genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27175607--27175684	30	2.6	30	78	6	95	61	2	2	33	1.23
27175796--27175832	17	2.1	17	90	5	56	62	0	5	32	1.18
27176157--27176215	10	6.2	10	75	9	61	25	1	1	71	1.05
27176159--27176252	29	3.4	28	74	12	86	25	4	1	69	1.13
27176178--27176253	19	4.0	19	71	19	59	25	3	2	68	1.20
27176339--27176421	17	4.7	17	74	12	60	25	3	1	69	1.11
27176453--27176490	20	1.9	19	89	5	58	28	0	0	71	0.87
27176458--27176520	20	3.2	19	82	10	65	26	0	6	66	1.15
27176476--27176520	10	4.5	10	81	10	56	26	0	8	64	1.23
27184743--27184938	20	9.8	20	68	11	87	36	17	30	14	1.91
27184754--27184858	40	2.6	39	80	8	97	34	19	32	14	1.91
27184831--27184991	40	4.0	40	82	0	196	39	16	30	14	1.88
27184841--27184984	20	7.2	20	69	6	103	39	16	29	13	1.88
27186112--27186150	17	2.2	18	86	4	53	58	7	0	33	1.26
27194366--27194390	7	3.6	7	100	0	50	64	0	0	36	0.94
27196103--27196149	23	2.0	23	84	8	60	34	8	31	25	1.86
27197764--27197796	6	5.5	6	100	0	66	33	15	33	18	1.92
27198344--27198369	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
27203180--27203229	14	3.8	13	82	10	57	52	6	2	40	1.38
27204852--27204904	20	2.7	20	81	0	61	45	9	13	32	1.75
27206054--27206114	25	2.4	25	83	0	68	31	22	22	22	1.99
27208391--27208423	15	2.2	15	94	0	57	69	0	15	15	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27210861--27210944	31	2.8	30	80	3	96	30	25	2	41	1.68
27212750--27212789	17	2.3	18	80	20	50	20	30	0	50	1.49
27212666--27212782	58	2.1	57	79	17	133	30	17	4	47	1.67
27213933--27214059	31	4.1	31	85	4	166	30	9	15	44	1.79
27213937--27214077	62	2.3	61	83	3	167	29	9	16	44	1.80
27213937--27214078	31	4.6	31	82	0	142	28	9	16	44	1.80
27214202--27214317	43	2.7	43	89	0	169	31	16	28	24	1.96
27221866--27221915	26	1.9	26	91	0	82	36	18	12	34	1.87
27232195--27232421	27	8.4	27	87	0	265	44	18	17	18	1.87
27233064--27233088	11	2.3	11	100	0	50	28	16	0	56	1.41
27237874--27237958	27	3.1	27	81	1	98	41	11	23	23	1.87
27242389--27242560	75	2.3	74	84	1	227	32	21	22	23	1.98
27242503--27242578	35	2.2	34	83	6	91	30	27	22	19	1.98
27254448--27254514	27	2.4	27	92	2	98	29	28	22	19	1.98
27254468--27254556	25	3.5	25	85	8	110	30	25	25	17	1.98
27254619--27254677	26	2.4	24	78	10	73	33	23	23	18	1.97
27257051--27257075	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
27259518--27259545	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
27262633--27262947	126	2.5	126	90	0	497	30	18	22	28	1.97
27266336--27266382	21	2.2	21	88	7	69	10	23	31	34	1.89
27267313--27267338	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
27267507--27267544	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27268487--27268545	22	2.6	23	77	17	61	44	1	27	27	1.64
27268503--27268549	11	4.3	11	86	0	67	42	2	34	21	1.65
27268511--27268562	22	2.3	22	86	3	68	44	1	30	23	1.64
27273394--27273443	25	2.0	25	96	0	91	20	18	12	50	1.78
27277378--27277455	29	2.7	29	74	5	79	30	5	29	34	1.79
27279744--27279776	15	2.1	16	88	5	50	51	0	27	21	1.48
27279716--27279785	20	3.5	20	90	0	113	48	0	28	22	1.51
27281502--27281536	16	2.2	16	89	0	52	57	5	20	17	1.60
27285501--27285538	19	2.0	19	90	10	60	39	0	39	21	1.53
27300288--27300314	12	2.2	12	100	0	54	51	14	11	22	1.73
27319019--27319708	94	7.4	94	85	2	803	32	18	20	28	1.96
27319263--27319697	44	9.4	44	67	21	210	32	18	20	28	1.96
27319405--27319728	44	6.9	49	71	20	226	33	17	19	29	1.95
27319685--27319790	50	2.2	48	85	8	135	33	14	20	31	1.92
27320103--27320137	15	2.2	16	90	5	54	57	28	5	8	1.52
27321311--27321395	29	3.0	28	79	14	86	20	18	2	58	1.50
27321622--27321646	11	2.3	11	100	0	50	20	8	0	72	1.10
