genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120531--2120820	145	2.0	145	98	0	564	40	4	9	45	1.55
2132711--2132859	31	4.8	31	88	0	217	27	24	18	28	1.98
2132835--2133010	50	3.5	50	90	0	262	26	24	15	33	1.95
2138902--2138956	16	3.4	16	87	0	83	36	7	27	29	1.84
2138938--2139031	44	2.1	46	86	7	131	29	6	28	35	1.82
2139134--2139302	63	2.8	61	86	8	202	53	2	1	42	1.26
2145200--2145285	30	2.9	30	83	0	118	24	29	25	20	1.99
2149261--2149321	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
2156082--2156152	36	2.0	36	94	0	124	26	25	30	16	1.97
2156218--2156336	20	5.9	20	83	2	141	15	20	23	40	1.91
2156339--2156388	25	2.0	26	92	4	84	14	20	28	38	1.91
2159842--2159919	20	3.9	20	75	0	75	12	20	25	41	1.88
2163145--2163239	23	4.1	23	85	9	113	32	20	21	26	1.97
2163197--2163295	23	4.3	23	78	5	87	33	21	22	23	1.97
2163152--2163295	69	2.1	69	82	10	170	34	19	22	24	1.97
2164401--2164458	26	2.2	26	96	0	107	37	18	3	39	1.68
2166302--2166338	16	2.4	16	86	8	51	40	18	2	37	1.65
2172645--2172689	19	2.5	17	82	7	54	26	2	0	71	0.98
2172698--2172755	26	2.2	28	78	12	68	37	1	1	58	1.18
2172718--2172754	19	2.0	19	89	5	58	37	0	2	59	1.12
2172718--2172774	18	3.1	19	80	10	64	36	0	3	59	1.14
2173892--2173940	24	2.0	25	88	11	75	53	2	0	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182542--2182598	29	2.0	29	89	0	87	35	0	0	64	0.93
2182748--2182787	19	2.0	20	85	4	55	20	2	7	70	1.24
2187160--2187190	16	1.9	16	100	0	62	38	16	25	19	1.92
2194174--2194508	45	7.5	45	69	14	230	31	14	27	27	1.94
2194145--2194533	90	4.4	90	88	3	563	29	14	28	28	1.95
2194146--2194533	176	2.2	178	87	2	557	29	14	28	27	1.95
2197246--2197279	17	2.1	16	88	5	50	52	14	0	32	1.42
2197402--2197457	27	2.1	26	93	3	94	32	23	26	16	1.95
2198061--2198151	25	3.4	25	84	15	121	65	10	7	15	1.45
2198073--2198160	30	3.0	30	88	11	123	64	12	6	15	1.47
2199141--2199181	16	2.5	17	84	4	57	70	9	0	19	1.14
2199241--2199273	15	2.2	15	94	0	57	42	3	6	48	1.43
2199378--2199433	10	5.2	10	76	23	60	60	0	0	39	0.97
2199368--2199434	23	2.9	21	82	14	71	61	0	0	38	0.96
2206008--2206049	20	2.2	19	87	12	59	45	0	4	50	1.23
2209438--2209591	83	1.9	83	98	0	299	35	9	14	40	1.80
2210163--2210213	17	2.9	18	77	13	54	25	5	21	47	1.73
2215591--2217645	44	46.5	44	84	2	2173	31	13	26	28	1.94
2219110--2219151	20	2.2	19	87	12	59	45	0	4	50	1.23
2219180--2219224	13	3.8	12	82	8	56	33	2	0	64	1.06
2219203--2219261	17	3.5	18	80	11	63	33	5	0	61	1.18
2219197--2219273	5	15.2	5	70	17	52	32	3	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219177--2219261	30	2.7	34	80	14	101	35	4	0	60	1.18
2219193--2219261	34	2.2	30	82	15	77	34	4	0	60	1.16
2219184--2219272	30	3.0	29	77	9	99	33	4	0	61	1.16
2219242--2219311	33	2.1	35	84	10	92	32	4	1	61	1.24
2219195--2219311	48	2.5	46	78	17	111	33	4	0	61	1.21
2219531--2219564	14	2.4	14	90	5	50	11	2	8	76	1.12
2219531--2219566	15	2.4	15	90	9	56	13	2	8	75	1.15
2224057--2224107	17	2.9	18	77	13	54	25	5	21	47	1.73
2228173--2228202	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
2234592--2234736	74	2.0	74	84	2	193	33	20	4	42	1.71
2234897--2234934	19	2.0	19	100	0	76	42	21	10	26	1.85
2235789--2235867	28	2.6	32	78	13	94	37	2	8	50	1.47
2237703--2237789	45	1.9	45	92	0	147	26	12	25	35	1.92
2241976--2242031	27	2.1	27	86	6	78	25	14	23	37	1.92
2255262--2255333	27	2.6	28	82	6	85	47	22	2	27	1.65
2256260--2256290	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
2256321--2256414	25	3.8	25	90	1	145	26	24	22	26	2.00
