genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  73  of  126  ( 15042 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21851837--21851875	21	1.9	20	84	5	51	28	12	0	58	1.34
21858977--21859028	17	3.1	17	81	13	54	59	1	3	34	1.27
21858984--21859034	17	3.2	15	81	15	50	62	1	1	33	1.17
21861346--21861392	20	2.3	20	85	7	60	27	17	29	25	1.97
21863262--21863342	12	6.8	12	69	17	53	12	24	1	61	1.38
21863277--21863332	18	3.0	20	68	26	59	10	26	0	62	1.28
21863372--21863418	15	3.1	16	81	9	53	12	19	0	68	1.21
21863372--21863428	28	2.0	29	83	13	73	12	19	0	68	1.20
21865772--21865818	20	2.3	20	85	7	60	27	17	29	25	1.97
21881184--21881267	13	5.8	14	70	25	50	10	20	0	69	1.18
21881184--21881239	24	2.1	27	81	18	66	12	19	0	67	1.22
21881217--21881277	20	3.2	19	81	9	70	13	18	0	68	1.20
21881204--21881292	45	2.0	44	80	10	101	11	21	1	66	1.30
21886211--21886268	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
21886240--21886292	19	3.0	17	84	10	70	37	18	7	35	1.80
21886224--21886281	19	2.8	20	87	10	73	41	17	5	36	1.72
21893990--21894036	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
21895106--21895179	28	2.6	28	91	0	121	9	33	17	39	1.82
21895296--21895544	87	2.8	86	80	5	245	24	22	22	30	1.99
21895298--21895569	131	2.1	131	91	1	438	23	24	21	30	1.99
21895257--21895569	44	7.2	44	76	5	241	23	24	21	30	1.99
21895533--21895810	46	6.3	46	72	11	197	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21895818--21896081	44	5.9	44	75	7	194	26	23	21	28	1.99
21895533--21895977	166	2.6	171	83	8	525	27	22	21	28	1.99
21895904--21896023	46	2.6	46	93	0	204	30	24	19	25	1.98
21897430--21897481	7	7.7	7	79	12	56	11	17	0	71	1.15
21897431--21897465	13	2.6	14	86	4	54	11	17	0	71	1.14
21897429--21897481	20	2.7	20	82	11	72	11	16	0	71	1.13
21898444--21898479	16	2.2	16	90	0	54	2	11	0	86	0.68
21900519--21900565	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
21902514--21902560	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
21922903--21922945	17	2.6	16	82	13	52	18	9	0	72	1.11
21927173--21927286	58	1.9	59	87	5	169	49	8	2	39	1.48
21927761--21927798	18	2.1	19	85	5	51	36	0	0	63	0.95
21930839--21930882	22	2.0	22	81	0	52	38	11	0	50	1.39
21931331--21931385	29	2.0	29	89	7	87	40	0	7	52	1.29
21932166--21932496	161	2.1	161	98	0	637	42	19	5	32	1.73
21932699--21932963	131	2.0	131	93	0	449	36	24	12	25	1.91
21936998--21937023	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
21944034--21944098	19	3.4	19	69	12	60	55	10	3	30	1.50
21944021--21944100	39	2.1	39	95	0	142	53	10	5	31	1.55
21946722--21947190	113	4.1	114	82	5	547	31	18	23	25	1.97
21946779--21947208	227	1.9	228	87	3	636	32	18	23	25	1.97
21946988--21947486	188	2.7	186	87	3	730	31	18	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21947307--21947470	74	2.2	73	83	6	195	30	19	23	26	1.98
21947509--21947553	17	2.7	17	90	10	67	35	0	4	60	1.17
21948279--21948309	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
21951109--21951667	18	31.7	18	77	10	507	49	16	1	32	1.57
21951123--21951517	27	14.6	27	91	2	632	51	14	1	32	1.53
21951559--21951623	25	2.6	25	83	9	71	46	21	0	32	1.52
21951629--21951674	7	6.0	7	90	9	56	52	17	0	30	1.45
21957012--21957077	21	3.1	21	84	0	87	34	19	40	4	1.72
21957064--21957089	12	2.2	12	100	0	52	42	15	42	0	1.47
21957508--21957596	43	2.1	43	83	8	110	31	15	23	29	1.95
21957526--21957819	42	6.9	42	83	4	272	25	22	19	31	1.98
21957525--21957817	85	3.4	85	80	5	234	25	22	19	31	1.98
21957577--21957819	85	2.9	85	83	1	274	24	23	18	33	1.96
21957967--21958984	436	2.3	435	94	0	1768	26	22	14	35	1.94
21962779--21962831	6	8.5	6	77	8	52	13	5	5	75	1.16
