genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25986382--25986556	77	2.3	77	96	3	318	21	10	19	48	1.78
25986619--25986739	54	2.2	55	78	7	140	23	19	15	41	1.90
25986881--25987188	42	7.5	42	79	6	288	21	25	15	37	1.93
25986881--25987162	83	3.4	84	86	2	349	21	25	14	37	1.92
25987261--25987396	54	2.5	55	75	4	141	24	21	16	37	1.94
25987417--25987593	54	3.3	53	84	3	228	25	22	16	35	1.95
25987173--25987539	147	2.5	150	80	3	427	25	21	15	37	1.93
25987580--25987680	42	2.4	42	84	0	130	21	24	14	38	1.92
25987622--25987843	42	5.4	42	74	9	159	21	22	15	40	1.91
25987915--25988050	54	2.5	54	84	0	164	22	17	19	40	1.91
25986598--25988210	654	2.5	637	78	5	1751	23	21	15	39	1.91
25987826--25988226	147	2.7	144	75	11	355	24	18	14	41	1.88
25988177--25988310	42	3.2	42	76	2	144	24	20	14	40	1.90
25988338--25988440	54	1.9	54	85	0	143	23	19	19	37	1.94
25988549--25988595	24	2.0	24	82	0	58	23	21	8	46	1.78
25988501--25988650	78	1.9	78	84	2	203	24	21	14	40	1.90
25988661--25988899	54	4.4	54	80	2	255	24	18	16	40	1.91
25988661--25988899	108	2.2	108	82	3	284	24	18	16	40	1.91
25988824--25989123	93	3.2	93	86	1	379	23	21	16	39	1.92
25989086--25989162	39	2.0	39	84	5	102	19	23	15	41	1.89
25994046--25994111	27	2.7	24	77	11	64	68	0	0	31	0.90
25994049--25994109	25	2.5	23	75	20	61	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25995331--25995382	21	2.3	23	87	6	72	38	0	3	57	1.17
25996814--25996864	15	3.3	15	76	10	57	68	0	5	25	1.12
25996908--25996952	3	15.0	3	95	0	63	60	0	6	33	1.23
25998927--25998973	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
25998951--25999000	15	3.2	15	76	20	57	36	0	14	50	1.43
25999138--25999271	40	3.4	41	72	13	120	29	14	23	32	1.94
26000932--26001051	63	1.9	63	84	3	161	20	31	13	35	1.91
26001694--26001827	9	14.4	9	69	12	74	64	2	2	29	1.23
26001758--26001827	19	3.7	19	77	9	81	65	2	2	28	1.21
26001884--26001937	19	2.8	20	81	16	60	24	9	1	64	1.32
26001986--26002027	11	3.9	11	81	6	59	50	0	0	50	1.00
26001999--26002068	29	2.3	31	85	11	92	38	0	1	60	1.06
26003005--26003041	18	2.1	18	89	0	56	24	5	10	59	1.52
26004315--26004365	22	2.3	22	83	6	59	13	15	5	64	1.46
26004306--26004385	33	2.4	33	82	0	97	13	13	8	63	1.51
26004842--26004962	60	2.0	60	100	0	242	14	22	16	46	1.84
26019332--26019383	23	2.4	22	84	15	72	71	9	3	15	1.27
26019375--26019415	21	2.0	20	90	4	64	78	4	0	17	0.93
26021490--26021533	21	2.0	21	91	4	70	59	0	2	38	1.10
26021528--26021577	9	5.3	9	85	7	64	74	0	6	20	1.03
26029618--26029646	14	2.1	14	100	0	58	58	13	6	20	1.58
26033190--26033450	129	2.0	129	86	1	362	29	20	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26045625--26045666	14	3.0	14	86	10	59	59	4	0	35	1.19
26047950--26048001	26	2.0	26	100	0	104	26	11	19	42	1.85
26049259--26049313	2	27.5	2	100	0	110	0	49	0	50	1.00
26049313--26049337	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
26051695--26051798	52	2.0	52	100	0	208	32	9	30	26	1.89
26062282--26062322	17	2.4	17	91	0	64	63	26	4	4	1.35
26062291--26062323	17	1.9	17	100	0	66	60	24	6	9	1.49
26062936--26062978	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
26062939--26062982	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
26070310--26070347	19	2.1	18	85	14	51	36	0	10	52	1.36
26070832--26070959	29	4.4	29	87	0	175	34	8	27	29	1.87
26070854--26071032	29	6.1	29	79	7	112	34	12	27	25	1.92
26072281--26072357	33	2.3	33	97	0	145	11	11	32	44	1.77
26078429--26078583	45	3.4	45	78	8	131	21	21	12	44	1.85
26087902--26087929	7	4.0	7	100	0	56	42	0	28	28	1.56
26100155--26100181	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
26103267--26103332	21	3.0	21	91	4	96	45	15	4	34	1.66
