25	0	2	71	0.98
27470980--27471020	21	2.0	21	85	9	57	51	0	2	46	1.14
27474532--27474636	31	3.4	30	73	12	97	52	1	3	41	1.30
27474524--27474669	61	2.4	61	88	1	211	50	4	2	41	1.38
27475957--27476144	51	3.8	49	80	4	216	23	17	27	31	1.97
27475963--27476146	100	1.8	102	91	2	309	23	17	27	31	1.97
27476156--27476243	45	2.0	45	93	0	149	23	19	23	32	1.97
27491901--27491927	13	2.1	13	100	0	54	14	0	7	77	0.97
27502833--27502866	9	3.8	9	92	0	59	38	0	2	58	1.13
27511464--27511494	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
27511901--27511927	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
27518699--27518963	136	1.9	136	96	0	494	31	21	16	30	1.95
27519710--27519738	14	2.1	14	100	0	58	41	6	31	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27521447--27521592	25	5.9	25	70	11	79	34	20	25	19	1.96
27521513--27521651	25	5.6	24	69	15	77	34	20	23	21	1.97
27521703--27521785	24	3.4	24	73	3	67	38	18	22	20	1.93
27530377--27530408	14	2.3	14	100	0	64	34	18	28	18	1.95
27540369--27540405	11	3.5	11	92	3	58	56	5	0	37	1.22
27543257--27543286	12	2.5	12	94	0	51	36	33	30	0	1.58
27544659--27544734	26	2.9	26	88	0	116	38	31	9	21	1.85
27544667--27544781	52	2.2	51	83	9	135	34	33	11	20	1.88
27544693--27544789	26	3.8	26	74	12	85	32	34	13	19	1.91
27550285--27550342	25	2.4	23	80	11	71	63	1	1	32	1.14
27551106--27551164	30	2.0	30	83	3	75	47	10	5	37	1.59
27557429--27557470	15	2.9	15	86	10	52	64	0	28	7	1.20
27558884--27558937	21	2.6	21	90	0	90	18	31	29	20	1.96
27563485--27563509	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
27563827--27563944	58	2.0	58	96	0	218	30	11	12	44	1.78
27575252--27575482	117	2.0	117	93	1	401	36	16	14	32	1.89
27576462--27576506	10	4.8	10	81	15	60	71	2	0	26	0.98
27576459--27576509	10	5.4	9	78	17	50	68	1	0	29	1.00
27576462--27576506	18	2.4	19	92	3	74	71	2	0	26	0.98
27576903--27577164	66	4.0	66	98	0	488	32	25	7	33	1.84
27591610--27591833	54	4.1	54	91	2	344	46	20	13	18	1.83
27591609--27591836	81	2.8	81	86	4	325	46	21	14	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27591610--27591836	27	8.4	27	83	0	274	46	21	14	18	1.83
27593265--27593364	33	3.2	33	65	21	97	50	14	2	34	1.54
27593259--27593378	60	2.0	60	100	0	240	48	13	1	36	1.52
27593665--27593712	23	2.0	23	84	4	60	43	6	8	41	1.60
27594813--27594837	12	2.1	12	100	0	50	32	32	0	36	1.58
27597058--27597197	63	2.2	63	87	2	201	46	17	5	30	1.71
27597820--27597866	25	1.9	25	86	4	69	48	25	4	21	1.68
27602064--27602264	102	2.0	102	92	2	332	31	27	18	21	1.97
27602167--27602303	42	3.5	42	75	17	166	33	26	17	22	1.96
27602284--27602364	27	2.8	27	85	9	90	34	30	18	16	1.93
27602166--27602339	75	2.3	75	95	1	305	33	27	17	21	1.96
27604411--27604864	227	2.0	227	99	0	899	29	25	16	27	1.97
27614709--27614828	63	1.9	63	91	3	197	45	15	7	31	1.73
27614691--27614842	63	2.3	63	81	6	189	43	15	9	31	1.79
27620869--27620996	33	3.9	32	80	8	132	37	29	13	19	1.90
27620868--27621004	66	2.1	66	81	0	166	38	29	13	18	1.88
27621950--27621977	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
27625057--27625119	25	2.4	27	84	7	78	49	19	1	30	1.58
27629688--27629730	22	2.1	19	83	12	50	39	4	16	39	1.69
27659811--27659855	23	2.0	23	86	4	65	33	8	15	42	1.78
27660389--27660445	25	2.3	25	75	6	62	29	10	1	57	1.42
27661954--27661995	21	2.0	22	86	13	61	64	0	11	23	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27662761--27662793	14	2.2	16	89	10	52	78	6	9	6	1.08
27663060--27663121	26	2.6	22	85	10	70	16	6	37	40	1.74
27663501--27663584	44	1.9	44	82	0	105	28	25	19	27	1.98
27663742--27664164	131	3.2	131	88	2	625	24	24	20	30	1.99
27664226--27664362	43	3.2	43	65	13	109	24	21	24	29	1.99
27664154--27664509	87	4.1	87	91	0	541	24	23	22	29	1.99
27672033--27672065	14	2.2	16	89	10	52	78	6	9	6	1.08
27673149--27673203	29	1.9	28	85	10	76	34	9	7	49	1.62
27680389--27680418	16	1.9	16	93	6	53	13	3	20	63	1.43
27683673--27683739	24	2.8	24	77	4	64	17	40	5	35	1.75
27683671--27683759	24	3.7	24	75	3	63	14	41	6	37	1.72
27685054--27685226	88	2.0	88	94	0	301	43	6	7	42	1.58
27687895--27687938	5	8.8	5	89	0	61	40	20	0	38	1.53
27693654--27693698	23	1.9	24	86	4	65	26	51	2	20	1.59
27695225--27695274	25	2.0	25	100	0	100	44	8	32	16	1.76
27700532--27700616	26	3.3	26	94	0	143	40	15	9	35	1.79
27700532--27700598	14	5.1	14	64	14	52	41	14	8	34	1.78
27705692--27705750	5	11.4	5	85	7	82	33	23	0	42	1.55
27711114--27711148	18	1.9	18	94	0	61	60	8	11	20	1.57
27711602--27711652	21	2.4	22	83	6	68	21	33	3	41	1.72
27725221--27725255	17	2.1	17	94	0	61	54	2	0	42	1.15
27730000--27730113	59	1.9	60	87	5	169	40	16	20	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27730011--27730130	59	2.0	59	83	3	152	40	15	20	23	1.91
27730275--27730313	19	2.1	19	85	0	51	23	10	10	56	1.63
27734810--27735042	50	4.6	50	77	4	191	23	26	22	28	1.99
27742359--27742458	42	2.4	42	91	0	164	19	33	35	13	1.90
27742652--27742728	22	3.4	23	83	5	104	24	28	1	45	1.61
27742652--27742728	11	6.9	11	76	16	79	24	28	1	45	1.61
27742809--27743317	255	2.0	255	98	0	991	34	10	15	39	1.82
27745135--27745795	23	30.3	22	76	13	564	47	25	0	26	1.55
27745135--27745795	21	30.3	21	74	13	362	47	25	0	26	1.55
27745337--27745370	7	5.0	7	89	3	52	41	41	0	17	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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