21962858--21962885	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21962963--21962993	15	2.1	14	94	5	53	35	0	0	64	0.94
21967663--21968191	87	6.1	87	86	0	691	25	23	20	29	1.99
21969860--21969903	16	2.6	17	89	7	63	6	9	4	79	1.04
21977923--21977956	18	1.9	18	88	5	52	35	2	2	58	1.28
21977937--21978005	20	3.0	24	61	16	56	40	7	2	49	1.45
21988196--21988329	20	6.7	20	65	13	69	17	30	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21988117--21988388	40	6.8	40	78	5	255	19	27	14	37	1.91
21988114--21988329	80	2.7	79	86	3	299	19	28	14	36	1.92
21988166--21988401	120	2.0	119	85	5	316	19	28	14	36	1.92
21988114--21988366	80	3.2	78	82	5	283	19	28	15	36	1.92
22000265--22000320	25	2.2	26	79	17	73	62	1	1	33	1.16
22000986--22001027	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
22001859--22001976	16	7.4	16	97	0	209	37	1	35	25	1.66
22001958--22002050	44	2.1	46	91	4	154	29	5	29	36	1.79
22001958--22002063	46	2.5	44	82	11	123	29	5	30	34	1.80
22002209--22002261	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
22011932--22011981	26	2.0	24	84	7	64	56	2	6	36	1.36
22011952--22012001	14	3.4	14	76	15	55	60	8	2	30	1.37
22011952--22012011	31	2.0	30	90	3	93	60	8	1	30	1.36
22013951--22014049	39	2.5	39	83	0	117	42	22	6	29	1.77
22023717--22023745	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
22031051--22031228	48	3.7	48	87	0	259	25	26	20	27	1.99
22034184--22034260	18	4.5	16	76	19	59	53	28	1	16	1.52
22035759--22035807	23	2.1	24	77	11	57	57	0	4	38	1.18
22037232--22037308	39	1.9	39	84	7	102	40	15	22	22	1.91
22037366--22037572	41	5.0	41	85	1	236	19	15	26	38	1.92
22037957--22037984	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
22038011--22038049	7	5.4	7	81	6	51	17	2	46	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038009--22038049	15	2.8	15	88	3	57	17	2	46	34	1.61
22037859--22038793	326	2.9	314	83	10	1086	27	2	26	42	1.67
22039091--22039139	19	2.6	18	80	9	53	71	6	2	20	1.18
22039091--22039138	25	1.9	25	82	0	60	72	6	2	18	1.15
22039124--22039222	47	2.1	48	90	1	155	45	8	2	44	1.44
22040924--22040950	14	1.9	14	100	0	54	29	11	7	51	1.64
22041137--22041213	22	3.5	22	73	16	79	31	12	16	38	1.87
22041130--22041196	19	3.3	19	73	18	71	28	13	17	40	1.88
22041501--22041574	23	3.2	24	79	16	93	44	4	4	47	1.41
22041499--22041591	22	4.3	21	78	10	82	41	3	4	50	1.38
22041551--22041598	19	2.6	17	78	18	51	35	0	2	62	1.07
22041499--22041591	44	2.1	42	84	13	118	41	3	4	50	1.38
22041533--22041594	21	2.8	22	72	20	58	38	1	3	56	1.25
22041569--22041610	19	2.2	19	83	8	50	38	4	0	57	1.20
22041721--22041745	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
22041768--22041983	9	25.3	9	67	17	113	46	22	2	29	1.64
22041797--22041963	34	5.0	33	71	19	121	46	21	2	29	1.64
22041817--22041983	25	6.7	25	75	9	153	46	22	1	29	1.60
22041831--22041932	16	6.8	14	70	24	66	48	21	0	29	1.57
22041829--22041963	12	10.8	12	67	23	75	46	22	0	30	1.57
22041820--22041932	41	3.0	38	79	17	144	47	20	1	30	1.60
22041792--22041932	75	1.9	75	86	2	203	47	20	2	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22041817--22041957	75	1.9	75	83	2	185	46	21	1	30	1.60
22041860--22042056	30	6.8	29	70	21	112	45	20	1	32	1.58
22041951--22042110	66	2.5	62	79	10	164	46	19	0	33	1.54
22043864--22044009	66	2.2	66	85	4	188	39	14	28	17	1.89
22044243--22044531	150	1.9	150	96	0	533	27	13	21	37	1.91
22044500--22044753	43	5.9	43	85	2	312	25	17	31	25	1.97
22046013--22046073	19	3.3	17	72	17	50	44	3	4	47	1.41
22045934--22046376	232	1.9	233	85	4	611	38	8	6	46	1.60
22045934--22046426	232	2.1	234	82	6	589	38	7	6	47	1.58
22053702--22053738	17	2.2	17	90	0	56	45	21	8	24	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126