genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  45  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13238279--13238333	28	2.0	28	82	7	67	40	3	1	54	1.28
13239154--13239236	25	3.3	25	79	3	78	51	16	25	6	1.67
13239773--13239912	43	3.3	43	85	2	183	25	32	18	22	1.97
13239914--13240040	42	3.0	43	80	3	132	33	30	14	21	1.94
13241947--13242008	31	2.0	31	96	0	115	46	22	17	12	1.82
13244140--13244169	15	2.0	15	100	0	60	26	46	0	26	1.53
13244825--13244868	20	2.3	19	80	7	52	63	4	6	25	1.38
13244885--13245027	41	3.5	39	80	13	162	30	30	20	18	1.97
13244873--13245030	82	1.9	82	86	7	223	27	31	22	18	1.97
13262706--13262731	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
13274871--13274901	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
13275189--13275213	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13275239--13275274	18	1.9	19	94	5	65	63	2	5	27	1.30
13275673--13275716	20	2.2	20	84	8	54	65	2	2	29	1.16
13275936--13275982	23	2.0	25	83	8	62	61	2	12	23	1.42
13278270--13278491	9	23.2	9	67	16	58	62	2	5	30	1.30
13278293--13278368	30	2.6	29	81	8	91	60	0	2	36	1.11
13278293--13278360	29	2.3	29	85	5	84	58	0	1	39	1.07
13278390--13278445	29	1.9	29	82	13	71	58	1	8	30	1.39
13278730--13278756	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
13278751--13278794	19	2.3	19	88	4	61	31	0	6	61	1.22
13279097--13279127	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13280128--13280180	26	2.0	26	100	0	106	60	15	3	20	1.50
13282874--13282990	56	2.1	56	82	3	137	31	18	11	38	1.86
13282901--13283048	56	2.7	55	82	4	181	27	20	13	39	1.90
13284278--13284340	26	2.4	26	80	15	76	42	3	0	53	1.16
13286754--13286831	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
13286784--13287111	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
13291613--13291709	49	2.0	49	93	0	167	43	6	25	24	1.77
13292395--13292454	27	2.2	28	90	3	95	40	10	25	25	1.86
13297750--13297811	29	2.2	27	78	16	63	53	4	1	40	1.32
13299417--13299576	50	3.2	50	75	3	160	25	18	22	34	1.96
13299389--13299654	100	2.7	100	87	1	354	24	18	24	32	1.97
13299444--13299620	50	3.5	50	76	0	192	23	16	25	34	1.95
13299712--13300173	44	10.7	43	70	11	273	32	23	15	28	1.95
13299756--13300174	85	4.9	84	73	7	340	31	23	16	28	1.96
13299669--13300190	129	4.0	129	90	1	814	31	23	16	28	1.96
13300166--13300435	129	2.1	129	92	0	450	26	23	19	31	1.98
13307561--13307622	29	2.2	27	78	16	63	53	4	1	40	1.32
13308909--13308935	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
13309076--13309118	23	2.0	22	86	9	61	62	2	0	34	1.08
13311674--13311722	24	2.0	24	100	0	98	40	16	16	26	1.89
13311678--13311729	24	2.4	21	87	12	70	42	11	17	28	1.84
13315207--13315244	20	1.9	20	88	0	58	55	0	13	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13315199--13315412	106	2.1	101	89	6	322	53	4	7	34	1.49
13315307--13315355	20	2.5	20	86	0	71	55	0	8	36	1.30
13315985--13316077	19	4.9	19	86	0	141	38	12	8	39	1.74
13315985--13316077	38	2.4	38	98	0	177	38	12	8	39	1.74
13316423--13316618	44	4.5	44	63	19	111	28	23	17	30	1.97
13316252--13316697	132	3.4	131	95	1	795	29	23	18	28	1.98
13320894--13321682	132	6.0	132	92	0	1249	25	24	20	29	1.99
13320960--13321672	44	16.2	44	63	13	151	24	24	20	29	1.99
13332498--13332532	17	2.1	17	100	0	70	42	28	17	11	1.83
13333122--13333316	98	2.0	98	92	0	327	36	25	10	27	1.89
13338838--13338876	20	2.0	20	89	0	60	58	0	10	30	1.31
13338833--13338988	48	3.2	48	75	18	176	52	3	8	34	1.51
13338847--13339010	52	3.2	51	73	18	169	53	3	9	34	1.48
13338830--13339025	100	1.9	101	90	4	315	54	3	8	34	1.48
13338929--13338978	20	2.5	20	76	0	64	52	0	8	40	1.31
13339567--13339662	19	4.7	21	79	10	74	40	15	6	37	1.73