26103267--26103421	19	7.7	21	77	13	101	41	13	5	38	1.68
26103324--26103433	38	2.9	38	97	0	202	39	10	8	41	1.70
26103301--26103427	19	6.5	19	84	3	155	40	12	7	40	1.70
26103913--26103971	17	3.3	18	81	9	68	30	0	0	69	0.89
26104531--26104624	46	2.0	46	100	0	188	37	20	10	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26112125--26112169	22	2.0	22	83	8	56	51	0	4	44	1.21
26112293--26112338	22	2.1	21	84	4	56	56	4	2	36	1.31
26116915--26116959	22	2.0	22	83	8	56	51	0	4	44	1.21
26117083--26117128	22	2.1	21	84	4	56	56	4	2	36	1.31
26125032--26125058	13	2.1	13	100	0	54	14	14	29	40	1.86
26128349--26128380	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
26128631--26128657	11	2.5	11	100	0	54	37	7	11	44	1.68
26136414--26136496	27	3.0	27	73	15	80	48	4	1	45	1.31
26137599--26137649	22	2.3	23	80	12	63	56	5	0	37	1.23
26137905--26137955	20	2.6	20	81	9	61	68	5	5	19	1.31
26138210--26138281	36	2.0	36	100	0	144	44	5	13	36	1.68
26138613--26138650	18	2.1	18	100	0	76	50	26	13	10	1.73
26141007--26141045	19	2.1	19	85	9	53	46	15	5	33	1.68
26151426--26151473	21	2.3	21	77	0	51	45	16	2	35	1.59
26152373--26152411	19	2.1	19	85	0	51	51	5	0	43	1.24
26161907--26161950	13	3.5	13	84	9	56	52	0	2	45	1.13
26165148--26165176	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
26165258--26165312	21	2.6	22	80	13	62	60	5	1	32	1.30
26166082--26166265	94	2.0	94	85	4	255	36	14	6	41	1.72
26166343--26166528	95	2.0	93	84	4	239	36	15	6	41	1.74
26169767--26169791	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
26171598--26171625	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26173406--26173444	19	2.1	19	85	9	53	33	2	0	64	1.08
26173757--26173808	21	2.5	21	79	17	63	34	3	3	57	1.35
26174224--26174353	43	3.1	42	81	6	129	30	25	16	27	1.97
26176469--26176494	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
26179323--26179384	12	5.5	11	76	17	56	43	4	0	51	1.23
26179335--26179420	23	3.6	24	76	14	97	41	4	0	53	1.21
26179341--26179415	27	3.0	26	70	14	68	42	5	0	52	1.24
26179323--26179384	22	2.8	21	75	18	54	43	4	0	51	1.23
26179666--26179713	7	6.9	7	78	0	51	29	45	2	22	1.64
26179945--26179983	14	2.7	15	88	4	53	35	35	0	28	1.58
26179988--26180083	21	4.4	21	72	16	63	38	36	0	25	1.56
26180034--26180075	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
26180030--26180076	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
26179578--26180148	298	1.9	297	91	1	939	42	28	1	26	1.66
26180533--26180631	40	2.5	42	78	9	116	22	18	20	39	1.92
26180691--26180731	3	13.7	3	94	0	73	36	0	63	0	0.95
26180744--26180797	21	2.4	21	84	9	63	66	0	27	5	1.13
26181104--26181203	40	2.7	37	77	15	107	35	6	7	52	1.53
26180983--26181206	76	2.9	78	76	7	231	34	5	10	49	1.60
26181182--26181221	3	13.3	3	94	0	53	25	0	7	67	1.16
26181184--26181234	15	3.4	15	86	5	59	23	0	11	64	1.26
26181325--26181385	14	3.9	15	72	12	52	22	3	4	68	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26183575--26183605	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
26183630--26183687	6	9.2	6	78	10	53	74	3	6	15	1.17
26183807--26183871	27	2.4	27	78	0	85	27	33	30	7	1.85
26183947--26184005	3	20.3	3	76	13	61	66	0	33	0	0.92
26183947--26184005	20	3.2	20	75	18	65	66	0	33	0	0.92
26184036--26184089	21	2.4	21	84	9	63	66	0	27	5	1.13
26184396--26184495	40	2.7	37	77	15	107	35	6	7	52	1.53
26184275--26184498	76	2.9	78	76	7	231	34	5	10	49	1.60
26184474--26184513	3	13.3	3	94	0	53	25	0	7	67	1.16
26184476--26184526	15	3.4	15	86	5	59	23	0	11	64	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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