27323423--27323462	21	1.9	21	84	0	53	52	2	10	35	1.48
27323662--27323713	20	2.7	18	80	16	59	55	3	3	36	1.36
27325451--27325496	14	3.2	14	78	3	56	56	8	2	32	1.42
27327141--27327539	90	4.5	90	82	2	441	28	23	16	31	1.96
27327262--27328043	44	17.6	44	70	8	460	28	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27327147--27327525	179	2.1	175	83	7	487	27	23	16	31	1.96
27327186--27328001	133	6.1	133	71	8	514	27	24	17	30	1.97
27327502--27328043	89	6.1	88	85	2	649	28	24	17	30	1.97
27335652--27335690	16	2.4	17	79	12	55	61	0	0	38	0.96
27335658--27335688	7	4.3	7	92	8	53	58	0	0	41	0.98
27338883--27338947	27	2.4	27	74	2	69	47	1	9	41	1.45
27340057--27340094	19	2.0	20	84	5	51	44	0	5	50	1.24
27340467--27340516	18	2.8	18	93	0	82	32	14	20	34	1.92
27343038--27343134	20	4.9	20	66	16	58	14	26	19	39	1.90
27347271--27347675	204	2.0	204	87	3	589	35	13	15	36	1.87
27355292--27355332	20	2.0	20	100	0	82	29	31	19	19	1.96
27359382--27359569	103	1.8	103	95	0	340	39	13	7	38	1.75
27360891--27360983	36	2.6	36	89	1	134	46	15	12	25	1.81
27364090--27364142	8	6.1	8	79	16	61	18	0	0	81	0.70
27364094--27364148	28	2.0	28	100	0	110	25	0	0	74	0.82
27364095--27364155	28	2.2	28	93	0	104	26	0	0	73	0.83
27369185--27369251	27	2.5	27	75	0	71	17	26	17	37	1.93
27372810--27372972	23	7.0	23	77	14	149	19	3	36	41	1.67
27372814--27372969	68	2.2	69	82	12	187	18	3	35	42	1.66
27372806--27372972	48	3.7	47	84	8	186	18	2	35	42	1.66
27374635--27374697	32	2.0	32	90	0	99	31	12	11	44	1.78
27374949--27374994	24	1.9	24	86	0	65	39	4	8	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27379406--27379441	6	6.0	6	87	12	56	83	2	0	13	0.76
27379239--27379420	98	1.9	99	81	2	224	30	13	23	31	1.93
27380030--27380104	23	3.3	23	88	0	105	37	2	12	48	1.55
27380062--27380104	13	3.5	13	75	18	56	34	2	16	46	1.60
27381001--27381038	5	7.6	5	91	8	60	15	0	2	81	0.80
27383065--27383112	25	1.9	25	87	8	71	58	4	0	37	1.18
27383062--27383117	25	2.3	24	79	11	69	51	3	0	44	1.18
27387639--27387684	5	9.2	5	100	0	92	39	0	0	60	0.97
27387645--27387722	15	5.3	15	79	1	59	44	1	2	51	1.23
27388975--27389023	14	3.4	14	77	5	53	67	2	4	26	1.19
27389107--27389135	7	4.1	7	100	0	58	27	0	31	41	1.56
27390947--27391040	47	2.0	47	97	0	179	30	8	18	42	1.80
27392136--27392370	116	2.0	116	99	0	461	26	19	12	41	1.87
27393259--27393284	13	2.0	13	100	0	52	7	7	0	84	0.77
27394031--27394285	84	3.0	84	100	0	510	38	22	10	28	1.87
27394905--27395001	41	2.4	41	89	0	158	38	21	14	25	1.92
27395508--27395568	32	1.9	32	100	0	122	34	8	11	45	1.70
27397174--27397208	18	2.0	18	88	5	54	31	11	31	25	1.91
27403659--27403697	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
27403935--27404052	23	5.1	23	78	2	112	24	18	23	33	1.97
27403948--27404037	46	2.0	46	88	0	135	25	21	21	32	1.98
27404458--27404482	10	2.5	10	100	0	50	60	0	8	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27404885--27405025	59	2.4	59	98	0	273	47	9	4	39	1.55
27405036--27405077	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27412695--27412744	21	2.4	21	80	6	57	40	20	38	2	1.64
27414315--27414354	21	1.9	21	84	0	53	37	15	2	45	1.59
27421622--27421835	40	5.4	40	81	0	232	44	24	15	14	1.84
27421616--27421835	80	2.8	80	85	2	293	44	24	15	15	1.85
27428872--27428901	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
27428964--27428996	13	2.5	13	100	0	66	39	15	0	45	1.46
27430086--27430115	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
27430545--27430688	78	1.9	76	92	2	243	45	25	6	22	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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