13339567--13339624	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
13339603--13339675	19	3.8	19	92	0	128	36	15	9	38	1.80
13340440--13340489	27	1.9	25	88	8	73	56	0	4	40	1.18
13340426--13340487	26	2.4	25	82	12	72	56	1	4	37	1.30
13340445--13340501	27	2.2	26	84	6	71	59	0	3	36	1.14
13343647--13343822	44	3.9	44	81	8	217	49	23	24	2	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13343647--13343725	19	3.8	19	74	18	77	50	22	25	1	1.56
13343657--13343798	25	5.9	25	83	12	181	49	23	23	3	1.66
13343657--13343818	25	7.0	24	79	14	164	49	23	24	3	1.64
13343779--13343822	19	2.3	19	88	0	70	47	22	27	2	1.63
13344652--13344687	10	3.5	10	96	3	63	19	30	0	50	1.48
13344657--13344705	22	2.3	20	86	6	62	24	30	0	44	1.54
13344670--13344789	51	2.4	50	87	6	170	29	23	0	47	1.52
13345494--13345546	27	2.0	27	92	0	88	22	18	16	41	1.90
13345618--13345642	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
13346731--13346843	25	4.7	25	73	18	114	39	1	14	44	1.55
13346851--13346894	13	3.4	13	96	0	79	54	25	0	20	1.45
13346929--13347006	6	12.7	6	69	15	52	41	39	0	19	1.51
13346952--13346986	13	2.7	13	95	0	61	48	28	0	22	1.51
13346887--13347391	54	8.9	54	76	17	401	46	29	0	24	1.55
13346956--13347107	67	2.3	66	88	4	223	46	28	0	24	1.58
13347054--13347263	48	4.1	48	80	17	235	45	29	0	25	1.54
13347192--13347276	13	6.4	13	69	15	57	47	25	0	27	1.53
13347127--13347488	67	5.6	65	78	18	377	46	28	0	24	1.55
13347302--13347404	13	8.2	13	73	12	72	50	25	0	24	1.49
13347397--13347422	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
13347436--13347477	13	3.2	13	86	6	59	52	21	0	26	1.47
13347302--13347485	73	2.5	73	89	2	262	47	28	0	23	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13347127--13347485	121	2.8	128	89	7	538	46	28	0	24	1.55
13347458--13347571	25	4.1	25	69	27	86	45	30	0	23	1.53
13347462--13347657	29	6.6	29	78	15	213	45	27	0	27	1.58
13347462--13347657	62	3.3	58	78	15	213	45	27	0	27	1.58
13347148--13347502	134	2.8	130	85	8	459	46	28	0	24	1.55
13347458--13347679	87	2.6	87	86	2	306	45	26	0	27	1.57
13347504--13347577	24	3.0	24	77	14	80	44	28	0	27	1.55
13347591--13347678	29	3.5	24	72	15	79	45	23	1	29	1.60
13347625--13347678	23	2.3	23	83	0	72	46	24	0	29	1.53
13347685--13347909	116	1.9	116	87	1	326	38	10	10	40	1.74
13349741--13349769	15	1.9	15	100	0	58	37	13	34	13	1.85
13350641--13351116	126	3.8	126	92	0	722	32	22	14	29	1.94
13352225--13352269	23	2.0	23	86	0	63	55	6	6	31	1.52
13352318--13352569	24	10.8	24	70	15	152	55	5	5	33	1.45
13352340--13352608	69	3.9	69	76	9	190	54	5	5	34	1.48
13352407--13352568	47	3.5	46	73	14	127	56	4	5	32	1.44
13352407--13352619	70	3.0	68	75	13	189	55	5	5	33	1.47
13353887--13354015	44	2.9	43	79	6	125	32	21	15	30	1.94
13354096--13354635	132	4.1	132	88	2	782	25	24	19	29	1.99
13354638--13355312	45	15.1	45	78	9	628	28	23	18	30	1.97
13354824--13355313	268	1.8	268	93	0	854	28	23	18	30	1.97
13360130--13360163	16	2.1	16	88	0	50	41	23	17	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13361651--13361695	23	2.0	23	90	0	72	57	4	6	31	1.44
13361763--13362020	69	3.7	69	76	10	177	53	5	6	34	1.50
13361819--13361981	24	7.0	24	72	12	124	56	4	5	33	1.44
13362780--13362821	19	2.3	18	84	8	50	33	11	14	40	1.82
13363283--13363318	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
13367805--13367917	19	5.8	19	83	4	154	38	9	15	35	1.81
13367812--13367917	40	2.7	39	92	2	169	39	9	15	35	1.79
13372973--13373021	12	3.8	12	82	12	53	79	0	20	0	0.73
13372978--13373028	7	7.6	7	80	14	54	76	0	21	1	0.88
13372973--13373028	20	2.8	20	84	7	71	78	0	19	1	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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