2256321--2256427	25	4.4	24	88	3	144	28	22	22	26	1.99
2256633--2256804	31	5.5	31	88	2	247	27	16	25	30	1.97
2256634--2256802	93	1.8	93	92	0	284	27	16	26	30	1.97
2259828--2259891	30	2.1	31	91	2	103	14	31	25	29	1.94
2260597--2260625	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263951--2264058	53	2.0	53	94	0	189	18	23	5	52	1.66
2264193--2264239	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
2267179--2267239	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
2268820--2268893	6	12.7	6	87	5	89	24	2	0	72	0.97
2268820--2268893	17	4.2	17	84	8	96	24	2	0	72	0.97
2269234--2269261	11	2.5	11	100	0	56	57	14	28	0	1.38
2285112--2285201	44	2.1	43	81	8	103	36	23	15	24	1.94
2295759--2295793	14	2.5	14	90	9	54	57	0	0	42	0.99
2295804--2295843	17	2.4	17	83	12	55	47	2	0	50	1.14
2295749--2295849	20	5.2	20	64	31	51	51	1	0	46	1.12
2312398--2312453	25	2.3	24	82	11	69	46	0	5	48	1.25
2321935--2322009	30	2.6	30	73	12	84	40	1	2	56	1.22
2323072--2323110	19	2.1	19	100	0	78	15	10	15	58	1.62
2324039--2324135	46	2.1	48	86	3	135	35	14	22	27	1.93
2330504--2330562	27	2.2	26	79	8	64	28	25	22	23	1.99
2330516--2330567	27	1.9	27	88	0	77	28	23	21	26	1.99
2330918--2331117	27	7.4	27	87	0	247	25	20	18	36	1.95
2342890--2343170	48	5.9	48	77	5	253	23	29	19	27	1.98
2342890--2343161	96	2.8	96	81	5	334	23	29	19	27	1.98
2346199--2346291	25	3.8	24	79	13	109	22	21	22	33	1.97
2346156--2346306	25	6.0	25	70	21	75	19	22	21	35	1.96
2354343--2354374	14	2.4	14	90	10	50	68	0	3	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354345--2354399	20	2.9	18	86	8	65	70	0	1	27	0.97
2354362--2354409	21	2.3	19	80	16	51	64	0	4	31	1.12
2354728--2354790	31	2.0	31	93	0	108	26	23	4	44	1.73
2363495--2363611	42	2.8	42	78	11	116	28	23	19	28	1.99
2364772--2364796	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
2373242--2373334	6	17.6	5	75	18	75	76	1	4	18	1.01
2373251--2373335	16	5.1	15	78	17	64	76	1	4	17	1.02
2378826--2378935	55	2.0	55	92	0	184	25	17	15	41	1.88
2379269--2379388	60	2.0	61	96	1	224	32	14	27	25	1.94
2379647--2379737	46	2.0	46	97	0	173	20	21	27	29	1.98
2379903--2380206	27	11.3	27	88	2	344	39	20	9	30	1.84
2380190--2380255	27	2.4	27	79	0	78	42	21	4	31	1.73
2379903--2380251	135	2.6	135	80	5	334	38	20	8	32	1.83
2380246--2380504	27	9.7	27	80	7	260	36	17	18	27	1.93
2380262--2380503	54	4.5	54	85	2	290	35	17	19	27	1.94
2380268--2380521	81	3.2	80	90	2	366	35	16	20	27	1.94
2390697--2390755	27	2.2	26	93	3	100	18	22	20	38	1.93
2390924--2391042	6	19.3	6	70	17	84	19	16	15	48	1.81
2390934--2390991	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
2390900--2391033	31	4.3	31	92	0	196	20	17	13	49	1.79
2395435--2395460	11	2.4	11	100	0	52	7	15	15	61	1.55
2397869--2397911	22	1.9	23	90	4	70	9	37	18	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400408--2400516	28	3.9	27	77	8	94	24	27	18	29	1.98
2400436--2400595	54	2.9	55	79	7	200	27	28	14	30	1.95
2400441--2400595	28	5.6	28	74	11	131	27	29	13	29	1.94
2409783--2409862	40	2.0	40	90	0	124	23	21	28	26	1.99
2411594--2411651	28	2.1	28	100	0	116	43	10	22	24	1.84
2421552--2421588	18	2.1	18	94	0	65	35	2	10	51	1.51
2423822--2423876	27	2.0	28	86	10	78	34	0	21	43	1.53
2424461--2424593	28	4.8	28	84	3	160	24	12	30	33	1.92
2440437--2440672	40	5.9	39	80	7	253	25	27	21	25	1.99
2440437--2440672	79	3.0	79	89	4	334	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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